genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  211  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70033201--70033280	41	2.0	41	90	5	126	23	21	27	27	1.99
70033420--70033481	22	2.8	22	83	9	81	20	25	20	32	1.98
70033581--70033693	50	2.3	50	82	0	127	19	13	26	40	1.88
70033581--70033699	25	4.8	25	78	0	103	19	13	26	40	1.89
70033831--70033878	22	2.2	22	81	7	53	25	10	43	20	1.83
70042395--70042582	27	7.1	27	80	6	188	41	13	14	30	1.85
70042699--70042732	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
70042789--70042849	27	2.3	27	91	0	95	39	19	14	26	1.90
70042523--70043058	267	2.0	266	92	0	883	30	28	19	20	1.97
70052866--70053024	39	4.1	39	93	0	237	24	29	22	23	1.99
70054911--70055008	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
70054939--70055021	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
70054911--70055022	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
70058295--70058465	93	1.8	93	93	0	297	28	29	20	21	1.98
70058287--70058462	46	3.8	46	78	12	207	29	28	19	21	1.98
70064138--70064406	27	10.0	27	85	0	340	40	18	14	27	1.89
70067669--70067840	93	1.8	93	88	2	265	27	29	20	22	1.98
70067661--70067835	46	3.8	45	77	10	174	28	29	20	22	1.98
70073114--70073246	40	3.3	40	91	2	196	24	21	27	27	1.99
70073061--70073246	80	2.3	81	82	5	218	24	22	26	26	2.00
70073062--70073246	40	4.6	40	84	7	189	24	22	27	25	2.00
70073062--70073279	80	2.7	79	79	7	192	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70081419--70081604	40	4.7	40	85	5	216	24	23	26	25	2.00
70081419--70081637	80	2.7	79	80	7	212	25	22	26	25	2.00
70112015--70112090	40	1.9	40	83	5	100	30	21	14	34	1.93
70127567--70127633	34	2.0	34	85	5	91	29	25	19	25	1.98
70130470--70130598	50	2.5	51	88	2	188	35	17	21	24	1.95
70130574--70130722	31	4.8	31	92	0	226	26	19	26	26	1.99
70136740--70136911	40	4.3	40	81	5	206	27	26	21	25	1.99
70136740--70136911	80	2.2	79	86	7	242	27	26	21	25	1.99
70144936--70145112	40	4.4	40	79	4	180	28	26	20	24	1.99
70149232--70149281	24	2.1	24	100	0	100	38	10	20	32	1.85
70156624--70156673	24	2.1	24	100	0	100	38	10	20	32	1.85
70161129--70161296	27	6.3	26	68	12	90	41	22	7	28	1.81
70161123--70161298	54	3.3	54	77	7	178	40	22	7	29	1.81
70161278--70161495	27	8.1	27	91	0	294	29	22	7	39	1.82
70161732--70161783	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
70161820--70161879	27	2.3	26	82	2	66	23	21	18	36	1.95
70162021--70162128	6	17.7	6	70	17	71	21	19	12	46	1.83
70162026--70162107	37	2.2	37	93	0	137	19	21	12	46	1.82
70162026--70162119	37	2.5	37	89	3	127	20	21	11	46	1.82
70162823--70162988	56	3.0	56	89	3	219	28	15	24	31	1.95
70165023--70165284	129	2.0	129	96	0	479	30	30	19	19	1.96
70165695--70165911	106	2.0	106	95	0	389	34	24	18	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70170895--70171392	272	1.8	272	92	0	836	31	19	13	35	1.91
70171629--70171695	27	2.7	24	81	9	73	73	5	0	20	1.04
70171652--70171695	23	2.0	22	90	4	70	77	2	0	20	0.88
70171652--70171701	17	3.0	17	85	8	59	74	2	2	22	1.03
70171642--70171701	23	2.7	21	78	16	68	71	5	1	21	1.14
70174018--70174055	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
70174284--70174454	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
70174279--70174451	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
70179899--70179938	19	2.1	19	86	9	55	12	22	45	20	1.84
70180583--70180659	32	2.4	33	89	6	113	25	15	27	31	1.96
70183108--70183136	14	2.1	14	100	0	58	13	13	34	37	1.85
70188336--70188378	21	2.0	22	86	4	61	6	6	48	37	1.57
70188395--70188475	33	2.5	33	91	0	126	22	18	28	30	1.97
70192522--70192872	47	7.4	47	93	1	495	27	29	8	33	1.87
70195936--70196003	27	2.5	26	92	2	82	33	27	10	27	1.89
70195934--70196031	28	3.5	28	87	2	126	32	28	12	26	1.92
70210622--70210660	21	1.9	20	89	5	60	15	28	41	15	1.87
70272140--70272311	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
70272164--70272347	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	23	1.96
70279913--70280063	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
70279983--70280205	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
70280534--70280597	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70280541--70280597	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
70287537--70287760	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
70288089--70288152	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
70288096--70288152	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
70293709--70293742	14	2.5	14	90	4	52	2	23	47	26	1.66
70295559--70295600	21	2.0	21	100	0	84	33	14	19	33	1.91
70296192--70296216	12	2.1	12	100	0	50	32	8	32	28	1.86
70298205--70298232	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
70299017--70299045	12	2.4	12	100	0	58	27	0	44	27	1.54
70303868--70303911	14	3.4	14	87	9	58	0	13	4	81	0.83
70316476--70316550	28	2.7	28	85	8	107	26	10	32	30	1.90
70319222--70319319	37	2.7	37	85	7	121	30	16	27	25	1.96
70319290--70319518	42	5.3	42	77	6	197	26	16	27	29	1.97
70319315--70319406	48	1.9	48	88	0	139	30	16	25	28	1.96
70319288--70319451	90	1.8	90	79	0	193	26	16	28	28	1.97
70320524--70320626	47	2.2	47	94	0	179	20	11	12	55	1.68
70324478--70324561	31	2.7	31	90	1	134	23	26	16	33	1.96
70324874--70324903	11	2.8	11	95	5	53	30	16	16	36	1.91
70324943--70324992	25	2.0	25	88	0	73	26	18	22	34	1.96
70334146--70334220	28	2.7	28	87	0	105	24	10	33	32	1.89
70337603--70337645	21	2.0	21	100	0	86	23	13	9	53	1.69
70340148--70340294	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70340194--70340374	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
70340191--70340374	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
70347993--70348139	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
70348039--70348219	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
70348036--70348219	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
70351197--70351258	30	2.1	30	90	0	97	43	16	9	30	1.80
70352446--70352517	36	2.0	36	100	0	144	30	13	27	27	1.94
70353207--70353246	21	1.9	21	89	0	62	25	27	35	12	1.92
70354470--70354685	46	4.7	46	75	7	181	22	28	20	28	1.99
70371143--70371346	40	5.1	40	87	1	268	23	23	26	26	2.00
70373066--70373238	27	6.4	27	82	7	174	38	19	18	23	1.93
70373066--70373234	54	3.1	54	80	5	209	38	18	18	23	1.93
70373067--70373220	81	1.9	81	85	7	215	39	20	16	22	1.92
70373073--70373238	81	2.0	81	82	6	203	37	20	18	24	1.94
70373913--70373972	27	2.3	27	85	2	77	21	21	20	36	1.95
70380599--70380771	27	6.4	27	83	4	161	35	17	19	27	1.94
70380599--70380744	54	2.7	54	84	0	193	36	17	19	26	1.94
70380599--70380767	54	3.1	54	82	2	189	35	16	20	27	1.94
70380603--70380771	81	2.1	81	80	2	187	35	17	18	27	1.94
70383982--70384157	89	2.0	89	94	0	307	26	27	19	26	1.99
70385920--70386068	66	2.2	66	82	7	176	32	16	28	21	1.95
70385944--70386126	66	2.8	64	79	7	210	30	16	30	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70388803--70388931	47	2.8	46	79	12	147	24	26	19	30	1.98
70388718--70388931	94	2.3	92	82	8	238	25	26	17	30	1.97
70395388--70395446	27	2.2	27	90	0	91	23	32	25	18	1.97
70400380--70400430	12	4.2	12	76	18	52	41	1	1	54	1.22
70406477--70406540	31	2.1	31	96	0	119	20	15	7	56	1.64
70407814--70407851	20	2.0	20	84	5	51	31	7	21	39	1.82
70408167--70408234	19	3.4	19	75	11	64	39	1	2	55	1.24
70408172--70408229	30	2.0	29	86	10	82	37	1	3	56	1.26
70412651--70412791	50	2.8	50	82	5	153	46	11	9	33	1.72
70413854--70413896	13	3.1	14	78	15	54	48	6	0	44	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332