genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25655834--25655863	14	2.1	14	93	0	51	56	3	0	40	1.16
25661014--25661175	27	6.0	26	82	8	139	23	20	19	37	1.95
25661044--25661183	27	5.2	27	86	3	192	25	19	17	37	1.93
25661016--25661183	54	3.1	54	85	1	212	25	20	17	36	1.94
25661165--25661363	82	2.4	80	77	8	188	32	8	20	38	1.83
25661232--25661486	27	9.4	27	74	9	180	31	8	19	40	1.81
25661228--25661453	81	2.8	80	82	2	247	30	7	19	42	1.78
25661474--25661552	27	3.0	26	81	9	79	43	7	20	29	1.79
25661485--25661573	27	3.3	27	87	0	115	41	6	22	29	1.79
25663639--25663827	81	2.3	81	88	0	279	23	21	19	35	1.95
25663640--25663827	27	7.0	27	88	0	250	23	21	19	35	1.96
25663880--25664097	27	8.0	27	82	6	237	28	9	22	39	1.85
25663896--25664146	81	3.1	80	77	9	215	29	11	21	37	1.88
25664138--25664221	27	3.1	27	85	0	96	44	8	19	28	1.79
25665698--25665732	10	3.4	10	88	7	52	88	0	8	2	0.61
25665696--25665730	18	1.9	18	88	11	54	85	0	11	2	0.69
25666906--25667066	27	6.0	27	88	0	214	26	21	18	34	1.95
25667119--25667343	27	8.4	28	80	8	213	30	9	20	40	1.84
25667119--25667343	54	4.2	54	81	6	251	30	9	20	40	1.84
25667123--25667373	27	9.3	27	78	10	133	30	10	19	39	1.86
25667363--25667458	27	3.6	27	83	4	115	41	9	18	30	1.82
25670034--25670107	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25673042--25673217	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
25673039--25673210	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
25680127--25680293	45	3.8	45	74	18	170	21	20	28	29	1.98
25680124--25680289	90	1.8	89	89	7	264	21	21	28	28	1.98
25734763--25734826	18	3.7	18	75	8	69	35	17	1	45	1.58
25736619--25736658	19	2.1	19	85	0	53	40	10	7	42	1.67
25745554--25745639	27	3.2	26	88	4	118	18	24	22	34	1.96
25763335--25763387	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
25772877--25772997	60	2.0	60	96	0	224	42	19	9	28	1.82
25775087--25775309	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
25775167--25775344	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
25784976--25785103	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
25784975--25785103	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
25790195--25790322	29	4.5	28	86	2	166	32	25	13	28	1.93
25790194--25790322	57	2.3	57	86	2	179	32	25	13	28	1.93
25792261--25792300	17	2.4	17	100	0	80	22	32	30	15	1.94
25792633--25792727	20	4.8	20	84	5	115	37	9	18	33	1.84
25792652--25792710	11	5.7	11	69	15	54	40	10	16	32	1.82
25792651--25792727	40	1.9	40	94	0	136	38	10	18	32	1.84
25792777--25792863	26	3.4	26	91	1	140	29	25	21	22	1.99
25793096--25793181	31	2.8	31	92	0	145	33	16	26	23	1.95
25796664--25796707	22	2.0	23	86	4	63	43	0	4	52	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25801105--25801270	48	3.5	46	81	6	208	28	19	27	23	1.98
25801155--25801410	140	1.8	137	85	7	356	25	18	30	25	1.98
25801105--25801471	48	7.8	49	72	10	203	25	19	28	26	1.99
25820778--25820828	24	2.1	24	89	7	77	33	17	19	29	1.95
25821055--25821301	42	5.9	42	75	14	215	28	15	24	31	1.96
25821130--25821286	43	3.8	43	78	14	159	28	15	26	30	1.96
25828693--25828719	11	2.5	11	100	0	54	29	29	7	33	1.85
25834941--25835090	38	3.9	38	79	5	142	34	27	18	20	1.95
25848696--25848871	46	3.8	46	77	12	198	20	21	28	29	1.98
25852499--25852568	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
25852499--25852596	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
25858816--25858924	27	4.0	26	79	9	110	16	22	22	38	1.93
25867924--25867986	28	2.2	28	88	5	92	17	22	23	36	1.95
25869209--25869260	26	2.0	26	100	0	104	26	3	30	38	1.74
25872117--25872174	26	2.2	25	80	14	64	36	25	10	27	1.89
25872284--25872396	28	4.1	28	83	2	131	19	24	20	35	1.96
25872281--25872389	56	2.0	55	85	1	146	19	24	19	36	1.94
25884697--25884733	13	2.8	13	100	0	74	16	45	29	8	1.76
25900428--25901009	48	12.0	48	95	1	993	36	6	26	30	1.82
25900428--25901009	194	3.0	194	95	0	1033	36	6	26	30	1.82
25901150--25901252	37	2.8	37	95	0	179	23	21	32	23	1.98
25903983--25904075	48	1.9	48	97	0	177	30	26	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25903997--25904109	48	2.4	48	87	0	154	30	26	18	24	1.98
25921268--25921362	40	2.4	40	83	0	118	30	16	24	28	1.97
25924091--25924268	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25924092--25924247	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25924088--25924268	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25935817--25935898	40	2.0	40	95	0	146	42	3	15	37	1.65
25936123--25936215	40	2.3	40	77	3	98	30	11	25	32	1.92
25939565--25939695	5	26.4	5	76	13	128	37	3	19	39	1.68
25939566--25939701	40	3.4	40	84	8	145	36	4	19	38	1.72
25941526--25941615	20	4.5	20	68	15	69	11	27	20	41	1.86
25941533--25941708	60	2.9	60	82	0	217	11	28	19	39	1.87
25941640--25941708	20	3.5	19	75	15	68	8	30	23	37	1.85
25945850--25945890	22	1.9	21	85	5	55	36	17	9	36	1.82
25954586--25954631	16	2.7	17	80	16	51	39	28	8	23	1.84
25968165--25968189	13	1.9	13	100	0	50	16	16	20	48	1.82
25977420--25977514	25	3.8	25	83	6	113	26	24	22	27	2.00
25977420--25977527	25	4.4	25	84	5	98	28	22	22	26	1.99
25977734--25977817	31	2.7	31	90	1	134	32	19	25	23	1.97
25982025--25982131	53	2.0	53	83	3	135	19	25	19	35	1.95
25982107--25982157	26	2.0	26	96	0	93	17	25	19	37	1.94
25982238--25982532	47	6.3	47	74	9	192	25	25	15	33	1.95
25982413--25982530	45	2.6	46	86	2	148	24	26	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25982287--25982530	92	2.6	93	74	9	262	24	25	16	33	1.96
25988469--25988665	55	3.6	54	85	4	254	22	25	17	35	1.95
25988644--25988999	47	7.6	47	78	6	305	25	24	15	35	1.95
25988650--25989078	234	1.8	234	94	0	768	24	24	17	34	1.96
25988697--25989089	187	2.1	187	80	6	438	23	23	17	34	1.96
25988644--25989089	47	9.5	45	75	8	286	24	23	17	34	1.96
25991244--25991530	48	5.9	48	81	4	326	28	16	28	26	1.97
25991244--25991525	96	2.9	96	90	2	422	29	16	28	26	1.97
25996223--25996316	28	3.0	32	78	16	115	23	22	30	23	1.99
25996287--25996390	40	2.7	40	85	7	144	25	22	27	25	2.00
26004266--26004355	40	2.2	40	88	3	137	25	20	27	26	1.99
26007230--26007261	15	2.1	15	100	0	64	43	12	6	37	1.68
26008936--26008964	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
26010063--26010241	87	2.0	89	85	3	245	22	17	24	35	1.95
26010063--26010241	45	4.0	45	86	4	238	22	17	24	35	1.95
26010100--26010325	84	2.6	87	76	8	201	24	17	24	32	1.97
26010710--26010760	13	3.9	13	81	0	66	37	7	19	35	1.81
26011293--26011330	19	2.1	19	90	5	60	31	15	13	39	1.86
26017907--26017991	32	2.7	32	80	10	93	30	3	24	41	1.72
26021569--26021609	22	1.9	22	95	5	75	14	39	29	17	1.89
26023292--26023443	40	3.8	40	90	2	234	26	29	20	23	1.99
26030310--26030399	33	2.7	33	94	0	153	23	28	32	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26031113--26031197	17	5.1	17	72	15	70	15	8	10	65	1.45
26032694--26032718	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
26037313--26037359	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
26039028--26039133	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
26040151--26040218	22	3.1	21	81	8	66	5	13	2	77	1.06
26041734--26041780	20	2.3	20	81	0	58	21	12	34	31	1.91
26041990--26042049	28	2.2	28	93	3	104	18	23	41	16	1.90
26052668--26052709	21	2.0	22	90	4	68	42	9	2	45	1.49
26055232--26055310	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26055429--26055702	47	5.7	47	89	2	370	28	29	8	33	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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