genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90641248--90641305	13	4.7	12	79	12	55	17	3	8	70	1.26
90641263--90641316	24	2.3	23	84	12	65	18	0	7	74	1.05
90641448--90641675	114	2.0	113	96	0	420	28	7	3	61	1.37
90656401--90656478	41	1.9	41	84	5	104	24	17	14	43	1.86
90667225--90667343	45	2.6	45	82	0	166	44	10	20	24	1.83
90667429--90667491	27	2.3	27	91	0	99	36	14	25	23	1.93
90667446--90667516	27	2.6	27	86	4	90	43	12	21	22	1.86
90676041--90676086	21	2.2	21	92	0	74	28	19	36	15	1.92
90678336--90678382	25	1.9	24	87	12	69	61	2	2	34	1.20
90678506--90678555	25	1.9	25	84	8	64	48	2	4	46	1.32
90687389--90687436	24	2.0	24	95	0	87	54	31	6	8	1.55
90692079--90692139	18	3.4	17	76	17	61	40	11	11	36	1.77
90699675--90699830	42	3.6	44	79	10	189	24	16	26	32	1.96
90699675--90699822	43	3.4	43	82	6	176	25	16	25	32	1.96
90700893--90700943	26	2.0	26	100	0	102	41	3	15	39	1.66
90714537--90714594	29	2.0	29	93	0	98	18	25	3	51	1.62
90717754--90717786	5	6.8	5	93	6	59	18	0	0	81	0.68
90717754--90717792	19	2.1	19	95	0	69	17	2	0	79	0.84
90717755--90717785	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
90719152--90719205	28	1.9	28	88	0	81	38	12	1	46	1.53
90727930--90727973	21	2.1	21	83	8	54	59	0	9	31	1.29
90729268--90729301	14	2.4	14	90	0	50	64	17	2	14	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90729911--90729935	6	4.2	6	100	0	50	32	0	16	52	1.44
90729984--90730026	20	2.2	20	86	0	59	16	9	2	72	1.21
90734365--90734396	16	2.0	16	100	0	64	25	12	12	50	1.75
90743268--90743322	20	2.8	21	76	13	55	49	0	1	49	1.11
90748750--90748775	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
90749424--90749466	18	2.4	18	84	7	52	16	27	11	44	1.82
90749887--90750007	54	2.2	55	84	7	149	45	1	5	47	1.36
90752976--90753345	126	2.9	126	93	0	607	28	16	16	38	1.90
90753317--90753380	27	2.3	28	81	2	76	31	17	6	45	1.73
90758590--90758617	6	4.7	6	100	0	56	64	0	0	35	0.94
90760470--90760510	22	2.0	21	86	13	59	48	7	21	21	1.74
90761767--90761847	40	2.0	40	100	0	162	22	17	12	48	1.80
90781813--90781881	30	2.3	30	92	0	111	23	26	30	20	1.98
90789139--90789204	28	2.4	28	94	0	114	33	27	7	31	1.85
90789309--90789398	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
90789309--90789423	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
90790385--90790425	15	2.6	16	84	3	57	58	7	4	29	1.46
90797004--90797071	28	2.4	28	92	0	109	33	25	8	32	1.86
90797177--90797266	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
90797177--90797291	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
90810789--90810815	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
90813807--90813850	23	2.0	22	82	13	54	47	0	13	38	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90825164--90825242	31	2.5	31	89	0	122	25	24	18	31	1.98
90825448--90825532	26	3.3	26	93	6	140	28	23	18	29	1.98
90826331--90826435	27	3.9	27	78	16	110	20	21	21	35	1.96
90826549--90826795	27	9.2	27	81	4	221	29	8	21	40	1.82
90826521--90826754	54	4.4	51	77	7	191	28	8	20	42	1.81
90826548--90826781	81	2.9	81	87	1	337	29	8	20	41	1.81
90826549--90826795	54	4.6	53	78	6	255	29	8	21	40	1.82
90826789--90826984	27	7.3	27	96	0	347	41	10	21	26	1.86
90832794--90832940	42	3.5	42	77	7	154	32	16	21	29	1.95
90852693--90852735	17	2.6	16	92	7	68	65	23	0	11	1.25
90852693--90852735	8	5.1	8	91	8	68	65	23	0	11	1.25
90859993--90860165	93	1.9	93	90	0	274	20	22	14	42	1.88
90859993--90860172	46	3.9	46	87	4	245	21	22	13	42	1.88
90862338--90862385	11	4.4	11	76	10	53	64	0	0	35	0.94
90862332--90862387	22	2.7	21	81	10	71	62	0	0	37	0.95
90863928--90864009	22	3.6	23	74	14	80	39	18	24	18	1.92
90865283--90865507	46	4.9	46	90	3	319	20	23	13	41	1.88
90865283--90865507	93	2.4	92	90	1	335	20	23	13	41	1.88
90865439--90865509	21	3.2	21	66	24	56	25	22	9	42	1.84
90867689--90867752	30	2.1	30	83	11	78	56	1	0	42	1.09
90877714--90877756	22	2.0	22	100	0	86	27	23	23	25	2.00
90878722--90878762	20	2.1	19	86	4	55	36	31	4	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90880430--90880768	131	2.6	131	80	5	353	35	21	17	25	1.95
90884131--90884170	21	1.9	21	85	10	55	60	0	2	37	1.11
90886071--90886134	28	2.3	27	84	12	85	34	1	0	64	1.03
90886070--90886134	34	1.9	34	90	0	103	33	1	0	64	1.03
90886081--90886151	28	2.4	29	79	4	81	46	1	0	52	1.09
90886501--90886595	45	2.3	42	79	15	115	37	6	6	49	1.54
90889406--90889538	44	3.0	44	95	0	239	41	18	10	29	1.84
90899562--90899636	26	2.9	26	76	9	82	41	20	20	18	1.91
90900717--90900758	18	2.4	18	92	4	68	28	19	11	40	1.87
90903809--90903867	29	2.0	29	93	0	100	42	15	11	30	1.83
90919251--90919355	25	4.2	25	72	8	81	30	19	27	22	1.98
90924721--90924846	46	2.7	46	95	0	216	30	26	21	22	1.99
90927996--90928068	21	3.4	21	75	18	69	60	0	2	36	1.11
90928210--90928280	16	4.2	17	75	18	60	63	1	2	32	1.18
90928302--90928342	11	3.5	12	81	15	50	60	0	0	39	0.96
90928304--90928358	28	2.0	28	82	13	69	61	1	1	34	1.17
90928387--90928503	21	5.8	20	68	15	64	64	0	2	31	1.12
90930050--90930809	206	3.7	206	87	1	1094	29	21	18	31	1.97
90942638--90942678	21	2.0	21	85	0	55	63	2	2	31	1.20
90942648--90942692	21	2.1	21	84	8	56	60	0	2	37	1.09
90943033--90943189	11	12.9	12	65	21	53	60	1	3	34	1.23
90943132--90943235	12	8.6	12	69	22	58	65	0	1	31	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90943117--90943189	19	3.8	18	79	13	76	63	0	1	35	1.04
90943117--90943189	23	2.8	27	80	19	84	63	0	1	35	1.04
90943117--90943182	7	9.0	7	78	18	64	60	0	1	37	1.06
90944758--90944797	16	2.5	15	88	8	53	52	12	0	35	1.39
90947310--90947343	18	1.9	17	94	5	59	5	23	2	67	1.26
90952970--90953017	24	2.0	24	83	4	60	18	6	2	72	1.15
90957366--90957400	3	11.7	3	100	0	70	68	31	0	0	0.90
90966933--90966962	15	2.0	15	93	0	51	40	0	10	50	1.36
90969756--90969790	17	2.1	17	100	0	70	40	11	22	25	1.88
90970004--90970041	18	2.1	18	95	0	67	21	2	23	52	1.59
90973151--90973177	13	2.1	13	100	0	54	85	7	7	0	0.75
90981961--90982148	49	3.8	49	87	1	277	25	17	28	29	1.97
90981953--90982134	99	1.8	99	95	0	328	24	17	29	29	1.97
90983807--90983875	36	1.9	36	90	0	111	40	5	30	23	1.78
90987741--90987788	24	2.0	24	83	4	60	18	6	2	72	1.15
90994887--90994920	16	2.2	15	89	5	50	61	0	0	38	0.96
90998963--90999007	22	2.0	23	86	4	65	35	0	6	57	1.25
90999681--90999740	26	2.3	26	85	5	77	51	0	1	46	1.10
90999539--90999725	90	2.1	90	86	4	254	50	3	4	41	1.38
91001878--91001908	9	3.3	9	91	8	53	77	0	0	22	0.77
91006289--91006319	9	3.3	9	91	8	53	77	0	0	22	0.77
91009097--91009191	46	2.1	46	97	0	181	51	26	7	14	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91009108--91009181	24	3.2	24	64	14	64	50	25	8	16	1.72
91010502--91010560	30	2.0	30	86	0	82	22	13	20	44	1.86
91012864--91012921	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
91012893--91012983	35	2.6	35	85	13	125	37	14	9	38	1.79
91012900--91012971	19	3.9	19	89	10	123	37	15	9	37	1.80
91013326--91013519	45	4.3	44	88	2	262	24	28	14	31	1.95
91013334--91013504	89	1.9	89	90	0	270	26	29	14	29	1.95
91013544--91013827	78	3.6	78	91	0	444	23	25	17	32	1.97
91022229--91022263	15	2.3	15	90	0	52	28	0	0	71	0.86
91022296--91022441	7	21.0	7	68	16	63	35	3	1	59	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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