genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9764257--9764332	37	2.1	37	92	0	125	36	6	42	14	1.72
9767148--9767452	46	6.6	46	87	0	367	19	22	13	44	1.86
9767133--9767452	138	2.3	138	86	0	451	20	21	14	43	1.87
9769293--9769340	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
9775291--9775329	6	6.5	6	93	0	69	2	48	0	48	1.15
9788128--9788304	64	2.8	64	85	3	239	35	20	9	34	1.85
9789619--9789661	21	2.0	21	82	8	52	65	2	6	25	1.30
9794755--9794789	10	3.4	10	88	4	52	0	14	0	85	0.59
9795782--9795880	52	1.9	52	84	12	132	27	10	2	60	1.40
9796195--9796238	22	2.0	22	82	8	54	31	13	0	54	1.39
9796936--9797243	130	2.4	130	83	4	383	27	14	19	38	1.90
9798318--9798345	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
9803574--9803693	63	1.9	63	87	3	179	27	7	32	32	1.85
9803782--9803839	28	2.1	28	96	0	107	29	20	27	22	1.99
9811229--9811314	39	2.2	40	87	2	120	29	31	20	18	1.97
9811384--9811539	47	3.3	46	86	4	199	27	29	9	33	1.89
9815458--9815499	21	2.0	21	90	0	66	40	0	19	40	1.51
9815502--9815573	24	3.2	24	64	28	66	34	8	15	41	1.77
9815484--9815573	44	2.0	44	100	0	180	35	6	15	42	1.73
9815884--9815930	25	1.9	25	86	4	69	19	23	17	40	1.91
9816005--9816062	26	2.2	26	90	0	89	18	20	20	39	1.92
9816044--9816142	25	4.1	24	71	17	62	20	21	21	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9818245--9818274	13	2.3	13	94	0	51	66	3	0	30	1.07
9818271--9818379	35	3.1	34	76	10	94	49	0	18	32	1.48
9818334--9818385	7	7.4	7	82	8	52	46	0	23	30	1.53
9818287--9818391	35	3.0	35	77	5	97	52	0	17	30	1.45
9818335--9818391	28	2.0	28	82	0	69	47	0	24	28	1.52
9833076--9833261	54	3.4	55	80	8	166	6	48	4	39	1.51
9833126--9833202	24	3.0	24	67	20	64	2	51	2	42	1.29
9834735--9834768	15	2.3	15	89	0	50	8	8	47	35	1.66
9851518--9851630	46	2.4	46	84	7	131	29	20	29	21	1.98
9852820--9852871	22	2.4	22	90	6	70	11	42	25	21	1.86
9859762--9859822	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
9861333--9861362	13	2.3	13	94	0	51	36	26	0	36	1.57
9861451--9861724	46	6.0	46	93	0	406	22	22	13	40	1.89
9863818--9863866	3	17.3	3	80	19	61	71	0	0	28	0.86
9863825--9863866	8	5.5	8	78	21	54	73	0	0	26	0.83
9863824--9863862	11	3.5	11	100	0	78	71	0	0	28	0.86
9863825--9863866	19	2.2	19	91	8	68	73	0	0	26	0.83
9863836--9863911	19	3.7	21	79	10	77	60	6	0	32	1.22
9865788--9865908	47	2.6	48	78	13	135	26	16	29	27	1.97
9865836--9866056	47	4.7	47	73	10	157	28	18	28	24	1.98
9875432--9875484	20	2.8	20	91	5	83	58	32	0	9	1.30
9875663--9875713	22	2.3	21	78	21	52	50	3	0	45	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9877113--9877165	17	3.1	18	86	10	67	75	0	7	16	1.02
9877809--9877903	43	2.2	43	94	0	163	26	18	27	27	1.98
9877875--9877929	28	2.0	28	96	0	101	30	18	27	23	1.97
9878022--9878104	31	2.6	31	82	3	94	59	18	6	16	1.57
9878321--9878433	21	5.4	20	77	15	95	2	47	19	30	1.63
9878332--9878426	42	2.3	42	83	7	113	1	47	21	30	1.58
9882188--9882213	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
9884030--9884070	20	2.0	20	100	0	82	29	4	14	51	1.63
9884067--9884150	43	2.0	43	90	0	132	34	1	19	45	1.58
9884091--9884309	56	4.0	56	87	5	313	34	0	16	48	1.51
9884204--9884288	43	2.0	43	92	0	143	31	0	17	50	1.46
9884223--9884296	9	8.4	9	73	8	55	29	0	18	51	1.47
9884210--9884301	43	2.1	43	88	4	132	31	0	16	52	1.44
9884091--9884305	113	1.9	113	88	4	332	33	0	17	48	1.51
9884703--9884793	36	2.5	37	75	22	104	51	2	9	36	1.47
9887568--9887690	60	2.1	59	87	1	174	35	4	37	22	1.74
9887781--9888295	232	2.2	228	81	6	567	37	22	14	25	1.92
9887769--9888299	114	4.6	116	82	5	555	37	22	14	25	1.92
9888639--9888666	7	4.0	7	100	0	56	42	42	0	14	1.45
9888976--9889034	14	4.1	14	78	8	57	47	25	0	27	1.52
9889276--9889535	41	6.4	41	77	7	199	19	19	22	38	1.93
9892920--9893248	68	4.9	68	81	4	346	35	16	22	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9896043--9896251	29	7.2	29	84	3	233	21	24	15	38	1.92
9904532--9904589	26	2.3	26	90	3	91	18	18	24	37	1.94
9904554--9904626	25	2.9	24	70	8	56	16	20	26	36	1.93
9907967--9908015	16	3.2	16	66	16	50	40	12	18	28	1.86
9907959--9908041	29	2.8	30	90	3	141	32	13	25	28	1.93
9908375--9908553	94	1.9	93	83	2	234	27	17	31	22	1.97
9911175--9911232	24	2.3	27	75	19	63	25	0	37	36	1.57
9912142--9912183	20	2.3	19	88	12	61	26	0	4	69	1.08
9912661--9912691	15	2.1	15	100	0	62	19	6	29	45	1.75
9914669--9914731	18	3.5	18	77	18	60	26	3	0	69	1.03
9914671--9914730	15	3.9	14	73	26	50	28	1	0	70	0.97
9915208--9915266	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
9915237--9915286	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
9921662--9921704	3	14.3	3	85	9	61	30	4	0	65	1.13
9923008--9923081	20	3.8	20	80	1	78	33	9	14	41	1.79
9925160--9925220	20	3.3	20	62	29	53	27	6	29	36	1.82
9925162--9925229	35	1.9	35	100	0	136	23	5	29	41	1.78
9928592--9928683	42	2.2	43	84	3	116	30	14	22	32	1.93
9928603--9928757	42	3.7	40	74	6	121	30	17	23	29	1.97
9934959--9935127	84	2.0	84	100	0	338	30	11	27	30	1.92
9938850--9938980	50	2.6	50	98	0	253	32	3	19	43	1.69
9942527--9942613	24	3.7	23	87	4	111	31	29	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9942527--9942625	24	4.1	23	82	12	87	31	28	17	23	1.97
9948009--9948289	94	3.0	94	87	4	406	33	12	29	25	1.92
9948009--9948249	47	5.1	47	95	0	437	34	12	28	25	1.92
9948273--9948445	46	3.8	46	91	0	274	35	9	31	24	1.87
9956561--9956693	40	3.3	39	89	4	194	28	27	19	24	1.99
9956561--9956746	80	2.3	82	84	5	238	27	26	20	24	1.99
9963473--9963562	25	3.6	24	72	19	69	45	4	0	50	1.22
9963476--9963562	26	3.3	27	78	12	83	45	4	0	49	1.22
9963547--9963603	17	3.4	16	77	20	62	29	7	0	63	1.21
9963863--9963916	23	2.3	23	81	12	65	31	1	0	66	1.02
9963901--9963954	14	4.1	13	80	7	56	44	1	0	53	1.11
9964215--9964244	16	1.9	15	93	6	51	33	6	16	43	1.74
9965017--9965274	40	6.5	40	79	4	220	26	26	20	26	1.99
9965050--9965271	79	2.8	79	81	4	223	27	27	19	25	1.99
9966406--9966526	57	2.1	57	96	1	226	22	23	9	44	1.81
9968932--9969212	40	7.1	40	88	2	386	24	22	27	25	2.00
9971486--9971987	47	10.6	47	91	1	779	29	29	8	32	1.86
9971486--9971987	96	5.3	96	90	3	804	29	29	8	32	1.86
9971486--9971987	143	3.5	143	93	1	814	29	29	8	32	1.86
9974073--9974255	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
9974052--9974255	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
9975383--9975502	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9981859--9982062	40	5.1	40	80	8	166	25	27	22	25	1.99
9981880--9982062	79	2.3	80	83	7	221	25	27	22	24	2.00
9983193--9983312	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
9991437--9991617	6	29.3	6	72	17	122	49	14	17	18	1.79
9991460--9991617	62	2.5	62	93	0	271	48	14	17	18	1.81
9991480--9991617	37	3.7	37	81	11	92	47	14	18	19	1.82
9991460--9991617	25	6.4	25	82	8	125	48	14	17	18	1.81
9991421--9991617	31	6.4	31	73	15	140	50	14	16	18	1.78
9991460--9991589	19	6.6	19	74	19	124	49	15	17	17	1.80
9991968--9992032	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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