genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15407527--15407562	16	2.3	15	90	4	54	19	2	2	75	1.06
15407996--15408152	9	16.4	10	67	16	59	64	1	3	30	1.17
15407997--15408171	10	18.4	9	68	15	86	64	1	3	30	1.17
15408101--15408152	19	2.7	20	75	6	61	65	1	3	28	1.21
15408425--15408571	10	15.4	10	69	19	84	32	1	1	64	1.10
15408465--15408570	9	11.6	9	74	21	87	32	0	0	66	0.98
15408486--15408526	21	2.0	22	90	9	68	34	0	0	65	0.93
15408494--15408563	28	2.5	27	90	4	113	32	0	0	67	0.91
15408466--15408571	28	3.9	28	79	13	105	32	0	0	66	0.98
15409542--15409573	6	5.3	6	100	0	64	50	15	15	18	1.79
15409781--15409825	13	3.4	13	84	3	54	60	11	8	20	1.57
15409783--15409822	19	2.0	20	85	4	55	57	12	10	20	1.63
15415822--15415920	28	3.5	28	69	5	92	29	28	19	23	1.98
15415799--15415921	56	2.2	56	94	0	219	28	31	18	21	1.97
15415904--15415958	25	2.2	25	80	6	67	25	29	10	34	1.90
15416077--15416219	43	3.3	42	83	3	178	33	30	21	13	1.93
15416208--15416409	40	5.0	40	92	0	332	30	29	20	19	1.97
15428239--15428285	5	9.0	5	78	17	51	57	0	0	42	0.98
15428238--15428268	16	1.9	16	100	0	62	51	0	0	48	1.00
15428259--15428289	16	1.9	16	100	0	62	61	0	0	38	0.96
15428234--15428285	13	4.2	13	78	14	56	55	0	0	44	0.99
15433033--15433078	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15435425--15435475	20	2.5	20	83	3	57	21	21	15	41	1.90
15435506--15435645	39	3.6	39	87	0	199	12	25	24	37	1.91
15440425--15440592	43	3.9	43	82	6	198	26	15	25	32	1.95
15440433--15440591	86	1.9	85	85	4	221	25	15	26	32	1.96
15452597--15452789	43	4.5	43	82	2	210	35	24	12	27	1.92
15453070--15453115	21	2.2	20	84	3	56	50	21	0	28	1.49
15455110--15455153	22	2.0	22	100	0	88	40	9	22	27	1.84
15460403--15460451	17	3.0	17	71	17	50	55	10	2	32	1.45
15460408--15460451	15	2.7	17	75	10	56	54	11	2	31	1.48
15460472--15460518	18	2.7	18	87	6	62	59	0	2	38	1.09
15462324--15462737	89	4.6	88	82	11	457	35	18	16	29	1.93
15462656--15462789	71	1.9	73	88	3	209	29	20	17	33	1.95
15475754--15475802	17	3.0	17	77	17	59	57	10	0	32	1.32
15475759--15475802	15	2.7	17	82	10	65	56	11	0	31	1.35
15475823--15475869	18	2.7	18	87	6	62	59	0	2	38	1.09
15479475--15479737	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
15487429--15487691	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
15496186--15496239	27	2.0	27	100	0	108	18	25	14	40	1.89
15496843--15496876	17	2.0	17	88	0	50	23	20	26	29	1.99
15504498--15504527	15	2.0	15	93	0	51	33	3	13	50	1.58
15509862--15509927	22	3.0	22	86	0	96	42	18	22	16	1.89
15518050--15518093	18	2.5	17	85	7	61	13	22	47	15	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15518057--15518103	18	2.6	18	82	0	58	17	25	42	14	1.87
15518550--15518626	40	1.9	40	86	0	109	15	15	35	33	1.89
15519468--15519518	25	2.0	26	88	3	77	49	0	5	45	1.26
15519456--15519518	25	2.4	26	82	12	67	49	0	6	44	1.28
15523053--15523142	22	4.0	23	80	10	96	42	18	21	17	1.90
15523061--15523154	22	4.0	23	79	9	93	39	18	22	20	1.92
15523271--15523298	8	3.5	8	100	0	56	39	39	0	21	1.54
15524079--15524117	21	1.9	20	84	5	51	17	10	2	69	1.28
15530471--15530497	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
15530633--15530678	21	2.1	21	84	11	58	52	6	6	34	1.53
15535374--15535426	26	2.0	26	100	0	106	26	18	18	35	1.95
15548684--15548717	17	1.9	18	88	5	52	58	5	26	8	1.51
15550882--15550920	20	2.0	20	94	0	69	41	12	12	33	1.82
15557058--15557159	41	2.4	41	78	12	109	24	18	26	30	1.98
15559092--15559467	143	2.6	143	83	2	443	28	15	24	31	1.96
15561755--15561821	20	3.3	20	91	0	107	34	11	22	31	1.90
15561871--15562019	24	6.2	24	93	0	244	28	19	22	29	1.98
15569543--15569578	8	4.5	8	89	0	54	47	22	19	11	1.80
15570002--15570049	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
15570086--15570142	20	2.8	20	91	0	96	35	10	21	33	1.87
15570202--15570321	24	5.0	24	90	3	179	29	20	21	28	1.98
15580004--15580115	18	6.2	18	77	0	107	34	16	11	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15585301--15585350	25	2.0	25	92	0	82	16	44	0	40	1.47
15590956--15590989	17	1.9	17	88	5	50	79	2	8	8	1.03
15590966--15591050	21	4.0	20	71	15	64	69	3	21	5	1.25
15594742--15594769	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
15598238--15598284	18	2.6	17	90	3	67	14	44	27	12	1.82
15601841--15602043	44	4.6	44	72	9	142	29	25	16	29	1.96
15602283--15603015	45	16.6	45	67	8	198	29	23	18	27	1.98
15602240--15603017	133	5.9	133	90	0	1139	29	23	18	28	1.98
15603040--15603167	64	2.0	64	90	0	202	35	12	18	32	1.89
15603617--15603696	39	2.1	39	100	0	160	33	22	7	36	1.82
15604913--15604950	18	2.1	18	90	0	58	2	21	0	76	0.91
15604913--15604960	12	4.2	12	86	5	55	4	16	0	79	0.89
15604907--15604958	21	2.5	21	87	3	70	3	17	0	78	0.89
15615417--15615467	13	3.9	13	80	10	59	37	5	19	37	1.76
15615719--15615764	19	2.4	19	81	3	56	54	6	0	39	1.26
15618401--15618579	46	3.7	46	78	16	193	21	20	28	29	1.98
15619917--15619968	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
15619980--15620102	27	4.6	26	80	7	131	27	7	21	43	1.79
15620122--15620183	27	2.3	26	72	5	70	37	12	20	29	1.90
15620134--15620198	27	2.4	27	84	0	76	40	7	24	27	1.82
15621845--15621895	26	2.0	26	92	0	84	54	0	13	31	1.39
15621822--15621920	26	3.5	28	73	17	80	55	1	12	31	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15624429--15624704	48	5.8	47	74	10	204	29	26	19	25	1.98
15629905--15629950	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
15629912--15629961	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
15636231--15636402	93	1.8	93	92	0	290	27	27	22	22	1.99
15636225--15636399	46	3.8	46	77	13	187	28	27	21	22	1.99
15636232--15636418	46	4.0	44	72	16	121	27	27	21	22	1.99
15640374--15640419	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
15640381--15640425	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
15652992--15653084	48	1.9	48	84	0	123	30	24	18	26	1.98
15653108--15653223	48	2.4	48	78	8	119	32	22	16	28	1.95
15653143--15653246	48	2.2	48	78	3	111	33	25	15	25	1.95
15654836--15654927	47	2.0	47	100	0	184	25	38	15	21	1.92
15665636--15665670	18	1.9	18	88	11	54	51	11	11	25	1.71
15667441--15667465	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
15668743--15669120	131	2.9	131	84	3	467	26	18	19	35	1.95
15672092--15672134	21	2.0	21	100	0	86	67	0	23	9	1.19
15683892--15684004	40	2.8	40	88	4	149	23	29	23	23	1.99
15687527--15687902	131	2.9	130	84	3	459	25	17	21	36	1.94
15690205--15690243	20	2.0	20	94	0	69	28	23	5	43	1.75
15690483--15690650	63	2.7	62	83	0	192	20	28	26	25	1.99
15691286--15691340	16	3.4	16	74	16	51	70	0	25	3	1.03
15691266--15691356	41	2.2	41	80	7	105	68	2	25	4	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15691973--15692026	28	2.0	27	82	10	65	38	0	5	55	1.23
15694086--15694126	18	2.3	18	95	0	73	12	14	19	53	1.72
15694238--15694504	147	1.8	147	91	1	446	18	42	10	27	1.84
15695861--15695914	28	2.0	27	82	10	65	38	0	5	55	1.23
15697425--15697589	42	3.9	42	86	0	222	20	17	30	32	1.95
15697655--15697721	32	2.1	32	94	0	116	32	5	29	31	1.82
15707844--15707982	39	3.6	39	92	0	206	36	22	26	14	1.92
15710008--15710040	16	2.1	16	100	0	66	39	12	18	30	1.87
15710176--15710217	15	2.8	15	92	0	66	54	14	14	16	1.71
15713473--15713612	39	3.6	39	84	1	165	40	22	22	14	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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