genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28760264--28760300	13	2.8	13	87	4	56	56	2	2	37	1.28
28765450--28765503	26	2.1	26	96	0	99	38	11	12	37	1.79
28772154--28772240	27	3.2	27	88	0	120	37	16	19	26	1.92
28775015--28775049	17	2.0	18	88	5	54	48	0	11	40	1.39
28775398--28775435	18	2.2	18	86	13	53	78	0	21	0	0.74
28775832--28775860	11	2.5	12	94	5	51	55	0	17	27	1.42
28780211--28780235	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36
28780936--28780966	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
28781818--28781861	15	2.9	15	82	3	52	43	0	25	31	1.55
28784373--28784397	8	3.1	8	100	0	50	28	12	0	60	1.32
28784824--28784945	47	2.6	47	94	0	208	36	14	22	26	1.93
28784690--28784955	95	2.8	92	74	11	218	34	18	24	22	1.96
28784927--28785117	55	3.5	54	80	8	210	36	18	23	21	1.95
28784927--28785131	53	3.8	54	78	9	211	36	18	23	22	1.95
28785136--28785206	35	2.0	35	97	0	133	40	14	23	21	1.89
28790038--28790261	112	2.0	112	95	0	403	22	6	28	42	1.77
28792407--28792516	55	2.0	55	100	0	220	25	10	20	43	1.84
28795799--28795886	30	3.0	29	80	8	79	39	15	15	28	1.89
28795818--28795911	30	3.2	30	83	4	102	40	15	17	26	1.89
28796095--28796170	27	2.8	27	80	6	73	38	13	19	28	1.90
28798280--28798378	27	3.7	27	80	2	101	30	16	22	31	1.95
28799060--28799114	27	2.1	27	93	3	94	58	12	10	18	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28802246--28802316	34	2.1	34	97	0	133	29	22	5	42	1.76
28809574--28809824	61	4.1	61	80	0	241	35	13	23	27	1.92
28809575--28809821	122	2.0	122	80	1	280	35	13	23	27	1.92
28813530--28813567	19	1.9	20	84	10	51	31	13	5	50	1.63
28821835--28821871	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
28823107--28823314	91	2.3	90	77	6	222	31	13	24	30	1.94
28824437--28824479	20	2.2	20	83	8	52	20	20	2	55	1.54
28831267--28831405	40	3.5	40	83	0	179	23	15	25	35	1.94
28831395--28831448	28	1.9	28	85	7	74	25	12	27	33	1.93
28835758--28835908	40	3.8	40	83	6	137	27	27	21	23	1.99
28835805--28835961	79	2.0	80	85	6	212	28	28	19	24	1.99
28835777--28835961	40	4.7	40	82	8	200	28	27	20	23	1.99
28841882--28842008	40	3.2	39	82	8	132	25	18	23	33	1.97
28841896--28842054	40	4.0	40	87	0	210	22	15	25	35	1.94
28852655--28852730	37	2.1	36	83	11	93	53	3	2	39	1.33
28858164--28858293	49	2.7	49	85	8	160	30	19	25	24	1.98
28869432--28869589	43	3.7	43	80	8	169	27	14	25	32	1.95
28871740--28871837	29	3.4	29	82	1	108	29	29	15	25	1.96
28878632--28878788	43	3.6	44	80	12	191	25	18	25	30	1.98
28883191--28883405	40	5.5	40	88	3	280	23	22	27	26	2.00
28883191--28883405	77	2.7	79	85	9	280	23	22	27	26	2.00
28891223--28891400	40	4.5	40	86	6	220	23	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28894861--28895024	40	4.1	40	86	6	217	21	23	29	25	1.99
28902437--28902483	19	2.4	20	82	13	62	31	8	12	46	1.72
28907900--28908001	42	2.4	43	81	6	118	29	22	18	29	1.97
28916415--28916451	16	2.3	16	90	0	56	40	16	13	29	1.86
28918452--28918477	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
28919866--28920053	40	4.7	40	82	3	191	36	22	15	25	1.93
28927408--28927437	14	2.1	14	100	0	60	36	26	0	36	1.57
28938853--28939023	46	3.7	45	75	14	177	30	29	18	21	1.97
28938860--28939030	93	1.8	93	89	0	270	30	28	19	21	1.97
28940549--28940708	26	6.0	27	80	8	161	28	24	10	36	1.88
28942227--28942325	30	3.4	30	83	2	112	23	25	20	31	1.98
28942779--28942825	22	2.1	22	96	0	85	44	17	8	29	1.78
28944618--28944747	27	4.9	27	88	1	181	38	19	16	25	1.92
28944618--28944747	53	2.4	54	85	1	181	38	19	16	25	1.92
28948405--28948523	27	4.4	27	86	6	170	42	16	13	27	1.86
28948405--28948523	53	2.2	54	85	7	170	42	16	13	27	1.86
28952150--28952325	27	6.6	27	86	1	219	43	17	14	25	1.86
28952150--28952325	53	3.3	53	87	3	237	43	17	14	25	1.86
28954457--28954538	27	3.0	27	90	0	110	30	26	8	34	1.86
28954489--28954618	27	4.8	27	80	1	118	27	24	13	33	1.93
28958048--28958184	39	3.5	39	79	8	145	27	18	23	29	1.98
28965727--28965883	39	4.0	40	79	6	178	28	18	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28965727--28965871	79	1.8	78	89	1	227	29	17	22	30	1.97
28980974--28981113	37	3.8	37	96	0	244	24	32	18	24	1.97
28981254--28981735	48	10.0	48	93	0	793	31	28	6	34	1.82
28988253--28988285	15	2.1	17	88	11	52	72	3	15	9	1.21
28993472--28993690	69	3.2	69	82	6	275	30	24	21	23	1.99
28993472--28993708	23	10.3	23	85	3	248	30	24	21	23	1.99
28997814--28997918	52	2.0	52	98	0	201	25	23	24	25	2.00
28998269--28998492	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
28998269--28998492	83	2.8	80	88	5	310	25	26	23	24	2.00
29002232--29002336	55	1.9	54	81	11	124	27	27	22	21	1.99
29003721--29003781	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
29004436--29004694	68	3.9	64	76	14	233	30	16	29	24	1.96
29010387--29010573	49	3.8	49	79	8	182	24	18	28	28	1.98
29012204--29012244	21	2.0	21	100	0	82	19	9	29	41	1.83
29020978--29021057	27	3.0	27	94	0	133	28	28	11	31	1.91
29020966--29021065	27	3.7	27	87	0	128	30	26	11	33	1.90
29031312--29031337	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
29035722--29035806	43	2.0	43	81	9	102	25	15	29	29	1.96
29053288--29053327	18	2.2	18	100	0	80	27	17	15	40	1.89
29054089--29054181	43	2.2	43	84	0	123	26	18	26	27	1.98
29062003--29062050	22	2.2	23	85	7	64	35	0	6	58	1.23
29065056--29065097	21	2.0	21	90	4	68	21	23	40	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29066355--29066531	48	3.6	48	87	3	221	25	32	15	25	1.96
29066401--29066664	48	5.6	47	81	10	228	24	29	18	27	1.98
29066445--29066710	46	5.7	45	77	11	202	24	28	18	28	1.98
29066497--29066711	94	2.3	90	81	10	238	25	27	18	28	1.98
29073730--29073961	49	4.7	49	79	3	266	29	24	18	26	1.98
29073743--29073959	100	2.2	100	83	2	267	29	24	18	26	1.98
29076364--29076409	16	2.9	16	83	0	56	45	26	2	26	1.65
29079901--29079984	31	2.7	31	94	1	143	29	17	27	25	1.98
29084857--29084910	26	2.1	26	82	3	65	35	18	14	31	1.91
29085123--29085206	31	2.7	31	94	1	143	33	17	25	23	1.97
29099368--29099393	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
29102932--29102977	22	2.1	22	95	0	83	26	15	23	34	1.94
29112561--29112613	27	2.0	26	85	3	70	16	26	24	32	1.97
29119961--29120012	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
29125852--29126004	40	3.8	39	83	8	200	27	27	22	22	1.99
29125851--29126004	80	1.9	80	93	0	263	27	27	22	23	1.99
29133585--29133718	40	3.4	38	85	9	171	25	24	23	26	2.00
29133611--29133724	40	2.8	40	93	6	196	23	25	23	27	2.00
29143247--29143319	21	3.4	21	76	3	65	38	2	32	26	1.71
29150519--29150572	22	2.5	22	87	0	72	44	11	14	29	1.80
29154237--29154316	29	2.8	29	84	1	90	30	16	26	27	1.97
29154237--29154337	29	3.5	28	78	8	87	30	14	26	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29161556--29161638	29	2.9	29	83	0	94	27	21	20	30	1.98
29161600--29161661	29	2.2	29	88	2	90	30	20	24	24	1.99
29162770--29162814	21	2.1	21	84	8	56	62	4	33	0	1.15
29164398--29164466	33	2.1	33	100	0	138	27	30	5	36	1.80
29167174--29167285	43	2.7	41	79	6	109	28	16	25	29	1.96
29168656--29168738	31	2.7	30	90	7	132	30	27	13	28	1.94
29168948--29168999	25	2.1	25	89	3	79	28	19	19	32	1.96
29168955--29169024	25	2.8	25	86	0	95	27	22	22	27	1.99
29169946--29170031	27	3.1	27	77	11	93	36	9	15	39	1.79
29170033--29170130	27	3.6	27	79	4	126	27	8	24	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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