genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74342075--74342617	47	11.6	47	90	5	718	27	29	9	33	1.88
74342199--74342617	96	4.4	96	93	2	620	28	29	9	33	1.88
74344076--74344195	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
74352422--74352465	20	2.2	20	84	12	54	40	2	4	52	1.34
74358199--74358237	16	2.5	16	87	4	53	71	2	2	23	1.10
74360743--74360774	15	2.0	17	88	11	50	68	18	6	6	1.32
74365556--74365603	25	1.9	25	95	0	87	25	16	4	54	1.60
74365630--74365700	35	2.0	35	100	0	142	28	16	2	52	1.58
74366369--74366402	13	2.6	13	95	0	59	11	11	41	35	1.78
74372491--74372536	2	23.0	2	90	0	74	0	45	0	54	0.99
74378818--74378884	7	9.6	7	78	18	68	32	14	1	50	1.52
74378920--74378953	15	2.3	15	89	0	50	20	8	2	67	1.31
74388372--74388410	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
74391500--74391645	40	3.7	40	80	7	163	23	21	28	26	1.99
74391500--74391678	80	2.2	80	79	6	177	25	21	27	25	1.99
74394172--74394456	27	10.6	27	79	7	253	40	21	8	30	1.82
74394172--74394644	54	8.8	54	74	6	309	38	20	8	31	1.84
74394172--74394456	81	3.5	81	81	6	339	40	21	8	30	1.82
74394466--74394556	27	3.4	27	85	0	128	34	19	6	39	1.78
74394512--74394620	27	4.0	27	80	2	94	36	22	8	32	1.84
74394164--74394629	81	5.8	81	73	6	331	37	21	8	32	1.84
74394377--74394620	135	1.8	135	79	3	285	37	20	8	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74394549--74394644	27	3.6	27	86	0	111	39	19	11	29	1.87
74394645--74394766	27	4.6	27	89	1	174	34	18	22	24	1.96
74395193--74395257	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
74395416--74395517	27	3.8	27	83	5	125	17	22	22	37	1.94
74395677--74395798	6	19.8	6	72	20	83	20	18	14	46	1.83
74395678--74395814	31	4.5	31	80	6	154	20	16	14	48	1.81
74403080--74403124	23	2.0	23	86	0	63	24	24	24	26	2.00
74405934--74405980	17	2.5	19	76	13	53	29	4	6	59	1.41
74421714--74421927	40	5.4	40	91	2	317	26	26	22	24	2.00
74439039--74439253	40	5.4	40	92	2	328	26	26	22	24	2.00
74442550--74442622	34	2.2	34	90	7	114	30	23	19	27	1.98
74451750--74451822	34	2.2	33	78	7	76	27	17	24	30	1.97
74454748--74454971	47	4.8	45	76	11	193	21	32	19	27	1.97
74454747--74455017	94	2.9	90	75	10	260	22	30	19	28	1.98
74459028--74459187	80	2.0	80	97	0	302	30	22	12	35	1.91
74465617--74465677	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
74471698--74471751	3	18.7	3	77	7	58	61	1	5	31	1.30
74471881--74472007	3	43.0	3	78	7	118	61	1	5	31	1.28
74474970--74475194	40	5.7	40	84	5	269	25	27	22	24	2.00
74474970--74475194	79	2.8	79	85	5	301	25	27	22	24	2.00
74474970--74475194	119	1.9	120	84	6	305	25	27	22	24	2.00
74480483--74480525	23	1.9	22	85	4	59	18	20	13	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74481653--74481697	23	2.0	23	82	8	56	64	8	13	13	1.49
74484137--74484170	16	2.2	15	89	5	50	35	26	0	38	1.57
74503879--74503942	26	2.4	27	92	2	103	37	26	9	26	1.87
74504057--74504169	27	4.2	28	85	5	153	21	24	20	33	1.97
74504056--74504165	55	2.0	54	87	5	159	21	24	19	34	1.96
74507544--74507600	22	2.6	23	72	8	55	31	33	10	24	1.89
74508424--74508484	30	2.0	31	96	3	115	29	9	22	37	1.87
74511276--74511309	17	1.9	18	94	5	61	20	41	0	38	1.53
74512799--74512843	22	2.0	22	100	0	90	40	6	8	44	1.62
74513155--74513244	23	3.8	24	78	10	96	16	20	22	41	1.90
74513145--74513244	24	4.3	23	78	8	103	18	21	21	40	1.92
74513145--74513255	23	4.7	23	77	5	71	20	19	20	38	1.93
74514957--74514996	20	2.0	21	85	14	57	32	5	15	47	1.66
74516966--74517059	42	2.2	43	82	1	118	32	19	22	25	1.97
74517695--74517723	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
74517458--74517950	241	2.1	241	98	0	963	47	11	13	27	1.78
74518360--74518404	17	2.6	18	73	20	51	33	26	8	31	1.87
74518477--74518520	20	2.3	18	88	11	61	34	4	0	61	1.16
74518477--74518520	18	2.3	19	84	11	54	34	4	0	61	1.16
74522565--74522897	47	7.1	47	94	0	567	28	30	9	31	1.88
74526308--74526490	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
74526796--74526874	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74526856--74526958	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
74528970--74529395	47	9.1	47	96	0	764	28	30	9	31	1.88
74532225--74532319	35	2.8	34	80	13	97	47	20	6	26	1.73
74541093--74541123	13	2.4	13	94	0	53	29	3	6	61	1.37
74543381--74543418	18	2.1	18	90	0	58	39	5	13	42	1.66
74549875--74550092	40	5.5	40	95	1	368	25	27	22	23	2.00
74554187--74554221	18	1.9	18	88	0	52	45	5	14	34	1.68
74560183--74560209	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
74560656--74560781	28	4.5	28	92	2	191	26	12	27	32	1.93
74560656--74560781	55	2.2	57	90	2	193	26	12	27	32	1.93
74560684--74560794	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
74573960--74574013	22	2.5	22	87	0	81	48	16	1	33	1.57
74586886--74586964	41	1.9	41	84	0	104	50	13	11	24	1.74
74588042--74588080	20	1.9	20	84	5	51	53	0	12	33	1.39
74590366--74590410	12	3.8	12	96	0	81	64	0	11	24	1.26
74590569--74590603	18	2.0	18	94	5	63	60	5	11	22	1.52
74591354--74591416	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
74591383--74591412	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
74594990--74595028	20	2.0	20	94	0	69	43	15	12	28	1.83
74596798--74596862	31	2.1	31	100	0	130	38	9	3	49	1.51
74601055--74601098	19	2.2	20	80	11	56	25	4	2	68	1.20
74601270--74601365	4	24.5	4	81	4	70	37	0	61	1	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74601268--74601364	12	8.1	12	75	8	81	36	0	62	1	1.02
74601270--74601362	16	6.3	16	77	18	87	36	0	62	1	1.03
74603516--74603544	9	3.2	9	100	0	58	44	0	10	44	1.38
74605849--74605892	22	1.9	22	82	17	54	31	0	54	13	1.39
74605891--74605974	41	2.0	41	100	0	168	45	0	19	35	1.50
74612231--74612328	37	2.6	37	83	8	108	56	1	1	41	1.13
74612340--74612399	29	2.1	29	84	6	77	43	6	0	50	1.28
74613983--74614015	17	1.9	17	88	11	50	48	6	0	45	1.27
74618337--74618388	22	2.5	22	78	6	54	67	0	32	0	0.91
74618353--74618395	22	1.9	22	85	4	59	60	0	39	0	0.97
74619798--74619831	13	2.5	14	90	9	61	64	5	11	17	1.45
74619676--74619920	88	2.8	88	88	3	334	39	17	17	26	1.91
74619903--74619934	14	2.3	14	94	0	55	59	6	15	18	1.57
74619989--74620019	14	2.2	14	100	0	62	51	6	22	19	1.69
74619914--74620446	89	6.1	87	76	11	489	37	18	17	26	1.93
74620210--74620427	87	2.4	92	79	11	254	33	17	16	32	1.93
74619677--74620425	348	2.1	354	81	8	853	37	18	17	26	1.93
74620352--74620507	75	2.1	74	85	1	213	34	18	16	30	1.93
74632608--74632644	16	2.3	16	100	0	74	40	5	13	40	1.67
74632608--74632655	16	3.0	16	90	0	60	43	6	10	39	1.64
74635283--74635329	22	2.3	20	85	10	60	72	4	14	8	1.24
74638954--74639014	29	2.1	29	96	0	113	16	9	29	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74645655--74645761	40	2.7	38	87	8	151	30	25	23	20	1.98
74646797--74646830	17	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
74647552--74647591	10	4.0	10	84	12	55	67	2	10	20	1.31
74648257--74648440	96	1.9	97	89	1	289	32	27	14	25	1.95
74649191--74649274	5	16.8	5	81	14	102	77	0	1	21	0.84
74657755--74657787	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
74658084--74658341	46	5.6	46	88	1	349	19	24	14	41	1.89
74660950--74660992	19	2.3	19	91	0	77	37	20	9	32	1.85
74663197--74663233	19	1.9	19	100	0	74	56	10	10	21	1.64
74668313--74668346	10	3.3	10	88	8	50	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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