genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.154.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50521138--50521310	54	3.2	52	78	10	179	39	7	20	31	1.81
50521139--50521310	81	2.1	80	83	3	211	40	7	20	31	1.80
50521139--50521341	80	2.5	81	80	4	223	38	7	20	33	1.81
50523384--50523466	31	2.7	31	85	10	118	28	21	15	33	1.94
50523686--50523755	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
50524566--50524629	27	2.4	27	81	5	76	23	25	15	35	1.94
50524683--50524738	27	2.1	26	86	3	76	41	12	10	35	1.78
50524746--50524931	54	3.4	54	76	8	171	29	6	22	41	1.79
50524745--50524904	27	5.9	27	81	5	144	28	6	21	43	1.77
50524746--50524967	27	8.2	27	81	7	139	30	6	23	39	1.81
50524864--50525048	54	3.4	54	79	4	162	38	7	22	31	1.81
50524864--50525039	81	2.2	81	81	0	199	39	6	21	32	1.79
50524892--50525048	27	5.8	27	87	0	197	40	7	22	29	1.82
50524910--50525068	81	2.0	81	83	0	201	40	8	20	31	1.81
50525272--50525336	28	2.3	28	89	0	94	12	40	26	21	1.88
50528916--50529075	42	3.8	42	81	11	157	23	17	26	32	1.97
50536627--50536655	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
50537993--50538036	22	2.0	22	100	0	88	45	9	18	27	1.79
50543391--50543548	42	3.7	43	78	12	182	25	20	24	29	1.99
50548127--50548290	42	3.8	43	73	13	151	25	17	27	29	1.97
50550169--50550286	43	2.8	41	75	14	116	27	20	23	27	1.99
50553388--50553425	19	2.0	20	84	5	51	5	23	0	71	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50554870--50554913	20	2.2	20	80	15	56	27	13	27	31	1.94
50561627--50561665	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
50562129--50562218	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
50562324--50562388	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
50570026--50570105	27	2.9	27	86	5	106	32	21	23	22	1.98
50570026--50570115	27	3.2	27	81	7	92	33	23	22	21	1.97
50570221--50570285	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
50576026--50576183	43	3.7	42	74	11	133	24	18	25	31	1.97
50579984--50580219	29	8.1	29	82	2	242	38	13	26	21	1.91
50579993--50580205	86	2.5	87	85	3	286	40	12	27	20	1.88
50579994--50580205	115	1.8	115	87	4	320	40	12	27	20	1.88
50581712--50581795	22	4.1	22	69	27	76	29	7	21	41	1.79
50583117--50583288	48	3.7	48	83	4	203	24	19	29	26	1.99
50583116--50583368	48	5.7	43	73	16	146	25	19	29	26	1.98
50586782--50586809	12	2.3	12	100	0	56	39	10	7	42	1.67
50588062--50588223	45	3.7	44	85	4	141	35	25	14	24	1.94
50589303--50589331	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
50592862--50592904	22	2.0	22	100	0	86	23	9	13	53	1.69
50593096--50593222	48	2.6	48	91	0	191	25	18	29	25	1.98
50602646--50602753	29	3.8	29	79	6	112	28	26	15	28	1.96
50602643--50602753	58	1.9	57	85	1	150	28	27	15	27	1.96
50607276--50607390	29	4.0	29	84	2	117	27	26	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50607600--50607647	16	2.9	16	87	3	60	8	20	20	50	1.74
50608847--50609021	46	3.8	47	74	15	166	32	29	18	20	1.96
50615602--50615774	94	1.8	94	87	0	256	31	28	17	21	1.97
50615603--50615770	46	3.6	46	71	15	146	31	28	17	22	1.97
50621263--50621292	15	2.0	15	93	0	51	43	13	23	20	1.86
50625682--50625723	22	1.9	22	100	0	84	14	52	9	23	1.71
50626879--50626957	32	2.6	29	80	8	86	43	10	3	43	1.56
50638358--50638383	8	3.2	8	100	0	52	0	38	0	61	0.96
50641857--50641908	26	2.0	27	84	3	70	73	0	7	19	1.07
50642632--50642673	18	2.5	18	85	11	54	19	2	2	76	1.01
50642632--50642668	15	2.4	16	86	8	51	21	2	0	75	0.92
50643304--50643365	32	1.9	32	87	6	90	24	25	35	14	1.93
50644125--50644162	19	2.0	19	89	0	58	7	2	28	60	1.38
50644681--50644720	20	2.0	20	85	9	55	37	10	12	40	1.77
50652606--50652639	18	1.9	17	88	5	50	17	2	2	76	1.04
50654608--50654789	48	3.8	48	81	6	154	25	18	31	24	1.98
50654646--50654777	48	2.8	48	90	0	210	24	18	31	25	1.98
50654651--50654804	48	3.2	47	81	5	175	25	18	29	25	1.98
50655962--50656064	51	2.0	51	100	0	206	29	7	27	35	1.85
50657540--50657583	22	2.0	21	91	4	70	36	4	18	40	1.71
50659838--50660059	45	5.0	45	87	2	288	27	26	21	25	2.00
50659838--50660059	91	2.5	90	83	5	283	27	26	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50660119--50660207	43	2.1	43	93	0	151	24	21	4	49	1.68
50660880--50661071	47	4.1	47	92	0	312	44	13	10	31	1.78
50667784--50667942	45	3.6	45	88	3	216	27	25	22	24	2.00
50670792--50670820	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
50671250--50671475	48	4.7	48	88	1	274	24	16	32	26	1.96
50671253--50671501	96	2.6	95	79	6	277	24	17	31	26	1.97
50671250--50671501	48	5.2	46	82	6	211	24	17	32	26	1.97
50671639--50671936	149	2.0	149	99	0	587	34	9	24	30	1.88
50675110--50675170	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
50685881--50685925	24	1.9	23	90	4	72	6	8	8	75	1.19
50688897--50688950	26	2.1	25	83	10	65	72	3	22	1	1.10
50688896--50688955	16	3.8	16	78	12	54	71	3	23	1	1.10
50696559--50696700	27	5.3	27	82	11	184	18	24	22	34	1.96
50696560--50696700	54	2.6	54	93	2	239	18	24	22	34	1.96
50698099--50698140	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
50700842--50701154	38	7.6	38	72	18	241	29	14	24	31	1.94
50700842--50701155	85	3.7	85	95	0	558	29	14	24	31	1.94
50700842--50701155	169	1.9	170	94	0	558	29	14	24	31	1.94
50706702--50706759	30	1.9	30	86	6	82	25	37	25	10	1.88
50710181--50710222	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
50712917--50713246	38	8.0	38	72	17	257	29	14	24	31	1.95
50712917--50713239	85	3.8	85	93	0	567	29	14	24	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50712917--50713239	169	1.9	170	94	0	567	29	14	24	31	1.95
50718800--50718857	30	1.9	30	86	6	82	25	37	25	10	1.88
50725324--50725448	64	1.9	64	83	4	160	28	15	31	24	1.95
50733625--50733772	43	3.5	41	76	9	120	27	20	25	27	1.99
50741697--50741783	40	2.2	40	79	4	95	37	26	13	21	1.91
50744959--50745003	16	2.8	17	80	12	60	17	4	0	77	0.92
50745395--50745445	25	2.0	25	100	0	102	31	7	23	37	1.83
50756003--50756033	16	1.9	16	93	0	53	48	22	19	9	1.78
50756247--50756304	29	2.0	29	90	3	91	27	12	29	31	1.92
50763079--50763173	42	2.3	42	100	0	190	21	31	29	17	1.96
50775011--50775049	21	1.9	21	89	5	62	20	23	41	15	1.90
50806550--50806596	24	2.0	24	84	12	62	68	0	2	29	1.02
50809327--50809496	46	3.7	46	78	10	211	29	29	20	21	1.98
50809335--50809505	93	1.8	93	93	0	297	28	29	20	21	1.98
50810905--50810959	21	2.6	21	80	13	67	25	25	34	14	1.94
50819047--50819170	48	2.6	48	81	0	140	20	17	25	35	1.95
50820475--50820554	34	2.4	34	89	0	115	48	12	18	20	1.80
50823828--50823875	18	2.7	18	96	0	87	27	4	16	52	1.62
50828570--50828715	34	4.3	34	79	3	141	47	13	21	18	1.82
50828570--50828715	68	2.1	68	81	2	159	47	13	21	18	1.82
50828570--50828699	34	3.8	34	82	2	145	44	13	23	19	1.85
50843861--50843891	15	2.1	15	93	0	53	32	6	9	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50854450--50854496	24	1.9	25	86	4	69	34	23	23	19	1.97
50854489--50854587	46	2.2	45	81	1	108	32	19	21	27	1.97
50863151--50863228	38	2.0	40	85	7	106	55	0	6	38	1.26
50863187--50863218	14	2.3	14	94	0	55	50	0	9	40	1.35
50863248--50863280	14	2.2	16	89	10	52	54	3	9	33	1.47
50863360--50863401	22	1.9	22	85	9	59	71	0	2	26	0.98
50864562--50864651	27	3.2	27	79	7	101	33	21	24	21	1.97
50864756--50864820	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
50867957--50868051	43	2.2	45	82	3	113	31	24	12	31	1.92
50867852--50868276	176	2.4	177	82	3	489	28	22	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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