genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94726042--94726083	5	8.4	5	94	0	75	38	0	21	40	1.53
94726492--94726641	45	3.3	45	84	0	192	20	18	19	42	1.90
94726827--94727078	18	13.6	18	70	16	140	35	11	15	36	1.85
94726815--94726910	35	2.7	36	73	11	99	37	10	14	37	1.81
94726875--94726999	54	2.3	54	83	8	157	36	12	15	36	1.85
94733075--94733114	19	2.1	19	85	4	53	27	0	15	57	1.38
94733801--94733891	39	2.3	39	84	5	110	38	3	4	53	1.37
94736249--94736457	110	1.9	111	84	3	278	35	12	12	39	1.81
94739748--94739772	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
94741054--94741143	39	2.2	41	92	3	148	54	6	1	37	1.34
94742256--94742516	41	6.4	41	86	1	310	35	25	21	18	1.95
94742254--94742516	123	2.1	122	85	2	348	34	25	21	18	1.96
94742497--94742563	35	1.9	35	100	0	134	41	26	11	19	1.86
94743208--94743249	14	2.9	15	82	7	50	26	0	30	42	1.55
94742694--94743349	287	2.3	285	82	7	765	31	2	20	45	1.65
94743519--94743581	19	3.3	19	95	2	108	66	6	4	22	1.33
94743600--94743630	15	2.1	15	93	0	53	32	0	25	41	1.56
94743606--94743639	15	2.3	15	89	0	50	23	0	32	44	1.54
94744630--94744805	63	2.8	62	77	9	187	19	7	11	60	1.55
94747961--94748062	23	4.4	23	89	0	168	36	3	20	39	1.71
94748534--94748722	43	4.4	43	85	4	265	19	17	30	32	1.95
94748534--94748724	85	2.2	86	92	2	314	19	17	30	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94756067--94756104	6	6.2	6	90	3	58	63	0	21	15	1.31
94765845--94765920	25	3.0	25	76	12	75	38	22	18	21	1.94
94765942--94766121	74	2.4	75	79	4	175	37	21	23	17	1.94
94765991--94766053	24	2.6	25	74	2	65	34	22	30	12	1.91
94766012--94766121	26	4.3	26	73	13	70	36	20	25	18	1.94
94774410--94774468	22	2.8	21	71	19	52	30	15	16	37	1.90
94779348--94779388	21	1.9	22	85	5	57	29	43	0	26	1.55
94795459--94795794	67	5.1	67	79	7	373	33	16	25	24	1.96
94795838--94795896	27	2.2	27	84	0	73	37	15	28	18	1.91
94798861--94798920	30	2.0	30	87	6	86	48	0	33	18	1.48
94803693--94803759	30	2.2	31	89	2	100	46	1	2	49	1.26
94804660--94804684	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
94805600--94805674	38	2.0	38	92	5	127	49	0	6	44	1.28
94807267--94807391	63	2.0	63	87	0	178	26	24	28	20	1.99
94809920--94809991	21	3.4	21	72	0	72	40	11	27	20	1.87
94809885--94810035	42	3.6	42	86	0	185	44	15	23	17	1.86
94809934--94810000	21	3.2	21	73	0	71	43	14	23	17	1.87
94809941--94810012	21	3.4	21	72	0	63	44	13	23	18	1.85
94809938--94810057	42	2.9	41	83	5	141	45	15	21	17	1.86
94812633--94812671	19	2.1	19	85	9	53	46	23	0	30	1.53
94817693--94817717	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
94818155--94818303	21	7.1	21	70	3	111	45	18	20	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94818155--94818303	42	3.5	42	82	3	183	45	18	20	15	1.85
94829064--94829138	26	2.9	26	77	15	66	17	6	5	70	1.28
94830052--94830109	26	2.2	26	87	3	80	25	10	15	48	1.77
94830063--94830114	26	2.0	26	100	0	104	26	15	11	46	1.80
94832188--94832230	20	2.2	20	86	0	59	37	2	9	51	1.47
94832695--94832738	18	2.4	19	81	14	56	56	0	2	40	1.11
94834298--94834533	130	1.8	130	91	0	393	37	17	17	27	1.92
94834298--94834612	130	2.4	129	83	3	384	38	15	17	28	1.91
94835168--94835220	21	2.3	23	75	21	56	64	0	1	33	1.05
94835362--94835392	16	1.9	16	93	0	53	70	6	3	19	1.22
94835569--94835615	3	15.3	3	91	4	76	63	0	4	31	1.13
94835832--94835890	30	1.9	31	86	10	86	71	5	3	20	1.20
94836738--94836770	16	2.1	16	100	0	66	33	36	6	24	1.80
94837432--94837519	44	2.0	44	97	0	167	44	22	10	22	1.83
94840839--94840864	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
94840777--94840921	72	2.0	72	87	0	209	55	6	8	28	1.56
94845736--94846207	157	3.0	157	98	0	890	27	22	13	36	1.92
94848259--94848355	30	3.2	31	75	5	101	28	27	14	28	1.95
94863179--94863208	9	3.2	9	90	9	51	76	3	0	20	0.92
94865254--94865392	55	2.5	55	73	0	143	12	25	30	30	1.93
94868054--94868086	8	4.1	8	96	0	57	51	24	9	15	1.72
94883469--94883518	22	2.3	22	86	6	66	64	10	6	20	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94887006--94887060	27	2.0	29	85	7	78	41	5	0	52	1.24
94887883--94887949	30	2.2	30	83	0	89	22	29	23	23	1.99
94888943--94889123	48	3.9	48	70	17	155	28	24	19	27	1.99
94894759--94894785	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
94898255--94898362	42	2.5	43	75	15	105	30	20	16	32	1.95
94902788--94902927	39	3.6	39	90	0	208	37	21	25	15	1.92
94905369--94905486	36	3.2	37	83	5	143	39	29	13	16	1.87
94908173--94908239	6	11.0	6	83	3	80	20	13	17	47	1.81
94910536--94910599	27	2.3	28	94	2	112	28	15	10	45	1.80
94916039--94916149	34	3.3	34	85	0	150	36	6	21	35	1.79
94916220--94916355	59	2.3	61	82	5	170	35	13	22	28	1.92
94923207--94923317	34	3.3	34	83	5	143	36	6	20	36	1.78
94925437--94925488	22	2.4	22	78	12	61	15	9	3	71	1.27
94926133--94926259	63	2.0	63	89	0	191	20	17	30	31	1.95
94928062--94928114	27	2.0	27	84	0	70	35	20	15	28	1.93
94930315--94930344	15	2.0	15	93	0	51	36	23	0	40	1.55
94930594--94930635	22	1.9	22	85	0	57	59	11	9	19	1.59
94930674--94930737	32	2.0	32	93	0	110	53	10	7	28	1.64
94932103--94932141	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
94932692--94932908	101	2.1	101	88	3	321	31	16	23	28	1.96
94932829--94932906	34	2.4	32	81	10	86	32	16	23	28	1.96
94935663--94935695	17	1.9	17	88	11	50	33	0	6	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94936125--94936157	13	2.8	12	90	9	50	57	3	0	39	1.14
94940416--94940456	20	2.0	20	100	0	82	58	0	4	36	1.20
94940424--94940468	20	2.2	20	84	4	54	64	2	8	24	1.34
94942277--94942327	3	17.0	3	95	0	93	31	0	1	66	1.03
94951145--94951200	28	2.0	28	100	0	112	39	28	7	25	1.82
94954479--94954576	51	1.9	51	85	0	133	29	23	20	26	1.99
94954548--94954660	43	2.7	43	85	1	165	32	30	16	20	1.95
94962267--94962337	35	2.0	35	100	0	142	25	16	14	43	1.86
94969594--94969618	11	2.3	11	100	0	50	44	0	8	48	1.32
94970520--94970604	44	1.9	44	82	0	107	43	17	22	16	1.88
94977282--94977350	23	3.0	23	85	4	77	33	24	27	14	1.94
94979433--94979481	20	2.5	20	86	6	64	57	4	0	38	1.18
94979433--94979492	21	2.8	21	80	10	68	56	6	0	36	1.26
94983635--94983708	27	2.7	27	89	6	105	35	21	21	21	1.96
94984085--94984171	33	2.7	33	89	1	131	27	21	20	29	1.98
95010959--95010992	17	2.0	17	100	0	68	64	5	0	29	1.17
95015988--95016013	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
95021990--95022034	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
95024438--95024473	18	2.0	18	94	0	63	41	0	5	52	1.24
95026370--95026496	9	14.1	9	79	3	130	14	6	39	40	1.71
95028295--95028423	7	17.4	7	68	20	59	61	0	7	30	1.30
95028350--95028417	10	6.7	10	76	20	70	61	0	4	33	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95028350--95028438	20	4.5	20	72	20	80	62	1	3	32	1.19
95028353--95028437	29	3.0	29	80	14	88	63	1	3	31	1.19
95028350--95028438	40	2.2	42	83	13	109	62	1	3	32	1.19
95028385--95028435	18	2.6	19	84	9	59	66	1	1	29	1.13
95028350--95028435	14	6.3	13	72	24	54	63	1	3	31	1.18
95030186--95030219	15	2.2	16	94	5	61	61	17	8	11	1.54
95030309--95030347	19	2.1	19	100	0	78	69	15	5	10	1.34
95030563--95030591	12	2.4	12	100	0	58	37	13	0	48	1.43
95035890--95035923	15	2.2	16	94	5	61	61	17	8	11	1.54
95038037--95038232	50	3.9	49	78	5	205	28	25	19	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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