genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87689235--87689345	38	2.8	40	75	8	111	23	20	26	29	1.99
87691192--87691231	21	1.9	21	84	0	53	42	5	20	32	1.73
87693089--87693261	48	3.6	48	88	0	249	29	32	16	21	1.95
87693244--87693318	35	2.1	35	92	0	132	26	29	17	26	1.97
87699671--87699715	23	2.0	22	83	12	56	8	26	44	20	1.80
87703411--87703453	14	3.0	15	80	10	54	72	2	0	25	0.97
87703613--87703645	17	1.9	17	88	11	50	24	30	0	45	1.53
87710302--87710335	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
87710335--87710362	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
87721077--87721109	14	2.3	15	89	5	50	18	0	78	3	0.87
87723869--87723931	30	2.1	28	83	13	74	50	0	1	47	1.10
87725196--87725221	11	2.4	11	100	0	52	26	38	0	34	1.57
87726905--87727087	47	3.9	46	80	5	188	24	22	19	33	1.97
87726910--87727087	93	1.9	94	81	5	218	24	23	19	33	1.97
87729876--87729951	24	3.2	24	63	29	63	30	13	31	25	1.93
87729857--87730141	47	6.1	47	94	0	480	32	10	29	27	1.90
87729864--87730187	141	2.3	141	88	2	481	32	11	29	26	1.91
87732445--87732508	31	2.1	31	96	0	119	31	26	15	26	1.96
87734221--87734380	79	2.0	79	97	0	302	35	5	16	41	1.72
87741136--87741169	15	2.2	16	89	5	52	35	5	26	32	1.81
87742227--87742288	30	2.1	30	81	0	70	46	0	33	19	1.50
87743116--87743166	21	2.4	21	96	0	93	23	5	19	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87743909--87743958	21	2.3	22	86	3	66	20	40	20	20	1.92
87745995--87746044	14	3.6	14	80	0	55	36	12	16	36	1.85
87745942--87746096	28	5.5	28	75	3	114	32	19	16	32	1.94
87753105--87753187	41	2.0	41	92	0	139	56	7	16	19	1.63
87753277--87753333	26	2.1	27	93	6	98	80	1	0	17	0.79
87753284--87753335	5	10.2	5	88	12	79	80	0	0	19	0.71
87753275--87753336	21	2.9	22	88	11	94	77	1	0	20	0.85
87758806--87758830	12	2.1	12	100	0	50	16	16	24	44	1.86
87761523--87761552	15	1.9	16	93	6	53	0	3	66	30	1.07
87762751--87762789	19	2.1	19	100	0	78	46	10	10	33	1.72
87766174--87766199	12	2.2	12	100	0	52	34	7	0	57	1.27
87767812--87767880	3	23.7	3	74	11	54	71	2	2	23	1.14
87767812--87767881	11	5.8	11	73	18	59	71	2	2	22	1.13
87767818--87767882	27	2.4	27	78	16	73	70	3	3	23	1.15
87769428--87769536	44	2.5	44	84	3	139	26	22	20	30	1.98
87769648--87769734	44	2.0	44	88	0	129	33	19	16	31	1.94
87769900--87770002	44	2.3	44	81	5	118	33	11	16	38	1.85
87788941--87789385	239	1.9	240	97	1	849	37	17	17	27	1.92
87793047--87793075	6	4.8	6	100	0	58	34	0	17	48	1.47
87794888--87794946	31	1.9	30	82	3	73	42	6	20	30	1.78
87806690--87806729	20	2.0	20	85	9	55	25	0	15	60	1.35
87812340--87812427	44	2.0	46	84	8	119	35	4	21	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87812501--87812550	26	2.0	26	88	4	75	42	0	4	54	1.19
87812614--87812680	12	5.9	11	72	19	50	49	2	0	47	1.16
87812614--87812701	36	2.4	36	83	12	101	48	3	1	46	1.26
87819867--87819989	33	3.7	33	87	0	138	28	26	16	29	1.97
87821226--87821258	17	2.0	17	88	5	50	30	21	0	48	1.50
87823641--87823774	43	2.9	44	81	8	153	21	17	29	31	1.96
87832831--87832877	19	2.5	19	80	12	62	72	6	0	21	1.07
87843570--87843614	21	2.3	19	85	11	63	77	2	0	20	0.87
87853573--87853710	72	2.0	72	87	5	203	40	5	5	49	1.47
87856317--87856349	17	2.0	17	88	5	50	33	9	18	39	1.82
87860596--87860846	128	2.0	128	91	0	405	25	14	23	37	1.92
87872116--87872212	45	2.2	45	86	3	133	31	19	20	27	1.97
87871946--87872960	177	5.7	177	85	1	1359	29	19	22	29	1.98
87871946--87872931	354	2.8	354	90	0	1567	29	19	21	29	1.98
87875144--87875383	128	1.9	128	90	0	383	24	14	23	37	1.92
87879024--87879264	117	2.1	117	96	0	446	41	12	8	37	1.73
87883881--87883977	33	3.0	33	91	4	155	51	8	0	40	1.32
87886031--87886225	25	7.8	25	70	13	91	61	3	4	30	1.33
87886079--87886117	19	2.0	18	85	14	51	58	0	5	35	1.20
87886098--87886200	26	4.0	25	79	9	84	63	1	3	31	1.24
87887626--87887978	178	2.0	179	86	1	494	31	17	19	32	1.95
87887857--87888016	46	3.6	45	77	5	146	30	20	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87887875--87888148	44	6.2	44	73	9	182	28	22	18	30	1.98
87889090--87889214	65	1.9	65	86	0	178	48	8	20	22	1.76
87892671--87892734	28	2.2	28	83	2	74	64	1	6	28	1.27
87892868--87892906	19	2.0	18	85	14	51	58	0	5	35	1.20
87893206--87893241	5	7.0	5	96	3	63	77	0	19	2	0.88
87894207--87894245	12	3.3	12	82	17	55	7	0	12	79	0.93
87896239--87896281	21	2.0	21	100	0	86	39	9	27	23	1.85
87902152--87902195	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
87903755--87903936	90	2.0	90	97	0	346	28	33	13	25	1.93
87906067--87906428	132	2.8	132	90	0	528	36	19	17	27	1.94
87909184--87909453	133	2.0	133	86	0	369	30	24	18	27	1.98
87921009--87921529	262	2.0	263	82	4	640	35	19	18	27	1.94
87921009--87921529	132	4.0	132	86	3	597	35	19	18	27	1.94
87924481--87924535	22	2.5	22	81	0	65	25	32	21	20	1.97
87925522--87925546	12	2.1	12	100	0	50	40	12	24	24	1.88
87926503--87926532	15	2.0	15	93	0	51	10	13	0	76	1.01
87926573--87926611	19	2.1	19	85	9	53	33	5	10	51	1.58
87926634--87926674	15	2.7	15	82	14	57	24	4	0	70	1.06
87927452--87927506	21	2.6	21	97	0	101	29	18	5	47	1.71
87931821--87931852	15	2.1	15	94	0	55	37	3	6	53	1.42
87934366--87934414	26	1.9	25	84	12	64	28	10	0	61	1.29
87936948--87936991	22	2.0	22	100	0	88	45	22	0	31	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87937966--87938008	23	1.9	22	90	4	68	46	25	2	25	1.65
87938665--87938783	43	2.8	43	75	11	127	28	25	15	31	1.95
87945485--87945545	31	2.0	31	96	0	113	32	8	27	31	1.86
87949867--87949927	31	2.0	31	93	0	104	34	6	29	29	1.83
87953248--87953286	19	2.1	19	85	0	51	2	30	0	66	1.05
87954427--87954472	20	2.3	20	79	17	60	26	15	28	30	1.96
87955843--87955907	18	3.6	18	85	0	67	38	18	12	30	1.88
87956666--87956709	21	2.1	21	91	8	72	4	9	9	77	1.12
87956710--87956748	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
87957827--87957858	16	2.0	16	93	0	55	15	12	21	50	1.77
87957972--87958235	45	5.9	45	93	0	420	39	15	19	25	1.91
87961820--87961851	16	2.0	16	93	0	55	12	9	25	53	1.68
87961965--87962183	45	4.9	45	93	0	330	39	15	19	25	1.91
87968847--87969013	58	2.9	58	77	8	164	39	2	3	54	1.31
87970087--87970300	110	2.0	109	95	0	383	40	11	9	38	1.75
87970336--87970387	19	2.7	19	82	8	61	59	1	0	38	1.08
87970355--87970443	27	3.1	27	75	6	70	59	3	0	37	1.14
87970395--87970432	19	2.0	19	89	0	58	63	5	0	31	1.17
87975762--87975854	18	5.2	18	89	0	150	33	16	22	27	1.95
87975762--87975854	36	2.6	36	96	0	168	33	16	22	27	1.95
87978061--87978116	28	2.0	27	83	10	69	62	0	0	37	0.95
87978509--87978540	16	1.9	17	93	6	57	34	0	3	62	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87978762--87978809	20	2.3	20	85	3	69	47	10	16	25	1.78
87979138--87979175	19	2.0	19	89	0	58	52	10	0	36	1.36
87986751--87986802	26	2.0	25	85	14	70	30	26	3	38	1.74
87990522--87990562	21	2.0	21	100	0	82	46	9	0	43	1.36
88001251--88001314	31	2.1	29	82	5	74	39	3	9	48	1.51
88005118--88005157	21	1.9	21	85	10	55	50	7	0	42	1.30
88018242--88018352	13	9.2	13	78	16	123	38	45	0	15	1.46
88018286--88018367	35	2.3	35	87	8	130	37	48	0	13	1.42
88018759--88018976	3	71.3	3	70	19	91	28	5	3	61	1.35
88021676--88021721	19	2.4	18	79	10	56	26	23	8	41	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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