genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32948506--32948557	17	2.9	18	83	8	63	19	19	13	48	1.81
32948506--32948558	23	2.2	24	90	3	81	20	18	13	47	1.82
32949363--32949422	30	2.0	30	100	0	120	36	20	6	36	1.79
32961623--32961691	25	2.8	25	82	4	77	24	21	23	30	1.99
32964094--32964207	25	4.6	25	79	4	113	29	20	21	28	1.98
32964092--32964188	50	1.9	50	89	4	151	30	18	21	28	1.97
32964090--32964207	50	2.4	50	84	5	150	31	20	21	27	1.98
32969674--32969780	25	4.2	25	86	4	144	31	18	19	29	1.96
32970166--32970206	8	5.0	8	83	16	57	36	14	12	36	1.84
32975456--32975567	27	4.1	27	87	5	138	37	19	22	20	1.94
32975478--32975567	28	3.3	28	90	4	139	36	23	21	18	1.95
32987370--32987429	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
32988110--32988156	23	2.0	23	100	0	94	40	0	29	29	1.57
32991051--32991242	47	4.1	47	91	2	282	32	12	29	25	1.92
32991076--32991151	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
32991125--32991200	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
32991446--32991554	37	2.9	37	94	0	182	24	19	29	26	1.98
32995011--32995047	18	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
32995336--32995426	19	4.9	19	90	8	152	36	14	10	38	1.81
32995329--32995426	35	2.7	37	86	12	141	35	15	10	38	1.81
32995778--32995976	45	4.5	45	85	2	258	24	27	15	33	1.95
32995795--32995960	88	1.9	89	89	1	262	25	28	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32995783--32996064	133	2.1	130	81	9	327	24	25	16	32	1.96
32995990--32996206	78	2.8	78	89	2	337	25	23	18	32	1.97
32996387--32996652	45	5.9	45	76	8	245	25	26	16	31	1.97
32997065--32997095	13	2.4	13	94	0	53	12	19	12	54	1.70
33001150--33001197	24	2.0	24	100	0	96	41	0	12	45	1.42
33008209--33008245	18	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
33008525--33008622	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
33008532--33008622	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
33012330--33012778	27	16.6	27	83	0	556	39	19	9	31	1.84
33012330--33012778	54	8.3	54	91	1	648	39	19	9	31	1.84
33012330--33012886	27	20.7	26	76	7	317	38	20	8	31	1.84
33012878--33013089	27	7.9	27	84	2	257	38	18	19	23	1.93
33012869--33013089	81	2.7	81	85	3	293	38	18	19	23	1.93
33013338--33013388	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
33013404--33013467	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
33013607--33013694	6	14.3	6	70	17	56	21	17	13	47	1.81
33013607--33013685	31	2.5	31	85	0	104	21	17	12	48	1.80
33016767--33016853	34	2.6	34	78	7	95	28	24	24	22	1.99
33022339--33022385	5	9.4	5	100	0	94	21	0	0	78	0.75
33023701--33023779	39	2.0	39	97	0	149	31	24	17	26	1.97
33026191--33026306	27	4.3	27	83	5	144	37	21	23	18	1.94
33026191--33026305	55	2.1	55	87	4	162	37	20	23	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33026409--33026470	26	2.4	26	86	5	81	29	11	22	37	1.89
33027497--33027553	18	3.2	18	75	7	62	64	0	31	3	1.10
33029991--33030063	30	2.4	30	83	0	92	45	12	26	16	1.82
33029982--33030143	80	2.0	80	83	7	204	43	11	23	20	1.85
33030062--33030196	30	4.5	30	76	7	121	40	11	24	23	1.88
33030058--33030196	60	2.3	60	74	10	149	39	11	25	23	1.88
33032375--33032442	33	2.1	33	100	0	136	26	26	25	22	2.00
33035016--33035272	47	5.4	47	89	3	365	33	9	30	26	1.88
33035123--33035244	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
33038383--33039114	48	15.3	48	86	9	1039	34	6	27	32	1.81
33038483--33038516	14	2.5	14	95	4	61	26	0	29	44	1.55
33038435--33038564	62	2.1	62	92	1	217	33	4	26	35	1.77
33038589--33038655	33	2.0	33	97	0	125	32	5	26	34	1.81
33039255--33039357	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
33041391--33041435	3	15.3	3	86	4	56	31	6	0	62	1.21
33044856--33044936	40	2.1	39	95	2	144	19	20	29	29	1.97
33045097--33045151	25	2.2	25	87	6	76	29	10	30	29	1.91
33045135--33045233	28	3.5	28	72	5	101	20	19	30	30	1.97
33045134--33045260	56	2.3	56	98	0	245	18	18	33	29	1.95
33045163--33045260	28	3.5	28	73	5	108	17	19	35	27	1.94
33051484--33051567	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
33056534--33056571	20	1.9	20	88	0	58	42	2	18	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33059120--33059296	27	6.5	26	81	6	167	25	16	28	28	1.97
33059116--33059275	82	2.0	81	87	3	232	25	16	29	28	1.97
33059120--33059296	82	2.2	81	83	3	212	25	16	28	28	1.97
33067286--33067463	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
33067287--33067442	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
33067283--33067463	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
33074420--33074591	47	3.7	46	75	13	133	27	18	29	25	1.98
33078715--33078936	46	4.8	46	74	8	173	28	20	28	22	1.99
33084655--33084781	38	3.3	38	83	6	159	18	17	25	38	1.92
33085202--33085231	15	2.0	15	93	0	51	30	0	16	53	1.44
33087019--33087130	39	2.9	39	87	0	143	49	20	3	26	1.65
33088941--33088989	11	4.7	11	75	14	50	34	8	18	38	1.80
33088941--33088989	20	2.4	21	89	3	73	34	8	18	38	1.80
33089037--33089106	25	2.8	25	93	0	113	25	22	22	28	1.99
33089036--33089133	25	4.0	24	82	11	76	27	22	22	27	1.99
33089352--33089416	31	2.1	32	88	5	98	29	13	26	30	1.94
33096925--33096995	25	2.8	25	97	0	133	25	23	22	28	2.00
33097211--33097299	30	2.7	31	83	11	108	29	15	25	29	1.96
33099751--33099933	9	21.0	9	70	13	82	48	16	2	32	1.59
33099760--33099933	52	3.2	52	79	15	197	48	16	2	32	1.59
33099750--33099902	61	2.5	60	94	2	263	49	17	1	31	1.58
33103578--33103986	47	8.6	47	91	2	638	33	8	29	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33103578--33103986	96	4.3	96	94	1	709	33	8	29	28	1.86
33103578--33103986	143	2.9	143	89	4	655	33	8	29	28	1.86
33110197--33110258	21	3.0	21	75	0	70	33	11	46	8	1.69
33110589--33110681	43	2.2	43	82	3	116	37	24	15	22	1.93
33110666--33110782	42	2.7	44	85	5	168	32	21	21	24	1.98
33114629--33114748	33	3.6	33	86	2	134	40	17	5	36	1.71
33138444--33138485	21	2.0	21	90	0	66	30	23	14	30	1.94
33141624--33141709	42	2.0	42	88	0	127	39	30	8	22	1.83
33143247--33143323	37	2.1	37	100	0	154	44	12	12	29	1.81
33146529--33146618	35	2.6	36	87	5	114	26	22	22	28	1.99
33146540--33146618	35	2.3	35	90	0	122	25	21	21	31	1.98
33150172--33150356	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
33150172--33150356	40	4.7	40	84	6	225	24	22	27	25	2.00
33150225--33150389	79	2.1	79	83	6	201	26	21	26	25	1.99
33161767--33161796	11	2.7	11	94	0	51	23	0	6	70	1.11
33168628--33168783	75	2.1	75	98	1	305	28	11	12	46	1.77
33171638--33171773	69	2.0	69	98	0	263	27	32	13	26	1.93
33174787--33174873	45	1.9	45	83	4	113	26	21	12	39	1.89
33182188--33182213	9	2.9	9	100	0	52	88	0	0	11	0.52
33186617--33186660	5	9.6	5	80	14	51	84	0	0	15	0.63
33186622--33186660	13	3.1	13	89	10	55	84	0	0	15	0.62
33188279--33188501	46	4.9	45	77	1	158	34	19	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33188244--33188498	92	2.8	93	77	2	280	33	19	19	27	1.96
33192936--33193111	46	3.8	45	75	10	176	22	20	27	29	1.98
33192932--33193103	93	1.8	93	89	0	272	22	20	28	28	1.99
33195650--33195834	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
33195631--33195834	40	5.1	40	82	8	229	25	26	22	25	2.00
33201308--33201359	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
33204827--33204932	55	1.9	55	94	3	187	23	17	19	38	1.93
33208212--33208267	28	2.0	28	100	0	112	42	28	3	25	1.71
33212091--33212134	16	2.6	17	79	13	56	63	0	0	36	0.95
33240815--33240940	47	2.7	46	81	7	137	23	28	19	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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