genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19891880--19892326	209	2.1	209	95	0	804	24	24	16	34	1.95
19892252--19892374	48	2.6	48	92	1	203	26	23	13	36	1.91
19892684--19892743	28	2.1	28	100	0	120	30	25	6	38	1.81
19894161--19894197	18	2.1	18	89	0	56	40	16	21	21	1.91
19894521--19894708	27	7.0	27	80	8	206	38	20	14	26	1.91
19894521--19894708	54	3.5	53	80	6	236	38	20	14	26	1.91
19894696--19894787	27	3.5	26	79	7	96	22	17	17	42	1.89
19905855--19906027	46	3.7	46	78	10	199	22	20	27	29	1.99
19905851--19906022	93	1.8	93	93	0	299	22	20	28	28	1.99
19922633--19922697	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
19924411--19924518	26	4.2	26	95	0	198	36	26	5	31	1.80
19929579--19929643	32	2.0	34	84	6	89	30	27	16	24	1.97
19931473--19931579	26	4.1	26	97	0	205	35	27	6	30	1.82
19940841--19940992	27	5.6	27	89	2	214	26	13	28	30	1.94
19940841--19940992	55	2.8	55	88	2	225	26	13	28	30	1.94
19940841--19940992	82	1.9	82	91	0	250	26	13	28	30	1.94
19948933--19949084	27	5.6	27	89	2	214	26	13	28	30	1.94
19948933--19949084	55	2.8	55	88	2	225	26	13	28	30	1.94
19948933--19949084	82	1.9	82	91	0	250	26	13	28	30	1.94
19955514--19955574	28	2.2	28	78	0	68	32	21	18	27	1.96
19970539--19970652	54	2.1	54	91	1	185	23	20	19	36	1.95
19970535--19970652	27	4.4	26	86	6	155	23	19	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19971644--19971723	27	2.9	27	87	5	81	40	20	8	31	1.83
19971657--19971724	27	2.5	27	92	4	111	39	22	7	30	1.81
19971709--19972092	27	14.3	27	85	0	437	37	18	17	25	1.93
19972320--19972367	25	2.0	24	84	8	62	29	20	22	27	1.99
19974540--19974639	42	2.4	42	86	0	128	27	24	26	23	2.00
19977513--19977560	23	2.1	23	100	0	96	20	4	22	52	1.64
19978197--19978287	45	2.0	45	100	0	182	53	6	13	26	1.63
19979987--19980855	432	2.0	432	98	0	1666	30	23	21	23	1.99
19981157--19981188	12	2.5	13	90	10	57	46	21	9	21	1.79
19985189--19985222	12	2.7	12	90	9	50	11	8	5	73	1.24
19985172--19985210	17	2.3	17	83	12	53	10	7	5	76	1.13
19985188--19985222	13	2.6	13	95	4	61	11	8	5	74	1.22
19985172--19985211	18	2.3	18	87	12	57	10	10	5	75	1.19
19986971--19987067	30	3.2	30	72	2	88	27	14	27	29	1.95
19987236--19987303	27	2.5	27	82	0	82	44	14	19	22	1.86
19987697--19987807	33	3.3	33	72	9	100	27	20	23	28	1.99
19991381--19991479	27	3.7	27	88	8	139	26	14	18	41	1.88
19991800--19991843	18	2.4	18	85	7	54	20	13	15	50	1.78
19992819--19992890	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
19993039--19993220	48	3.8	48	90	4	285	30	26	6	36	1.82
19993039--19993219	98	1.9	97	90	4	294	30	26	6	36	1.82
19993190--19993430	47	5.1	47	92	0	383	26	29	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19993283--19993358	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
19993305--19993431	25	5.3	25	62	17	72	29	27	10	33	1.90
20003874--20004043	93	1.8	93	96	0	313	27	30	20	21	1.98
20003862--20004037	46	3.8	46	81	10	214	29	28	20	21	1.98
20006424--20006473	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
20006435--20006482	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
20009395--20009570	46	3.8	46	81	4	228	28	29	20	21	1.98
20009403--20009576	93	1.9	93	96	0	321	28	29	20	21	1.98
20013567--20013692	46	2.7	46	90	0	189	22	20	26	30	1.98
20013917--20013954	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
20021094--20021219	46	2.7	46	90	0	189	23	20	25	30	1.98
20021443--20021480	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
20028458--20028628	46	3.7	46	77	16	183	22	21	25	30	1.99
20028455--20028623	91	1.8	92	91	1	277	22	21	26	29	1.99
20032431--20032522	40	2.3	40	81	5	105	31	14	25	29	1.94
20038741--20038887	28	5.4	28	85	7	162	30	26	12	30	1.92
20038764--20038887	53	2.2	56	80	12	141	29	28	12	29	1.93
20055171--20055353	79	2.3	81	83	7	223	24	22	28	24	2.00
20055172--20055355	40	4.6	39	83	9	203	23	22	28	24	1.99
20055224--20055388	79	2.1	79	82	6	192	25	20	28	25	1.99
20059472--20059510	20	2.0	20	90	10	62	51	30	5	12	1.62
20064042--20064170	48	2.6	50	84	7	165	21	27	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20064981--20065005	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
20071618--20071842	47	4.8	47	74	8	188	22	28	18	29	1.98
20071715--20071888	94	1.9	94	81	4	217	21	27	19	31	1.97
20073577--20073627	25	2.0	25	96	0	93	45	25	1	27	1.64
20076121--20076228	26	4.2	26	96	0	198	30	6	25	37	1.81
20082904--20083018	29	4.0	29	82	6	128	26	29	15	27	1.96
20084901--20084978	6	13.5	6	83	5	83	78	3	1	16	0.97
20084919--20084979	5	11.0	5	88	11	68	78	1	0	19	0.83
20084901--20084978	25	3.4	23	81	15	90	78	3	1	16	0.97
20084901--20084978	31	2.7	27	80	18	86	78	3	1	16	0.97
20100214--20100299	30	2.9	30	85	3	111	13	26	38	20	1.91
20100348--20100390	21	2.0	21	82	8	52	0	37	11	51	1.39
20102053--20102124	35	2.1	35	86	0	99	27	1	27	43	1.64
20102223--20102558	126	2.7	125	83	6	437	36	17	17	27	1.93
20105809--20105876	21	3.2	21	77	8	66	7	13	44	35	1.71
20106127--20106169	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
20108132--20108343	40	5.3	40	79	2	239	24	20	27	27	1.99
20108136--20108352	80	2.7	79	87	3	301	24	20	27	27	1.99
20110013--20110037	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
20110955--20111006	25	2.1	24	82	10	61	65	0	3	30	1.10
20114629--20114775	43	3.5	43	76	12	126	27	19	27	25	1.98
20117627--20117678	23	2.3	23	86	3	70	36	0	1	61	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20120838--20121041	53	3.8	54	78	1	212	36	18	24	20	1.95
20127488--20127595	53	2.0	53	87	0	153	38	18	25	17	1.92
20131142--20131205	4	16.5	4	74	18	55	21	4	1	71	1.12
20131391--20131445	3	18.3	3	88	0	83	30	3	1	63	1.22
20132825--20132849	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
20137089--20137160	21	3.3	21	65	24	58	40	0	38	20	1.53
20137077--20137167	45	2.0	45	100	0	182	40	0	39	19	1.52
20137544--20137583	21	1.9	21	94	0	71	55	7	27	10	1.60
20137948--20138000	19	2.8	19	83	13	65	30	20	5	43	1.75
20138982--20139154	86	2.0	86	95	0	310	35	22	21	20	1.96
20146110--20146995	44	19.7	44	75	5	361	34	16	19	30	1.94
20146110--20146995	89	9.8	89	77	6	440	34	16	19	30	1.94
20146110--20146694	229	2.6	229	81	2	601	34	17	18	29	1.94
20146339--20147008	178	3.7	177	80	7	688	34	15	19	30	1.94
20146645--20146928	96	3.0	94	78	10	314	33	14	20	30	1.93
20146427--20146970	229	2.4	228	81	6	604	34	15	20	30	1.93
20146110--20146974	407	2.1	406	85	0	1167	34	16	19	30	1.93
20148710--20148752	3	14.3	3	85	0	59	30	4	2	62	1.28
20153015--20153089	38	2.0	38	89	5	116	20	12	10	57	1.64
20153726--20153777	21	2.4	21	87	3	77	53	3	1	40	1.30
20158587--20158641	27	2.0	27	82	6	67	30	12	25	30	1.93
20166831--20166981	28	5.4	28	89	1	205	25	13	28	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20169810--20169878	21	3.1	21	84	11	93	37	18	24	18	1.94
20169801--20169876	24	3.3	24	85	10	113	38	19	22	19	1.94
20187054--20187121	24	2.8	24	73	10	75	44	16	17	22	1.87
20196462--20196520	30	1.9	31	83	10	77	18	27	33	20	1.96
20197496--20197631	52	2.6	52	84	3	175	33	27	13	25	1.93
20204044--20204102	30	1.9	31	93	3	102	15	30	35	18	1.92
20204890--20204970	41	2.0	41	100	0	162	27	24	7	40	1.81
20205114--20205216	53	2.0	52	88	5	154	33	27	13	26	1.94
20209512--20209551	21	2.0	20	86	13	57	45	2	25	27	1.66
20213190--20213253	24	2.7	24	82	0	74	25	35	17	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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