genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61384339--61384508	85	2.0	85	98	0	331	35	15	20	28	1.93
61386791--61386832	15	2.8	16	76	23	54	14	9	16	59	1.60
61389383--61389551	47	3.6	47	74	15	145	29	18	27	24	1.98
61389433--61389552	50	2.5	48	78	16	126	29	17	30	23	1.97
61389529--61389651	47	2.6	47	83	7	142	26	17	29	26	1.98
61392116--61392212	40	2.4	40	80	0	104	31	26	16	24	1.96
61399054--61399238	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
61399054--61399238	40	4.6	41	80	9	204	25	27	22	24	2.00
61402490--61402651	47	3.5	46	81	8	175	24	29	17	28	1.98
61408864--61409066	40	5.1	40	88	3	293	27	27	21	23	1.99
61413903--61413993	42	2.2	42	95	0	164	34	20	13	31	1.91
61414141--61414210	25	2.8	25	89	4	97	25	24	25	24	2.00
61415671--61415854	40	4.6	40	78	10	198	26	28	21	23	1.99
61415671--61415855	79	2.3	81	80	10	211	26	28	21	23	1.99
61420252--61420333	43	1.9	43	87	0	119	12	23	34	30	1.91
61422271--61422339	27	2.6	28	82	13	83	26	23	20	30	1.98
61422283--61422346	27	2.4	27	84	5	85	23	23	17	35	1.95
61422401--61422613	27	7.9	27	79	3	167	32	7	18	41	1.78
61422405--61422533	55	2.4	53	80	8	127	31	3	18	45	1.67
61422490--61422646	54	2.9	54	77	5	149	30	11	19	38	1.87
61422464--61422613	81	1.9	81	85	5	214	30	8	20	42	1.80
61422463--61422640	27	6.6	27	80	6	128	29	9	20	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61422645--61422825	27	6.7	27	85	2	256	38	6	25	30	1.80
61422645--61422842	81	2.4	81	90	1	299	37	7	25	29	1.83
61434393--61434485	46	2.0	46	100	0	186	21	31	15	32	1.94
61437187--61437228	21	2.0	21	85	4	57	23	14	9	52	1.71
61438427--61438472	24	1.9	24	86	0	65	54	26	8	10	1.64
61447104--61447320	40	5.5	40	89	3	289	24	27	24	23	2.00
61454429--61454686	40	6.5	40	89	2	351	26	28	22	22	1.99
61458129--61458322	49	3.9	50	75	5	189	27	19	25	28	1.98
61463311--61463541	50	4.6	50	78	3	232	26	18	26	28	1.98
61463314--61463509	101	1.9	101	82	4	243	27	18	25	28	1.98
61471194--61471235	22	1.9	22	85	9	59	52	16	0	30	1.44
61474222--61474273	26	2.0	26	81	7	61	50	3	0	46	1.20
61476174--61476366	6	31.3	6	71	16	128	48	13	18	19	1.81
61476207--61476363	19	7.7	19	69	23	106	47	14	19	18	1.82
61476174--61476365	31	6.2	31	70	15	130	48	14	18	19	1.81
61476188--61476335	37	4.3	37	69	19	131	48	14	18	18	1.81
61476217--61476365	62	2.4	62	91	0	253	47	14	18	18	1.82
61476183--61476366	25	7.4	25	77	8	109	48	13	18	19	1.81
61476485--61476544	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
61476870--61477225	27	13.2	27	85	1	444	40	7	22	30	1.80
61476870--61477225	108	3.3	108	91	1	561	40	7	22	30	1.80
61477070--61477347	27	10.3	26	78	6	135	35	7	20	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61476870--61477350	54	8.9	54	78	5	310	37	7	21	33	1.81
61479869--61479907	18	2.2	17	86	4	51	46	7	12	33	1.71
61480312--61480971	37	18.3	37	75	8	522	35	19	15	29	1.93
61480451--61480971	73	7.1	73	76	6	457	35	19	15	30	1.92
61483825--61483858	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
61493051--61493242	40	4.8	40	87	2	278	27	27	21	23	1.99
61496151--61496300	48	3.1	47	83	3	183	27	24	20	28	1.99
61499633--61499803	49	3.5	49	80	7	163	28	21	26	23	1.99
61501034--61501063	7	4.3	7	95	0	51	3	26	60	10	1.45
61505257--61505297	19	2.2	19	91	8	66	31	9	7	51	1.62
61507020--61507055	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
61507417--61507507	45	2.0	45	93	0	155	37	25	12	25	1.90
61507442--61507511	21	3.2	21	65	15	52	40	25	11	22	1.88
61526900--61527070	45	3.9	45	86	3	224	24	30	22	22	1.99
61535213--61535250	16	2.3	17	90	4	60	73	2	0	23	0.95
61543234--61543269	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
61543244--61543303	16	3.8	16	86	0	75	40	0	30	30	1.57
61543281--61543372	45	2.1	44	83	6	114	35	5	25	33	1.79
61543631--61543677	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
61543515--61544050	120	4.5	120	94	1	864	50	5	2	41	1.38
61543515--61544047	239	2.2	239	91	2	856	50	5	2	41	1.38
61543612--61544039	59	7.2	58	65	17	187	50	5	2	41	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61544032--61544199	47	3.7	46	70	18	143	47	3	3	45	1.37
61544047--61544223	91	1.9	92	88	4	254	49	3	2	44	1.33
61544188--61544226	17	2.5	15	84	12	51	58	0	0	41	0.98
61547885--61547984	3	33.7	3	97	2	193	0	32	0	68	0.90
61553939--61554104	53	3.1	53	87	6	212	25	15	28	30	1.95
61557869--61557972	42	2.4	44	75	4	104	25	15	22	37	1.93
61557845--61558003	43	3.7	43	73	7	135	25	16	24	32	1.96
61578485--61578535	26	1.9	27	92	4	86	39	1	3	54	1.30
61578518--61578580	21	2.8	22	72	18	67	36	0	4	58	1.19
61578534--61578582	23	2.2	23	85	7	66	36	0	6	57	1.24
61578562--61578642	30	2.7	30	71	23	80	39	1	1	58	1.14
61578832--61578877	19	2.5	18	85	3	65	56	0	2	41	1.11
61581489--61581545	30	1.9	30	92	0	96	33	8	28	29	1.87
61584870--61584910	19	2.2	19	91	8	66	31	9	7	51	1.62
61584875--61584916	20	2.1	20	86	8	59	30	7	7	54	1.54
61586364--61586406	21	2.0	21	100	0	86	37	27	11	23	1.89
61603881--61604027	79	1.9	80	89	1	233	27	27	20	24	1.99
61603881--61604103	40	5.6	40	83	3	227	27	27	19	24	1.99
61611784--61612006	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
61611784--61612006	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
61614856--61615078	40	5.6	40	87	5	292	25	21	27	25	2.00
61614856--61615111	119	2.2	119	81	8	281	26	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61622749--61622970	40	5.6	40	87	5	290	25	21	27	25	1.99
61622753--61623003	80	3.2	78	81	9	251	26	21	26	25	1.99
61622753--61623003	119	2.1	119	81	8	280	26	21	26	25	1.99
61624866--61625401	10	57.9	9	72	21	259	56	19	3	20	1.55
61624803--61625372	65	8.4	65	76	15	432	57	18	3	21	1.55
61624803--61625345	5	109.8	5	72	20	341	57	18	3	20	1.55
61636910--61637227	46	6.8	47	72	15	209	23	29	19	27	1.98
61636910--61637223	138	2.2	140	81	10	347	23	29	19	27	1.98
61636962--61637226	92	2.9	90	76	14	245	24	29	18	27	1.98
61638575--61638822	46	5.3	47	75	12	178	21	27	21	29	1.99
61642672--61642798	49	2.6	49	78	2	139	23	29	18	27	1.98
61644766--61644811	22	2.1	22	100	0	92	50	19	4	26	1.66
61649679--61649775	44	2.2	44	81	1	113	27	26	16	28	1.97
61649507--61650229	177	4.1	176	85	2	926	28	24	17	29	1.97
61649873--61650136	44	6.0	44	70	4	163	26	25	17	30	1.97
61649710--61650203	89	5.6	89	67	7	279	26	25	17	30	1.97
61654500--61654548	24	2.0	24	88	0	71	6	18	18	57	1.61
61656904--61656953	23	2.3	21	83	10	64	62	4	0	34	1.14
61656959--61656983	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
61660947--61661168	117	1.9	117	87	0	327	26	23	14	34	1.94
61661577--61661652	32	2.4	32	93	6	129	32	18	5	43	1.72
61664730--61664845	46	2.5	44	86	8	153	21	31	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61676253--61676294	20	2.1	20	86	8	59	30	7	7	54	1.54
61677370--61677452	43	1.9	43	95	0	148	32	10	7	49	1.65
61681732--61681936	103	2.0	102	92	2	340	42	15	16	25	1.87
61683272--61683321	23	2.2	22	86	10	66	14	10	20	56	1.66
61697186--61697284	49	2.0	49	98	0	189	47	17	2	33	1.59
61700560--61700686	46	2.8	45	76	13	134	27	28	15	28	1.96
61712417--61712499	43	1.9	43	87	4	123	21	22	30	25	1.99
61713232--61713273	20	2.1	20	100	0	84	50	16	19	14	1.79
61717562--61717598	6	6.2	6	93	0	65	81	2	0	16	0.81
61725920--61725981	28	2.2	28	88	5	90	33	25	8	32	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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