genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21270366--21270918	47	11.9	47	93	4	928	29	30	8	31	1.86
21270366--21270911	226	2.4	232	93	4	917	29	30	8	31	1.86
21290593--21290625	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41
21298578--21298651	21	3.5	21	81	0	76	35	8	32	24	1.85
21299106--21299138	16	2.1	16	94	0	57	24	15	6	54	1.63
21306570--21306601	15	2.1	15	100	0	64	37	31	12	18	1.88
21314695--21314726	15	2.1	15	100	0	64	37	31	12	18	1.88
21321432--21321619	40	4.7	40	90	3	308	25	27	22	24	2.00
21321399--21321619	80	2.8	80	90	4	333	24	27	22	25	2.00
21326402--21326573	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	20	1.98
21326395--21326570	46	3.8	46	77	14	191	30	28	20	20	1.98
21333887--21334057	45	3.8	45	76	17	174	29	29	19	21	1.98
21333894--21334063	92	1.8	92	92	5	290	28	29	20	21	1.98
21333897--21334080	45	4.0	44	74	17	137	28	29	19	22	1.98
21346192--21346368	27	6.5	27	85	3	212	30	27	14	27	1.95
21346212--21346367	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
21359451--21359477	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
21363879--21363943	30	2.3	27	82	17	80	36	0	4	58	1.19
21365561--21365622	12	5.2	12	73	9	56	70	1	3	24	1.10
21365573--21365627	23	2.4	24	80	20	64	70	1	3	23	1.12
21369413--21369452	21	1.9	21	89	0	62	50	22	15	12	1.77
21369433--21369493	21	2.9	21	72	0	59	45	21	19	13	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21369416--21369511	42	2.3	42	85	3	131	44	19	20	14	1.86
21372208--21372270	33	1.9	33	96	0	117	38	11	12	38	1.79
21377208--21377462	55	4.8	54	78	9	251	36	17	24	21	1.94
21377215--21377415	108	1.8	110	89	4	318	34	17	24	22	1.96
21377654--21377684	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
21381992--21382019	10	2.8	10	100	0	56	92	7	0	0	0.37
21383963--21384239	88	3.1	86	64	23	192	29	21	17	31	1.96
21383543--21384880	180	7.5	180	85	3	1618	28	23	17	30	1.97
21396939--21397089	28	5.4	28	89	1	205	26	11	28	33	1.92
21402034--21402074	20	2.0	20	100	0	82	24	14	9	51	1.72
21408672--21408819	55	2.7	54	79	8	165	34	18	25	21	1.96
21409084--21409112	12	2.3	13	94	5	51	44	27	0	27	1.54
21411341--21411842	47	10.6	47	91	2	797	29	30	8	32	1.87
21411341--21411842	96	5.3	94	91	2	815	29	30	8	32	1.87
21411341--21411842	143	3.5	143	91	1	787	29	30	8	32	1.87
21414456--21414531	29	2.6	29	91	0	125	19	23	25	31	1.98
21414515--21414593	31	2.5	31	97	0	149	27	26	17	27	1.98
21414617--21414708	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
21414856--21414925	25	2.8	25	91	4	106	22	24	28	24	1.99
21415825--21415933	27	3.9	27	71	15	78	33	10	17	39	1.83
21415909--21415985	27	2.9	27	75	11	77	29	9	20	40	1.83
21416017--21416083	27	2.5	25	77	20	73	41	5	25	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21416017--21416104	27	3.3	24	75	20	70	40	7	23	27	1.82
21423765--21423797	16	2.1	16	94	0	57	39	21	12	27	1.88
21424218--21424248	13	2.3	14	94	5	55	61	0	0	38	0.96
21424697--21424733	16	2.2	17	86	13	51	32	0	5	62	1.18
21428807--21429030	47	4.8	47	92	0	358	28	30	8	33	1.86
21432323--21432467	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
21439483--21439535	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
21441018--21441101	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
21444792--21445402	305	2.0	305	99	0	1204	28	11	20	39	1.87
21460311--21460344	16	2.1	16	94	0	59	44	29	20	5	1.75
21460835--21460942	26	4.2	26	96	0	198	31	6	25	36	1.82
21463597--21463676	28	2.9	28	88	0	106	27	17	30	25	1.97
21466052--21466136	42	2.0	42	100	0	170	43	18	7	30	1.77
21466246--21466331	43	2.0	43	82	8	104	26	29	18	25	1.98
21468244--21468318	35	2.1	35	100	0	150	30	22	20	26	1.98
21474479--21474575	48	2.0	48	100	0	194	28	22	12	36	1.91
21474477--21474591	48	2.5	45	87	9	178	30	23	12	33	1.91
21487873--21487944	37	1.9	37	94	0	126	22	34	20	22	1.97
21488078--21488183	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
21494916--21494940	12	2.1	12	100	0	50	72	8	8	12	1.29
21496301--21496332	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
21497295--21497380	45	1.9	45	95	0	154	26	10	25	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21510159--21510187	13	2.1	14	93	6	51	31	6	20	41	1.79
21512594--21512662	34	2.0	34	100	0	138	31	8	17	42	1.80
21520518--21520551	17	2.0	17	94	0	59	50	17	8	23	1.74
21520969--21521006	17	2.2	18	86	9	53	55	2	2	39	1.28
21535912--21536125	39	5.4	39	87	3	284	31	4	20	43	1.72
21535914--21536118	81	2.6	78	92	2	320	32	4	19	43	1.72
21536930--21537301	153	2.4	150	76	7	331	31	19	18	30	1.96
21537521--21537574	22	2.6	21	85	5	74	20	5	27	46	1.73
21537600--21537648	7	6.9	7	88	4	53	18	0	22	59	1.38
21537602--21537656	21	2.5	22	80	8	60	20	0	20	60	1.37
21538094--21538149	28	2.0	28	100	0	112	17	3	28	50	1.63
21539245--21539281	18	2.1	18	100	0	74	16	18	5	59	1.55
21549403--21549462	24	2.5	24	91	0	93	33	1	40	25	1.66
21550427--21550458	16	2.1	15	94	5	55	53	25	18	3	1.59
21550873--21550981	26	4.1	26	86	10	141	15	23	22	38	1.92
21550873--21550981	53	2.1	53	87	6	159	15	23	22	38	1.92
21557210--21557302	24	3.9	24	91	0	141	34	1	37	26	1.64
21558706--21558806	27	3.8	27	85	6	125	15	24	19	39	1.91
21560531--21560807	43	6.5	43	80	5	285	23	16	28	31	1.97
21560563--21560776	42	5.1	42	81	8	238	21	17	30	31	1.96
21560563--21560788	84	2.7	85	86	3	314	22	18	29	30	1.97
21563317--21563416	6	16.3	6	70	15	71	48	14	18	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21563318--21563385	24	2.8	24	86	10	86	47	13	19	20	1.82
21563326--21563385	25	2.5	24	89	8	86	48	11	20	20	1.80
21563342--21563416	31	2.4	31	88	0	105	48	14	17	20	1.82
21563535--21563594	27	2.3	26	88	2	84	35	18	23	23	1.96
21563927--21564363	27	16.2	27	85	0	534	41	7	21	30	1.80
21563927--21564363	108	4.0	108	88	0	622	41	7	21	30	1.80
21564358--21564488	27	4.8	26	83	3	145	30	9	22	38	1.85
21564325--21564514	54	3.5	54	75	7	163	32	8	21	37	1.85
21566025--21566127	32	3.3	32	80	14	108	33	1	23	41	1.65
21567203--21567277	17	4.4	17	70	8	53	28	9	17	45	1.79
21567205--21567313	52	2.1	51	87	1	155	28	10	17	44	1.81
21567240--21567313	17	4.3	17	68	10	51	29	12	16	41	1.84
21567773--21567805	16	2.1	16	100	0	66	36	0	33	30	1.58
21570727--21570770	20	2.2	20	88	4	63	15	13	9	61	1.56
21573461--21574210	255	2.9	255	98	0	1437	27	15	21	35	1.94
21585143--21585486	50	6.8	50	75	3	278	24	18	27	29	1.98
21585143--21585486	151	2.3	151	87	2	485	24	18	27	29	1.98
21585252--21585437	101	1.8	101	83	2	248	24	19	26	29	1.98
21586049--21586403	180	2.0	180	86	0	503	38	9	20	32	1.84
21598816--21598935	56	2.1	56	96	0	222	45	10	22	22	1.82
21600058--21600281	40	5.6	40	84	7	278	24	22	27	25	2.00
21600057--21600284	119	1.9	119	83	6	291	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21603975--21604177	27	7.5	27	82	5	194	29	29	15	26	1.96
21603975--21604177	54	3.7	55	82	3	214	29	29	15	26	1.96
21603997--21604177	82	2.2	81	81	5	213	28	29	16	26	1.96
21612144--21612348	27	7.6	27	83	5	198	28	29	15	26	1.96
21612144--21612348	54	3.8	55	82	3	218	28	29	15	26	1.96
21612144--21612348	82	2.5	81	81	4	216	28	29	15	26	1.96
21618299--21618350	24	2.2	24	82	0	59	51	9	3	34	1.53
21631567--21631647	39	2.1	39	95	0	144	25	30	23	19	1.98
21641021--21641199	27	6.6	27	84	3	207	30	27	15	26	1.96
21641042--21641197	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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