genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70446589--70446629	15	2.6	17	74	18	52	58	0	0	41	0.98
70449396--70449440	22	2.0	22	83	8	56	33	13	24	28	1.93
70449376--70449489	24	4.8	24	69	14	76	34	18	21	25	1.96
70457497--70457588	47	2.0	47	97	0	175	38	20	8	32	1.83
70466923--70467016	46	2.0	46	100	0	188	34	21	10	34	1.88
70467226--70467261	18	2.0	18	100	0	72	22	5	22	50	1.70
70472816--70472847	12	2.6	13	85	14	50	71	0	0	28	0.86
70473110--70473166	7	7.9	7	75	21	55	70	3	0	26	1.03
70473109--70473165	22	2.6	22	86	13	82	70	3	0	26	1.03
70473110--70473166	29	2.0	29	83	13	73	70	3	0	26	1.03
70473518--70473601	36	2.4	36	77	15	86	51	3	3	41	1.36
70475305--70475470	48	3.5	48	78	3	199	29	17	25	27	1.97
70475305--70475478	96	1.8	96	92	1	296	28	18	26	26	1.98
70477926--70477962	15	2.4	16	86	8	51	51	2	0	45	1.15
70478053--70478126	33	2.3	33	86	13	102	52	6	1	39	1.36
70480008--70480046	14	2.8	14	92	0	60	38	10	20	30	1.86
70480500--70480551	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
70480584--70480620	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
70480631--70480686	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
70484916--70485063	40	3.7	40	95	0	260	31	20	26	21	1.98
70487182--70487407	48	4.8	48	73	15	166	27	24	19	27	1.99
70492597--70492694	28	3.6	28	82	8	121	58	5	15	21	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70493920--70493974	27	2.0	27	100	0	110	43	27	10	18	1.83
70494283--70494324	21	2.0	21	81	9	50	35	9	2	52	1.47
70497302--70497428	65	1.9	67	91	3	213	20	24	7	47	1.76
70497939--70498011	36	2.0	36	100	0	146	32	5	13	47	1.66
70504793--70504831	19	2.1	19	100	0	78	38	25	15	20	1.92
70505064--70505094	12	2.6	12	100	0	62	32	29	16	22	1.95
70505147--70505187	13	3.1	13	82	6	55	53	31	0	14	1.41
70506261--70506294	15	2.2	16	89	5	52	58	0	0	41	0.98
70510944--70511257	48	6.5	48	79	8	325	28	20	28	22	1.98
70510927--70511260	144	2.3	144	85	4	415	29	19	28	23	1.98
70518704--70519026	96	3.4	96	79	5	348	28	18	28	25	1.98
70518696--70519025	144	2.3	144	82	4	389	28	17	28	25	1.98
70518695--70519026	48	6.9	48	77	4	312	28	17	28	25	1.98
70519660--70519743	35	2.4	35	83	0	105	25	14	27	33	1.94
70519793--70519922	68	2.0	67	83	8	169	34	19	23	23	1.96
70521516--70521591	11	6.8	11	68	24	52	53	2	0	43	1.14
70523298--70523346	20	2.5	21	77	12	59	42	12	8	36	1.72
70530155--70530266	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
70530155--70530266	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
70530278--70530312	17	2.1	17	100	0	70	45	25	5	22	1.74
70534347--70534386	20	2.0	21	85	5	55	42	12	7	37	1.71
70536601--70536688	40	2.2	40	84	8	108	46	13	9	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70536618--70536690	20	3.7	20	75	12	69	45	16	6	31	1.74
70536746--70536813	33	2.1	33	88	5	102	50	20	8	20	1.75
70536867--70536907	20	2.0	20	85	9	55	41	14	4	39	1.67
70539267--70539360	42	2.2	42	86	0	134	17	29	29	23	1.97
70539529--70539584	28	2.0	28	92	0	94	19	19	41	19	1.91
70545254--70545286	16	2.0	17	88	5	50	57	0	0	42	0.98
70545254--70545296	18	2.5	17	84	3	50	55	0	0	44	0.99
70545774--70545815	21	2.1	21	82	8	52	52	2	9	35	1.47
70552145--70552188	20	2.3	19	84	4	52	61	2	0	36	1.09
70552215--70552271	25	2.4	23	74	8	60	56	1	1	40	1.20
70562536--70562838	47	6.4	47	90	3	407	27	30	9	33	1.88
70562557--70562827	93	2.9	93	87	4	382	26	31	10	31	1.90
70562557--70562829	140	1.9	140	88	5	408	27	31	10	31	1.90
70566477--70566520	15	2.9	15	80	6	54	56	13	9	20	1.64
70572020--70572089	21	3.2	21	62	18	52	41	25	11	21	1.86
70572007--70572098	45	2.0	45	97	0	175	39	25	11	23	1.89
70578790--70578852	28	2.2	28	82	0	81	30	26	11	31	1.91
70583803--70583984	28	6.4	28	76	7	170	30	32	19	17	1.95
70583773--70583900	57	2.2	57	91	2	202	28	35	17	17	1.93
70583803--70583984	85	2.1	85	91	0	292	30	32	19	17	1.95
70585958--70586027	28	2.5	28	80	0	86	31	25	8	34	1.86
70587730--70587952	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70587805--70587987	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
70611484--70611551	26	2.8	23	81	12	82	38	25	19	17	1.93
70613735--70613762	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
70613879--70613934	28	2.0	28	86	3	78	42	5	0	51	1.24
70613949--70613988	19	2.1	19	95	0	71	40	5	25	30	1.77
70615307--70615349	21	2.0	21	100	0	86	37	34	0	27	1.57
70620191--70620549	47	7.6	47	91	1	547	32	8	29	29	1.87
70622538--70622919	40	9.6	40	85	4	384	24	22	28	25	2.00
70629400--70629642	122	2.0	122	90	1	380	29	28	27	13	1.95
70631568--70631594	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
70634073--70634144	32	2.2	32	95	0	126	33	26	12	27	1.92
70638408--70638454	20	2.3	20	88	0	67	42	19	31	6	1.76
70638423--70638508	40	2.2	40	84	0	109	41	19	27	10	1.84
70643179--70643250	24	3.0	24	89	2	108	25	23	20	30	1.99
70643183--70643261	25	3.2	24	87	5	104	25	24	21	29	1.99
70645704--70645982	50	5.5	50	82	3	326	31	26	16	24	1.97
70645704--70645937	101	2.3	99	86	5	310	29	26	18	25	1.98
70645696--70645982	151	1.9	152	93	1	495	31	26	17	24	1.97
70646133--70646166	14	2.5	14	90	4	52	70	5	2	20	1.21
70649221--70649378	43	3.7	42	76	13	137	25	15	26	32	1.95
70663064--70663118	27	2.0	27	92	0	92	21	18	12	47	1.82
70667583--70667668	43	2.0	43	82	13	106	27	30	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70678977--70679069	41	2.3	41	90	0	141	26	26	23	22	2.00
70678977--70679095	41	2.9	41	84	2	132	28	25	22	23	1.99
70679333--70679647	27	11.7	27	82	3	258	29	7	20	41	1.80
70679536--70679647	26	4.2	27	82	4	111	30	8	20	40	1.83
70691811--70691990	37	4.9	37	97	0	324	26	31	18	23	1.98
70692184--70692257	22	3.3	22	64	17	62	28	31	10	29	1.91
70692109--70692466	47	7.6	47	92	2	567	29	29	8	33	1.86
70702305--70702482	40	4.5	40	87	3	245	24	23	27	24	2.00
70710564--70710781	40	5.5	40	89	4	309	23	22	27	26	2.00
70715793--70715954	43	3.8	42	77	8	157	25	16	24	33	1.96
70720911--70721065	43	3.7	43	72	10	122	27	26	18	28	1.98
70720993--70721078	43	2.0	43	81	4	102	27	27	19	24	1.99
70725839--70725879	16	2.5	17	80	11	50	63	4	7	24	1.40
70726743--70726860	42	2.8	44	73	8	118	27	16	21	34	1.94
70728437--70728544	54	2.0	54	100	0	216	22	14	25	37	1.93
70729693--70729827	43	3.2	43	73	10	116	28	27	18	25	1.98
70730104--70730132	8	3.6	8	100	0	58	37	34	0	27	1.57
70732616--70732761	37	3.9	37	94	0	238	26	30	18	23	1.98
70732908--70733541	48	13.1	48	93	2	1090	31	26	5	36	1.80
70749104--70749154	16	3.2	16	94	2	86	54	0	1	43	1.11
70749099--70749157	24	2.5	24	86	5	75	54	0	3	42	1.17
70749107--70749157	8	6.4	8	88	0	75	56	0	1	41	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70749115--70749163	13	3.9	13	77	20	59	59	0	0	40	0.98
70749104--70749163	16	4.0	15	87	10	79	56	0	1	41	1.09
70749179--70749255	17	4.5	17	71	18	54	77	3	15	2	1.02
70749179--70749255	8	9.1	8	73	9	64	77	3	15	2	1.02
70750910--70750989	41	1.9	42	84	2	108	21	22	33	22	1.97
70756972--70757014	22	2.0	22	86	4	61	20	20	2	55	1.54
70776650--70776736	40	2.2	40	83	4	104	21	16	28	33	1.95
70791067--70791231	43	3.9	43	85	4	192	24	21	30	23	1.99
70791121--70791311	43	4.6	41	75	6	154	26	18	30	24	1.98
70798646--70798679	18	1.9	18	88	5	52	29	14	8	47	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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