Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
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This is table  239  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78945618--78945696
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0
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78945815--78946180
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1.87
78945815--78946180
143
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1
590
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1.87
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40
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0
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25
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1.99
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120
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25
20
26
1.99
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2.1
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1
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29
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2.3
237
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29
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1.87
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29
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2.3
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58
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0
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78993347--78993430
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2.2
38
91
8
136
38
9
16
35
1.81
78993328--78993430
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123
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1.82
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49
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1
144
25
26
18
30
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2
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26
10
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1.88
79015570--79015623
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2.0
27
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20
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22
1.96
79015624--79015742
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2.3
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32
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1.80
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54
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174
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0
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2.4
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1.64
79071341--79071387
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15
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1.8
136
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100
0
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Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
(0-2)
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2
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1.13
79093094--79093140
19
2.3
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71
68
2
2
27
1.13
79093900--79093940
20
2.0
20
86
9
57
48
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31
1.68
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2.0
29
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19
1.97
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2.3
122
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1.98
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26
2.1
26
100
0
108
46
7
3
42
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79159670--79159709
19
2.1
19
100
0
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15
10
30
1.78
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13
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0
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59
1
0
38
1.08
79161581--79161605
13
1.9
13
100
0
50
48
0
12
40
1.40
79164712--79164741
13
2.2
14
94
5
53
23
36
3
36
1.71
79167198--79167287
40
2.2
41
82
9
114
30
23
13
33
1.93
79168431--79168668
50
4.8
50
87
3
318
26
18
30
23
1.98
79168433--79168714
50
5.7
49
86
2
253
26
18
31
24
1.98
79171051--79171075
12
2.1
12
100
0
50
32
16
8
44
1.76
79180172--79180264
39
2.3
40
83
8
120
37
19
20
22
1.94
79180460--79180570
40
2.8
39
74
12
100
29
17
20
32
1.95
79180815--79180859
22
2.0
22
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0
54
22
0
33
44
1.53
79180820--79180854
15
2.4
15
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4
54
20
0
34
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1.51
79180895--79180979
7
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7
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0
53
23
1
32
42
1.62
79180903--79180957
14
3.9
14
80
0
65
20
1
30
47
1.60
79180919--79180979
21
2.9
22
82
4
63
24
0
27
47
1.52
79180915--79180979
28
2.3
28
82
10
71
24
0
29
46
1.53
79181176--79181228
21
2.5
21
84
3
70
22
0
39
37
1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79181188--79181220
14
2.4
14
100
0
66
21
0
48
30
1.50
79181188--79181226
7
5.6
7
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0
51
20
0
46
33
1.51
79181556--79181604
13
3.9
12
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15
55
77
4
0
18
0.92
79181556--79181604
6
7.8
6
80
15
55
77
4
0
18
0.92
79181556--79181604
19
2.7
18
87
6
71
77
4
0
18
0.92
79182141--79182187
23
2.0
23
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0
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17
8
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1.67
79195554--79195603
23
2.2
23
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17
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34
0
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1.38
79195563--79195605
13
3.5
13
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34
0
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1.46
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23
2.0
23
100
0
92
34
0
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1.48
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149
2.0
149
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1
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21
22
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1.98
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13
2.0
13
100
0
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23
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30
30
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2.8
18
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6
64
33
4
0
62
1.14
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17
3.0
16
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11
64
32
0
10
57
1.32
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15
2.6
15
84
4
53
32
0
7
60
1.25
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16
2.1
17
88
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35
11
2
50
1.54
79202683--79202721
19
2.1
19
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0
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1.46
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2.0
34
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0
127
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20
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17
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88
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86
77
12
465
26
16
20
36
1.93
79217305--79217533
79
3.0
75
75
14
241
28
16
21
33
1.95
79218807--79218853
7
6.9
7
82
4
51
85
4
4
6
0.84
79218808--79218852
20
2.2
20
88
7
65
84
4
4
6
0.87
79219414--79219456
15
2.8
15
89
3
59
37
4
0
58
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79219478--79219526
17
3.0
16
82
11
64
32
0
10
57
1.32
79219485--79219524
15
2.6
15
84
4
53
32
0
7
60
1.25
79231055--79231093
18
2.2
17
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13
53
33
0
20
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1.51
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4.3
23
90
2
162
20
21
26
31
1.98
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45
2.0
45
95
0
160
19
22
26
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1.97
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18
2.2
17
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53
33
0
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4.3
23
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21
20
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1.98
79247750--79247830
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2.0
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123
20
20
24
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1.97
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2.2
17
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13
53
33
0
20
46
1.51
79255079--79255176
23
4.3
23
90
2
162
20
21
26
31
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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