genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28628335--28628715	101	3.8	101	80	3	369	30	25	17	26	1.97
28628335--28628715	151	2.5	151	88	2	550	30	25	17	26	1.97
28628632--28628716	26	3.3	26	64	18	68	36	27	11	24	1.90
28635096--28635474	50	7.6	50	76	6	311	32	25	16	25	1.96
28635194--28635474	151	1.8	152	89	3	440	30	24	17	26	1.97
28635101--28635432	101	3.3	99	81	4	339	31	25	17	25	1.97
28637080--28637137	29	2.0	28	93	3	98	51	10	6	31	1.62
28648761--28648787	10	2.7	10	100	0	54	44	7	7	40	1.60
28655073--28655135	26	2.5	23	75	22	56	30	3	4	61	1.32
28655275--28655328	8	6.1	9	76	23	53	66	0	3	29	1.09
28655265--28655328	28	2.3	28	86	10	87	67	0	3	29	1.06
28663334--28663369	4	9.0	4	88	11	56	50	0	0	50	1.00
28663324--28663370	20	2.3	20	92	7	78	46	0	2	51	1.13
28667182--28667222	20	2.0	20	85	9	55	26	4	17	51	1.65
28667847--28667998	43	3.5	42	82	1	169	26	15	25	32	1.96
28671940--28671984	22	2.0	22	100	0	90	22	8	35	33	1.85
28674382--28674454	34	2.2	34	87	7	105	26	23	21	28	1.99
28680550--28680578	9	3.2	9	100	0	58	31	10	0	58	1.31
28686725--28686918	40	4.9	40	89	0	300	26	22	26	24	2.00
28692220--28692439	40	5.6	40	80	3	223	24	25	23	26	2.00
28692270--28692421	79	1.9	80	83	1	198	25	25	21	27	1.99
28697094--28697154	29	2.1	29	100	0	122	31	13	32	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28698027--28698300	40	6.9	40	94	0	451	27	22	26	22	2.00
28704489--28704639	28	5.4	28	89	1	205	26	12	27	33	1.93
28712625--28712775	28	5.4	28	89	1	205	26	12	27	33	1.93
28726228--28726439	101	2.1	101	80	8	227	27	22	16	33	1.96
28729385--28729428	22	2.0	22	100	0	88	27	9	22	40	1.84
28730135--28730365	115	2.0	115	97	0	435	26	22	18	33	1.96
28733771--28733980	55	3.8	56	79	7	191	34	16	24	24	1.95
28733834--28733978	53	2.7	54	82	2	166	33	17	25	24	1.96
28745774--28745912	28	5.0	28	78	10	142	28	30	15	26	1.96
28745785--28745918	56	2.4	56	89	2	207	28	29	14	26	1.96
28747363--28747394	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
28753618--28753729	28	4.0	28	87	4	172	27	30	15	26	1.96
28756606--28756740	43	3.2	42	71	15	107	29	25	17	26	1.98
28756621--28756743	43	2.9	42	77	10	115	29	26	20	24	1.99
28756943--28756967	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
28761143--28761270	42	3.0	42	80	6	150	30	12	25	31	1.93
28761143--28761248	43	2.5	42	84	7	142	31	13	25	30	1.93
28763196--28763242	17	2.7	19	75	18	50	42	19	17	21	1.89
28765064--28765101	20	1.9	20	94	0	67	52	7	10	28	1.64
28775770--28775819	22	2.3	22	82	6	57	24	12	28	36	1.91
28784583--28784630	23	2.1	23	96	0	87	47	12	20	18	1.81
28786638--28786693	29	2.0	29	82	10	71	32	8	25	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28797824--28797950	46	2.8	46	85	2	166	21	19	30	28	1.98
28805891--28806066	40	4.4	40	89	3	241	25	27	22	25	2.00
28813929--28814130	40	5.1	39	90	4	273	26	27	22	24	2.00
28816342--28816503	46	3.5	47	80	7	154	27	19	30	22	1.98
28816344--28816503	47	3.4	47	79	9	143	27	19	30	22	1.98
28816533--28816674	71	2.0	71	90	0	221	28	12	24	33	1.92
28817705--28817759	22	2.5	22	93	0	92	10	41	27	20	1.85
28824021--28824137	46	2.5	46	83	6	139	29	18	29	22	1.97
28824061--28824182	47	2.6	47	79	8	133	27	16	30	25	1.97
28830759--28830793	16	2.1	17	89	5	54	54	5	20	20	1.64
28832292--28832415	35	3.5	35	78	4	126	23	23	13	39	1.90
28832539--28832592	28	1.9	28	100	0	108	29	18	11	40	1.85
28833809--28833833	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
28838165--28838207	5	8.6	5	100	0	86	60	0	0	39	0.97
28839299--28839335	17	2.2	17	90	9	58	43	0	32	24	1.55
28839468--28839582	34	3.4	34	78	7	119	18	11	24	46	1.81
28845790--28845842	24	2.2	24	80	6	63	41	16	22	18	1.90
28845886--28845953	27	2.6	26	79	9	68	35	19	25	20	1.96
28848214--28848380	43	3.9	42	77	6	149	34	24	14	26	1.94
28848859--28848906	21	2.3	21	75	3	53	35	16	0	47	1.47
28851546--28851716	93	1.8	93	91	0	279	28	28	20	22	1.98
28851539--28851762	46	4.8	46	79	5	254	29	27	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28854669--28854936	47	5.7	47	90	2	398	32	8	30	27	1.88
28854669--28854936	92	2.9	92	89	4	387	32	8	30	27	1.88
28854669--28854925	139	1.8	139	89	1	408	32	9	30	28	1.88
28855055--28855133	37	2.1	37	85	0	104	25	17	30	26	1.97
28856347--28856698	40	8.8	40	91	0	542	24	21	28	26	1.99
28860553--28860769	47	4.7	47	93	3	368	33	8	29	29	1.86
28860553--28860766	92	2.3	92	94	3	367	33	8	28	29	1.87
28872218--28872251	16	2.1	17	88	5	52	20	11	8	58	1.59
28879366--28879405	17	2.3	18	86	4	55	15	22	45	17	1.85
28882612--28882678	35	1.9	35	85	11	93	32	5	20	40	1.77
28896797--28896858	24	2.6	25	89	5	92	41	22	17	17	1.90
28896816--28896867	24	2.2	24	85	0	68	44	19	19	17	1.87
28910837--28910916	31	2.6	31	89	0	115	46	12	17	23	1.82
28914064--28914498	47	9.1	47	92	1	672	32	9	29	27	1.89
28914617--28914695	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
28916140--28916377	81	3.0	81	87	0	325	24	20	18	36	1.94
28916136--28916385	27	9.3	27	83	0	293	24	19	18	36	1.94
28916377--28916484	27	4.0	27	83	7	121	38	8	23	29	1.84
28916389--28916505	27	4.3	27	87	0	153	40	9	23	27	1.85
28916381--28916493	54	2.1	54	89	0	172	38	7	23	30	1.81
28918481--28918561	6	13.2	6	74	19	69	46	16	18	18	1.84
28918486--28918561	31	2.5	31	89	4	109	46	17	18	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28919079--28919328	27	9.3	27	84	0	284	24	19	18	37	1.94
28919321--28919428	27	4.0	27	88	0	153	39	9	23	27	1.85
28919332--28919450	27	4.4	27	89	0	166	39	10	24	26	1.87
28927571--28927718	42	3.5	42	83	3	181	31	25	13	29	1.94
28934371--28934460	27	3.2	27	78	7	92	33	24	23	18	1.97
28934569--28934631	28	2.2	28	91	0	99	30	9	28	31	1.89
28938951--28939011	24	2.6	23	80	12	70	39	18	19	22	1.92
28941096--28941125	16	1.9	16	93	6	53	80	0	0	20	0.72
28942461--28942502	15	2.7	15	79	17	50	59	0	14	26	1.35
28944478--28944517	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
28950391--28950678	47	6.1	47	92	0	468	32	13	28	25	1.93
28950416--28950491	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
28950438--28950512	23	3.2	23	66	23	66	29	10	32	28	1.90
28950648--28950782	48	2.8	48	91	0	216	33	8	28	29	1.86
28950929--28951037	37	2.9	37	90	0	173	22	17	32	27	1.97
28952315--28952819	40	12.6	40	90	1	780	24	22	28	25	1.99
28952995--28953045	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
28956367--28956651	47	6.1	47	92	0	462	32	13	28	25	1.93
28956392--28956467	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
28956414--28956488	23	3.2	23	66	23	66	29	10	32	28	1.90
28956624--28956758	48	2.8	48	93	0	216	33	8	28	28	1.87
28956905--28957013	37	2.9	37	93	0	182	22	18	32	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28961228--28961261	17	1.9	18	94	5	61	11	20	47	20	1.81
28968554--28968743	94	2.0	94	93	0	326	33	22	11	33	1.89
28979630--28979842	27	7.9	27	80	8	184	31	10	17	39	1.85
28979630--28979841	81	2.6	81	81	6	234	32	10	17	39	1.84
28979630--28979842	54	3.9	54	80	10	222	31	10	17	39	1.85
28981707--28981763	9	5.9	9	73	15	51	33	8	22	35	1.85
28981705--28981775	20	3.5	20	90	0	106	33	11	22	32	1.90
28981822--28981982	23	7.1	23	87	8	233	29	21	19	29	1.98
28981821--28981982	66	2.4	69	85	8	224	29	21	19	29	1.98
28982196--28982259	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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