genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31280235--31280302	27	2.5	27	95	2	118	32	27	13	26	1.93
31294916--31295037	56	2.2	57	83	7	151	28	17	21	32	1.96
31298276--31298352	38	2.0	38	97	0	145	33	22	10	33	1.88
31299759--31299792	8	4.1	8	85	7	50	61	2	0	35	1.11
31303275--31303378	46	2.3	46	93	1	174	43	20	5	30	1.75
31303622--31303728	43	2.5	43	85	0	160	26	27	18	28	1.98
31305277--31305336	6	9.8	6	75	21	54	1	20	1	76	0.96
31305277--31305336	13	4.9	12	76	21	54	1	20	1	76	0.96
31305283--31305343	24	2.5	24	84	5	79	1	18	1	78	0.91
31305283--31305356	24	3.1	23	79	11	60	2	18	2	75	1.04
31305751--31305912	62	2.6	62	80	3	184	25	27	27	19	1.99
31307710--31307740	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
31307707--31307746	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
31307932--31308186	55	4.8	53	80	6	225	21	25	16	35	1.95
31307979--31308179	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	33	1.96
31310373--31310433	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
31313665--31314038	182	2.1	182	97	0	703	30	16	21	31	1.95
31317413--31317473	30	2.1	29	93	3	104	24	14	24	36	1.93
31325981--31326093	54	2.1	54	93	0	190	19	17	8	53	1.69
31331153--31331258	23	4.6	23	77	4	115	31	22	13	33	1.92
31331153--31331281	24	5.5	24	76	8	97	31	23	14	31	1.94
31331147--31331257	46	2.4	45	83	3	132	31	23	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31341599--31341820	40	5.6	40	88	2	313	23	22	26	28	1.99
31341589--31341820	80	2.9	80	90	3	351	23	21	25	28	1.99
31347460--31347681	40	5.6	40	90	1	340	23	22	26	27	1.99
31351214--31351581	184	2.0	183	97	0	691	30	13	21	33	1.92
31354013--31354323	47	6.6	47	93	1	505	33	8	30	28	1.86
31354013--31354323	143	2.2	141	94	1	541	33	8	30	28	1.86
31358021--31358145	27	4.6	27	94	3	205	32	28	12	26	1.93
31358021--31358145	55	2.3	55	92	2	207	32	28	12	26	1.93
31371059--31371142	43	2.0	43	81	13	102	29	29	19	21	1.97
31372944--31373038	47	2.0	47	93	0	163	17	24	23	34	1.96
31374726--31374895	40	4.3	40	89	0	225	26	27	21	24	1.99
31374724--31374948	80	2.8	79	81	3	218	26	27	20	24	1.99
31374880--31374957	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
31382642--31382864	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
31382796--31382873	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
31384348--31384637	46	6.3	46	84	5	390	23	26	19	30	1.98
31385678--31385717	21	1.9	21	85	10	55	47	22	5	25	1.71
31392738--31392929	85	2.2	87	79	13	202	24	16	27	32	1.96
31392718--31392924	44	4.8	43	80	9	203	24	17	27	31	1.97
31398785--31398848	27	2.4	27	89	0	101	20	10	34	34	1.88
31401906--31401973	22	3.1	22	71	21	54	27	2	20	48	1.64
31405058--31405108	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31410313--31410636	47	6.9	47	90	4	458	31	10	30	27	1.90
31413216--31413576	40	9.1	40	91	0	544	24	22	28	24	1.99
31416914--31417216	47	6.4	47	89	5	400	32	9	30	27	1.88
31416925--31417195	140	1.9	142	87	6	399	30	10	31	26	1.90
31416914--31417216	140	2.1	141	82	10	393	32	9	30	27	1.88
31419928--31419996	30	2.3	31	85	9	90	50	4	1	43	1.30
31422496--31422547	24	2.2	24	82	0	59	53	11	3	30	1.54
31426572--31426649	22	3.5	21	79	10	84	37	16	21	24	1.94
31426572--31426710	45	3.1	46	79	11	162	36	17	21	23	1.95
31426601--31426675	22	3.3	24	78	15	81	33	20	22	24	1.97
31428634--31428689	26	2.2	26	93	0	94	25	25	21	28	1.99
31430672--31431019	50	6.9	50	82	1	417	25	18	26	30	1.98
31430672--31431019	101	3.5	101	84	1	421	25	18	26	30	1.98
31430881--31430913	14	2.5	14	90	9	52	24	9	27	39	1.85
31430629--31431019	151	2.6	151	89	0	557	24	18	26	30	1.98
31430625--31431022	101	3.9	99	80	4	393	24	18	26	30	1.98
31435059--31435137	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
31435256--31435701	47	9.4	47	92	1	703	29	29	8	32	1.86
31435306--31435384	25	3.3	25	64	16	67	31	30	5	32	1.79
31435256--31435701	96	4.7	94	91	2	703	29	29	8	32	1.86
31435256--31435697	143	3.1	143	95	0	771	29	29	8	33	1.86
31439491--31439761	40	6.8	40	90	0	409	26	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31439491--31439761	119	2.3	120	89	0	409	26	28	21	24	1.99
31440977--31441055	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
31441174--31441619	47	9.4	47	92	1	703	29	29	8	32	1.86
31441224--31441302	25	3.3	25	64	16	67	31	30	5	32	1.79
31441174--31441619	96	4.7	94	91	2	703	29	29	8	32	1.86
31441174--31441615	143	3.1	143	95	0	771	29	29	8	33	1.86
31444169--31444295	23	5.4	24	78	10	120	34	18	19	27	1.95
31444189--31444303	46	2.5	45	83	5	133	35	19	19	26	1.95
31448812--31448996	40	4.6	40	93	2	309	27	28	22	22	1.99
31462860--31463029	40	4.3	40	89	0	207	24	20	28	27	1.99
31462807--31463031	80	2.8	79	82	3	245	24	20	28	27	1.99
31470696--31470918	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
31470771--31470953	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
31472446--31472618	49	3.6	49	78	5	165	27	20	28	23	1.99
31473173--31473212	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
31477935--31477984	24	2.1	24	100	0	100	34	4	8	54	1.49
31482532--31482707	46	3.8	46	82	6	198	30	20	25	23	1.98
31482771--31482891	49	2.5	49	83	2	145	28	19	28	23	1.99
31487987--31488182	47	4.1	47	92	2	329	32	8	30	29	1.86
31488158--31488206	24	2.0	24	100	0	98	32	8	32	26	1.86
31488113--31488253	71	2.0	71	98	0	273	31	8	31	27	1.87
31488182--31488504	47	6.9	46	93	0	448	32	8	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31488064--31488300	118	2.0	119	95	1	431	32	8	30	28	1.87
31488182--31488504	94	3.4	94	93	0	502	32	8	30	28	1.88
31488017--31488347	165	2.0	166	93	1	574	32	8	30	28	1.87
31488182--31488504	141	2.3	141	90	0	502	32	8	30	28	1.88
31487987--31488394	214	1.9	211	92	3	683	32	8	29	28	1.86
31488623--31488701	37	2.1	37	83	4	97	25	18	30	25	1.98
31492974--31493064	27	3.4	27	86	3	112	39	17	18	24	1.92
31500489--31500576	27	3.3	27	82	1	97	36	17	20	26	1.94
31501230--31501280	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
31511595--31511824	40	5.8	40	90	1	300	26	20	27	24	1.99
31518834--31519063	40	5.8	40	92	1	336	25	21	28	24	1.99
31525696--31525870	61	2.9	60	77	2	179	28	23	14	34	1.94
31526568--31526695	28	4.6	28	80	7	116	21	22	15	40	1.91
31526569--31526698	56	2.3	56	81	5	138	20	22	16	41	1.90
31527192--31527258	22	3.2	20	77	12	62	49	22	11	16	1.78
31527170--31527263	42	2.2	42	84	3	125	46	25	12	14	1.80
31531334--31531423	34	2.6	34	83	11	112	26	25	26	21	1.99
31533340--31533405	32	2.1	32	91	0	105	45	21	10	22	1.82
31534251--31534306	18	3.1	18	82	12	62	32	16	7	44	1.74
31546913--31546949	18	2.1	18	95	5	67	16	10	8	64	1.47
31553919--31554045	47	2.7	46	82	8	143	30	18	26	24	1.98
31554261--31554426	27	6.1	27	84	0	197	38	9	24	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31554261--31554426	81	2.0	81	89	0	251	38	9	24	28	1.85
31555499--31555570	25	3.0	24	78	13	58	29	23	18	29	1.97
31555532--31555595	25	2.6	25	87	0	92	26	23	21	28	1.99
31556527--31556718	27	7.1	27	80	4	156	33	9	17	39	1.82
31556529--31556614	29	3.0	28	85	8	104	37	11	12	38	1.80
31556535--31556724	54	3.6	53	80	8	174	31	8	19	40	1.81
31556721--31556927	27	7.7	27	86	6	251	38	9	23	28	1.85
31559287--31559381	25	3.8	25	90	2	147	26	23	24	26	2.00
31559584--31559832	27	9.3	27	87	0	302	23	18	20	37	1.94
31559817--31559880	27	2.4	26	92	5	101	29	7	21	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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