genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.154.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50440924--50441173	80	3.1	79	86	1	329	33	20	21	25	1.97
50441600--50441664	22	3.0	22	75	8	69	23	23	20	33	1.97
50441796--50441897	27	3.8	27	84	5	125	18	22	20	38	1.94
50442057--50442144	6	14.3	6	73	13	72	19	20	14	45	1.85
50442047--50442144	31	3.2	31	91	0	151	19	20	14	45	1.84
50444087--50444400	27	11.6	27	85	1	405	39	22	7	30	1.82
50444087--50444453	27	13.6	27	82	4	357	38	22	7	30	1.83
50444493--50444615	27	4.6	27	86	2	167	34	20	18	26	1.95
50445375--50445453	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
50445572--50446483	47	19.4	47	90	4	1412	28	29	8	33	1.87
50445622--50445700	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
50445572--50446483	96	9.7	94	89	4	1412	28	29	8	33	1.87
50445572--50446479	143	6.4	143	95	2	1624	28	29	8	33	1.87
50445824--50445900	37	2.1	37	97	0	145	24	32	10	32	1.89
50448925--50449055	27	4.9	27	81	2	140	32	20	22	25	1.98
50448925--50449054	53	2.4	53	83	3	154	32	20	22	25	1.98
50449482--50449546	22	3.0	22	80	8	78	21	23	21	33	1.97
50449712--50449806	27	3.5	27	81	5	102	21	23	20	35	1.96
50449905--50450003	31	3.2	31	89	1	135	22	18	11	48	1.79
50449928--50450018	6	14.8	6	72	17	62	21	18	12	47	1.81
50451363--50451427	30	2.2	30	97	0	121	38	6	13	41	1.70
50452943--50453063	44	2.8	43	85	8	174	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50454513--50454643	46	2.8	48	83	4	162	26	27	17	28	1.98
50464221--50464347	68	1.9	68	83	6	168	33	14	28	23	1.95
50468673--50468988	47	6.8	47	70	13	156	25	28	18	27	1.98
50475438--50475478	17	2.4	17	95	0	73	46	14	7	31	1.72
50477246--50477343	39	2.5	39	83	4	119	37	5	8	48	1.55
50481890--50481924	15	2.3	15	90	0	52	34	25	14	25	1.94
50484909--50484987	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
50485106--50485408	47	6.4	47	92	1	471	28	30	8	32	1.86
50485156--50485234	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
50485106--50485404	96	3.2	96	90	2	480	28	30	8	32	1.87
50485106--50485408	143	2.1	141	93	1	507	28	30	8	32	1.86
50485951--50486068	57	2.1	57	100	0	236	34	10	16	38	1.83
50489042--50489144	37	2.8	37	90	0	161	27	30	18	24	1.98
50489285--50489814	48	11.0	48	90	0	826	31	25	6	36	1.82
50493489--50494120	40	15.8	40	88	1	872	26	27	20	26	1.99
50495325--50495427	37	2.8	37	96	0	188	26	32	19	22	1.97
50495553--50496099	48	11.3	48	90	1	833	31	25	6	36	1.81
50502933--50502999	33	2.0	33	100	0	134	35	28	0	35	1.58
50504352--50504566	46	4.6	48	76	3	204	30	17	27	25	1.97
50504352--50504566	94	2.3	94	85	0	304	30	17	27	25	1.97
50504584--50504712	49	2.6	49	80	4	136	31	17	24	26	1.97
50510460--50510637	46	3.8	46	74	14	177	31	28	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50510469--50510638	93	1.8	93	88	2	261	31	28	18	22	1.97
50516440--50516651	46	4.5	47	79	7	225	30	17	26	24	1.97
50516440--50516651	94	2.3	94	90	0	334	30	17	26	24	1.97
50516580--50516843	49	5.5	48	72	9	184	28	20	26	25	1.99
50520094--50520177	26	3.2	26	84	0	114	39	19	5	35	1.76
50524450--50524512	31	2.0	31	100	0	126	22	15	0	61	1.33
50554813--50554924	46	2.5	44	82	8	136	24	28	17	29	1.97
50559982--50560136	43	3.6	42	75	8	118	27	21	25	25	2.00
50566085--50566133	24	2.0	24	100	0	98	42	8	8	40	1.64
50570968--50571052	38	2.2	39	85	8	120	52	1	18	27	1.52
50570986--50571061	38	2.0	38	100	0	152	47	2	18	31	1.62
50580023--50580065	23	2.0	23	81	9	54	65	2	0	32	1.06
50580307--50580359	21	2.5	21	90	0	79	32	39	7	20	1.81
50584138--50584184	24	1.9	25	87	12	71	48	0	0	51	1.00
50585937--50585985	16	3.2	16	72	16	50	30	0	0	69	0.89
50586013--50586062	21	2.4	20	81	15	57	32	2	4	62	1.25
50596800--50596884	39	2.2	39	95	0	152	58	4	4	31	1.39
50609720--50609803	41	2.0	41	84	8	109	32	26	19	22	1.97
50625588--50625666	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
50625799--50625848	24	2.1	24	92	0	82	26	38	8	28	1.84
50625823--50626246	47	8.9	47	90	3	668	29	29	8	31	1.87
50625823--50626246	96	4.4	96	95	1	717	29	29	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50629878--50630057	28	6.6	27	94	2	279	30	28	13	27	1.94
50629878--50630057	55	3.3	54	92	3	279	30	28	13	27	1.94
50629878--50630057	83	2.2	82	91	1	288	30	28	13	27	1.94
50644167--50644221	26	2.2	25	83	6	67	27	27	21	23	1.99
50652229--50652325	48	2.0	48	91	0	158	39	8	22	29	1.83
50652916--50652963	24	2.0	24	87	0	69	20	27	16	35	1.94
50655347--50655641	146	2.0	146	99	0	581	34	13	13	38	1.84
50656135--50656342	39	5.3	39	89	0	290	29	28	21	20	1.98
50662060--50662316	39	6.5	39	89	2	381	28	29	22	20	1.98
50675031--50675133	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
50675274--50675425	48	3.2	48	97	0	277	30	29	6	32	1.83
50689758--50689789	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
50690515--50690552	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
50698019--50698048	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
50700545--50700643	25	4.0	25	85	2	101	32	22	15	30	1.94
50704238--50704381	27	5.3	27	81	9	168	41	20	15	21	1.90
50704416--50704461	23	2.0	24	84	16	62	26	13	17	43	1.85
50704730--50704780	18	2.8	18	72	19	52	31	15	13	39	1.87
50704794--50704888	34	2.8	34	90	0	136	27	22	25	25	2.00
50708156--50708380	40	5.6	40	83	2	290	25	23	27	24	2.00
50708156--50708416	80	3.3	80	82	3	303	25	23	26	24	2.00
50712420--50712643	29	7.7	29	70	16	124	34	22	18	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50712423--50712498	30	2.6	29	83	4	98	34	21	22	22	1.97
50720893--50721134	47	5.1	47	88	4	331	33	10	29	27	1.90
50720967--50721042	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
50721108--50721244	46	3.0	46	84	4	186	35	8	30	25	1.85
50724376--50724410	17	2.1	17	94	0	61	54	11	0	34	1.37
50726741--50726802	9	6.2	9	75	17	52	20	3	4	70	1.19
50726739--50726805	15	4.7	15	74	10	59	19	2	4	73	1.14
50726741--50726802	21	3.0	21	78	0	79	20	3	4	70	1.19
50735857--50735963	43	2.5	42	82	7	135	28	22	16	32	1.96
50740469--50740506	18	2.1	18	100	0	76	23	28	26	21	1.99
50741930--50741969	19	2.2	17	86	8	53	57	0	35	7	1.27
50742518--50742561	10	4.2	10	83	11	52	54	2	0	43	1.12
50744366--50744410	6	7.7	6	90	2	56	0	13	4	82	0.82
50760001--50760152	27	5.6	27	92	3	232	26	13	29	30	1.94
50760001--50760152	55	2.8	55	93	0	250	26	13	29	30	1.94
50765777--50765860	42	2.0	42	100	0	168	38	21	11	28	1.89
50768575--50768643	3	22.7	3	75	11	54	26	1	4	68	1.17
50768575--50768646	12	5.7	12	72	18	65	25	1	4	69	1.14
50768581--50768643	17	4.1	15	77	22	53	26	1	4	66	1.20
50770639--50770755	58	2.0	58	88	3	173	27	17	11	43	1.84
50775445--50775691	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
50783205--50783331	57	2.2	58	81	14	158	47	5	18	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50783302--50783329	6	4.7	6	100	0	56	71	0	14	14	1.15
50783237--50783346	57	1.9	57	83	7	143	48	8	17	26	1.75
50785717--50785766	18	2.7	19	84	6	68	32	10	18	40	1.83
50785820--50785874	9	6.1	9	86	0	65	50	14	5	29	1.65
50785820--50785874	18	3.1	18	86	0	74	50	14	5	29	1.65
50785820--50785874	27	2.0	27	89	0	83	50	14	5	29	1.65
50786228--50786267	20	2.0	20	85	9	55	22	30	0	47	1.52
50788133--50788328	95	2.1	96	99	0	385	33	18	15	31	1.93
50798320--50798413	22	4.2	22	71	13	77	54	3	1	41	1.23
50804939--50804990	23	2.4	22	75	12	54	32	17	7	42	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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