genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57546177--57546316	67	2.1	68	87	2	201	31	22	27	19	1.98
57546954--57547007	27	2.0	27	88	0	81	22	20	18	38	1.93
57546991--57547215	27	8.3	27	76	5	134	30	8	20	40	1.83
57547102--57547223	54	2.3	54	86	0	181	30	8	18	42	1.80
57547028--57547229	27	7.5	27	79	0	143	31	9	18	40	1.83
57549868--57549904	17	2.2	17	90	4	58	59	5	5	29	1.42
57550621--57550660	14	2.8	13	82	17	53	45	2	15	37	1.59
57559958--57559994	17	2.2	17	90	4	58	59	5	5	29	1.42
57560712--57560756	21	2.1	21	100	0	90	44	13	0	42	1.43
57570439--57570598	42	3.8	42	84	1	194	32	12	23	31	1.92
57570439--57570598	85	1.9	84	85	1	221	32	12	23	31	1.92
57584090--57584409	49	6.6	49	97	1	594	32	7	29	30	1.86
57584090--57584409	96	3.3	97	95	3	583	32	7	29	30	1.86
57584390--57584428	19	2.1	19	100	0	78	30	0	35	33	1.58
57584247--57584536	162	1.8	160	93	1	499	32	7	31	29	1.85
57584294--57584522	115	2.0	113	92	1	377	31	7	31	29	1.86
57584341--57584475	66	2.0	67	97	2	254	31	5	31	31	1.82
57584409--57584536	47	2.7	47	87	0	184	32	7	32	28	1.85
57584367--57584469	31	3.2	31	63	24	77	31	7	32	29	1.85
57595061--57595173	43	2.7	41	71	16	95	23	15	26	34	1.94
57601802--57601867	33	2.0	33	96	0	123	53	13	6	27	1.63
57602686--57602848	42	3.8	42	79	9	170	23	19	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57602685--57602848	84	1.9	86	87	7	246	23	18	26	30	1.98
57604698--57604751	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
57605000--57605188	50	3.8	49	80	2	171	26	18	25	29	1.98
57616391--57616567	28	6.3	28	90	2	250	27	11	26	34	1.91
57624823--57624854	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
57625111--57625174	26	2.4	27	86	2	85	35	25	10	28	1.89
57625278--57625390	27	4.2	27	88	3	149	18	23	22	36	1.95
57625276--57625390	55	2.1	54	85	7	162	18	22	22	36	1.95
57632555--57632633	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
57632752--57633323	47	12.1	47	94	1	892	29	30	8	31	1.87
57632752--57633323	190	3.0	188	92	1	928	29	30	8	31	1.87
57632752--57633323	284	2.0	284	92	0	955	29	30	8	31	1.87
57645602--57645635	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
57646334--57646491	7	22.7	7	68	15	51	41	35	0	22	1.59
57646416--57646507	14	6.5	14	79	1	76	42	31	0	26	1.56
57646466--57646509	15	2.9	15	83	6	54	50	22	0	27	1.50
57648058--57648127	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
57653907--57654129	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
57661742--57661964	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
57661817--57661999	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
57664533--57664644	56	2.0	56	96	0	206	20	31	24	24	1.98
57672600--57672738	27	5.1	27	83	6	140	41	20	19	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57672732--57672856	27	4.6	27	85	4	153	27	16	17	38	1.91
57673085--57673130	24	1.9	24	82	8	58	19	2	47	30	1.61
57673143--57673197	18	3.1	18	76	7	60	18	16	14	50	1.77
57677012--57677056	15	2.9	15	83	6	63	57	15	20	6	1.60
57683670--57683709	18	2.2	18	86	0	53	57	17	5	20	1.58
57686049--57686339	27	10.8	27	90	0	420	38	20	14	26	1.91
57688910--57689008	28	3.5	29	85	9	116	28	14	28	29	1.95
57696172--57696415	49	4.9	49	76	5	229	29	24	18	27	1.98
57696233--57696413	100	1.8	101	88	1	283	29	24	18	27	1.98
57696662--57696715	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
57720560--57720597	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
57720826--57720996	46	3.7	46	76	4	191	29	28	20	21	1.98
57720827--57720997	93	1.8	93	91	0	279	29	29	20	21	1.98
57726383--57726553	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
57726378--57726550	46	3.7	46	77	13	192	30	27	20	21	1.98
57730683--57730752	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
57739328--57739479	27	5.6	27	92	3	223	30	29	13	26	1.94
57739328--57739504	55	3.2	55	89	0	255	31	29	12	25	1.93
57742686--57742890	27	7.6	27	86	3	216	28	14	27	29	1.95
57742687--57742890	109	1.9	108	85	5	286	27	14	27	29	1.95
57750808--57750985	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57750809--57750964	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57750805--57750985	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57752337--57752722	49	8.0	49	90	3	640	29	30	8	31	1.88
57752337--57752719	96	4.0	97	95	1	639	29	30	8	30	1.88
57752343--57752722	145	2.6	145	94	0	656	29	30	8	31	1.88
57754661--57754691	11	2.7	11	95	5	53	0	19	0	80	0.71
57757158--57757368	46	4.6	46	80	10	200	23	29	18	27	1.98
57759324--57759450	43	3.0	43	76	11	136	31	26	17	24	1.97
57759324--57759435	43	2.7	43	80	8	140	30	27	17	24	1.97
57765166--57765201	18	2.0	18	100	0	72	27	16	22	33	1.95
57765126--57765241	58	2.0	58	98	0	223	23	24	23	29	1.99
57765184--57765315	40	3.3	40	90	1	203	23	25	24	27	2.00
57770827--57771051	40	5.7	40	86	4	294	24	22	27	26	2.00
57770918--57771084	80	2.1	80	85	7	225	25	20	26	26	1.99
57778740--57779029	40	7.4	39	76	11	184	25	20	26	26	1.99
57778736--57778996	80	3.3	80	83	7	288	24	21	26	27	1.99
57778797--57779019	76	2.9	75	84	7	211	25	19	26	28	1.99
57778736--57779029	119	2.5	116	79	11	280	25	20	26	26	1.99
57780344--57780407	28	2.3	28	86	0	83	21	17	34	26	1.95
57780723--57781061	27	12.7	27	81	8	336	39	18	9	32	1.83
57780790--57780995	53	3.9	54	84	5	267	40	19	8	32	1.81
57780932--57781101	54	3.2	53	77	8	148	38	15	12	32	1.86
57780932--57781101	27	6.3	27	79	8	116	38	15	12	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57784533--57784796	40	6.6	40	90	1	379	23	22	26	28	1.99
57788785--57788910	46	2.7	46	96	0	225	29	27	22	20	1.98
57788787--57788929	46	3.1	45	88	4	146	28	28	21	20	1.98
57794785--57794942	43	3.7	43	79	12	164	32	25	17	24	1.96
57794785--57794943	85	1.9	85	81	7	198	33	25	16	23	1.96
57797062--57797114	5	10.2	5	82	8	61	77	1	3	16	1.01
57797044--57797112	27	2.5	27	81	6	86	75	5	4	14	1.15
57798691--57798721	16	1.9	16	93	0	53	67	3	9	19	1.33
57798738--57798787	3	16.7	3	91	0	82	66	0	4	30	1.10
57804967--57805133	46	3.5	46	80	9	151	28	20	28	22	1.98
57810796--57810853	29	1.9	29	83	13	73	46	1	18	32	1.60
57812087--57812111	13	1.9	13	100	0	50	32	32	16	20	1.94
57815065--57815332	47	5.8	44	72	17	170	29	19	29	22	1.98
57815065--57815322	140	1.8	140	81	6	326	29	18	29	22	1.97
57815106--57815326	47	4.7	48	77	8	197	29	18	30	21	1.97
57816911--57816949	19	2.0	20	85	14	55	38	15	0	46	1.46
57819720--57819806	24	3.8	24	81	14	94	22	22	18	35	1.95
57819721--57819843	23	5.3	23	77	14	110	23	21	17	36	1.95
57819720--57819835	45	2.5	45	84	8	146	23	22	18	36	1.95
57821446--57821670	40	5.6	39	83	7	272	25	27	23	24	2.00
57821446--57821670	83	2.8	80	86	4	326	25	27	23	24	2.00
57830174--57830204	15	2.1	15	93	0	53	29	16	25	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57833207--57833407	40	5.1	40	82	8	232	25	20	27	25	1.99
57833257--57833421	79	2.1	79	84	6	210	25	20	27	26	1.99
57836217--57836376	86	1.9	85	81	13	195	33	26	15	24	1.95
57838729--57838901	93	1.9	93	92	0	292	28	30	21	19	1.98
57838722--57838897	46	3.8	46	78	10	196	29	30	21	19	1.97
57841286--57841374	15	6.0	15	76	8	76	58	14	15	11	1.63
57841296--57841374	30	2.6	31	78	11	92	56	13	16	12	1.66
57844295--57844467	93	1.9	93	93	0	301	27	31	21	19	1.97
57844288--57844463	46	3.8	46	79	10	205	28	30	21	19	1.97
57845672--57845698	11	2.5	11	100	0	54	66	7	0	25	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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