genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22389562--22389676	6	18.7	6	70	18	58	49	13	16	20	1.79
22389571--22389705	31	4.5	31	82	10	131	50	12	16	20	1.77
22389607--22389702	25	3.6	25	84	8	111	51	14	14	19	1.77
22389576--22389697	56	2.2	56	89	1	183	50	13	16	20	1.78
22389842--22389961	27	4.5	26	82	8	127	35	20	25	19	1.96
22390102--22390166	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
22390421--22390451	16	1.9	16	100	0	62	32	19	19	29	1.96
22390590--22391135	27	20.3	27	87	1	774	24	21	21	32	1.98
22391120--22391217	27	3.7	27	70	8	65	31	8	22	37	1.83
22391170--22391512	27	12.8	27	78	6	196	31	8	20	39	1.83
22391228--22391512	54	5.3	53	86	4	299	31	8	19	40	1.81
22391227--22391512	81	3.5	80	81	4	315	31	8	19	40	1.82
22391173--22391512	108	3.2	107	85	3	398	31	8	20	40	1.82
22392353--22392467	29	4.1	30	78	10	118	26	29	13	29	1.95
22392353--22392463	58	1.9	56	82	7	134	26	30	14	28	1.95
22392536--22392572	19	2.0	18	89	5	56	18	37	16	27	1.92
22398034--22398067	15	2.3	15	100	0	68	67	5	14	11	1.39
22398403--22398442	12	3.3	12	89	0	62	80	0	7	12	0.91
22398398--22398442	6	7.5	6	82	0	54	77	0	8	13	0.98
22405515--22405610	27	3.6	27	85	0	129	23	22	19	33	1.97
22407183--22407224	21	2.0	21	100	0	84	28	4	19	47	1.69
22408206--22408361	43	3.6	43	82	2	179	27	14	24	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22421113--22421233	42	2.8	43	79	7	120	31	26	15	26	1.96
22426550--22426728	38	4.7	38	83	1	205	33	25	20	20	1.97
22426550--22426715	76	2.2	78	85	2	228	34	25	19	20	1.96
22429866--22430004	43	3.2	43	83	9	167	28	15	23	31	1.96
22434837--22435018	40	4.6	40	80	9	203	25	26	21	25	2.00
22434837--22435018	79	2.3	81	81	9	205	25	26	21	25	2.00
22442246--22442430	79	2.3	81	82	7	218	25	27	21	25	2.00
22442246--22442430	40	4.6	41	77	10	195	25	27	21	25	2.00
22444656--22444833	27	6.6	26	76	11	117	29	28	14	27	1.95
22444682--22444832	82	1.9	81	88	4	232	29	28	14	27	1.95
22452760--22452937	27	6.6	26	76	11	117	29	28	14	27	1.95
22452786--22452936	82	1.9	81	88	4	232	29	28	14	27	1.95
22455598--22455657	21	2.9	21	77	5	68	13	16	16	53	1.73
22455577--22455657	42	1.9	42	85	5	110	16	16	14	53	1.74
22458049--22458098	18	2.8	18	84	3	57	12	30	42	16	1.84
22465245--22465341	23	4.3	23	75	3	90	23	24	18	32	1.97
22465256--22465376	46	2.6	46	79	7	122	26	23	17	33	1.96
22466810--22466987	40	4.5	40	90	3	254	25	26	23	24	2.00
22474657--22474830	40	4.4	40	89	5	239	25	26	22	25	2.00
22476003--22476043	13	3.2	13	80	13	50	17	12	0	70	1.16
22482788--22482936	23	6.4	22	80	6	102	27	19	18	34	1.95
22482788--22482914	23	5.5	22	75	11	105	26	18	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22482788--22482914	46	2.8	44	82	7	137	26	18	17	37	1.93
22483357--22483420	32	2.0	32	93	0	110	39	18	15	26	1.91
22489010--22489290	47	5.9	49	72	12	194	23	31	18	26	1.98
22494596--22494772	45	4.0	45	95	0	302	22	22	28	25	1.99
22495247--22495279	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
22500897--22500976	38	2.1	39	81	6	92	35	28	17	18	1.94
22503179--22503228	22	2.3	22	86	3	66	24	36	26	14	1.93
22513037--22513144	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
22520069--22520176	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
22535615--22535820	80	2.6	80	89	2	299	27	26	21	23	1.99
22535650--22535820	40	4.3	40	96	0	297	28	26	21	23	1.99
22541741--22541848	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
22542987--22543021	7	5.0	7	100	0	70	28	14	0	57	1.38
22544555--22544666	46	2.5	46	85	1	136	34	20	16	27	1.95
22548604--22548630	6	4.5	6	100	0	54	29	37	0	33	1.58
22548695--22548734	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
22552121--22552156	3	11.7	3	94	5	63	66	0	0	33	0.92
22555593--22555764	43	4.0	44	76	13	169	24	16	27	31	1.96
22562209--22562275	32	2.1	32	100	0	134	43	0	25	31	1.55
22562857--22562987	42	3.0	43	77	12	124	25	14	24	35	1.94
22562907--22562989	42	2.0	43	88	7	125	24	15	25	34	1.95
22562910--22563002	42	2.2	42	82	5	116	29	17	21	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22565684--22565746	28	2.3	28	97	2	119	15	49	22	12	1.79
22566638--22566907	47	5.8	48	77	9	211	25	28	17	28	1.97
22566638--22566845	93	2.2	94	80	6	235	25	29	17	27	1.98
22566644--22566901	140	1.8	140	82	4	333	25	28	16	29	1.97
22587781--22587978	68	3.0	67	72	18	189	41	4	2	51	1.36
22587850--22587966	62	1.9	59	86	5	162	41	4	3	51	1.38
22592536--22592656	35	3.5	35	77	4	145	30	11	14	42	1.82
22592643--22592771	50	2.5	50	81	2	132	27	6	22	42	1.79
22594095--22594141	24	2.0	24	86	0	67	25	36	23	14	1.93
22599735--22599959	122	1.9	120	90	3	362	39	12	20	28	1.89
22605153--22605193	20	2.0	20	90	0	64	36	19	19	24	1.95
22607088--22607232	35	4.1	35	73	2	121	26	13	17	42	1.86
22615522--22615580	31	1.9	30	86	3	82	23	22	18	35	1.96
22620503--22620678	46	3.8	45	78	10	194	21	21	28	28	1.98
22620499--22620670	93	1.8	93	92	0	290	20	21	29	27	1.98
22635727--22635835	58	1.9	58	84	5	150	33	22	16	28	1.95
22638780--22638820	20	2.1	19	90	4	64	43	9	4	41	1.59
22651995--22652139	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
22659982--22660126	40	3.6	40	84	4	175	26	24	26	23	2.00
22662720--22662803	42	2.0	42	92	0	141	30	10	13	45	1.77
22667277--22667341	32	2.0	32	100	0	130	46	12	12	29	1.78
22675085--22675129	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22676527--22676553	13	2.1	13	100	0	54	44	18	14	22	1.86
22680545--22680587	22	1.9	23	90	4	70	23	53	2	20	1.57
22680774--22680825	27	1.9	27	88	0	77	26	17	21	34	1.95
22685497--22685575	15	5.4	15	80	10	92	8	15	15	60	1.57
22687959--22688134	46	3.8	45	75	10	167	21	21	28	28	1.98
22691982--22692196	40	5.4	40	89	2	292	26	21	24	27	2.00
22696007--22696071	30	2.2	30	88	0	103	43	30	9	16	1.80
22705181--22705318	40	3.5	40	89	3	199	25	23	27	23	2.00
22709692--22709750	30	2.0	30	86	0	82	38	6	23	30	1.81
22710563--22710777	54	4.0	54	79	4	209	36	18	24	20	1.94
22716345--22716402	30	1.9	31	89	3	91	36	6	25	31	1.83
22717205--22717401	54	3.6	54	83	4	245	35	18	24	21	1.96
22719530--22719608	37	2.1	37	88	4	115	25	31	18	24	1.98
22719742--22720325	47	12.7	47	88	6	536	29	30	9	31	1.88
22719832--22719899	34	2.0	34	100	0	136	29	29	8	32	1.87
22719866--22720328	47	9.9	47	98	0	899	29	29	8	32	1.87
22723728--22724042	40	7.9	40	78	7	211	25	27	21	25	2.00
22723819--22724042	79	2.8	81	79	7	208	25	27	21	25	1.99
22724350--22724428	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
22724410--22724512	43	2.4	43	98	0	197	27	35	14	22	1.93
22726365--22726443	37	2.1	37	88	4	115	27	30	17	24	1.97
22726562--22726988	47	9.1	47	93	0	665	29	30	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22744385--22744422	20	1.9	20	94	0	67	42	26	5	26	1.76
22744575--22744671	24	4.1	24	77	4	99	40	17	21	20	1.92
22744596--22744664	23	2.9	24	76	4	77	42	18	20	18	1.90
22748996--22749044	14	2.8	19	71	28	63	22	6	22	48	1.72
22752677--22752737	26	2.3	27	88	5	97	26	18	13	42	1.86
22752886--22752920	6	5.8	6	89	0	52	17	22	0	60	1.37
22752886--22752920	12	2.9	12	91	0	61	17	22	0	60	1.37
22754597--22754656	31	1.9	31	83	6	77	61	6	1	30	1.31
22755466--22755503	18	2.1	19	85	5	51	42	13	13	31	1.82
22763706--22763731	5	5.2	5	100	0	52	76	0	23	0	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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