genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25254450--25254512	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
25254549--25254596	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
25270721--25270890	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
25270716--25270887	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
25270718--25270906	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
25271326--25271385	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
25273694--25273733	17	2.4	17	91	0	62	45	12	7	35	1.70
25291692--25291869	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
25291693--25291848	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
25291689--25291869	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
25291827--25291880	27	2.0	27	81	0	63	27	14	27	29	1.95
25294723--25294859	46	3.0	46	91	0	220	25	31	8	34	1.86
25294833--25295211	47	8.1	47	91	0	553	26	29	10	33	1.90
25295017--25295139	22	5.3	22	64	30	69	25	28	13	32	1.94
25295133--25295212	25	3.3	25	68	16	69	31	27	6	35	1.82
25301511--25301557	18	2.6	17	78	15	51	12	8	0	78	0.95
25306261--25306297	11	3.4	11	100	0	74	35	24	0	40	1.55
25307913--25308186	47	5.8	47	92	1	440	32	8	29	29	1.87
25307913--25308186	96	2.9	94	92	2	440	32	8	29	29	1.87
25307913--25308186	143	1.9	141	91	1	449	32	8	29	29	1.87
25308305--25308383	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
25314497--25314810	38	8.3	38	88	0	448	21	21	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25314497--25314810	114	2.8	114	90	0	493	21	21	24	32	1.98
25320386--25320698	38	8.3	38	87	0	448	21	22	25	30	1.98
25324472--25324691	46	4.7	46	79	12	207	24	31	18	26	1.97
25324476--25324691	94	2.3	93	84	5	265	24	31	18	26	1.97
25325028--25325086	30	1.9	31	93	3	102	28	23	11	35	1.91
25326336--25326362	12	2.2	12	100	0	54	33	29	7	29	1.85
25334225--25334408	40	4.6	40	82	7	219	25	26	23	24	2.00
25334225--25334408	83	2.3	80	85	3	244	25	26	23	24	2.00
25337576--25337801	47	4.8	47	78	8	219	24	30	18	27	1.98
25337574--25337801	94	2.4	93	84	3	296	24	30	18	27	1.98
25339680--25339903	40	5.6	40	79	4	218	26	23	26	24	2.00
25339680--25339903	80	2.8	80	82	2	270	26	23	26	24	2.00
25339680--25339903	120	1.9	121	81	4	274	26	23	26	24	2.00
25345333--25345409	37	2.1	37	87	0	109	25	31	20	22	1.98
25345530--25346056	47	11.1	47	91	2	829	28	29	9	32	1.89
25345530--25346056	96	5.5	96	91	3	841	28	29	9	32	1.89
25345530--25346056	143	3.7	143	94	0	887	28	29	9	32	1.89
25352199--25352423	40	5.6	40	80	5	222	25	24	27	23	2.00
25352199--25352459	80	3.3	80	82	3	294	25	23	26	24	2.00
25352199--25352459	120	2.2	120	81	6	298	25	23	26	24	2.00
25355520--25355677	53	2.9	54	78	5	167	20	23	18	37	1.94
25355520--25355696	53	3.3	52	74	8	140	22	23	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25361014--25361071	30	2.0	29	96	3	107	25	18	24	31	1.98
25366423--25366447	8	3.1	8	100	0	50	24	0	28	48	1.52
25368333--25368393	30	2.1	29	93	3	104	26	16	21	36	1.94
25370580--25370639	30	2.0	30	93	0	102	23	3	15	58	1.52
25370761--25370790	11	2.7	11	89	0	51	66	0	0	33	0.92
25380517--25380554	19	2.0	19	94	0	67	13	21	21	44	1.85
25382993--25383046	16	3.5	16	69	16	51	50	1	5	42	1.36
25391227--25391273	24	2.0	24	86	0	67	34	6	36	23	1.80
25392681--25392773	27	3.4	27	82	8	118	17	24	21	36	1.94
25394675--25394724	15	3.0	15	83	16	55	44	2	14	40	1.56
25394692--25394731	20	2.0	20	90	9	64	42	5	12	40	1.64
25395067--25395169	18	5.8	18	78	5	93	38	11	13	35	1.81
25397193--25397505	49	6.6	47	71	13	171	29	19	28	22	1.98
25398265--25398399	55	2.4	55	91	1	207	21	18	33	26	1.96
25398265--25398416	55	2.8	53	87	4	187	21	18	34	25	1.96
25406741--25406781	19	2.1	20	86	4	57	51	4	14	29	1.63
25407620--25407839	49	4.6	48	75	6	189	28	20	27	23	1.99
25417695--25418095	47	8.5	47	93	1	649	33	7	29	29	1.85
25417695--25418095	190	2.1	188	93	0	685	33	7	29	29	1.85
25419473--25419664	40	4.8	40	87	0	267	24	21	28	26	1.99
25423186--25423537	47	7.5	47	95	0	596	32	7	30	28	1.86
25425128--25425210	43	1.9	43	92	0	139	30	32	19	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25425138--25425282	43	3.4	43	78	7	120	31	31	17	20	1.96
25427724--25427758	17	2.1	17	100	0	70	48	11	11	28	1.74
25447738--25448921	589	2.0	588	95	1	2124	33	6	19	40	1.77
25454993--25455071	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
25455190--25455637	47	9.4	47	90	2	653	28	29	9	32	1.88
25459006--25459084	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
25459205--25459627	47	9.0	47	91	3	627	27	31	10	30	1.90
25463084--25463465	120	3.2	120	88	3	520	24	27	22	25	2.00
25463070--25463386	40	7.9	40	93	0	526	24	27	22	25	2.00
25463087--25463465	40	9.5	40	87	4	241	24	27	22	25	2.00
25463777--25463855	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
25465750--25465828	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
25465949--25466374	47	9.0	47	92	2	645	27	32	9	30	1.89
25468644--25468787	72	2.0	72	91	2	236	23	21	21	33	1.97
25470524--25470550	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
25471035--25471212	27	6.6	27	82	3	187	27	15	28	29	1.96
25471035--25471212	54	3.3	55	81	5	209	27	15	28	29	1.96
25471036--25471191	82	1.9	81	85	3	215	27	15	28	28	1.96
25471032--25471212	82	2.2	81	81	2	211	27	15	27	29	1.96
25482870--25483087	40	5.5	40	84	4	239	26	29	22	22	1.99
25482870--25483086	80	2.7	79	86	6	280	26	29	21	22	1.99
25492922--25493044	29	4.3	29	90	1	176	28	14	30	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25492935--25493069	29	4.7	29	87	2	103	27	14	31	26	1.95
25515980--25516072	39	2.4	39	79	0	105	23	23	18	34	1.96
25518496--25518640	43	3.4	44	76	10	147	33	27	17	22	1.96
25524968--25525011	8	5.5	8	88	0	52	4	18	18	59	1.55
25524968--25525011	16	2.8	16	82	0	61	4	18	18	59	1.55
25527930--25528244	46	6.7	49	69	19	160	24	28	17	29	1.97
25527930--25528105	45	3.8	47	75	14	145	25	27	18	29	1.98
25533683--25533832	80	1.9	80	97	0	282	25	24	25	25	2.00
25533683--25533830	40	3.7	40	92	0	251	25	24	25	25	2.00
25536368--25536480	29	3.9	29	89	1	165	30	30	13	24	1.93
25541956--25542013	30	1.9	30	85	0	80	41	5	24	29	1.76
25542349--25542572	104	2.2	104	92	1	369	17	18	31	31	1.95
25542491--25542642	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
25562688--25563037	40	8.8	40	90	0	529	23	20	29	26	1.99
25566391--25566853	47	9.7	47	94	2	759	32	8	29	29	1.86
25566391--25566853	96	4.9	96	93	4	762	32	8	29	29	1.86
25566972--25567050	37	2.1	37	85	0	104	24	16	31	27	1.96
25571045--25571072	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
25578115--25578163	24	2.0	24	96	0	89	36	12	2	48	1.52
25578123--25578205	27	3.3	26	78	9	66	42	10	6	40	1.64
25578599--25578650	26	2.0	26	100	0	104	26	11	26	34	1.91
25579692--25579724	13	2.5	14	85	14	52	60	0	24	15	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25579692--25579724	7	5.0	7	89	10	52	60	0	24	15	1.35
25580929--25580967	6	6.3	6	84	3	51	2	17	0	79	0.84
25581014--25581149	68	2.0	68	95	0	245	18	14	18	48	1.81
25582044--25582129	43	2.0	43	95	0	154	40	10	17	31	1.83
25588959--25589015	21	2.9	21	75	10	50	50	0	1	47	1.11
25588992--25589020	13	2.1	14	93	6	51	58	0	3	37	1.15
25591758--25591811	1	54.0	1	88	0	81	3	1	0	94	0.36
25591744--25591811	30	2.3	30	86	0	91	7	2	0	89	0.57
25606602--25606631	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
25636574--25636746	46	3.8	44	71	13	102	29	17	31	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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