genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229019--229414	98	4.3	92	77	16	358	34	14	21	28	1.93
229169--229377	52	4.1	51	87	9	293	35	14	22	27	1.93
229341--229450	37	3.0	37	94	1	195	37	16	21	24	1.93
230705--230939	49	4.9	49	92	4	358	23	15	29	30	1.96
246827--247110	131	2.2	130	82	8	364	24	18	19	37	1.94
249362--249401	19	2.2	18	86	4	53	57	0	2	40	1.12
249919--249952	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
257970--258020	24	2.1	24	88	0	75	37	3	9	49	1.55
259686--259719	6	5.7	6	96	0	50	79	0	5	14	0.91
261107--261257	76	2.0	76	96	0	275	44	7	0	47	1.32
267422--267450	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
267637--267719	42	2.0	42	92	0	139	27	10	15	45	1.80
270076--270112	12	3.1	12	88	0	56	27	16	45	10	1.80
270705--270733	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
271187--271272	43	2.0	43	95	0	154	46	18	4	30	1.69
271892--271988	33	2.9	33	89	1	149	45	5	12	37	1.64
287976--288019	3	16.0	3	77	17	51	31	2	0	65	1.05
287980--288014	13	2.7	13	95	0	61	31	2	0	65	1.07
287977--288017	13	2.8	16	75	21	52	31	2	0	65	1.05
288643--288713	29	2.4	29	90	2	106	23	7	8	60	1.50
295999--296032	16	2.1	17	88	5	52	70	0	0	29	0.87
296821--296886	33	2.0	33	100	0	132	33	30	18	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297724--297771	22	2.2	22	96	0	87	47	2	10	39	1.49
298564--298823	104	2.5	105	83	7	320	20	30	25	24	1.98
298788--298862	38	2.0	38	89	5	116	9	34	26	29	1.88
298690--298948	142	1.8	142	86	0	374	18	30	24	26	1.98
308784--308812	14	2.1	14	100	0	58	44	13	13	27	1.82
310005--310078	30	2.3	33	90	6	118	25	14	9	50	1.73
312298--312330	16	2.1	16	100	0	66	36	0	21	42	1.53
314198--314228	15	2.1	15	100	0	62	38	6	12	41	1.69
316280--316343	31	2.1	31	87	0	92	45	14	9	31	1.76
317161--317193	18	1.9	18	88	11	52	42	0	0	57	0.98
317810--317859	24	2.1	24	100	0	100	24	0	22	54	1.45
317810--317868	24	2.5	24	91	5	86	23	0	20	55	1.43
321555--321598	19	2.4	19	84	3	54	63	13	0	22	1.29
321617--321651	18	1.9	18	88	11	54	65	2	0	31	1.07
324047--324077	16	1.9	16	93	0	53	22	0	9	67	1.19
326658--326723	29	2.2	30	86	2	89	42	18	6	33	1.75
327451--327515	34	1.9	34	90	6	105	24	15	13	46	1.82
329908--330003	34	3.1	33	74	25	118	34	19	21	23	1.97
329933--329983	25	2.0	25	100	0	102	35	15	25	23	1.94
330666--330781	40	3.0	39	91	2	171	46	2	19	31	1.64
333844--333882	16	2.5	16	88	12	55	15	2	23	58	1.49
334149--334192	17	2.7	16	82	6	52	36	9	4	50	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345634--345666	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
347654--347687	15	2.2	16	89	5	52	32	11	8	47	1.71
352320--352358	20	2.0	20	85	10	53	35	15	0	48	1.45
361731--361860	58	2.2	58	82	10	158	26	4	5	63	1.36
361840--361873	11	3.0	11	91	4	50	32	0	0	67	0.91
361840--361871	15	2.1	15	94	5	55	31	0	0	68	0.90
366078--366122	21	2.1	21	91	0	72	37	22	24	15	1.93
368668--368710	18	2.5	17	82	14	52	79	2	16	2	0.95
368646--368711	15	4.4	15	72	11	55	75	1	19	3	1.01
369955--370080	44	2.8	44	82	7	139	34	20	20	24	1.97
370039--370883	133	6.3	134	89	2	1180	29	20	22	27	1.98
371096--371159	29	2.2	29	86	5	94	31	51	1	15	1.53
371125--371199	37	2.0	37	100	0	150	29	54	0	16	1.42
371141--371213	18	4.0	18	71	16	69	27	56	0	16	1.41
371496--371622	57	2.2	57	83	11	150	27	4	5	62	1.38
371491--371622	59	2.2	59	80	11	146	27	4	5	62	1.36
371600--371636	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
371608--371638	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
372100--372332	126	1.8	126	97	0	439	29	16	15	37	1.90
375677--375709	13	2.5	13	95	0	57	15	18	6	60	1.54
375731--375801	35	2.0	35	100	0	142	33	19	5	40	1.75
383298--383328	15	2.1	15	93	0	53	25	3	0	70	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
386455--386502	23	2.1	23	100	0	96	35	16	8	39	1.79
389654--389698	20	2.2	20	84	7	56	55	2	0	42	1.12
396790--396841	21	2.4	23	81	18	67	51	0	1	46	1.12
405471--405500	14	2.1	14	100	0	60	36	0	20	43	1.52
417789--417869	40	2.0	40	97	0	153	25	13	14	45	1.82
418443--418479	16	2.2	18	85	9	51	72	0	16	10	1.10
423320--423345	11	2.4	11	100	0	52	80	0	0	19	0.71
424837--424877	22	1.9	21	85	14	57	26	0	19	53	1.45
425558--425598	11	3.6	11	93	3	64	43	0	12	43	1.41
462563--462606	5	9.0	5	85	5	63	25	0	0	75	0.81
462563--462608	10	4.7	10	89	5	76	26	0	0	73	0.83
463765--463992	72	3.2	71	92	3	377	31	20	12	36	1.89
467540--467615	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
470242--470266	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
472317--472341	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
482546--482626	42	1.9	42	87	9	121	37	7	13	41	1.73
484797--484843	19	2.5	19	82	0	58	36	2	10	51	1.49
488728--488775	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
488797--488878	42	2.0	42	92	0	137	29	7	15	47	1.73
501081--501113	5	6.6	5	92	0	57	18	42	0	39	1.50
501202--501240	18	2.2	18	95	0	69	12	23	28	35	1.91
516734--516839	54	2.0	54	83	7	135	26	3	12	57	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
519212--519252	19	2.2	18	86	8	55	58	0	4	36	1.20
519382--519429	24	2.0	23	88	8	69	81	6	0	12	0.87
519381--519431	11	4.2	12	78	16	52	78	5	0	15	0.93
519397--519428	17	1.9	16	93	6	55	87	3	0	9	0.64
520176--520231	26	2.2	26	96	3	105	35	7	7	50	1.57
520461--520694	119	2.0	119	84	3	310	39	8	10	41	1.71
528675--528705	15	2.1	15	94	5	55	25	0	0	74	0.82
529304--529347	19	2.4	19	85	7	56	20	11	2	65	1.35
530456--530483	8	3.5	8	100	0	56	39	0	0	60	0.97
530846--530924	38	2.1	38	100	0	158	43	12	5	39	1.65
536471--536495	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40
539352--539404	13	3.6	14	75	20	54	54	0	0	45	0.99
539353--539404	14	3.2	17	81	18	74	55	0	0	44	0.99
541760--541822	19	3.2	20	76	19	60	38	1	3	57	1.24
541818--541906	27	3.3	26	76	19	83	38	3	2	56	1.29
541827--541928	53	1.9	51	83	16	129	36	1	1	59	1.20
544285--544341	28	2.0	30	86	13	84	35	1	1	61	1.17
544285--544339	29	1.9	28	85	10	76	34	1	1	61	1.17
544360--544394	14	2.4	14	90	4	52	40	0	5	54	1.24
546459--546500	21	2.0	20	86	4	57	38	0	2	59	1.10
547353--547385	4	8.2	4	93	0	57	24	3	27	45	1.68
547504--547534	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
550827--550880	27	2.0	27	100	0	108	18	14	11	55	1.68
551513--551547	18	2.1	18	89	10	56	34	14	5	45	1.68
553771--553854	30	2.7	31	96	1	152	33	45	9	11	1.73
554966--554996	15	2.1	15	93	0	53	29	0	6	64	1.18
565779--565862	30	2.7	31	96	1	152	33	45	9	11	1.73
566976--567006	15	2.1	15	93	0	53	29	0	6	64	1.18
571622--571676	26	2.1	26	83	6	67	36	1	1	60	1.18
588514--588580	18	3.7	18	87	0	80	32	8	19	38	1.83
599027--599286	131	2.0	132	85	2	353	28	16	18	35	1.93
604928--604968	18	2.2	19	87	12	59	2	12	12	73	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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