genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75403053--75403108	26	2.2	26	93	0	94	39	21	8	30	1.84
75404430--75404484	20	2.8	20	97	0	101	43	27	9	20	1.81
75410037--75410340	47	6.4	47	90	3	407	33	9	30	26	1.88
75410191--75410312	22	5.3	22	62	14	57	35	11	28	24	1.90
75412976--75413046	22	3.2	22	71	11	72	45	21	2	30	1.66
75414747--75414925	46	3.9	46	76	10	193	22	20	28	28	1.99
75417567--75417821	55	4.8	53	78	11	240	36	16	25	21	1.94
75417574--75417774	108	1.8	110	87	4	300	34	17	25	22	1.95
75417567--75417817	108	2.3	106	74	18	241	36	17	25	21	1.94
75439642--75439746	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
75444318--75444348	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
75446696--75446771	33	2.3	33	83	0	89	19	26	14	39	1.90
75454286--75454323	19	2.0	19	100	0	76	52	0	21	26	1.47
75455181--75455229	22	2.2	22	92	0	80	20	30	34	14	1.92
75457909--75458096	49	3.8	49	80	2	223	28	26	18	26	1.98
75457914--75458101	100	1.9	100	93	0	322	28	26	19	25	1.99
75460107--75460227	29	4.2	28	75	12	120	25	33	14	27	1.94
75460451--75460509	16	3.7	16	82	8	66	10	20	18	50	1.75
75463327--75463496	46	3.7	46	74	17	163	21	21	27	29	1.99
75463324--75463494	93	1.8	93	89	2	272	21	21	28	29	1.98
75476677--75476757	42	1.9	42	89	0	108	22	25	27	24	2.00
75484792--75485018	27	8.4	27	83	0	208	40	21	9	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75484782--75484986	54	3.8	54	85	3	270	39	20	9	30	1.84
75484800--75485018	81	2.7	81	82	5	255	39	20	9	30	1.84
75484784--75485042	54	4.8	53	80	7	254	38	21	9	30	1.85
75485063--75485365	27	11.2	27	88	4	432	34	17	20	27	1.95
75485591--75485672	27	3.1	26	85	5	101	19	20	20	39	1.93
75485885--75485955	27	2.6	27	84	4	81	19	25	21	33	1.97
75490496--75490715	49	4.5	48	77	10	205	28	20	29	22	1.98
75490493--75490715	98	2.3	98	84	4	281	27	20	29	22	1.99
75498443--75498481	20	2.0	20	90	10	62	25	7	0	66	1.18
75503836--75503995	85	1.9	85	83	11	211	24	18	25	31	1.98
75503839--75503995	43	3.7	41	77	12	156	24	18	25	31	1.98
75506306--75506464	43	3.7	43	78	10	164	23	20	25	30	1.98
75512071--75512134	28	2.3	28	88	0	92	20	17	35	26	1.94
75512463--75512629	81	2.1	81	91	0	271	38	22	8	29	1.84
75512463--75512629	27	6.2	27	87	0	235	38	22	8	29	1.84
75512496--75512654	81	2.0	81	88	2	239	38	20	10	29	1.87
75512473--75512656	54	3.4	54	87	1	181	39	22	9	28	1.86
75512491--75512669	81	2.2	81	83	5	218	37	21	11	29	1.88
75514235--75514308	34	2.2	34	90	2	114	31	20	21	27	1.98
75519355--75519472	43	2.8	41	77	13	123	24	18	26	30	1.98
75523958--75524262	40	7.7	40	85	1	337	25	22	25	26	2.00
75524155--75524287	40	3.4	38	80	8	133	24	24	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75524846--75525021	56	3.1	56	96	0	325	44	9	22	23	1.81
75526150--75526374	40	5.7	40	83	7	262	25	21	27	25	2.00
75526150--75526374	79	2.8	80	81	9	262	25	21	27	25	2.00
75530974--75531286	162	1.9	160	88	1	473	24	29	22	23	1.99
75530974--75531286	40	7.8	40	91	2	457	24	29	22	23	1.99
75537250--75537474	40	5.7	40	83	5	242	25	27	21	25	2.00
75537276--75537474	79	2.5	80	83	4	242	26	27	21	25	1.99
75545156--75545380	40	5.7	40	85	5	260	25	28	21	24	1.99
75545158--75545380	119	1.9	120	82	6	283	25	27	21	24	1.99
75548309--75548338	8	3.6	8	95	4	51	13	0	20	66	1.24
75548767--75548900	43	3.1	42	81	11	139	24	16	25	33	1.96
75554944--75555161	40	5.5	40	89	4	309	23	24	27	25	2.00
75578565--75578622	29	2.0	29	100	0	116	41	10	10	37	1.73
75586392--75586496	48	2.2	48	92	0	183	36	5	26	31	1.80
75586643--75586782	37	3.8	37	94	0	244	24	19	31	25	1.98
75591892--75591934	22	2.0	22	86	9	61	44	23	4	27	1.73
75592609--75592755	43	3.4	43	80	4	163	32	25	15	26	1.95
75595656--75596126	235	2.0	235	94	0	816	30	26	13	28	1.94
75600753--75600896	48	3.0	48	84	0	180	28	18	22	30	1.97
75605017--75605147	27	4.9	27	87	0	181	25	13	18	42	1.87
75612445--75612581	29	4.8	29	82	4	152	28	27	15	28	1.96
75612442--75612594	58	2.7	57	84	2	189	28	28	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75616940--75616966	14	1.9	14	100	0	54	14	18	14	51	1.76
75619261--75619330	36	1.9	36	100	0	140	35	17	8	38	1.80
75628146--75628794	47	13.6	47	91	1	1001	33	8	28	29	1.86
75628146--75628794	96	6.8	94	90	2	1001	33	8	28	29	1.86
75628146--75628794	143	4.5	142	93	1	1050	33	8	28	29	1.86
75630246--75630589	79	4.3	80	92	1	548	23	21	28	25	1.99
75630246--75630589	40	8.6	40	92	1	548	23	21	28	25	1.99
75634455--75635056	47	12.6	47	93	1	934	33	8	28	28	1.87
75634455--75635056	143	4.2	142	92	2	938	33	8	28	28	1.87
75638166--75638277	42	2.7	43	78	14	126	32	25	17	25	1.97
75643112--75643145	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
75644385--75644478	28	3.4	28	83	0	125	25	31	15	26	1.96
75649948--75650205	140	1.8	139	83	6	342	24	29	17	28	1.97
75659938--75659984	13	3.6	13	88	0	76	14	31	27	25	1.95
75662144--75662328	40	4.7	39	84	4	228	24	22	27	25	2.00
75662141--75662351	79	2.7	79	80	6	257	25	22	26	25	2.00
75664222--75664393	47	3.7	47	81	13	221	24	31	16	27	1.97
75664222--75664438	46	4.7	46	81	12	221	24	30	17	28	1.97
75664222--75664392	94	1.8	94	96	0	315	24	31	16	27	1.96
75669322--75669366	23	2.0	23	100	0	90	37	26	22	13	1.91
75669322--75669383	23	2.7	23	89	0	79	37	25	22	14	1.92
75671397--75671630	55	4.4	53	76	9	210	35	18	23	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75671404--75671604	108	1.8	110	85	4	282	33	17	24	23	1.96
75676452--75676505	28	2.0	28	88	3	83	42	3	3	50	1.38
75683093--75683135	20	2.2	20	83	8	52	37	13	0	48	1.43
75685860--75685904	7	6.4	7	81	0	54	33	0	46	20	1.51
75686849--75686882	16	2.1	16	100	0	68	23	23	26	26	2.00
75688656--75688700	18	2.3	19	81	14	56	48	0	4	46	1.22
75699751--75700008	140	1.8	139	84	6	351	23	30	17	28	1.97
75709739--75709785	13	3.6	13	94	0	85	14	34	27	23	1.94
75711988--75712129	40	3.6	39	91	1	212	23	22	27	26	2.00
75711942--75712152	40	5.3	40	79	9	200	24	22	27	26	2.00
75711942--75712152	79	2.7	79	79	8	250	24	22	27	26	2.00
75714026--75714197	47	3.7	48	81	13	232	25	31	16	26	1.97
75714026--75714242	46	4.6	47	81	12	234	25	30	17	27	1.97
75714026--75714196	94	1.8	94	97	0	324	25	31	16	26	1.96
75719594--75719771	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
75719595--75719750	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
75719591--75719771	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
75727689--75727866	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
75727690--75727845	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
75727686--75727866	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
75730523--75730590	23	3.0	23	91	0	100	36	25	25	13	1.92
75732604--75732837	55	4.4	53	75	9	201	35	18	23	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75732614--75732811	108	1.8	110	84	4	276	33	17	25	23	1.96
75738791--75738833	20	2.2	20	83	8	52	37	13	0	48	1.43
75741536--75741580	7	6.4	7	81	0	54	33	0	46	20	1.51
75742522--75742555	16	2.1	16	100	0	68	23	23	26	26	2.00
75744326--75744370	18	2.3	19	81	14	56	48	0	4	46	1.22
75762083--75762405	173	1.9	174	90	0	513	30	13	23	32	1.94
75765473--75765525	26	2.0	26	100	0	106	33	7	18	39	1.79
75772429--75772483	21	2.6	21	94	0	92	16	32	21	29	1.95
75772427--75772494	21	3.2	21	81	8	84	14	32	22	30	1.94
75777256--75777370	27	4.3	27	80	10	128	45	21	15	17	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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