genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84754319--84754357	18	2.2	18	95	0	69	12	12	51	23	1.74
84755841--84755916	38	2.0	38	97	0	143	35	23	14	26	1.93
84758144--84758316	46	3.7	46	78	13	201	28	29	20	21	1.98
84758151--84758322	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
84764448--84764742	54	5.5	54	85	0	347	39	18	9	32	1.83
84764448--84764741	81	3.6	81	86	0	345	39	18	9	32	1.83
84764448--84764742	27	10.9	27	86	0	311	39	18	9	32	1.83
84764773--84765273	27	18.6	27	91	0	741	33	19	21	24	1.97
84765941--84766042	27	3.8	27	85	7	127	18	22	21	37	1.94
84766179--84766248	6	11.3	6	77	17	72	18	15	15	50	1.79
84768454--84768490	18	2.0	19	89	5	58	35	16	0	48	1.46
84772514--84772723	46	4.7	46	74	15	147	25	28	18	28	1.98
84772515--84772679	85	1.9	88	81	10	207	25	29	17	27	1.97
84776632--84776783	67	2.2	69	81	10	188	34	17	28	20	1.95
84779751--84780064	158	2.0	158	94	0	556	38	26	12	22	1.90
84780845--84780969	43	2.9	42	79	9	119	31	24	18	26	1.98
84780894--84781013	44	2.8	42	79	8	116	31	26	16	25	1.96
84784098--84784224	49	2.6	49	88	3	177	28	22	28	20	1.99
84791290--84791407	46	2.5	46	83	5	130	31	14	27	27	1.95
84791384--84791498	44	2.5	44	78	7	122	26	20	26	26	1.99
84817701--84817763	27	2.3	27	80	0	63	17	30	17	34	1.93
84819482--84819705	46	4.8	46	83	7	215	26	19	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84820533--84820589	25	2.3	25	81	0	69	19	33	31	15	1.93
84827594--84827635	20	2.0	21	82	13	52	54	11	9	23	1.66
84829335--84829421	27	3.3	26	82	4	93	60	6	1	31	1.30
84829347--84829423	26	2.9	26	86	1	100	59	7	2	29	1.39
84829430--84829486	26	2.2	26	87	0	78	61	3	3	31	1.30
84829598--84829660	27	2.3	28	83	5	76	61	4	3	30	1.32
84829574--84829668	27	3.6	26	76	12	68	61	5	4	29	1.37
84830800--84830861	21	2.9	21	69	11	54	50	24	1	24	1.59
84830902--84830995	21	4.4	22	72	7	68	50	22	1	26	1.56
84830911--84830986	14	5.3	15	75	12	70	52	18	1	27	1.53
84830955--84831007	21	2.5	21	84	0	70	54	24	0	20	1.44
84831351--84831382	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
84831483--84831850	188	2.0	187	82	6	449	35	19	16	28	1.94
84834676--84834722	24	2.0	24	91	0	76	27	21	10	40	1.86
84834941--84835043	14	7.8	13	72	17	52	40	0	6	52	1.28
84834938--84835062	19	6.3	19	72	18	112	40	0	7	52	1.29
84834937--84835040	39	2.7	39	96	0	190	39	0	6	53	1.27
84834957--84835030	20	3.8	20	71	10	71	40	0	4	55	1.19
84834997--84835118	29	4.1	28	71	17	95	45	0	4	49	1.26
84834972--84835089	61	1.9	62	92	1	202	44	0	5	50	1.26
84835060--84835114	15	3.7	15	69	13	51	47	1	0	50	1.11
84835397--84835631	9	26.7	9	84	5	293	45	20	0	34	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84840131--84840489	47	7.6	47	89	3	540	30	29	7	32	1.86
84840131--84840489	96	3.8	96	91	2	555	30	29	7	32	1.86
84843866--84843929	29	2.2	29	86	5	94	31	51	1	15	1.53
84843911--84843983	18	4.0	18	70	10	67	26	53	2	17	1.57
84843898--84843974	37	2.1	37	90	0	118	28	49	2	19	1.62
84844293--84844430	62	2.3	62	81	9	160	26	4	5	63	1.35
84844405--84844441	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
84844413--84844443	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
84844638--84844688	21	2.4	21	83	0	57	27	11	5	54	1.59
84844752--84844801	13	4.1	12	78	14	57	30	4	0	66	1.10
84844900--84845143	126	1.9	126	94	0	425	28	17	15	38	1.91
84850939--84851083	39	3.7	40	86	4	143	27	21	24	26	1.99
84851008--84851093	39	2.2	39	87	8	122	25	22	27	24	1.99
84854336--84854505	67	2.6	64	74	8	164	30	17	28	24	1.97
84858301--84858398	45	2.2	45	92	0	160	26	24	20	28	1.99
84857942--84858356	131	3.2	131	89	0	623	26	24	22	26	2.00
84858168--84858488	176	1.8	176	88	0	498	27	23	21	28	1.99
84858344--84858660	131	2.4	131	83	0	436	27	23	20	28	1.99
84858168--84858530	176	2.1	176	86	2	496	26	23	21	28	1.99
84858037--84858969	307	3.0	307	91	0	1463	27	23	20	28	1.99
84858475--84858838	176	2.1	175	85	0	485	27	24	20	27	1.99
84858608--84858697	45	2.0	45	93	0	153	24	25	20	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84858625--84858719	45	2.1	45	82	0	109	28	25	13	32	1.94
84858826--84859230	86	4.7	86	68	10	223	26	21	21	29	1.99
84858651--84859202	131	4.2	131	87	0	784	27	22	21	29	1.99
84858770--84859230	44	10.5	44	67	9	192	26	22	21	29	1.99
84862096--84862272	45	4.0	45	84	6	211	24	22	29	24	1.99
84868788--84868834	25	1.9	25	86	4	69	55	6	17	21	1.64
84869069--84869156	26	3.4	26	84	4	106	60	5	2	31	1.33
84869168--84869216	25	2.0	25	83	0	62	63	6	2	28	1.30
84869351--84869442	27	3.6	27	71	15	77	58	2	7	31	1.38
84878346--84878565	45	5.0	45	91	2	322	27	27	21	24	1.99
84879079--84879404	47	6.9	47	90	3	498	47	14	10	28	1.76
84879079--84879404	141	2.3	140	94	2	562	47	14	10	28	1.76
84883600--84883718	46	2.6	46	81	9	147	23	27	19	29	1.98
84886489--84886625	46	3.0	46	87	0	193	26	32	8	33	1.85
84886599--84886887	47	6.1	47	89	3	398	26	29	11	32	1.91
84888530--84888791	39	6.6	39	88	6	320	24	27	22	25	2.00
84893796--84894126	40	8.3	40	91	0	511	27	28	19	24	1.99
84894671--84894697	14	1.9	14	100	0	54	11	0	0	88	0.50
84895633--84895769	46	3.0	45	86	4	184	26	31	8	33	1.87
84895743--84896031	47	6.1	47	88	4	400	27	29	10	32	1.90
84896073--84896210	67	2.0	68	98	1	269	31	23	8	35	1.86
84907981--84908023	19	2.4	18	80	7	52	48	6	4	39	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84911533--84911588	11	5.6	10	75	12	53	37	10	17	33	1.85
84911551--84911588	20	1.9	20	94	0	67	39	10	18	31	1.85
84918607--84918662	11	5.6	10	75	12	53	37	10	17	33	1.85
84918625--84918662	20	1.9	20	94	0	67	39	10	18	31	1.85
84919748--84919898	43	3.5	43	79	10	175	26	19	23	30	1.98
84925085--84925143	10	5.9	10	87	0	82	22	11	1	64	1.35
84925086--84925143	30	1.9	30	89	6	91	22	12	1	63	1.37
84927236--84927343	39	2.8	38	84	5	144	25	21	26	26	1.99
84934333--84934388	10	5.7	10	81	10	53	26	3	0	69	1.04
84934347--84934378	5	6.4	5	92	0	55	34	0	0	65	0.93
84934347--84934388	15	2.8	15	85	0	57	30	2	0	66	1.04
84936925--84937428	47	10.6	49	92	2	748	32	8	29	29	1.87
84936925--84937428	143	3.5	143	91	3	766	32	8	29	29	1.87
84939653--84939973	40	8.1	40	86	1	421	25	22	27	25	2.00
84942609--84943112	47	10.6	49	92	2	757	32	8	29	29	1.87
84942609--84943112	143	3.5	143	91	3	784	32	8	29	29	1.87
84946748--84946772	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
84950133--84950193	22	2.8	22	82	0	68	42	22	18	16	1.89
84951867--84951917	25	2.1	24	82	10	59	31	37	5	25	1.80
84957347--84957461	29	4.0	28	80	8	124	29	27	13	28	1.95
84957338--84957448	58	1.9	58	88	1	170	28	28	14	27	1.95
84957671--84957720	16	3.2	15	80	2	55	12	20	22	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84959391--84959581	40	4.8	40	92	1	294	25	29	21	23	1.99
84966973--84967087	29	4.0	29	82	6	128	26	28	16	27	1.97
84966964--84967074	58	1.9	58	85	1	152	26	29	17	27	1.97
84967298--84967357	24	2.5	24	86	5	77	11	23	16	48	1.79
84967312--84967342	16	1.9	16	100	0	62	9	25	19	45	1.81
84973912--84974009	27	3.6	27	79	2	99	40	23	7	28	1.81
84973906--84974064	27	5.9	27	71	10	83	37	23	6	32	1.81
84974055--84974486	27	16.0	27	85	0	549	35	18	21	24	1.95
84974056--84974487	81	5.3	81	91	0	621	35	18	21	24	1.95
84975021--84975080	19	3.2	19	81	13	88	16	20	16	46	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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