genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64260666--64260876	81	2.6	81	85	4	257	38	8	22	30	1.83
64260710--64260876	81	2.1	81	91	0	271	38	7	24	29	1.82
64263109--64263172	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
64263367--64263583	25	9.0	24	90	4	278	28	23	20	28	1.99
64263629--64263679	20	2.5	20	90	0	75	31	19	11	37	1.88
64263716--64263763	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
64265812--64265842	14	2.3	13	94	5	53	32	6	29	32	1.83
64272788--64272836	24	2.0	24	88	0	71	30	18	28	22	1.97
64279876--64280043	25	7.0	24	87	6	216	27	22	21	27	1.99
64279875--64280043	49	3.5	48	84	7	218	27	22	21	28	1.99
64279897--64280042	23	6.1	23	88	7	211	28	21	21	28	1.99
64280089--64280159	20	3.5	20	88	0	106	32	21	11	35	1.89
64281499--64281705	27	7.6	27	75	6	148	31	8	19	40	1.82
64281737--64281935	27	7.3	27	83	2	220	39	7	23	30	1.82
64281769--64281935	81	2.1	81	91	0	271	38	7	24	29	1.82
64284167--64284229	31	2.1	31	87	3	92	25	23	14	36	1.93
64284423--64284637	24	9.0	24	89	6	269	28	22	20	28	1.99
64284423--64284637	49	4.5	48	85	8	278	28	22	20	28	1.99
64284683--64284733	20	2.5	20	90	0	75	31	19	11	37	1.88
64284770--64284816	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
64286084--64286191	27	3.9	27	77	13	94	31	5	18	44	1.73
64286147--64286271	27	4.6	27	82	4	126	28	5	21	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64286330--64286494	79	2.1	81	89	2	253	39	7	23	29	1.82
64286299--64286494	27	7.3	27	83	5	202	39	7	22	30	1.82
64291215--64291265	16	3.2	16	83	8	68	50	19	21	7	1.72
64291215--64291265	8	6.4	8	80	8	59	50	19	21	7	1.72
64291475--64291588	28	4.0	29	84	8	137	29	15	27	27	1.96
64292594--64292638	22	2.1	21	83	4	54	20	0	17	62	1.33
64292633--64292667	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
64304056--64304117	26	2.3	27	83	10	83	37	25	8	29	1.85
64304225--64304323	27	3.6	28	87	4	139	23	25	19	32	1.97
64311745--64311855	27	4.1	27	88	5	163	36	22	24	16	1.94
64315390--64315518	40	3.3	40	81	3	102	24	27	23	25	2.00
64315425--64315609	40	4.6	41	88	3	234	25	27	22	24	2.00
64315455--64315603	81	1.8	81	89	2	237	26	28	21	23	1.99
64318170--64318283	27	4.2	28	81	5	119	17	23	21	37	1.94
64318169--64318283	55	2.1	52	81	10	133	17	23	21	37	1.94
64321705--64321805	45	2.2	45	85	3	132	37	22	11	27	1.89
64326075--64326297	79	2.8	78	82	9	256	24	26	22	26	2.00
64326075--64326297	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	26	2.00
64333895--64334156	39	6.7	40	87	7	328	24	27	22	25	2.00
64336712--64336755	20	2.2	20	83	0	52	29	38	4	27	1.76
64336841--64336962	43	2.9	43	80	7	142	27	22	18	31	1.97
64343523--64343700	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64343524--64343679	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
64343520--64343700	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
64351181--64351358	27	6.6	27	82	6	198	26	15	28	29	1.96
64351182--64351337	82	1.9	81	87	6	226	26	15	28	29	1.96
64351178--64351358	82	2.2	81	82	4	222	26	15	28	29	1.96
64354492--64354604	40	2.8	40	88	4	149	24	26	23	24	2.00
64354519--64354604	40	2.2	40	95	0	154	25	27	23	23	2.00
64359379--64359607	40	5.7	40	91	2	379	24	26	22	25	2.00
64365074--64365251	40	4.5	39	85	4	189	25	21	27	25	1.99
64365080--64365251	79	2.2	79	84	3	220	25	22	27	25	2.00
64365107--64365284	79	2.2	80	80	3	191	25	22	28	24	2.00
64369978--64370056	40	2.0	40	94	0	140	26	24	24	25	2.00
64374445--64374488	20	2.2	20	87	0	61	31	31	4	31	1.78
64386307--64386576	47	5.7	47	94	0	443	32	8	30	29	1.86
64386695--64386773	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
64387989--64388340	40	8.8	40	93	0	587	23	22	28	25	1.99
64392052--64392556	47	10.7	47	94	0	850	32	8	30	28	1.88
64392675--64392753	37	2.1	37	85	0	104	25	17	30	26	1.97
64395959--64396196	40	6.3	40	79	12	229	26	26	22	23	2.00
64396023--64396196	74	2.3	73	86	7	235	28	27	20	24	1.99
64400166--64400272	1	107.0	1	100	0	214	100	0	0	0	0.00
64401600--64401777	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64401621--64401776	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
64406483--64406989	49	10.6	48	94	2	794	29	29	7	33	1.86
64415408--64415623	119	1.8	120	84	7	296	25	27	21	25	1.99
64415406--64415630	79	2.8	79	83	5	256	25	28	21	24	1.99
64415406--64415630	40	5.7	40	84	6	278	25	28	21	24	1.99
64416840--64416875	4	9.0	4	88	11	56	25	0	0	75	0.81
64419207--64419258	27	1.9	27	88	0	77	63	1	26	7	1.32
64420653--64420688	4	9.0	4	88	11	56	25	0	0	75	0.81
64428578--64428611	12	2.8	12	90	0	59	35	8	17	38	1.81
64433994--64434038	16	2.8	16	80	6	56	53	26	13	6	1.64
64444999--64445086	28	3.1	29	80	7	85	35	21	21	21	1.96
64445192--64445256	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
64452850--64452937	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
64453043--64453107	28	2.3	28	91	0	103	30	6	27	35	1.81
64464436--64464514	6	12.8	6	73	15	63	49	11	20	18	1.78
64464448--64464514	25	2.7	25	88	4	100	47	11	20	19	1.81
64464632--64464711	26	3.0	26	89	3	106	37	22	23	16	1.93
64464870--64464934	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
64465084--64465510	27	15.8	27	85	0	523	23	20	18	37	1.94
64465080--64465510	81	5.3	81	90	0	666	23	19	18	37	1.94
64465474--64465973	27	18.7	27	76	8	389	31	10	20	37	1.87
64465538--64465973	80	5.4	81	79	6	424	30	10	20	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64465503--64465925	214	2.0	214	82	5	516	32	9	19	38	1.85
64467889--64468204	158	2.0	156	90	2	436	28	11	13	47	1.76
64470421--64470472	27	1.9	27	88	0	77	30	15	17	36	1.91
64474057--64474140	27	3.1	27	89	6	118	33	17	16	32	1.93
64474075--64474173	27	3.7	27	84	0	81	35	23	12	29	1.91
64481829--64481907	27	2.9	27	92	0	131	44	24	7	24	1.79
64481837--64481934	27	3.6	27	87	2	126	44	22	6	26	1.76
64481919--64481987	27	2.6	27	88	0	102	33	20	20	26	1.97
64482632--64482683	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
64482724--64482783	27	2.3	26	82	2	66	21	23	20	35	1.96
64485185--64485291	6	17.0	6	69	19	67	48	15	15	19	1.81
64485188--64485291	32	3.3	32	93	1	174	49	15	15	20	1.80
64485428--64485529	27	3.8	26	81	5	105	34	21	24	19	1.96
64485688--64485749	22	2.8	23	82	7	74	33	22	22	20	1.97
64486008--64486038	16	1.9	16	93	0	53	29	19	22	29	1.98
64486179--64486621	27	16.3	27	85	5	525	25	21	19	33	1.97
64486579--64486892	27	11.6	27	76	7	129	30	10	21	37	1.87
64486606--64486762	81	1.9	81	81	2	190	32	10	20	36	1.87
64486652--64486892	81	3.0	81	82	3	236	30	9	21	38	1.86
64486714--64486892	27	6.6	27	88	0	241	29	8	21	40	1.83
64493672--64493795	28	4.5	26	77	16	106	45	1	3	49	1.27
64493695--64493805	58	1.9	57	85	5	152	44	0	3	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64493942--64494034	44	2.1	46	84	8	120	36	25	6	31	1.81
64494025--64494086	16	3.9	16	86	0	88	27	32	4	35	1.78
64500811--64500897	39	2.2	39	95	0	156	27	27	22	21	1.99
64504069--64504212	42	3.3	43	82	6	159	33	21	18	27	1.96
64516904--64517158	80	3.2	81	82	3	345	38	18	11	32	1.86
64516904--64517156	27	9.4	27	79	6	255	38	18	11	32	1.86
64517164--64517401	27	8.8	27	86	0	278	36	17	21	24	1.95
64516905--64517223	161	2.0	162	85	4	430	38	19	12	29	1.88
64517164--64517400	81	2.9	80	85	2	330	36	17	21	24	1.94
64518054--64518104	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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