genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.305.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100365563--100365673	52	2.2	51	78	4	116	36	16	19	27	1.93
100375605--100375653	18	2.9	17	84	6	55	46	0	8	44	1.33
100375770--100375825	24	2.4	24	84	3	78	46	0	1	51	1.11
100378875--100378915	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
100381554--100381590	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
100384066--100384147	25	3.3	25	77	6	94	24	29	18	28	1.98
100384318--100384379	31	2.1	30	82	17	76	45	8	17	29	1.77
100391933--100392257	38	7.9	38	85	11	389	35	16	24	23	1.95
100392047--100392301	46	5.7	46	84	8	321	39	15	23	21	1.92
100392009--100392301	84	3.4	84	89	4	399	38	15	23	22	1.93
100392562--100392608	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
100404675--100404713	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
100413156--100413200	23	2.0	23	82	8	56	26	2	4	66	1.22
100412990--100413282	3	98.0	3	68	15	108	27	8	2	61	1.39
100413338--100413385	19	2.9	16	80	17	53	16	8	4	70	1.27
100418239--100418449	46	4.6	46	89	2	298	39	14	25	20	1.90
100418231--100418449	93	2.4	92	86	3	305	40	13	25	21	1.89
100419699--100419731	9	3.3	10	87	12	50	18	18	15	48	1.81
100423718--100423952	74	3.0	74	84	9	265	35	20	22	21	1.96
100423792--100424865	44	25.0	43	65	13	345	34	20	23	21	1.97
100423792--100424040	87	2.9	87	90	0	399	34	20	23	21	1.97
100423887--100424200	160	2.0	162	90	1	497	34	20	22	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100424041--100424219	87	2.1	86	91	1	286	35	18	23	21	1.96
100424199--100424654	87	5.2	87	94	0	777	33	21	24	20	1.97
100423637--100424219	249	2.3	249	94	0	1035	34	20	23	21	1.96
100424041--100424437	218	1.8	217	94	0	704	34	20	24	20	1.97
100424417--100424865	217	2.1	217	93	0	783	34	21	23	21	1.97
100424634--100424925	87	3.4	87	94	0	514	34	21	23	20	1.97
100424114--100424914	174	4.6	172	80	6	618	33	20	24	20	1.97
100424114--100424741	261	2.4	261	78	4	841	33	20	24	21	1.97
100424069--100424915	43	19.5	44	65	9	276	34	21	24	20	1.97
100426719--100426763	23	2.0	23	82	8	56	26	2	4	66	1.22
100426542--100426874	3	110.0	3	68	15	134	27	8	3	60	1.40
100426930--100426977	19	2.9	16	80	17	53	16	8	4	70	1.27
100428391--100428541	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
100435748--100436132	3	128.7	3	67	14	145	61	3	6	28	1.38
100442183--100442521	135	2.5	135	87	0	482	30	21	20	28	1.98
100442454--100442722	44	6.0	44	68	11	170	31	20	22	26	1.98
100442638--100442757	44	2.7	44	88	3	161	32	20	23	23	1.98
100442318--100442760	180	2.5	180	86	0	627	31	20	21	26	1.98
100444081--100444122	14	2.9	15	89	7	68	28	7	2	61	1.35
100444175--100444244	15	4.5	16	68	10	56	40	1	0	58	1.07
100446042--100446101	30	2.0	30	90	0	93	25	3	11	60	1.47
100459135--100459245	43	2.6	43	84	8	145	42	21	14	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100465440--100465555	39	3.0	38	86	5	151	14	25	23	37	1.93
100467123--100467220	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
100467130--100467218	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
100467369--100467516	75	2.0	75	100	0	296	33	21	8	37	1.83
100472678--100472775	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
100472685--100472773	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
100472924--100473071	75	2.0	75	100	0	296	33	21	8	37	1.83
100476230--100476377	43	3.4	43	90	3	233	22	29	24	22	1.99
100476516--100476562	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
100478449--100478885	46	9.5	46	84	4	524	36	23	6	33	1.80
100478449--100478895	23	19.4	23	78	9	414	36	23	6	33	1.80
100479265--100479314	12	4.2	12	73	14	50	42	24	0	34	1.55
100482901--100482931	15	2.1	15	100	0	62	51	12	29	6	1.65
100484157--100484292	7	19.1	7	71	13	64	38	39	0	21	1.53
100484374--100484408	7	5.0	7	89	0	52	51	31	0	17	1.45
100484302--100484409	46	2.3	47	85	4	157	44	26	1	26	1.65
100484570--100484707	41	3.4	38	74	8	105	18	18	19	43	1.88
100484570--100484737	40	4.1	40	77	6	124	19	18	20	42	1.90
100494117--100494152	17	2.1	17	90	10	56	38	5	0	55	1.23
100505091--100505302	3	69.3	3	68	15	62	61	2	9	26	1.39
100505931--100505974	19	2.4	18	82	14	54	77	2	4	15	1.04
100506754--100507259	44	11.5	44	69	5	216	20	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100506747--100507278	88	6.1	88	89	1	827	20	23	20	35	1.96
100506744--100507278	175	3.1	175	94	0	919	20	23	20	35	1.96
100507262--100507344	44	1.9	43	85	2	112	24	24	21	30	1.99
100507276--100507367	43	2.1	44	83	2	114	22	26	22	28	1.99
100512860--100512978	62	1.9	61	88	8	179	27	24	26	21	1.99
100515543--100515574	9	3.7	9	95	4	57	43	12	21	21	1.86
100519553--100519577	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
100521669--100521699	16	1.9	16	100	0	62	38	12	6	41	1.69
100523063--100523095	16	2.0	16	94	5	57	24	6	3	66	1.28
100524949--100525093	58	2.4	60	80	7	161	36	2	14	46	1.59
100527680--100527737	22	2.5	22	80	5	62	62	6	3	27	1.37
100527816--100527857	21	2.0	21	81	9	50	61	4	4	28	1.36
100528259--100528312	25	2.2	23	78	12	54	62	9	1	25	1.35
100529081--100529108	9	3.1	9	100	0	56	78	10	10	0	0.96
100529670--100529700	10	3.1	10	90	0	53	51	0	0	48	1.00
100530142--100530176	8	4.1	8	86	13	52	82	0	2	14	0.77
100530189--100530257	30	2.3	29	80	7	75	39	5	1	53	1.34
100530380--100530424	12	3.7	12	85	5	63	42	0	2	55	1.12
100530382--100530422	13	3.2	13	77	19	50	39	0	2	58	1.11
100535432--100535516	28	3.0	28	78	14	77	54	3	3	38	1.35
100537160--100537192	11	2.8	12	86	9	50	66	0	0	33	0.92
100537266--100537295	9	3.4	9	90	9	53	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100537683--100537839	87	1.8	85	83	5	210	35	5	12	47	1.64
100542479--100542975	54	9.3	54	76	5	375	28	19	13	38	1.90
100542480--100542975	161	3.1	162	83	1	559	28	19	13	38	1.90
100543028--100543109	23	3.6	23	71	0	74	35	17	4	42	1.70
100543028--100543123	46	2.1	46	82	0	111	35	17	6	40	1.75
100543790--100543834	22	2.1	22	83	4	56	55	6	0	37	1.26
100549784--100550125	46	7.4	46	94	1	587	37	14	24	23	1.92
100549784--100550227	138	3.3	135	91	4	685	37	15	24	23	1.93
100550090--100550157	32	2.1	32	100	0	136	39	14	22	23	1.91
100550044--100550203	78	2.1	78	100	0	320	38	15	23	23	1.92
100549998--100550227	124	1.9	124	98	0	442	37	16	23	23	1.93
100550122--100550227	46	2.3	46	98	0	203	38	16	22	22	1.92
100550448--100550481	18	1.9	17	88	5	50	52	0	14	32	1.42
100556326--100556397	30	2.4	30	79	11	83	44	0	2	52	1.15
100560536--100560584	23	2.0	25	84	11	66	4	18	2	75	1.06
100560546--100560630	40	2.3	37	79	16	97	7	17	2	72	1.17
100564700--100564787	9	9.1	10	78	13	60	55	5	1	37	1.31
100564701--100564757	23	2.7	21	79	12	71	56	3	0	40	1.17
100572003--100572043	20	2.0	20	100	0	82	56	14	9	19	1.66
100580816--100580841	13	2.0	13	100	0	52	7	23	38	30	1.83
100587203--100587241	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
100587467--100587564	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100587469--100587557	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
100594567--100594605	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
100594831--100594928	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
100594833--100594921	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
100604706--100604748	3	14.3	3	100	0	86	67	0	32	0	0.91
100605450--100605498	25	1.9	26	84	12	66	51	8	4	36	1.51
100607897--100607945	17	3.2	16	77	13	50	42	2	0	55	1.11
100610592--100610637	9	5.2	9	78	5	58	58	0	0	41	0.98
100610577--100610637	8	6.9	8	75	17	50	59	1	1	37	1.17
100611200--100611272	28	2.5	30	78	10	80	53	6	2	36	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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