genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71473924--71473951	13	2.2	13	100	0	56	35	7	7	50	1.57
71488797--71488863	24	2.8	25	84	4	84	32	29	13	23	1.93
71494318--71494493	46	3.8	46	76	14	191	22	21	27	28	1.99
71494314--71494485	93	1.8	93	92	2	292	23	21	27	27	1.99
71498471--71498775	40	7.7	40	92	1	454	26	26	22	23	2.00
71502146--71502171	11	2.4	11	100	0	52	26	0	7	65	1.20
71503375--71503550	46	3.8	46	75	15	182	21	19	28	30	1.97
71503371--71503542	93	1.8	93	91	2	283	21	19	29	29	1.98
71505997--71506132	68	2.0	68	100	0	272	29	4	20	45	1.70
71510992--71511165	45	3.9	45	76	1	161	40	14	24	21	1.90
71529188--71529263	38	2.0	38	100	0	152	44	23	5	26	1.74
71537617--71537687	35	2.0	35	100	0	142	23	19	16	39	1.92
71539442--71539480	20	2.1	19	85	9	53	5	25	15	53	1.62
71540880--71540966	43	2.0	43	82	8	106	26	28	20	24	1.99
71549631--71549718	3	29.3	3	72	22	62	32	1	0	65	1.00
71549595--71549702	57	1.9	57	83	3	139	32	2	1	62	1.20
71549678--71549727	24	2.1	24	81	7	57	34	2	2	62	1.18
71561759--71562605	44	19.4	44	85	1	1087	30	14	27	27	1.95
71564203--71564294	18	4.7	21	77	18	76	33	2	0	64	1.06
71564211--71564310	3	34.0	3	70	23	63	33	2	0	65	1.04
71564187--71564294	57	1.9	57	84	3	148	33	2	0	62	1.15
71564270--71564319	24	2.1	24	81	7	57	34	2	2	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71564665--71564725	26	2.3	26	80	13	70	27	3	14	54	1.56
71568930--71569009	23	3.5	22	70	8	61	71	6	5	17	1.25
71568935--71569005	23	3.0	24	72	4	72	71	5	5	16	1.24
71569327--71569378	17	2.9	17	82	5	59	59	0	5	34	1.21
71569325--71569391	24	2.9	24	72	22	63	59	0	5	34	1.22
71569326--71569396	19	3.9	18	80	7	81	61	0	5	32	1.19
71570338--71571030	44	15.8	44	83	2	766	28	25	14	31	1.95
71579599--71579677	38	2.1	38	92	0	131	15	32	8	43	1.77
71583000--71583071	17	4.2	17	77	8	65	62	0	5	31	1.18
71583031--71583076	19	2.4	19	85	0	65	67	0	4	28	1.10
71584671--71585358	44	15.6	44	85	1	842	28	26	14	29	1.95
71592653--71592828	46	3.8	46	80	11	207	21	20	28	29	1.98
71592650--71592821	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	28	1.98
71598749--71598794	19	2.4	19	82	7	58	65	0	4	30	1.12
71600142--71600743	44	13.7	44	84	1	758	27	26	15	30	1.96
71611533--71611563	7	4.4	7	100	0	62	70	0	0	29	0.87
71611508--71611592	19	4.8	19	75	13	60	62	1	4	31	1.23
71613143--71614011	44	19.8	44	86	2	1120	27	26	15	30	1.96
71638817--71638989	46	3.7	46	76	13	183	21	19	29	30	1.97
71638811--71638982	93	1.8	93	91	2	283	21	19	29	29	1.98
71641224--71641265	19	2.2	19	91	8	68	30	0	19	50	1.48
71643029--71643361	48	6.9	48	78	4	314	27	18	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71643038--71643362	96	3.4	94	80	7	359	27	19	29	23	1.98
71643043--71643361	144	2.2	144	86	4	430	27	19	29	24	1.98
71644379--71644404	13	2.0	13	100	0	52	23	30	38	7	1.83
71646602--71646726	62	2.0	62	98	0	241	34	12	12	40	1.80
71647473--71647507	17	2.1	17	100	0	70	40	14	0	45	1.45
71656999--71657055	29	1.9	30	92	3	98	61	15	1	21	1.43
71657885--71657914	9	3.3	9	90	0	51	40	0	3	56	1.16
71662351--71662471	52	2.3	53	84	5	156	24	15	28	31	1.96
71667139--71667274	52	2.6	52	83	3	166	26	14	27	31	1.95
71668755--71668790	18	2.0	18	89	10	56	41	19	0	38	1.52
71668934--71669095	43	3.8	42	81	12	179	32	23	18	25	1.97
71672711--71672885	27	6.4	27	81	3	163	29	26	14	28	1.95
71673432--71673456	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
71674210--71674252	20	2.1	20	86	4	59	16	20	0	62	1.32
71692514--71692655	54	2.6	54	86	3	198	23	23	18	33	1.96
71692513--71692655	27	5.3	27	87	0	178	24	23	18	33	1.97
71695929--71696160	50	4.6	50	77	4	225	33	25	17	24	1.96
71695926--71696107	100	1.8	101	95	1	330	31	24	18	24	1.97
71700052--71700611	138	4.1	138	86	3	770	40	9	6	43	1.63
71705738--71705881	29	4.9	29	74	14	134	40	15	25	18	1.89
71705709--71706030	89	3.6	88	81	4	342	40	14	23	21	1.90
71711374--71711407	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71716510--71716556	24	2.0	24	100	0	94	34	38	12	14	1.85
71716567--71716644	29	2.8	28	86	7	104	25	32	16	25	1.96
71716601--71716656	29	1.9	30	82	7	71	26	30	14	28	1.95
71721026--71721146	47	2.6	47	90	0	188	38	12	23	25	1.90
71721120--71721333	54	4.0	54	79	4	198	35	16	23	23	1.94
71721134--71721318	55	3.4	53	79	5	165	35	17	23	23	1.95
71721126--71721333	53	3.9	54	80	4	195	35	16	24	23	1.95
71723877--71723909	15	2.1	16	94	5	59	30	12	6	51	1.63
71726529--71726605	36	2.2	36	97	2	147	49	7	22	20	1.74
71727111--71727158	15	3.1	14	77	13	51	29	6	10	54	1.59
71727472--71727679	53	3.9	54	74	6	161	38	15	22	23	1.92
71727478--71727632	55	2.9	53	77	13	147	38	15	21	24	1.92
71729666--71729768	27	3.8	26	76	13	77	26	21	18	33	1.96
71729748--71729862	27	4.3	27	78	3	117	32	10	20	37	1.86
71730063--71730102	18	2.2	19	86	8	57	17	40	27	15	1.89
71734208--71734257	18	2.7	19	81	9	68	44	10	20	26	1.82
71734592--71734718	27	4.8	27	80	5	134	40	20	14	24	1.89
71734710--71734825	27	4.3	26	85	6	142	20	18	18	42	1.90
71734710--71734825	54	2.1	54	88	0	169	20	18	18	42	1.90
71739734--71739941	40	5.2	40	88	2	296	23	22	27	26	2.00
71742077--71742252	46	3.8	46	78	14	200	20	19	29	30	1.97
71742074--71742245	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71748051--71748082	16	2.0	16	100	0	64	75	0	25	0	0.81
71751772--71751928	43	3.7	43	76	10	153	24	18	26	29	1.98
71757714--71757761	15	3.1	16	79	11	64	8	16	16	58	1.61
71757832--71757871	20	2.0	20	100	0	80	40	10	20	30	1.85
71760209--71760384	46	3.8	46	74	14	155	20	18	29	31	1.96
71760205--71760376	93	1.8	93	87	2	256	20	18	30	30	1.96
71762992--71763023	6	4.9	7	88	11	50	37	0	0	62	0.95
71768882--71768929	23	2.1	23	84	7	62	35	8	16	39	1.79
71779283--71779330	23	2.1	23	84	7	62	33	8	14	43	1.75
71783829--71784013	40	4.7	40	79	7	173	25	25	23	24	2.00
71797921--71798035	42	2.7	42	80	6	108	33	23	18	25	1.97
71815454--71815606	43	3.6	43	76	7	123	27	18	24	29	1.98
71817767--71817813	24	1.9	25	82	4	60	25	21	21	31	1.98
71825538--71825611	25	3.0	24	86	4	85	27	22	21	28	1.99
71832037--71832330	40	7.4	40	87	3	382	24	22	27	25	1.99
71838655--71838720	33	2.0	33	81	3	78	30	25	19	24	1.98
71838755--71838836	31	2.7	31	92	3	132	29	24	15	30	1.96
71839061--71839125	25	2.6	25	80	0	76	24	21	26	27	1.99
71840052--71840132	29	2.9	28	83	7	94	34	9	14	40	1.80
71840029--71840265	54	4.3	54	75	7	208	31	9	19	39	1.83
71840029--71840265	27	8.7	27	77	6	156	31	9	19	39	1.83
71840114--71840282	27	6.2	28	77	10	138	30	7	22	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71840270--71840417	27	5.5	27	87	0	206	43	7	21	27	1.79
71840270--71840441	54	3.2	54	86	0	227	41	7	20	29	1.80
71844859--71844983	47	2.7	46	86	4	162	34	28	15	21	1.94
71845248--71845333	42	2.0	42	93	0	145	26	20	15	37	1.92
71845485--71845509	9	2.8	9	100	0	50	56	20	0	24	1.43
71850514--71850636	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
71858274--71858458	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
71858255--71858458	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
71865445--71865629	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
71865426--71865629	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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