Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  316  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103321211--103321235
5
5.0
5
100
0
50
40
0
0
60
0.97
103323555--103323619
26
2.5
26
85
2
78
26
20
16
36
1.93
103323668--103323723
26
2.2
26
83
6
69
14
16
23
46
1.83
103332296--103332363
32
2.1
32
81
10
77
22
4
17
55
1.59
103332359--103332431
32
2.5
27
76
19
83
26
4
19
50
1.65
103332372--103332432
32
1.9
32
93
0
104
27
4
18
49
1.68
103333622--103333688
14
4.7
14
88
3
89
35
14
8
40
1.78
103333622--103333681
29
2.1
28
90
3
93
36
16
10
36
1.82
103333626--103333688
29
2.2
28
86
10
92
33
15
9
41
1.80
103334686--103334732
16
2.9
16
81
15
60
29
0
0
70
0.88
103334686--103334732
17
2.8
17
84
12
62
29
0
0
70
0.88
103341349--103341399
23
2.2
23
89
6
77
49
7
0
43
1.32
103341886--103341965
29
2.7
29
80
5
79
48
8
7
35
1.62
103356305--103356392
44
2.0
42
86
4
122
39
10
2
47
1.50
103364109--103364155
24
2.0
24
95
0
85
10
4
38
46
1.58
103364673--103365903
44
28.6
44
67
13
436
28
21
19
30
1.97
103364662--103365041
129
3.0
127
94
3
644
30
21
18
30
1.96
103364877--103365951
175
6.2
174
93
1
1718
28
21
19
30
1.98
103364831--103365951
345
3.2
343
89
4
1664
28
21
19
30
1.98
103366987--103367033
21
2.2
21
88
0
67
25
38
10
25
1.88
103367127--103367158
9
3.4
10
87
12
50
9
6
0
84
0.78
103367987--103368090
9
10.6
9
76
18
57
3
6
7
81
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103368038--103368088
18
2.9
17
88
5
75
1
0
11
86
0.66
103370134--103370182
19
2.5
20
80
6
57
42
12
18
26
1.85
103372385--103372417
3
11.0
3
100
0
66
66
0
0
33
0.92
103373394--103373441
15
3.5
15
78
13
50
50
2
0
47
1.12
103373365--103373596
86
2.7
87
92
5
375
46
3
3
47
1.35
103373427--103373575
45
3.4
44
70
17
139
45
4
3
46
1.38
103384774--103384826
22
2.4
21
72
9
52
30
3
1
64
1.22
103390935--103390968
17
2.0
17
88
0
50
23
2
0
73
0.97
103392324--103392383
26
2.3
26
80
2
68
63
1
5
30
1.25
103394789--103394848
16
3.8
16
93
0
102
28
0
31
40
1.57
103394789--103394856
32
2.1
32
91
5
111
29
0
30
39
1.57
103394789--103394856
16
4.2
16
83
7
84
29
0
30
39
1.57
103394986--103395295
157
2.0
157
94
0
539
44
3
4
47
1.40
103396173--103396202
13
2.3
13
100
0
60
60
13
6
20
1.55
103403058--103404144
75
13.9
78
73
16
525
26
17
22
33
1.96
103403145--103403901
73
9.9
74
78
10
681
26
17
23
32
1.96
103403051--103403559
232
2.2
234
93
1
869
25
16
23
34
1.95
103403377--103403899
75
6.9
74
81
8
545
26
17
24
32
1.96
103403918--103404260
77
4.6
75
82
5
397
31
17
19
30
1.95
103404201--103404612
88
4.7
87
82
11
362
28
16
18
36
1.92
103404398--103404697
87
3.4
86
80
5
235
29
15
19
35
1.93
103405362--103405417
18
3.4
18
65
27
52
25
46
7
21
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103405352--103405450
30
3.3
30
88
0
153
27
48
5
19
1.69
103405929--103406147
25
8.9
25
69
15
125
32
5
4
57
1.42
103406296--103406343
16
3.1
15
87
6
60
31
4
2
62
1.26
103406296--103406347
8
6.5
8
78
8
52
30
3
1
63
1.23
103407808--103407881
32
2.2
33
81
13
89
48
17
1
32
1.56
103408931--103408964
16
2.0
18
88
11
54
44
0
0
55
0.99
103409758--103409804
24
2.0
24
83
8
60
55
4
4
36
1.39
103419486--103419510
3
8.3
3
100
0
50
36
0
0
64
0.94
103420067--103420116
22
2.3
23
82
6
59
32
14
4
50
1.61
103422462--103422491
2
15.0
2
100
0
60
50
0
50
0
1.00
103422713--103422746
17
1.9
18
88
5
52
20
0
38
41
1.53
103422896--103422951
2
28.0
2
100
0
112
0
50
0
50
1.00
103431119--103431145
8
3.4
8
100
0
54
74
14
0
11
1.08
103432304--103432367
12
5.5
11
79
15
67
84
3
7
4
0.86
103432304--103432383
13
6.2
12
72
19
56
82
5
7
5
0.94
103432809--103432869
15
4.2
13
80
19
59
80
1
14
3
0.92
103432820--103432864
7
6.4
7
80
19
58
84
0
11
4
0.76
103432820--103432864
22
2.1
22
88
8
67
84
0
11
4
0.76
103433201--103433396
108
1.8
108
90
0
320
25
16
10
47
1.79
103433770--103434659
132
6.7
132
95
0
1546
27
16
26
30
1.96
103433781--103434707
88
10.5
88
74
8
628
27
16
26
30
1.96
103434723--103434990
130
2.1
130
86
2
378
28
19
26
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103438343--103438374
15
2.1
16
88
11
50
37
0
3
59
1.13
103444539--103444599
9
6.8
9
88
5
88
24
8
29
37
1.84
103445575--103445617
14
3.2
13
81
18
52
74
0
13
11
1.07
103452816--103452863
22
2.2
22
100
0
96
39
12
22
25
1.89
103456944--103457007
29
2.2
29
83
8
76
25
6
12
56
1.59
103457273--103457335
32
2.0
30
84
6
81
20
28
1
49
1.58
103457272--103457332
11
5.8
11
70
18
58
21
31
1
45
1.61
103467276--103467424
76
2.0
76
95
0
271
42
8
11
37
1.72
103469074--103469121
18
2.6
19
80
3
62
33
16
2
47
1.58
103475570--103475613
17
2.6
17
79
13
54
52
2
6
38
1.41
103476648--103476679
16
2.0
16
93
0
55
34
6
6
53
1.51
103478362--103478438
30
2.6
30
77
2
84
54
10
11
23
1.67
103484143--103484189
18
2.8
16
78
12
58
55
0
0
44
0.99
103486482--103486533
27
2.0
25
82
14
61
38
3
0
57
1.17
103495294--103495323
14
2.2
14
94
5
53
60
0
3
36
1.14
103498095--103498153
29
2.0
29
90
3
91
32
6
10
50
1.62
103499065--103499236
60
2.9
60
75
12
167
50
9
14
26
1.73
103499065--103499257
59
3.3
58
78
9
180
49
9
13
27
1.72
103500189--103500256
27
2.4
29
85
7
86
36
4
2
55
1.35
103500206--103500273
30
2.3
30
82
5
75
38
4
2
54
1.36
103505573--103505631
28
2.0
31
87
9
88
67
11
8
11
1.41
103507585--103507618
15
2.3
15
89
0
50
58
8
14
17
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103508294--103508320
14
1.9
14
100
0
54
44
7
3
44
1.49
103510128--103510900
132
5.9
132
95
0
1339
29
26
16
28
1.97
103510912--103511171
95
2.7
95
93
0
430
28
21
21
29
1.98
103511073--103512021
134
7.1
134
94
0
1650
29
22
19
28
1.98
103514222--103514260
18
2.2
17
86
4
51
46
0
28
25
1.53
103516198--103516241
19
2.3
20
84
7
56
40
11
20
27
1.86
103518133--103518166
15
2.3
15
89
0
50
58
8
14
17
1.61
103518852--103518882
16
1.9
16
100
0
62
45
6
3
45
1.45
103522913--103522955
16
2.7
16
85
0
68
37
9
27
25
1.87
103547962--103548029
35
2.0
35
88
2
102
36
11
8
42
1.73
103548264--103548328
30
2.1
32
83
13
82
49
6
1
43
1.37
103548517--103548541
11
2.3
11
100
0
50
92
0
8
0
0.40
103551725--103551770
15
3.1
15
76
17
51
54
2
6
36
1.39
103559885--103560005
43
2.8
45
81
5
124
30
25
15
28
1.96
103572679--103572730
9
5.8
9
95
0
86
23
9
28
38
1.86
103572890--103572914
12
2.1
12
100
0
50
16
24
36
24
1.94
103572979--103573033
16
3.4
16
92
2
92
21
0
38
40
1.54
103579262--103579316
26
2.1
26
96
0
101
49
10
9
30
1.69
103584340--103584372
13
2.5
13
100
0
66
30
21
12
36
1.90
103588214--103588300
18
4.8
18
89
0
138
29
24
13
32
1.94
103588213--103588300
36
2.4
36
96
0
158
29
23
13
32
1.93
103593580--103593628
9
5.4
9
90
0
71
22
10
32
34
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103594260--103594290
16
1.9
16
93
0
53
48
0
0
51
1.00
103597915--103597974
31
1.9
31
96
0
111
48
11
10
30
1.72
103612219--103612279
30
2.0
30
100
0
122
37
9
19
32
1.85
103615692--103616777
216
5.0
216
87
0
1384
27
25
14
32
1.95
103615836--103616884
432
2.4
430
83
4
1155
27
25
15
31
1.95
103615692--103616936
648
1.9
646
80
5
1442
27
25
14
31
1.95
103622584--103622620
19
1.9
19
94
0
65
43
10
8
37
1.69
103624654--103624694
21
1.9
22
90
5
66
46
0
2
51
1.14
103624911--103624967
14
4.1
14
77
8
64
54
7
0
38
1.28
103627693--103627779
18
4.8
18
88
0
129
28
22
16
32
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333