genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  226  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74590813--74590966	27	5.7	27	84	9	188	38	8	23	29	1.84
74590811--74590981	54	3.2	54	84	1	218	36	8	22	32	1.84
74590810--74590981	81	2.1	81	79	6	197	36	8	22	32	1.84
74593595--74593712	43	2.7	44	84	3	168	36	24	16	22	1.94
74600679--74600798	43	2.8	43	88	2	170	35	22	17	24	1.95
74606321--74606355	16	2.2	16	94	0	61	54	14	17	14	1.72
74606312--74606357	23	2.0	22	87	8	65	50	17	19	13	1.78
74606567--74606727	58	2.8	57	82	3	200	27	13	33	25	1.93
74606567--74606718	29	5.3	29	83	3	175	27	13	32	26	1.93
74611944--74611986	16	2.7	16	85	0	59	51	16	20	11	1.75
74612206--74612351	58	2.5	57	80	2	184	26	14	32	26	1.94
74612192--74612350	29	5.6	29	78	5	135	25	13	33	27	1.94
74614840--74615017	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
74614861--74615016	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
74626013--74626163	42	3.7	42	79	5	182	29	17	25	27	1.97
74626013--74626163	81	1.8	82	82	2	196	29	17	25	27	1.97
74627591--74627667	29	2.6	30	87	4	120	42	11	25	19	1.85
74627655--74627727	30	2.4	30	86	0	92	35	10	27	26	1.90
74638727--74638800	37	2.0	37	100	0	148	37	21	5	35	1.77
74639700--74639733	17	2.0	17	88	0	50	44	14	14	26	1.84
74640334--74640380	15	3.1	15	78	9	60	55	2	10	31	1.46
74640331--74640380	16	3.2	16	77	11	59	52	2	12	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74642435--74642515	39	2.2	36	80	6	90	34	16	24	24	1.95
74642581--74643122	228	2.4	227	84	1	674	40	16	21	21	1.91
74642474--74643122	76	8.6	76	82	1	604	40	16	21	22	1.91
74643479--74643528	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
74647318--74647350	15	2.1	16	88	5	50	51	0	6	42	1.26
74647656--74647766	53	2.1	52	85	6	143	46	1	14	36	1.55
74651445--74651514	21	3.4	21	70	18	74	47	22	7	22	1.76
74651435--74651516	41	2.0	41	100	0	164	43	21	9	24	1.83
74654734--74654780	23	2.0	23	95	0	85	51	12	17	19	1.77
74656679--74656726	15	3.3	15	76	5	53	33	0	4	62	1.14
74656855--74656888	14	2.3	15	90	10	52	47	0	0	52	1.00
74658309--74658374	36	1.9	34	87	9	98	63	0	0	36	0.95
74660632--74660730	40	2.5	38	80	6	92	36	37	13	13	1.83
74663514--74663632	51	2.3	54	81	7	147	18	19	20	42	1.90
74663753--74663839	18	4.8	18	80	5	104	33	13	16	36	1.88
74663753--74663839	36	2.4	36	86	0	120	33	13	16	36	1.88
74663757--74663901	18	8.1	18	70	9	62	33	11	18	35	1.87
74664997--74665200	45	4.6	45	90	2	288	25	27	22	24	2.00
74667808--74667849	17	2.5	17	84	0	57	35	0	0	64	0.94
74667850--74667902	23	2.3	23	90	0	79	28	20	26	24	1.99
74676437--74676593	43	3.7	43	74	6	165	30	25	15	28	1.96
74681607--74681662	28	2.0	28	96	0	103	55	17	8	17	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74689532--74689993	48	9.6	48	84	4	531	26	20	30	23	1.98
74697454--74697819	48	7.6	48	84	6	427	26	21	28	22	1.99
74704142--74704170	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
74704684--74704713	12	2.5	12	94	0	51	20	40	0	40	1.52
74707851--74708032	90	2.0	91	98	1	357	45	10	8	34	1.70
74713430--74713469	21	1.9	21	89	0	62	32	20	10	37	1.85
74713452--74713487	10	3.6	10	92	7	56	33	16	11	38	1.84
74730033--74730085	25	2.2	25	93	3	90	26	18	20	33	1.96
74730364--74730400	10	3.7	10	92	7	58	32	18	10	37	1.86
74730344--74730424	21	4.0	21	73	14	62	37	19	7	35	1.80
74749174--74749356	39	4.7	40	83	8	216	23	22	28	25	1.99
74749227--74749389	78	2.1	78	84	6	206	25	20	28	25	1.99
74751346--74751399	27	2.1	26	86	6	74	64	7	7	20	1.43
74759608--74759671	31	2.1	31	87	0	92	25	21	17	35	1.95
74759883--74760005	24	5.2	23	88	4	183	28	20	21	30	1.98
74759885--74760004	23	5.1	23	92	3	195	29	20	21	29	1.98
74759885--74760006	47	2.6	47	96	0	217	28	19	22	29	1.98
74760051--74760120	20	3.5	20	90	3	115	32	20	11	35	1.88
74760157--74760204	25	2.0	24	83	4	60	27	16	22	33	1.96
74765255--74765319	34	1.9	34	87	6	96	27	24	20	27	1.99
74767462--74767575	27	4.3	27	74	11	83	38	21	11	28	1.88
74767600--74767956	27	13.2	27	81	8	361	31	21	7	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74767600--74767956	54	6.6	54	85	2	457	31	21	7	40	1.79
74767600--74767956	81	4.4	81	88	1	484	31	21	7	40	1.79
74768283--74768342	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
74768460--74768536	31	2.5	31	89	0	109	19	16	14	49	1.80
74768460--74768536	6	12.5	6	76	10	75	19	16	14	49	1.80
74772174--74772236	22	2.9	22	78	2	65	34	46	3	15	1.62
74775052--74775171	56	2.1	56	100	0	240	44	9	24	22	1.82
74776328--74776512	79	2.3	81	81	7	209	25	22	26	24	2.00
74776328--74776512	40	4.6	39	83	4	194	25	22	26	24	2.00
74776381--74776545	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
74793868--74794045	85	2.1	85	98	0	347	26	27	8	37	1.85
74803532--74803622	46	2.0	46	84	0	119	26	31	7	34	1.85
74803638--74803947	47	6.6	47	92	0	449	25	29	12	32	1.92
74803686--74803762	22	3.4	22	66	22	59	25	28	12	32	1.93
74803855--74803928	23	3.2	23	62	24	55	31	29	10	28	1.91
74803831--74803905	24	3.2	24	62	24	59	26	32	13	28	1.94
74807812--74808087	40	6.9	39	90	1	354	26	29	23	21	1.99
74807809--74808087	80	3.5	80	88	2	391	26	29	22	21	1.99
74810013--74810180	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
74810048--74810233	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
74810050--74810233	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
74825204--74825371	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74825239--74825424	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
74825241--74825424	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
74833150--74833317	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
74833185--74833370	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
74833187--74833370	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
74835950--74836306	47	7.6	47	92	0	498	25	28	12	33	1.93
74835998--74836074	22	3.4	22	64	22	59	24	28	14	32	1.94
74851025--74851066	15	2.9	15	92	3	68	38	4	14	42	1.66
74851918--74852002	40	2.2	40	84	2	109	17	20	31	30	1.95
74860053--74860225	46	3.8	45	76	13	181	23	20	27	28	1.99
74860050--74860218	93	1.8	93	90	0	275	23	21	26	28	1.99
74875528--74875578	25	2.0	25	88	0	75	35	7	17	39	1.79
74875657--74875978	48	6.7	48	83	3	380	26	16	28	27	1.97
74878631--74878676	24	1.9	24	82	8	58	41	4	30	23	1.74
74882761--74882785	13	1.9	13	100	0	50	8	36	40	16	1.77
74882841--74882897	30	1.9	30	85	0	78	17	28	35	19	1.94
74884891--74884936	18	2.6	19	80	13	53	80	0	10	8	0.91
74894324--74894463	70	2.0	70	98	0	271	28	16	18	36	1.93
74894731--74894778	23	2.1	22	85	11	62	72	8	0	18	1.08
74904831--74904870	20	2.0	20	85	0	53	52	2	12	32	1.52
74916885--74916951	24	2.8	24	83	2	89	17	23	19	38	1.93
74917902--74918002	47	2.1	48	85	8	136	26	16	29	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74927985--74928120	46	2.9	46	75	14	129	25	28	19	26	1.98
74932024--74932085	15	4.1	15	85	0	79	12	14	16	56	1.68
74932025--74932083	30	2.0	30	93	0	100	13	15	16	54	1.72
74934730--74935045	48	6.6	48	89	1	438	25	17	30	26	1.97
74938264--74938296	17	1.9	17	100	0	66	42	0	24	33	1.55
74944565--74944625	17	3.5	17	67	10	52	47	22	3	26	1.67
74944519--74944619	34	3.0	34	95	0	175	47	22	6	22	1.75
74959679--74959822	42	3.4	42	76	11	123	33	20	15	29	1.94
74959658--74959822	43	3.8	44	75	10	128	33	23	16	27	1.95
74961305--74961488	27	6.9	27	81	6	144	39	20	10	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333