genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14096904--14096974	33	2.2	33	82	5	81	28	18	16	36	1.93
14096830--14097014	103	1.8	101	84	2	253	28	20	16	34	1.94
14096921--14096995	33	2.2	34	81	9	82	29	21	12	37	1.89
14099957--14099985	12	2.4	12	100	0	58	6	31	20	41	1.79
14100925--14101117	103	1.9	101	81	4	235	30	23	15	31	1.95
14101002--14101092	33	2.8	32	75	5	92	30	21	12	35	1.90
14102719--14102750	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
14111464--14111523	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
14112006--14112112	18	5.9	18	86	6	146	35	14	12	38	1.83
14112006--14112112	35	3.0	35	94	4	178	35	14	12	38	1.83
14113574--14113690	46	2.5	46	94	0	198	29	19	26	24	1.99
14113568--14113739	46	3.8	45	84	7	197	28	20	28	22	1.99
14113574--14113972	46	8.5	49	73	11	189	26	20	28	24	1.99
14116565--14116614	15	3.2	15	72	10	55	44	0	10	46	1.37
14116548--14116614	32	2.1	32	100	0	134	43	0	8	47	1.34
14123233--14123272	18	2.2	18	86	0	53	47	20	10	22	1.79
14123318--14123398	17	4.8	17	70	4	56	45	14	8	30	1.75
14124067--14124109	18	2.4	18	80	0	50	44	11	6	37	1.68
14124508--14124605	32	3.1	30	77	15	92	50	12	3	34	1.55
14125787--14125853	32	2.1	31	83	2	80	38	5	1	53	1.34
14147858--14147919	25	2.5	25	84	7	81	27	24	20	27	1.99
14147970--14148036	20	3.3	20	91	0	116	31	19	11	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14147970--14148025	11	5.5	11	71	16	57	30	19	12	37	1.89
14155979--14156037	26	2.4	25	82	5	75	28	23	25	22	1.99
14155979--14156047	25	2.8	24	80	6	84	26	24	23	26	2.00
14156098--14156172	20	3.8	20	89	3	109	37	18	10	33	1.86
14156098--14156153	11	5.5	11	71	16	57	33	19	12	33	1.89
14159347--14159642	39	7.5	39	92	1	441	19	21	28	30	1.98
14172160--14172337	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
14172160--14172337	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
14180144--14180321	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
14180144--14180321	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
14183695--14183730	17	2.1	18	89	5	56	11	41	33	13	1.80
14189239--14189284	18	2.6	17	83	10	56	26	54	15	4	1.59
14190051--14190111	19	3.2	19	72	19	54	54	0	4	40	1.22
14190062--14190122	20	3.1	19	77	15	70	52	0	6	40	1.27
14190048--14190143	39	2.4	39	81	10	106	52	0	5	42	1.24
14190225--14190262	19	2.1	19	85	5	51	36	13	2	47	1.56
14190526--14190572	20	2.3	21	85	10	71	25	4	6	63	1.36
14190524--14190569	19	2.4	20	85	10	69	26	4	4	65	1.30
14190970--14191056	26	3.2	26	84	11	88	37	0	1	60	1.04
14193783--14193831	25	2.0	25	100	0	98	30	12	32	24	1.92
14194795--14194849	16	3.4	16	94	0	92	30	27	7	34	1.84
14199990--14200033	15	2.8	16	82	6	54	20	22	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14200113--14200278	50	3.3	50	83	4	210	30	12	18	39	1.86
14207155--14207320	50	3.3	50	83	4	210	30	13	18	37	1.89
14208279--14208323	22	2.0	22	91	4	72	42	15	4	37	1.67
14208314--14208373	17	3.3	18	88	6	95	36	15	10	38	1.80
14208732--14208998	45	5.9	45	76	9	249	26	28	15	30	1.96
14208725--14208998	89	3.0	90	82	6	288	25	28	15	30	1.96
14208938--14209153	78	2.8	79	85	2	294	25	23	18	31	1.98
14219223--14219257	17	2.0	18	88	5	54	71	0	0	28	0.86
14219541--14219614	19	3.9	19	92	3	132	36	16	9	37	1.81
14219534--14219614	37	2.2	38	89	8	132	37	16	8	38	1.79
14223439--14223508	26	2.7	27	84	6	99	22	20	27	30	1.98
14223558--14223624	20	3.3	20	91	4	109	32	19	11	35	1.88
14223558--14223613	11	5.5	11	75	16	66	32	19	12	35	1.89
14230760--14230847	36	2.4	36	76	10	99	27	25	18	29	1.98
14230816--14230884	30	2.3	30	92	5	113	27	30	18	23	1.98
14232502--14232526	11	2.3	11	100	0	50	52	8	8	32	1.60
14234268--14234312	21	2.1	22	87	4	65	62	11	0	26	1.29
14237279--14237495	68	3.3	64	77	11	172	25	29	14	29	1.95
14238156--14238216	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
14243244--14243283	13	3.1	13	92	0	62	20	35	27	17	1.95
14244858--14246140	648	2.0	648	99	0	2548	37	15	16	30	1.90
14249081--14249150	34	2.0	35	97	2	133	34	21	18	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14258263--14258323	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
14262967--14262991	9	2.8	9	100	0	50	36	0	0	64	0.94
14265413--14265461	8	6.6	8	81	13	61	65	2	0	32	1.04
14265413--14265444	15	2.1	15	100	0	64	62	0	0	37	0.95
14265531--14265560	10	3.1	10	90	9	53	20	0	0	80	0.72
14268295--14268352	28	2.1	28	96	0	107	37	13	15	32	1.87
14281350--14281599	128	2.0	128	94	0	437	34	16	17	31	1.92
14285855--14286114	113	2.3	109	77	10	249	25	5	18	51	1.66
14288585--14288622	6	6.3	6	96	0	67	18	44	34	2	1.64
14301857--14301886	12	2.5	12	94	0	51	16	26	0	56	1.40
14303935--14303972	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
14305297--14305347	15	3.3	16	83	8	61	23	5	3	66	1.30
14310359--14310408	10	5.0	10	83	9	57	68	2	6	24	1.23
14310423--14310460	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
14311312--14311562	125	2.0	124	94	0	439	31	21	15	30	1.95
14313803--14313945	75	1.9	75	89	0	223	28	11	28	31	1.91
14314021--14314074	5	10.8	5	77	15	58	77	0	1	20	0.86
14314020--14314074	15	3.7	14	80	20	67	78	0	1	20	0.85
14320291--14320336	21	2.2	21	88	3	67	50	0	0	50	1.00
14321744--14321790	17	2.7	17	83	3	58	29	14	17	38	1.89
14323670--14323729	10	6.0	10	86	7	86	70	1	6	21	1.20
14323744--14323781	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14325301--14325487	71	2.7	70	78	3	207	39	18	18	24	1.92
14325513--14325701	41	4.6	41	73	11	120	43	21	17	17	1.87
14325524--14325708	82	2.3	82	77	7	205	44	20	18	16	1.87
14328066--14328278	45	4.7	44	77	10	162	22	20	15	40	1.90
14330703--14330729	14	1.9	14	100	0	54	59	0	18	22	1.38
14331079--14331133	6	8.7	6	79	16	58	0	21	0	78	0.76
14331086--14331122	9	4.2	9	80	19	51	0	21	0	78	0.75
14331080--14331133	23	2.5	22	88	11	76	0	22	0	77	0.76
14335741--14335802	9	6.8	9	78	8	54	69	0	29	1	0.98
14335748--14335795	3	16.3	3	78	4	53	66	0	31	2	1.03
14335746--14335801	26	2.2	26	90	0	85	67	0	30	1	1.01
14339628--14339678	21	2.4	21	80	0	66	11	11	37	39	1.79
14342404--14342583	89	2.0	89	93	0	306	38	18	13	29	1.89
14342537--14342693	48	3.3	48	89	0	242	40	17	15	26	1.89
14342791--14342842	6	8.7	6	87	8	70	53	13	13	19	1.72
14343288--14343327	21	1.9	21	89	0	62	22	30	20	27	1.98
14349275--14349313	19	2.2	18	86	9	53	30	0	5	64	1.15
14356389--14356455	26	2.5	27	92	2	109	35	22	25	16	1.94
14356507--14356577	25	3.0	23	69	17	54	36	19	29	14	1.91
14357178--14357227	25	2.0	25	88	0	73	28	20	8	44	1.79
14368187--14368294	26	4.2	26	89	0	171	34	24	8	33	1.85
14369247--14369803	284	2.0	284	97	0	1051	25	28	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14374287--14374446	26	6.2	26	91	0	257	35	23	8	33	1.84
14374287--14374446	52	3.1	52	96	0	284	35	23	8	33	1.84
14377667--14377892	40	5.7	40	87	5	262	26	26	21	25	2.00
14385644--14385869	40	5.7	40	89	4	271	26	26	20	25	1.99
14389530--14389589	30	2.0	30	90	0	93	30	25	5	40	1.77
14403574--14403635	26	2.3	26	86	8	90	41	20	22	14	1.89
14404549--14404582	17	2.0	17	100	0	68	11	17	17	52	1.73
14409221--14409277	30	1.9	30	85	0	78	15	26	35	22	1.94
14411106--14411178	5	14.2	5	70	16	51	76	4	2	16	1.05
14411258--14411316	16	3.9	14	73	16	55	76	1	0	22	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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