Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
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This is table  53  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15341645--15341938
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155
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2.8
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1.56
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1.9
23
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0
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23
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2.3
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34
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22
2.5
24
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5
1
36
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1
8
50
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1.9
23
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36
0
2
61
1.09
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3
22.3
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2.7
217
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2.0
22
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35
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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20
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24
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11
30
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1.41
15503993--15504073
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1
11
29
58
1.41
15503994--15504073
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21
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97
1
11
30
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1.41
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0.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
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Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15563909--15563951
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59
35
0
1
62
1.06
15574298--15574391
26
3.7
26
69
21
67
56
2
2
39
1.23
15577042--15577146
26
4.0
26
93
0
183
32
7
23
36
1.83
15581593--15581627
13
2.6
14
81
9
54
17
17
17
48
1.81
15584108--15584191
42
2.0
42
100
0
168
38
11
11
38
1.79
15585115--15585159
22
2.0
22
82
0
54
55
4
2
37
1.32
15588026--15588059
15
2.2
15
89
5
50
64
0
2
32
1.08
15598084--15598194
42
2.6
42
80
4
116
27
26
20
26
1.99
15598084--15598240
43
3.7
43
75
8
142
26
27
20
25
1.99
15598084--15598240
85
1.8
85
82
5
201
26
27
20
25
1.99
15605962--15605991
13
2.3
13
94
0
51
56
6
6
30
1.51
15633316--15633380
30
2.1
29
86
8
85
36
1
0
61
1.05
15633323--15633380
30
1.9
30
89
6
91
36
1
0
62
1.06
15633322--15633388
30
2.2
30
82
12
82
38
1
0
59
1.06
15638701--15638830
6
20.2
6
71
20
70
5
19
1
73
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15638701--15638830
18
6.7
20
71
17
78
5
19
1
73
1.10
15638709--15638830
21
5.8
21
66
24
62
5
19
1
72
1.13
15638703--15638762
27
2.3
27
85
8
79
5
18
1
75
1.07
15642113--15642160
16
2.9
17
70
17
55
25
33
14
27
1.94
15644047--15644087
20
2.0
21
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13
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51
0
2
46
1.14
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36
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18
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0
2
44
1.13
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2.0
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100
0
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14
21
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1.92
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11
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0
0
48
1.00
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100
0
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0
8
0
0.40
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2.4
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3
136
44
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7
37
1.66
15664359--15664420
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2.6
24
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14
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38
0
4
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1.21
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2.2
23
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0
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58
1
0
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1.09
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2.0
31
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0
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40
9
14
35
1.79
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2.7
23
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36
3
6
54
1.43
15680212--15680258
24
2.0
24
100
0
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2
8
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1.45
15680270--15680338
9
7.2
9
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36
2
2
57
1.28
15680273--15680335
29
2.3
27
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10
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36
3
3
57
1.31
15680486--15680585
43
2.3
41
73
18
96
34
3
6
57
1.39
15680529--15680587
18
3.4
17
80
15
59
33
3
3
59
1.31
15680660--15680692
3
11.0
3
93
0
57
36
0
0
63
0.95
15680681--15680740
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2.8
21
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12
70
35
1
6
56
1.35
15680693--15680745
21
2.5
21
81
0
70
33
1
9
54
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15680847--15680924
20
3.7
22
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13
74
34
2
6
56
1.39
15680865--15680986
20
6.3
20
64
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57
33
2
6
57
1.38
15686948--15687154
39
5.3
39
89
0
315
19
20
28
31
1.97
15696920--15697107
76
2.5
77
87
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269
32
14
19
32
1.93
15696920--15697137
76
2.9
74
83
9
246
31
15
20
33
1.93
15697075--15697193
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1.9
63
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0
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25
18
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31
1.97
15697203--15697397
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2.7
73
80
7
236
27
15
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22
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11
5.9
11
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39
3
3
54
1.33
15699398--15699431
9
3.6
10
88
11
54
41
0
5
52
1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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