genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16341388--16341493	51	2.1	51	94	0	185	25	21	8	44	1.80
16341899--16341934	18	1.9	18	88	5	54	44	0	0	55	0.99
16341921--16341950	15	1.9	16	93	6	53	56	3	0	40	1.16
16349209--16349373	46	3.5	47	75	4	147	23	26	19	30	1.98
16354665--16354712	24	2.0	24	100	0	96	29	29	16	25	1.97
16356972--16357243	46	5.7	47	72	12	148	24	28	20	26	1.99
16357079--16357243	46	3.5	47	76	4	156	23	27	19	29	1.98
16367366--16367667	27	11.2	27	78	7	249	39	10	21	28	1.86
16367371--16367597	81	2.8	80	84	4	276	41	8	19	29	1.81
16368489--16368579	45	2.0	45	100	0	182	32	28	13	25	1.93
16369674--16369897	41	5.5	40	83	3	205	21	28	15	34	1.94
16369674--16369895	82	2.7	81	82	6	259	22	27	15	34	1.94
16369808--16369878	21	3.4	21	67	18	58	23	32	15	28	1.95
16369829--16369897	20	3.4	20	69	11	59	18	33	14	33	1.91
16377686--16377736	18	2.8	17	78	21	59	52	5	0	41	1.25
16377686--16377757	36	2.0	36	83	5	92	52	6	0	40	1.28
16378486--16378520	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
16392072--16392148	29	2.7	29	80	13	72	31	1	3	63	1.20
16398371--16398429	29	2.0	29	81	12	68	27	8	1	62	1.33
16398397--16398441	15	2.9	15	93	6	72	26	8	0	64	1.23
16398417--16398455	21	1.9	20	89	5	60	28	7	0	64	1.21
16398412--16398462	21	2.5	20	78	12	59	33	5	0	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16398803--16398848	3	15.0	3	81	4	56	28	4	4	63	1.33
16398803--16398848	15	3.2	15	87	6	69	28	4	4	63	1.33
16404588--16404734	53	2.8	53	90	0	231	23	17	8	51	1.71
16406227--16406298	32	2.3	32	83	7	85	29	2	4	63	1.27
16406374--16406423	25	2.0	26	88	4	75	22	4	2	72	1.12
16410257--16410301	19	2.4	19	85	7	56	28	22	8	40	1.84
16418869--16419397	177	3.0	174	85	3	659	28	17	26	28	1.97
16421512--16421550	15	2.5	15	87	4	51	33	2	0	64	1.08
16422702--16422849	46	3.2	46	87	0	206	34	14	25	25	1.94
16423280--16423646	143	2.6	143	86	2	488	29	18	23	28	1.98
16423280--16423706	143	3.0	143	83	4	391	29	18	22	29	1.97
16423882--16423912	16	1.9	16	100	0	62	12	29	25	32	1.93
16426627--16426698	37	1.9	37	88	5	110	34	1	1	62	1.13
16430936--16430992	29	2.0	29	92	0	96	52	5	10	31	1.58
16431619--16431666	3	15.7	3	95	4	87	66	0	2	31	1.03
16433599--16433778	44	4.1	44	81	2	200	25	20	22	32	1.97
16449369--16449407	19	2.0	20	85	5	53	46	5	20	28	1.72
16453133--16453168	3	11.7	3	88	5	54	66	2	2	27	1.19
16453213--16453260	22	2.1	23	81	11	55	72	2	8	16	1.18
16455614--16455703	40	2.2	40	84	0	117	31	10	21	37	1.86
16458788--16458874	38	2.4	35	83	11	97	36	0	19	43	1.51
16458815--16458885	19	3.7	19	67	16	56	35	0	22	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16458802--16458879	38	2.0	40	90	7	124	34	0	25	39	1.56
16459266--16459291	7	3.7	7	100	0	52	57	11	0	30	1.34
16459423--16459932	126	4.0	126	86	2	655	37	16	17	28	1.92
16463102--16463192	29	3.2	29	87	1	130	26	15	29	28	1.96
16467623--16467757	48	2.8	47	85	4	173	54	6	8	31	1.56
16467895--16467940	22	2.1	22	91	0	74	39	0	15	45	1.46
16467895--16467932	11	3.5	11	100	0	76	34	0	18	47	1.49
16471852--16471909	29	2.0	30	89	3	91	51	0	0	48	1.00
16471852--16471909	30	2.0	29	86	10	82	51	0	0	48	1.00
16471871--16471922	21	2.5	22	81	9	63	53	0	0	46	1.00
16471890--16471937	18	2.5	18	83	10	51	56	0	2	41	1.11
16472957--16473000	20	2.2	20	95	0	79	50	13	9	27	1.72
16473633--16473820	87	2.2	87	83	0	232	35	16	20	28	1.94
16473808--16475045	618	2.0	618	100	0	2476	34	17	21	26	1.95
16477673--16477820	53	2.8	53	84	0	188	37	10	22	29	1.88
16477940--16478105	61	2.7	61	87	0	242	33	13	24	28	1.93
16486862--16486922	17	3.5	17	76	10	61	73	0	3	22	0.97
16486862--16486925	22	2.8	22	79	11	67	75	0	3	21	0.95
16492436--16492585	45	3.4	45	73	9	137	37	14	21	26	1.92
16494196--16494401	63	3.3	63	82	2	263	25	22	28	23	2.00
16499282--16499311	15	2.0	15	100	0	60	26	6	0	66	1.16
16499285--16499318	15	2.3	15	89	0	50	32	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16499942--16500046	50	2.1	50	85	7	142	43	22	8	24	1.81
16503317--16503354	9	4.2	9	83	9	51	26	0	0	73	0.83
16506162--16506214	20	2.6	21	79	11	65	62	1	0	35	1.06
16507107--16507139	14	2.2	16	89	10	52	27	3	6	63	1.32
16508260--16508320	21	3.0	20	81	6	79	54	0	0	45	1.00
16510110--16510177	31	2.2	31	84	5	93	47	14	5	32	1.69
16513254--16513516	130	2.0	130	98	0	508	41	5	18	34	1.74
16516580--16516655	40	1.9	40	86	0	107	21	13	31	34	1.91
16531632--16531664	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
16534984--16535042	29	2.0	30	93	3	102	38	6	25	28	1.81
16544990--16545093	5	20.4	5	71	21	58	18	5	1	74	1.12
16544990--16545043	9	6.2	9	75	16	60	20	1	1	75	0.98
16544993--16545093	12	8.8	11	73	17	57	17	5	1	74	1.12
16544988--16545048	25	2.5	25	87	10	83	19	3	1	75	1.03
16546916--16546955	21	1.9	21	84	0	53	57	17	22	2	1.52
16548931--16548960	13	2.3	13	94	0	51	20	23	16	40	1.91
16550844--16550888	23	2.0	23	86	0	63	28	11	20	40	1.86
16551035--16551112	40	2.0	40	86	0	111	19	15	32	33	1.93
16553728--16553774	24	2.0	24	83	8	60	14	2	23	59	1.46
16564905--16564936	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
16569161--16569185	13	1.9	13	100	0	50	8	32	40	20	1.81
16579631--16579696	34	1.9	34	96	0	123	34	15	9	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16584743--16584913	46	3.7	45	79	12	177	23	29	18	27	1.98
16585254--16585311	30	1.9	30	92	0	98	27	22	15	34	1.94
16592518--16592598	4	19.8	4	74	5	63	6	24	3	65	1.32
16598227--16598272	18	2.6	19	80	13	53	56	8	0	34	1.30
16605296--16605339	17	2.6	17	89	7	63	43	9	0	47	1.35
16609707--16609741	16	2.2	17	90	10	56	0	28	0	71	0.86
16609707--16609745	15	2.6	16	88	8	55	0	28	0	71	0.86
16609754--16609783	15	1.9	16	93	6	53	16	13	3	66	1.37
16613557--16613634	37	2.1	38	95	2	140	20	20	15	43	1.88
16614425--16614499	36	2.1	36	89	0	114	37	2	18	41	1.65
16614557--16614735	71	2.5	70	83	3	216	24	21	22	31	1.98
16619068--16619435	35	10.5	35	84	0	434	31	25	12	30	1.93
16623924--16624286	35	10.6	34	81	5	351	31	24	13	30	1.93
16623926--16624286	70	5.3	70	82	5	398	31	24	13	30	1.93
16623927--16624286	105	3.5	105	84	4	441	31	25	13	30	1.93
16629893--16629971	36	2.2	36	88	6	117	32	1	20	45	1.59
16630025--16630238	70	3.1	70	81	5	245	25	23	21	29	1.99
16632813--16632915	44	2.3	43	84	11	129	33	26	15	25	1.95
16640668--16640705	20	1.9	20	84	10	51	36	23	2	36	1.69
16657189--16657252	31	2.1	31	100	0	128	28	20	17	34	1.95
16662258--16662288	16	1.9	16	93	0	53	41	35	6	16	1.74
16664415--16664468	23	2.3	23	81	9	65	42	3	16	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16664524--16664598	22	3.3	22	75	10	69	60	5	5	29	1.41
16664530--16664592	25	2.5	24	84	7	72	58	6	4	30	1.43
16664614--16664745	25	5.6	25	74	12	100	56	3	5	35	1.38
16664607--16664728	50	2.4	50	77	5	131	55	3	5	35	1.40
16665022--16665060	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
16665216--16665282	29	2.3	30	87	7	111	16	4	52	26	1.63
16665898--16666502	87	6.8	89	79	10	499	37	18	16	27	1.93
16666152--16666502	89	3.9	87	83	5	411	36	18	17	27	1.94
16666308--16666339	14	2.4	14	94	5	57	62	6	12	18	1.50
16665906--16666502	178	3.4	176	78	10	563	37	18	16	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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