genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  20  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5945145--5945326	96	1.9	97	87	1	267	31	25	14	28	1.95
5949765--5949814	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
5961512--5961544	16	2.0	16	94	5	57	66	0	0	33	0.92
5963449--5963499	22	2.3	23	80	10	61	54	0	0	45	0.99
5978718--5978747	15	2.0	15	93	0	51	16	13	36	33	1.88
5983028--5983116	43	2.1	43	95	0	160	33	12	12	41	1.80
5984377--5984727	46	7.6	46	93	0	594	18	22	13	45	1.85
5984747--5984857	45	2.5	45	85	2	134	25	22	16	36	1.94
5984770--5984860	45	2.0	45	89	0	137	21	24	19	34	1.97
5984779--5984879	45	2.3	42	75	14	103	22	22	19	34	1.96
5984872--5985027	33	4.7	33	72	9	120	24	27	17	30	1.98
5989237--5989384	73	2.0	73	97	0	278	37	18	12	31	1.88
5992785--5992818	16	2.1	16	94	0	59	67	11	8	11	1.42
5994607--5994655	25	2.0	25	84	8	64	34	16	26	22	1.95
5994676--5994883	25	8.3	26	71	12	127	38	20	24	16	1.92
5994711--5994883	52	3.4	52	80	8	164	38	20	24	16	1.93
5994711--5994882	25	6.9	25	72	12	131	37	20	24	16	1.93
5999684--5999711	12	2.3	12	100	0	56	60	0	0	39	0.97
6000376--6000431	18	3.2	17	76	19	53	42	1	3	51	1.29
6000401--6000448	25	1.9	25	86	0	69	50	0	0	50	1.00
6007207--6007252	24	1.9	25	82	8	60	54	0	0	45	0.99
6015011--6015043	16	2.0	17	88	5	50	57	0	6	36	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6015648--6015710	30	2.1	31	85	8	85	38	1	3	57	1.24
6030966--6031020	27	2.0	27	96	0	101	41	14	12	30	1.83
6039842--6039869	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
6042471--6042780	155	2.0	155	93	0	478	32	11	20	35	1.89
6046175--6046243	24	2.9	24	86	0	93	40	2	43	13	1.58
6056121--6056157	7	5.3	7	86	0	56	37	2	2	56	1.28
6056114--6056157	14	3.1	14	93	0	70	36	4	4	54	1.41
6056114--6056153	21	1.9	21	89	0	62	37	5	5	52	1.45
6056468--6056503	19	1.9	19	88	5	56	61	5	0	33	1.19
6059106--6059152	24	2.0	24	88	8	71	46	4	6	42	1.48
6064298--6064398	39	2.6	39	90	0	157	35	24	26	12	1.92
6064316--6064380	21	3.2	21	70	12	73	38	23	26	12	1.90
6074153--6074212	30	2.0	30	100	0	120	40	10	20	30	1.85
6083364--6083431	29	2.3	29	82	0	73	35	10	4	50	1.57
6085468--6085551	30	2.8	30	81	1	107	32	16	15	35	1.90
6097873--6097907	16	2.2	16	90	10	54	25	2	8	62	1.38
6099566--6099609	6	7.3	6	86	0	52	15	4	4	75	1.14
6099566--6099606	12	3.4	12	93	0	64	17	4	4	73	1.19
6099564--6099609	18	2.6	18	85	0	65	15	6	4	73	1.19
6104045--6104104	16	3.6	16	78	8	75	68	0	8	23	1.16
6104061--6104112	16	3.0	18	72	11	63	57	0	13	28	1.36
6104044--6104112	34	2.0	34	100	0	138	60	0	11	27	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6105132--6105251	38	3.1	38	81	3	134	35	25	19	20	1.96
6108437--6108492	28	2.0	28	89	0	85	23	14	1	60	1.43
6109768--6109832	19	3.4	18	72	8	58	33	30	20	15	1.93
6119312--6119366	28	2.0	28	85	0	74	23	14	29	32	1.94
6120903--6121003	49	2.1	49	92	0	166	26	24	4	43	1.74
6121601--6121660	30	2.0	30	96	0	111	28	30	5	36	1.78
6121692--6121745	23	2.2	24	84	12	67	50	22	9	18	1.75
6122276--6122317	16	2.8	15	79	10	50	21	21	4	52	1.65
6126145--6126190	18	2.6	18	96	3	85	26	8	10	54	1.64
6126246--6126292	13	3.5	13	77	5	58	63	0	2	34	1.06
6127750--6127778	12	2.3	13	94	5	51	51	0	6	41	1.28
6129173--6129213	14	2.7	15	85	11	57	51	0	0	48	1.00
6130450--6130475	13	2.0	13	100	0	52	30	30	15	23	1.95
6133962--6134002	22	1.9	21	85	5	55	51	7	0	41	1.30
6135696--6135735	20	2.0	20	95	0	71	35	7	5	52	1.51
6137200--6137225	9	2.9	9	100	0	52	65	0	0	34	0.93
6150920--6150976	28	2.0	28	100	0	114	28	10	3	57	1.48
6154426--6154593	43	4.0	42	75	3	158	27	14	25	32	1.95
6154440--6154596	86	1.8	85	84	4	217	27	15	25	31	1.95
6155538--6155579	20	2.1	20	95	0	75	11	30	23	33	1.91
6159044--6159112	28	2.5	28	78	4	77	57	7	13	21	1.59
6159061--6159118	28	2.1	28	80	6	64	63	6	12	17	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6159089--6159132	22	1.9	24	86	9	65	65	4	13	15	1.41
6162586--6162610	9	2.8	9	100	0	50	44	20	0	36	1.52
6173336--6173370	12	2.8	12	91	4	52	0	20	2	77	0.90
6178966--6179103	69	2.0	69	100	0	276	17	15	20	46	1.84
6179613--6179645	5	6.6	5	100	0	66	57	0	0	42	0.98
6181022--6181057	14	2.7	14	91	8	58	91	8	0	0	0.41
6183967--6184061	47	2.0	47	100	0	190	43	8	21	27	1.81
6187554--6187596	6	7.3	6	78	5	52	67	0	0	32	0.91
6187688--6187724	18	2.0	19	89	5	58	70	2	2	24	1.14
6187907--6187959	15	3.0	19	68	21	60	49	11	3	35	1.57
6187889--6187959	34	2.1	34	94	0	124	47	9	4	38	1.56
6190410--6190467	9	6.2	9	80	13	55	27	0	1	70	0.97
6190407--6190458	20	2.8	18	81	13	61	26	0	1	71	0.97
6190407--6190467	19	3.2	20	70	13	56	27	0	1	70	0.97
6190419--6190479	28	2.2	28	79	5	70	34	0	0	65	0.93
6197418--6197484	30	2.2	30	84	10	84	25	4	11	58	1.52
6201973--6201998	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
6215035--6215061	13	2.1	13	100	0	54	48	0	22	29	1.51
6220418--6220468	24	2.1	24	88	0	75	25	27	37	9	1.87
6223975--6224026	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
6230320--6230346	11	2.5	11	100	0	54	7	25	37	29	1.83
6244374--6244413	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6244379--6244421	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
6256608--6256648	6	6.8	6	100	0	82	85	0	0	14	0.60
6262025--6262053	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
6268861--6268894	16	2.1	17	88	5	52	29	23	5	41	1.78
6274233--6274285	18	2.9	18	88	0	79	33	24	15	26	1.95
6275930--6275963	16	2.1	17	88	5	52	29	23	5	41	1.78
6278297--6278491	38	5.1	38	88	2	284	33	24	20	21	1.97
6283010--6283112	39	2.6	40	92	1	172	39	25	5	29	1.79
6286250--6286397	76	1.9	77	86	4	210	38	17	23	20	1.93
6307280--6307331	27	2.0	27	84	3	70	34	5	5	53	1.49
6307311--6307354	23	2.0	22	81	4	52	36	4	2	56	1.32
6307376--6307427	27	1.9	27	92	7	88	30	5	0	63	1.18
6307333--6307429	25	3.8	25	74	12	88	29	7	3	59	1.39
6307384--6307439	14	4.0	14	73	15	53	26	8	0	64	1.23
6308084--6308415	130	2.6	126	83	3	382	28	18	18	34	1.95
6312018--6312099	43	1.9	43	84	0	110	35	20	4	39	1.74
6315345--6315852	45	11.4	45	70	12	203	31	17	22	28	1.97
6314725--6315408	132	5.2	132	90	1	1039	27	20	24	27	1.99
6315530--6315680	44	3.5	43	76	12	155	28	15	27	28	1.96
6315386--6315852	89	5.2	88	74	10	308	31	18	21	28	1.97
6317770--6317821	27	2.0	27	84	3	70	34	5	5	53	1.49
6317801--6317844	23	2.0	22	81	4	52	36	4	2	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6317866--6317917	27	1.9	27	92	7	88	30	5	0	63	1.18
6317823--6317919	25	3.8	25	74	12	88	29	8	2	59	1.38
6317874--6317923	14	3.6	14	71	17	50	28	6	0	66	1.15
6318465--6318816	129	2.8	129	79	6	360	27	17	16	38	1.91
6319412--6319538	19	6.9	19	90	7	192	37	9	14	38	1.79
6319412--6319545	36	3.7	38	85	10	192	37	8	15	38	1.79
6319433--6319487	17	3.4	15	90	9	58	34	10	16	38	1.84
6319400--6319536	54	2.5	55	87	9	201	37	10	13	39	1.78
6319440--6319525	17	5.0	15	85	13	73	37	8	13	40	1.75
6319412--6319564	19	8.0	21	85	10	79	36	8	15	39	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333