genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65406269--65406756	131	3.7	130	75	7	334	28	19	18	34	1.95
65412123--65412159	18	2.1	18	100	0	74	29	16	10	43	1.82
65413627--65413654	11	2.5	11	100	0	56	39	0	25	35	1.56
65414061--65414223	76	2.1	76	90	2	256	34	13	26	25	1.93
65414580--65414719	40	3.6	38	78	14	133	27	21	19	31	1.97
65414403--65414870	194	2.4	193	85	4	604	29	19	19	30	1.97
65415024--65415123	50	2.0	50	100	0	200	38	2	10	50	1.48
65415166--65415210	22	2.1	21	83	4	54	28	0	24	46	1.53
65415170--65415203	15	2.3	15	90	5	52	29	0	23	47	1.52
65415249--65415325	7	10.9	7	81	2	55	22	0	33	44	1.53
65415249--65415324	14	5.4	14	77	1	71	22	0	32	44	1.53
65431152--65431189	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
65431414--65431583	46	3.7	46	78	13	195	27	28	21	21	1.99
65431419--65431589	93	1.8	93	92	0	288	27	29	22	21	1.99
65433245--65433377	67	2.0	67	86	0	185	26	21	15	36	1.93
65433262--65433410	67	2.2	68	81	3	194	26	22	14	35	1.93
65438767--65438799	10	3.4	10	87	4	50	54	0	24	21	1.45
65451851--65452151	97	3.0	98	76	11	311	44	1	12	42	1.50
65451942--65452134	106	1.8	105	82	1	251	43	1	10	44	1.48
65456907--65456984	26	2.9	26	74	23	72	55	0	1	43	1.08
65456917--65456966	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
65460294--65460319	11	2.4	11	100	0	52	26	0	7	65	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65460661--65460760	42	2.4	42	82	0	137	25	19	18	38	1.93
65461726--65461771	23	2.0	23	100	0	92	26	17	13	43	1.85
65505317--65505359	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
65510481--65511221	247	3.0	247	92	0	1200	37	14	11	35	1.83
65512737--65512770	17	1.9	18	88	5	52	41	0	8	50	1.34
65522673--65522715	9	4.8	9	85	0	59	62	0	9	27	1.25
65522682--65522718	18	2.1	18	100	0	74	67	0	5	27	1.12
65536460--65536497	17	2.2	17	95	0	67	57	13	0	28	1.36
65536833--65536878	24	1.9	24	86	0	65	17	26	8	47	1.76
65542877--65543042	84	2.0	84	96	0	305	31	12	19	36	1.89
65546724--65546769	18	2.6	18	82	3	58	13	17	32	36	1.88
65551701--65551729	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
65553667--65553726	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
65553676--65553709	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
65559283--65559333	23	2.2	24	80	16	63	62	1	29	5	1.29
65566965--65567022	30	1.9	30	85	0	80	18	27	29	24	1.98
65571876--65571917	17	2.5	17	80	7	50	14	14	35	35	1.86
65571949--65571991	17	2.6	15	80	20	50	16	20	32	30	1.95
65571922--65572069	61	2.5	60	85	3	190	18	18	29	33	1.95
65572010--65572052	17	2.5	17	80	3	50	13	20	27	37	1.91
65572720--65572776	22	2.3	23	80	17	62	64	0	5	29	1.15
65586443--65586531	29	3.1	27	82	9	99	28	21	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65586628--65586671	22	2.0	22	82	8	54	40	29	11	18	1.85
65591115--65591254	16	9.1	15	67	18	67	57	0	8	32	1.34
65591113--65591155	14	2.8	16	77	22	56	65	2	4	27	1.25
65592175--65592272	51	1.9	51	100	0	196	40	15	13	30	1.85
65594335--65594375	18	2.2	19	86	4	57	4	9	2	82	0.89
65594335--65594382	25	1.9	25	82	0	60	6	10	4	79	1.05
65599749--65599971	39	5.7	40	87	6	271	24	27	22	25	2.00
65599749--65599971	79	2.8	79	82	11	262	24	27	22	25	2.00
65607713--65607935	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
65607713--65607935	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
65618823--65618907	44	1.9	44	97	0	161	31	16	22	29	1.96
65623636--65623697	29	2.2	28	91	8	108	61	6	4	27	1.41
65633054--65633090	17	2.2	17	100	0	74	35	18	16	29	1.93
65633135--65633222	46	1.9	46	92	0	149	28	20	6	44	1.77
65633181--65633317	54	2.5	56	85	5	181	23	24	13	38	1.90
65634571--65634608	20	1.9	20	94	0	67	34	28	10	26	1.90
65635963--65636015	27	2.0	27	100	0	106	49	15	15	20	1.80
65636643--65636855	105	2.0	105	95	1	383	30	18	16	33	1.93
65655277--65655405	46	2.8	45	78	8	134	22	29	19	28	1.98
65663695--65664274	290	2.0	290	98	0	1115	27	28	15	28	1.96
65687663--65687726	25	2.6	25	92	2	103	20	23	20	35	1.96
65706666--65706834	46	3.7	46	78	12	175	28	26	19	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65706671--65706841	93	1.8	93	86	2	245	28	26	19	24	1.99
65706764--65706849	46	1.9	45	83	4	111	31	26	17	24	1.97
65709491--65709568	24	3.2	24	80	5	77	23	23	19	34	1.96
65709752--65709837	20	4.4	20	77	5	95	31	4	19	44	1.71
65711741--65711804	25	2.6	25	84	0	74	45	18	14	21	1.85
65713269--65713322	12	4.0	13	76	13	56	59	3	1	35	1.26
65713431--65713467	18	1.9	18	89	10	56	40	5	0	54	1.24
65714573--65714687	43	2.7	42	78	2	131	31	18	20	29	1.96
65716144--65716225	41	2.0	41	92	0	137	51	13	9	25	1.71
65724794--65724864	27	2.6	27	70	16	74	43	16	16	22	1.87
65724869--65724927	22	2.7	22	83	0	73	35	23	23	16	1.95
65728880--65729028	42	3.5	42	77	4	138	30	22	16	30	1.96
65732519--65732742	39	5.7	40	85	9	268	25	22	27	25	2.00
65732520--65732742	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
65732572--65732775	79	2.6	79	81	8	195	26	21	26	25	1.99
65741414--65741591	27	6.6	27	83	3	205	29	28	15	26	1.96
65741435--65741590	82	1.9	81	88	3	233	28	28	15	26	1.96
65750392--65750615	39	5.7	40	84	9	259	25	22	26	25	2.00
65750393--65750648	79	3.3	79	81	10	208	26	21	26	24	2.00
65752108--65752168	30	2.0	30	96	0	113	45	6	11	36	1.66
65783843--65784012	93	1.8	93	94	0	304	28	28	21	21	1.99
65783834--65784009	46	3.8	46	78	12	198	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65783843--65784028	46	4.0	46	73	14	159	28	28	20	22	1.99
65788433--65789166	47	15.6	47	95	0	1279	29	29	8	33	1.86
65788483--65788561	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
65793003--65793031	14	2.1	14	100	0	58	27	0	20	51	1.47
65800337--65800385	25	1.9	26	95	4	91	28	6	24	40	1.79
65801258--65801306	24	2.0	24	81	14	57	42	10	14	32	1.79
65813546--65813721	84	2.1	85	97	1	336	26	9	25	39	1.85
65814694--65814744	25	2.0	25	100	0	102	35	3	11	49	1.58
65816588--65816638	25	2.0	25	100	0	102	35	3	11	49	1.58
65821616--65821876	44	5.9	44	77	2	218	39	17	24	18	1.92
65821834--65821928	28	3.4	27	91	2	136	35	13	27	23	1.92
65821788--65821973	101	1.8	101	83	4	250	37	16	27	18	1.92
65825838--65826022	49	3.8	50	85	5	209	24	15	31	27	1.96
65829756--65829794	17	2.2	17	86	4	51	10	25	48	15	1.76
65837883--65837921	18	2.2	18	90	0	60	20	5	12	61	1.50
65839286--65839337	27	2.0	26	82	10	63	34	1	17	46	1.59
65852320--65852435	53	2.2	52	92	1	187	29	11	12	47	1.75
65853221--65853255	16	2.2	16	94	0	61	34	25	22	17	1.96
65853221--65853263	16	2.7	16	85	0	50	37	23	23	16	1.94
65853326--65853448	28	4.4	28	84	2	138	42	17	22	17	1.89
65853524--65853567	16	2.8	16	89	0	61	34	18	22	25	1.96
65855730--65855812	37	2.1	41	82	10	102	42	2	2	53	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65855708--65855783	11	6.8	11	72	26	54	43	1	1	53	1.17
65855877--65855914	20	2.0	20	94	5	69	47	0	2	50	1.15
65856213--65856242	15	2.0	15	100	0	60	26	0	20	53	1.46
65869108--65869159	25	2.1	25	82	7	61	48	0	7	44	1.31
65870901--65870996	28	3.4	28	76	9	97	39	19	25	15	1.91
65870923--65870997	28	2.7	28	87	0	105	40	20	21	18	1.92
65870975--65871090	46	2.6	46	87	2	155	43	19	22	14	1.88
65871029--65871061	17	1.9	17	93	0	57	33	18	33	15	1.92
65871045--65871113	28	2.4	29	85	2	95	39	20	26	14	1.91
65872619--65872881	40	6.6	40	88	3	316	24	20	27	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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