genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74235496--74235537	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
74235487--74235528	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
74235753--74235820	16	4.2	16	92	0	118	38	35	0	26	1.57
74240343--74240568	48	4.8	48	74	7	221	26	19	24	30	1.98
74254470--74254638	43	4.0	43	79	6	200	31	26	15	27	1.96
74255746--74255835	27	3.3	27	87	3	110	40	17	11	31	1.85
74255849--74256051	27	7.5	27	88	0	244	30	23	7	39	1.82
74255849--74256051	81	2.5	81	84	0	271	30	23	7	39	1.82
74255774--74256197	27	15.6	27	77	8	119	36	21	8	34	1.83
74256003--74256205	27	7.4	27	78	7	142	37	19	8	34	1.82
74256246--74256323	27	2.9	27	88	5	113	34	21	20	23	1.97
74257482--74257529	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
74257577--74257632	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
74257566--74257632	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
74257682--74257847	24	7.0	24	80	7	187	30	22	19	27	1.98
74257682--74257847	47	3.5	46	81	6	181	30	22	19	27	1.98
74257682--74257847	71	2.3	71	83	5	201	30	22	19	27	1.98
74260430--74260457	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
74273152--74273323	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
74273176--74273359	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
74276945--74277010	32	2.1	32	97	0	123	36	13	13	36	1.85
74278661--74278707	23	2.2	22	81	11	53	34	10	17	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74279598--74279632	16	2.2	16	100	0	70	40	11	5	42	1.65
74280431--74280480	25	1.9	27	88	8	77	36	4	22	38	1.73
74280556--74280927	48	7.8	48	85	4	464	27	17	29	25	1.97
74280556--74280986	96	4.5	97	82	5	491	27	18	29	25	1.98
74280566--74280986	144	2.9	141	82	6	472	27	18	28	24	1.98
74286131--74286460	48	6.9	48	78	3	270	25	18	27	28	1.98
74286129--74286460	144	2.3	144	80	5	350	25	18	28	28	1.98
74291608--74291704	28	3.4	29	86	9	121	27	14	27	29	1.95
74295205--74295273	15	4.6	15	88	0	102	11	14	15	57	1.64
74298036--74298175	52	3.0	44	77	14	154	20	18	28	32	1.96
74298081--74298182	52	2.0	52	92	0	168	21	17	27	33	1.96
74305788--74305958	41	4.2	41	81	0	189	22	26	16	34	1.95
74310855--74311118	49	5.5	49	95	3	457	33	7	30	28	1.85
74310951--74311033	27	3.3	27	63	27	72	32	4	30	32	1.79
74312696--74312889	40	4.8	40	90	0	316	23	21	28	26	1.99
74312696--74312889	80	2.4	80	96	0	352	23	21	28	26	1.99
74313491--74313662	67	2.6	66	83	7	179	32	16	28	22	1.96
74314702--74314731	16	1.9	16	93	6	53	43	0	20	36	1.52
74317487--74317606	31	3.7	31	83	14	154	27	26	17	28	1.98
74317630--74317721	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
74317869--74317938	25	2.8	25	91	0	104	25	24	27	22	2.00
74318748--74318849	27	3.8	26	73	12	89	23	19	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74318866--74318915	26	1.9	26	84	8	66	38	12	12	38	1.80
74318863--74318997	55	2.5	54	80	8	141	33	8	17	40	1.80
74318927--74319047	26	4.6	26	82	10	115	29	7	21	41	1.80
74318816--74319047	27	8.6	27	73	11	138	31	9	18	40	1.83
74318954--74319115	27	6.1	27	75	11	93	30	11	22	35	1.90
74319069--74319155	26	3.3	26	82	4	104	42	12	18	26	1.86
74319107--74319171	27	2.4	27	89	0	103	44	10	20	24	1.83
74342298--74342520	40	5.6	40	90	2	299	24	20	28	26	1.99
74342259--74342520	80	3.3	80	84	4	309	24	20	28	27	1.99
74365958--74366130	46	3.7	46	77	11	201	24	21	25	28	1.99
74365955--74366125	93	1.8	93	92	2	290	23	21	26	28	1.99
74371819--74371991	46	3.7	46	79	10	217	22	20	27	29	1.99
74371816--74371986	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
74373011--74373228	40	5.5	40	88	2	307	23	22	28	26	1.99
74381269--74381486	40	5.5	40	90	2	325	23	22	27	25	2.00
74385197--74385386	39	5.0	40	83	10	168	30	31	21	17	1.96
74385224--74385364	72	2.0	72	88	2	212	29	31	21	17	1.96
74391663--74391879	39	5.5	39	89	2	312	30	29	21	18	1.97
74397198--74397224	9	3.0	9	100	0	54	11	0	22	66	1.22
74397908--74398031	35	3.5	35	82	6	153	26	8	21	42	1.82
74398228--74398301	37	2.0	37	97	0	139	17	5	17	59	1.56
74417504--74417726	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74417504--74417726	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
74417504--74417759	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
74425462--74425681	39	5.6	39	83	6	243	25	20	27	25	1.99
74425462--74425681	79	2.8	78	80	10	252	25	20	27	25	1.99
74425551--74425714	79	2.1	78	79	7	172	26	19	27	26	1.99
74430737--74430780	22	2.0	22	82	13	54	63	9	15	11	1.51
74439758--74439796	18	2.2	18	90	0	60	61	2	5	30	1.31
74444681--74445084	46	8.5	48	71	13	209	28	18	29	23	1.98
74448074--74448245	85	2.0	85	100	0	344	23	17	19	40	1.91
74457328--74457515	49	3.8	49	79	5	209	29	25	19	26	1.98
74457328--74457520	100	1.9	100	90	4	309	29	24	19	25	1.99
74458731--74458868	46	2.9	47	80	10	140	29	18	29	21	1.97
74458756--74458868	46	2.4	48	83	7	142	30	16	30	21	1.95
74461354--74461395	16	2.5	17	76	7	50	54	7	9	28	1.59
74468137--74468206	17	4.2	17	71	10	54	72	1	4	21	1.09
74468135--74468180	22	2.1	22	84	8	58	73	0	2	23	0.94
74492088--74492142	23	2.3	24	84	12	69	38	5	10	45	1.63
74492563--74492758	57	3.4	57	87	2	250	31	19	17	32	1.95
74494083--74494346	46	5.6	45	72	16	173	26	19	29	24	1.99
74505778--74506039	39	6.6	39	87	5	293	25	21	27	24	1.99
74507739--74507782	18	2.4	18	96	0	79	40	27	15	15	1.88
74510545--74510611	10	6.9	10	74	17	61	1	35	0	62	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74510544--74510611	29	2.3	29	80	5	84	1	36	0	61	1.05
74512370--74512408	11	3.6	11	89	6	62	17	2	0	79	0.84
74512370--74512404	5	6.8	5	87	6	52	17	2	0	80	0.84
74515377--74515466	46	1.9	47	86	6	130	27	28	17	25	1.98
74526558--74526617	25	2.4	25	83	8	77	31	23	3	41	1.71
74526594--74526682	21	4.0	21	76	16	90	37	24	5	32	1.79
74526569--74526680	45	2.4	43	82	12	118	34	23	5	36	1.78
74526616--74526745	24	5.3	24	78	13	106	38	22	10	29	1.86
74526649--74526760	26	4.4	25	74	13	95	41	20	12	25	1.88
74526700--74526759	27	2.3	27	85	5	79	40	20	15	25	1.90
74533886--74534166	48	5.9	48	77	5	273	27	18	29	25	1.98
74533886--74534162	144	1.9	144	91	1	457	27	18	29	25	1.98
74537183--74537215	6	5.7	6	92	7	59	81	0	0	18	0.68
74537183--74537223	11	3.6	11	93	3	64	80	0	2	17	0.82
74538973--74539053	19	4.3	19	72	17	62	60	0	38	1	1.05
74541829--74541872	18	2.4	18	96	0	79	15	15	27	40	1.88
74543577--74543838	39	6.6	39	87	5	300	24	27	21	25	1.99
74547716--74547777	25	2.4	25	82	15	65	67	4	4	22	1.29
74549567--74549676	40	2.8	40	84	0	121	22	28	16	32	1.96
74569383--74569440	19	2.9	21	75	15	59	17	3	5	74	1.15
74573090--74573350	39	6.6	39	87	5	311	25	22	27	24	2.00
74575028--74575064	17	2.2	17	100	0	74	37	29	16	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74577807--74577872	19	3.3	20	73	23	68	1	34	0	63	1.04
74577806--74577886	19	4.3	19	73	16	62	1	38	0	60	1.05
74577806--74577876	30	2.4	30	79	6	83	1	38	0	60	1.06
74579649--74579682	6	5.7	6	100	0	68	17	0	0	82	0.67
74582748--74583028	48	5.9	48	78	4	262	25	29	18	27	1.98
74582752--74583028	144	1.9	144	91	1	457	25	29	18	27	1.98
74587890--74587984	40	2.4	40	92	0	154	34	15	20	29	1.93
74590063--74590112	25	1.9	27	84	8	68	22	16	26	36	1.94
74590748--74590822	27	2.8	27	87	2	116	26	9	24	40	1.85
74590751--74590835	27	3.2	27	86	1	109	29	8	23	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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