genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71868316--71868441	28	4.5	28	90	2	182	32	28	12	26	1.93
71872475--71872544	21	3.4	21	70	7	72	25	22	31	20	1.98
71872480--71872540	19	3.1	19	71	4	59	22	24	32	19	1.97
71872480--71872560	40	2.0	40	92	0	135	24	23	32	19	1.98
71872536--71872587	27	2.0	26	88	3	77	32	21	28	17	1.96
71876694--71876801	37	2.9	37	94	0	180	25	32	19	22	1.97
71876964--71877384	47	9.0	47	89	1	628	25	29	12	32	1.93
71876981--71877385	141	2.9	141	94	1	713	26	29	12	32	1.92
71883023--71883206	68	2.7	68	90	5	259	33	14	28	24	1.94
71886876--71886935	27	2.3	26	82	2	66	31	21	23	23	1.98
71890955--71890979	9	2.8	9	100	0	50	56	20	0	24	1.43
71891362--71891640	47	6.0	48	75	14	201	29	18	28	22	1.98
71891366--71891641	46	5.9	47	81	9	239	30	18	28	22	1.98
71898136--71898173	18	2.1	19	85	14	53	2	5	31	60	1.33
71923482--71923515	15	2.3	15	94	0	59	8	29	0	61	1.26
71923481--71923515	10	3.5	10	88	0	52	8	31	0	60	1.27
71925791--71925823	13	2.8	12	90	9	50	36	0	3	60	1.12
71932045--71932069	13	1.9	13	100	0	50	0	0	68	32	0.90
71932091--71932115	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
71932248--71932299	9	5.8	9	95	0	86	38	28	9	23	1.86
71935338--71935384	19	2.3	20	85	7	60	48	0	0	51	1.00
71935409--71935445	16	2.3	17	86	13	60	40	2	0	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71937942--71937988	25	1.9	24	83	12	60	74	2	10	12	1.16
71938019--71938051	17	1.9	17	93	0	57	72	0	24	3	0.98
71942250--71942296	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
71943044--71943087	5	8.8	5	94	0	79	56	0	2	40	1.11
71944718--71944888	63	2.7	63	74	1	164	27	9	29	33	1.88
71946828--71946864	19	1.9	19	88	0	56	45	8	18	27	1.77
71946910--71946946	17	2.2	17	100	0	74	29	0	29	40	1.57
71947892--71947944	20	2.5	21	87	9	81	13	33	30	22	1.92
71949652--71949719	34	2.0	34	100	0	136	41	20	5	32	1.76
71953753--71953806	5	10.6	5	76	11	56	18	0	5	75	0.98
71953753--71953807	25	2.1	27	87	12	80	18	0	5	76	0.97
71956584--71956628	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
71975454--71975486	4	8.0	4	96	3	57	72	3	0	24	0.98
71977838--71977946	45	2.3	46	86	7	141	33	10	28	27	1.89
71978017--71978101	40	2.2	39	82	2	98	16	22	32	28	1.95
71981886--71982148	46	5.7	45	74	12	237	20	20	30	28	1.98
71981932--71982094	47	3.5	47	79	8	215	21	20	30	26	1.98
71981876--71982141	93	2.9	93	94	0	451	21	21	30	27	1.98
71984469--71984520	22	2.4	21	81	9	59	50	3	1	44	1.31
71986033--71986111	39	2.0	39	95	0	140	45	15	13	25	1.83
71986046--71986109	21	3.2	21	62	20	55	48	12	14	25	1.78
71986675--71986758	40	2.2	38	84	4	105	26	23	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71989644--71989888	49	4.9	49	81	3	274	28	26	19	25	1.98
71989657--71989887	100	2.3	99	85	2	302	29	26	19	25	1.98
71997331--71997917	292	2.0	292	97	0	1111	35	19	10	35	1.85
72001268--72001466	6	32.8	6	74	18	173	48	14	17	20	1.81
72001268--72001429	85	1.9	85	92	0	270	48	13	17	20	1.80
72001584--72001649	27	2.5	26	82	7	78	37	21	22	18	1.94
72001603--72001657	27	2.0	27	86	6	76	36	20	25	18	1.94
72001608--72001665	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
72001822--72001880	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
72001968--72002050	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
72002252--72002460	81	2.6	81	82	6	260	27	19	18	35	1.95
72002249--72002460	27	7.9	27	83	0	235	26	18	18	35	1.95
72002456--72002777	27	12.0	27	82	5	393	40	9	22	28	1.84
72004011--72004128	46	2.6	45	87	5	157	30	17	29	22	1.97
72004115--72004147	16	2.1	16	100	0	66	18	30	33	18	1.94
72006798--72007036	47	5.1	47	92	0	379	27	30	10	31	1.89
72010456--72010638	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
72010948--72011026	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
72011008--72011110	43	2.4	43	98	0	197	25	35	15	23	1.94
72013125--72013457	47	7.1	47	94	0	549	28	30	9	32	1.88
72023381--72023414	13	2.6	13	85	0	50	17	29	32	20	1.96
72026694--72026773	27	3.0	25	72	21	65	27	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72026709--72026798	27	3.3	27	85	0	126	23	17	21	37	1.94
72079268--72079484	40	5.5	40	79	8	185	23	22	28	25	1.99
72079309--72079458	80	1.9	79	86	6	214	23	22	29	24	1.99
72079309--72079484	80	2.2	80	83	7	209	24	22	28	24	2.00
72079268--72079484	119	1.8	119	79	7	253	23	22	28	25	1.99
72083263--72083435	46	3.7	46	80	14	212	21	20	28	28	1.98
72083260--72083431	93	1.8	93	93	2	301	22	20	29	27	1.99
72085871--72085967	34	2.8	36	81	6	103	22	27	20	28	1.99
72092523--72092642	46	2.6	46	90	0	177	29	28	20	21	1.98
72092519--72092657	46	3.0	46	81	6	138	30	28	20	21	1.98
72107406--72107574	82	2.1	82	87	0	239	17	17	41	23	1.90
72107861--72107912	25	2.1	24	89	3	77	25	17	25	32	1.97
72112245--72112499	3	85.0	3	67	12	87	58	4	7	28	1.46
72112650--72112686	3	12.3	3	94	0	65	64	2	0	32	1.07
72115947--72116039	36	2.5	37	76	15	102	24	1	6	67	1.20
72115947--72116041	37	2.6	38	77	14	108	25	1	6	67	1.21
72117572--72117623	16	3.3	15	87	10	77	0	19	0	80	0.71
72117573--72117621	20	2.4	21	83	13	66	0	20	0	79	0.73
72117570--72117633	12	5.2	13	78	12	55	0	18	3	78	0.89
72120078--72120121	11	3.8	12	82	11	65	0	22	0	77	0.77
72120076--72120121	22	2.0	23	91	4	76	0	23	0	76	0.79
72120076--72120130	23	2.5	22	82	8	58	0	20	3	76	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72120078--72120133	17	3.2	17	80	14	53	0	19	3	76	0.93
72138019--72138044	12	2.2	12	100	0	52	26	15	7	50	1.71
72138049--72138112	29	2.1	31	94	5	114	28	4	0	67	1.11
72138152--72138190	20	2.0	20	89	0	60	28	2	5	64	1.28
72138169--72138205	17	2.1	18	90	5	58	27	0	2	70	1.01
72139945--72139970	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
72140937--72140976	17	2.3	18	86	8	64	32	47	5	15	1.66
72142524--72142558	15	2.3	15	90	0	52	68	2	2	25	1.17
72142507--72142546	21	2.0	20	85	5	53	72	0	7	20	1.08
72144745--72144815	19	3.8	19	69	9	56	66	8	1	23	1.28
72144887--72144929	14	3.1	14	86	0	59	41	2	11	44	1.53
72145459--72145495	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
72154312--72154446	57	2.3	58	79	3	130	33	20	18	27	1.96
72156224--72156282	28	2.1	28	83	0	73	20	38	23	16	1.92
72156456--72156481	7	3.7	7	100	0	52	61	26	0	11	1.30
72160457--72160499	21	2.0	21	95	0	77	34	13	16	34	1.88
72163087--72163197	47	2.4	47	85	0	150	38	23	9	28	1.85
72163356--72163400	22	2.0	23	82	4	56	44	13	0	42	1.43
72163384--72163417	17	2.0	17	88	0	50	44	20	0	35	1.52
72164053--72164079	12	2.2	12	100	0	54	48	7	25	18	1.74
72167510--72167632	49	2.5	49	85	4	158	22	26	21	29	1.99
72167567--72167815	46	5.3	47	73	15	133	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72167739--72167826	46	1.9	46	86	4	124	25	27	18	29	1.98
72169058--72169462	47	8.6	47	94	2	677	29	29	7	33	1.86
72169108--72169186	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
72172472--72172685	119	1.8	112	83	6	275	52	12	4	30	1.59
72172727--72172761	18	1.9	18	94	0	61	74	5	0	20	1.02
72173133--72173298	23	6.7	23	73	21	115	66	0	1	31	1.03
72173134--72173304	55	3.2	55	82	10	205	66	0	1	30	1.06
72173126--72173304	78	2.3	75	83	9	220	65	1	1	31	1.09
72173292--72173330	19	2.0	21	85	10	55	48	2	5	43	1.38
72173337--72173392	29	2.0	29	92	3	96	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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