genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26294403--26294586	54	3.4	54	83	5	237	35	16	24	23	1.94
26296131--26296332	40	5.1	40	88	1	307	35	28	18	17	1.94
26304160--26304384	40	5.6	40	89	0	333	33	27	20	18	1.96
26313529--26313571	17	2.4	18	84	11	61	18	41	25	13	1.88
26329990--26330146	68	2.3	68	83	1	190	26	14	17	41	1.88
26332861--26332979	43	2.8	43	92	0	193	11	22	33	31	1.90
26333178--26333332	29	5.4	29	68	11	104	22	18	30	28	1.97
26333146--26333314	58	2.9	58	92	0	286	23	19	28	28	1.98
26339237--26339330	35	2.7	35	86	0	134	34	20	18	27	1.95
26339256--26339311	17	3.2	17	75	5	58	33	19	17	28	1.95
26339269--26339333	18	3.7	18	70	4	51	38	20	15	26	1.92
26339199--26339317	18	6.9	17	74	4	78	35	19	17	27	1.94
26341785--26341823	18	2.2	18	86	9	53	12	33	30	23	1.92
26345417--26345495	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26345614--26345863	47	5.3	47	94	0	419	28	30	8	32	1.87
26365304--26365407	48	2.2	48	81	6	113	30	22	29	17	1.96
26369998--26370314	47	6.7	47	94	0	519	26	32	10	30	1.90
26372777--26372978	78	2.6	76	85	3	287	22	20	25	31	1.98
26372777--26372978	38	5.3	38	84	4	271	22	20	25	31	1.98
26372971--26373167	85	2.3	86	93	0	333	9	23	34	32	1.87
26372971--26373167	43	4.6	43	89	1	315	9	23	34	32	1.87
26375358--26375422	22	3.0	22	73	13	62	32	21	24	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26375566--26375686	41	3.0	41	91	0	188	29	27	19	23	1.98
26375925--26376259	27	12.4	27	80	6	266	29	8	21	41	1.82
26376252--26376320	27	2.6	27	92	0	120	26	18	20	34	1.96
26377927--26378000	33	2.2	33	90	0	112	27	28	33	10	1.90
26379145--26379176	5	6.4	5	92	0	55	81	0	3	15	0.82
26379945--26379975	12	2.6	12	89	0	53	58	0	0	41	0.98
26379921--26379984	15	4.4	14	74	18	51	56	3	0	40	1.15
26388759--26388943	40	4.7	40	81	6	207	23	21	28	27	1.99
26388812--26388966	79	2.0	78	81	10	181	24	20	27	27	1.99
26391777--26392321	27	20.2	27	82	3	614	27	21	9	41	1.84
26391777--26392333	108	5.2	108	91	1	818	27	20	10	41	1.84
26392326--26392521	27	7.3	27	85	2	207	36	17	18	27	1.94
26392719--26392802	27	3.2	26	88	5	114	19	21	21	38	1.94
26392890--26392948	22	2.7	22	81	0	64	20	23	22	33	1.97
26393116--26393185	26	2.7	26	82	8	79	18	21	21	38	1.93
26393328--26393489	6	26.8	6	75	15	147	19	15	14	50	1.78
26393303--26393489	85	2.2	85	94	0	320	19	15	13	50	1.77
26393303--26393489	30	6.4	30	81	11	235	19	15	13	50	1.77
26395488--26395564	27	2.9	27	86	3	75	29	25	9	35	1.87
26395488--26395597	54	2.0	54	82	3	132	30	22	9	37	1.85
26395505--26395592	27	3.3	27	88	0	122	27	22	9	40	1.84
26395287--26395917	320	2.0	320	98	0	1208	26	19	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26395823--26396288	27	17.3	27	84	3	598	26	22	10	40	1.86
26396293--26396488	27	7.3	27	82	0	230	36	18	19	25	1.95
26396687--26396769	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
26396857--26396915	22	2.7	22	81	0	64	23	25	18	32	1.97
26397098--26397153	27	2.1	27	86	3	78	16	23	25	35	1.94
26397271--26397457	6	30.8	6	74	16	163	19	15	14	50	1.78
26397271--26397457	85	2.2	85	94	0	320	19	15	14	50	1.78
26397271--26397457	30	6.4	30	83	11	253	19	15	14	50	1.78
26411236--26411260	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
26411489--26411526	18	2.1	18	100	0	76	47	5	42	5	1.48
26433623--26433765	57	2.5	57	82	6	164	32	18	19	29	1.96
26444150--26444190	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
26450793--26450919	50	2.7	49	82	9	140	24	28	18	28	1.98
26468376--26468760	197	2.0	197	91	2	621	37	15	17	29	1.91
26469654--26469741	43	2.0	44	93	2	151	28	18	6	46	1.74
26472030--26472070	21	2.0	21	95	0	73	2	14	12	70	1.26
26477422--26477490	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
26484951--26484981	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
26491843--26491887	22	2.0	22	95	0	81	42	28	8	20	1.82
26492627--26492656	15	1.9	16	93	6	53	83	3	0	13	0.77
26493256--26493306	23	2.1	26	85	10	72	23	3	5	66	1.30
26493491--26493529	3	13.0	3	83	0	51	30	5	2	61	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26493691--26493715	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
26506533--26506576	15	2.9	15	80	10	54	54	2	0	43	1.12
26516055--26516135	13	6.2	13	79	0	81	45	1	19	33	1.59
26516055--26516135	26	3.1	26	81	0	90	45	1	19	33	1.59
26521676--26521716	21	1.9	22	95	5	75	36	17	9	36	1.82
26524528--26524681	43	3.6	43	97	0	290	31	35	24	9	1.87
26524674--26524875	38	5.3	38	85	2	269	31	25	21	21	1.98
26534399--26534490	26	3.6	24	73	16	71	44	4	1	50	1.29
26534505--26534563	22	2.5	24	84	13	79	33	3	0	62	1.12
26546767--26547695	206	4.5	206	92	1	1441	31	18	22	28	1.97
26546767--26547695	413	2.2	412	90	2	1470	31	18	22	28	1.97
26549404--26549463	22	2.7	22	82	7	61	31	6	0	61	1.22
26550912--26550973	23	2.7	21	77	18	61	54	1	9	33	1.43
26550979--26551015	14	2.4	16	86	8	51	64	0	5	29	1.15
26551069--26551163	37	2.7	33	78	18	93	63	1	3	32	1.17
26551111--26551173	15	4.3	14	79	20	67	63	0	3	33	1.10
26551059--26551162	28	3.8	28	70	21	85	61	0	2	34	1.17
26551293--26551334	20	2.2	19	87	12	59	64	0	4	30	1.14
26553017--26553563	205	2.7	204	86	2	801	29	23	18	28	1.98
26553623--26553903	132	2.1	132	90	2	431	28	24	17	30	1.97
26553579--26553903	44	7.4	45	68	15	171	28	23	17	30	1.97
26554705--26554824	46	2.6	46	90	2	179	16	24	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26555585--26555663	37	2.1	37	85	0	104	26	30	17	25	1.97
26555782--26556089	47	6.6	47	94	0	517	29	29	8	32	1.87
26557275--26557366	7	12.6	7	87	7	130	45	41	0	13	1.43
26557275--26557366	15	6.3	14	87	7	130	45	41	0	13	1.43
26566679--26566709	14	2.1	15	94	5	55	51	3	6	38	1.44
26570624--26570685	23	2.7	21	77	18	61	54	1	9	33	1.43
26570699--26570730	16	2.1	16	88	11	50	65	0	6	28	1.16
26570723--26570761	18	2.2	18	85	0	51	61	2	2	33	1.23
26570785--26570879	37	2.7	33	78	18	93	63	1	3	32	1.17
26570827--26570889	15	4.3	14	79	20	67	63	0	3	33	1.10
26570775--26570878	28	3.8	28	70	21	85	61	0	2	34	1.17
26575537--26575656	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
26576787--26577010	40	5.6	39	83	5	236	25	21	26	26	2.00
26576787--26577010	80	2.8	80	81	6	267	25	21	26	26	2.00
26576787--26577044	79	3.3	79	81	5	211	26	21	26	25	1.99
26583495--26583610	55	2.1	56	98	1	225	43	8	24	23	1.81
26584740--26584987	79	3.2	79	82	7	265	26	20	27	25	1.99
26584733--26584954	39	5.7	39	83	9	256	24	22	27	25	1.99
26607648--26607872	40	5.7	40	86	5	287	24	21	28	25	1.99
26607648--26607905	79	3.3	79	83	7	292	25	21	27	25	1.99
26614754--26614785	12	2.6	13	85	14	50	46	0	0	53	1.00
26618487--26618517	15	2.1	15	100	0	62	35	19	6	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26619929--26620091	71	2.4	68	82	8	190	52	12	4	30	1.59
26620503--26620610	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
26623632--26623796	12	14.6	12	75	19	99	66	0	1	31	1.04
26623624--26623795	35	4.8	35	73	22	144	66	1	1	31	1.07
26623632--26623789	80	2.0	82	87	7	234	67	0	1	31	1.04
26623629--26623796	5	34.4	5	69	22	83	66	0	1	31	1.04
26623632--26623787	23	7.0	23	72	18	125	66	0	1	31	1.04
26623835--26623895	29	2.2	27	88	5	86	67	0	0	32	0.91
26624053--26624110	30	1.9	30	82	6	73	56	6	13	22	1.61
26625309--26625435	45	2.8	45	69	9	123	29	29	13	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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