genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52945350--52945395	22	2.0	23	83	4	58	56	6	8	28	1.54
52946306--52946331	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
52951054--52951117	7	8.9	7	83	6	74	48	34	0	17	1.47
52951053--52951109	15	3.9	15	74	4	62	50	31	0	17	1.46
52961217--52961554	168	2.0	169	91	1	554	32	11	18	38	1.86
52968079--52968163	29	3.0	27	83	11	91	22	24	20	32	1.97
52968095--52968163	29	2.4	29	90	2	104	21	24	21	31	1.98
52971345--52971393	24	2.0	24	100	0	98	38	20	4	36	1.72
52972079--52972217	40	3.6	39	78	11	144	34	23	17	24	1.96
52972075--52972216	74	1.9	75	86	1	205	34	23	16	25	1.95
52976724--52976810	29	3.0	29	83	1	113	34	24	14	26	1.94
52979243--52979467	40	5.6	40	94	0	378	23	24	28	24	2.00
52979725--52979768	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
52983155--52983384	50	4.6	50	77	7	225	29	24	18	27	1.98
52990667--52990747	25	3.2	26	64	30	66	29	30	14	24	1.95
52990667--52990853	50	3.8	48	81	5	203	30	26	17	25	1.97
53007815--53007990	40	4.4	40	84	5	225	26	27	22	23	1.99
53026940--53026983	19	2.3	19	88	7	63	47	0	15	36	1.46
53028036--53028123	28	3.1	28	95	0	149	18	12	37	31	1.88
53028120--53028170	14	3.7	14	68	5	50	21	7	27	43	1.80
53028421--53028920	27	18.4	27	81	6	510	39	19	10	30	1.85
53028415--53028946	80	6.5	80	80	6	473	39	19	10	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53028604--53028891	142	2.0	142	85	6	388	39	19	9	30	1.84
53028625--53028854	115	2.0	117	86	6	326	40	18	8	32	1.81
53028746--53028946	27	7.5	27	82	8	162	40	20	9	29	1.84
53028787--53028937	81	1.9	81	82	8	191	40	19	9	30	1.84
53028872--53028961	27	3.3	27	88	0	117	40	18	14	26	1.89
53031797--53031932	20	6.8	20	69	6	69	36	16	28	18	1.92
53031865--53031935	20	3.5	20	77	7	81	36	16	25	21	1.94
53031726--53031942	120	1.8	120	86	2	319	36	15	29	18	1.92
53031726--53031943	40	5.4	40	84	0	256	36	15	29	18	1.92
53033340--53033386	24	2.0	23	87	4	67	12	34	2	51	1.52
53038427--53038478	20	2.6	20	90	0	86	17	34	26	21	1.95
53038571--53038605	13	2.7	13	95	0	61	28	40	28	2	1.71
53040212--53040257	23	2.0	23	95	0	83	28	17	19	34	1.94
53040218--53040265	23	2.1	23	88	7	71	31	20	16	31	1.95
53042820--53043031	40	5.3	40	90	5	315	26	26	22	24	2.00
53050880--53051100	40	5.6	40	91	2	331	27	25	22	24	2.00
53050880--53051100	79	2.8	78	89	3	318	27	25	22	24	2.00
53054924--53054965	21	2.0	21	100	0	84	57	14	4	23	1.56
53056027--53056084	25	2.3	25	85	11	75	63	1	12	22	1.37
53056078--53056127	18	2.8	17	85	8	64	76	0	8	16	1.02
53056078--53056127	6	8.5	6	82	4	57	76	0	8	16	1.02
53060264--53060393	40	3.2	40	90	4	206	32	22	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53060264--53060391	42	3.1	42	92	2	206	32	22	20	25	1.98
53068114--53068286	46	3.7	46	74	11	156	29	28	19	22	1.98
53068121--53068292	93	1.8	93	88	2	265	28	27	20	22	1.99
53070749--53070878	42	3.1	41	90	4	190	33	23	17	26	1.96
53073250--53073511	39	6.6	39	91	3	377	25	22	27	24	2.00
53073303--53073544	39	6.2	40	91	2	126	26	21	28	23	1.99
53080659--53080842	39	4.7	40	87	8	236	25	22	27	24	2.00
53087971--53088021	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
53087953--53088093	71	2.1	66	84	6	174	21	29	19	30	1.97
53088061--53088120	27	2.3	26	82	2	66	23	25	16	35	1.95
53094133--53094355	40	5.7	39	84	7	265	25	27	22	24	2.00
53094133--53094355	117	1.9	119	83	7	294	25	27	22	24	2.00
53096155--53096340	40	4.7	40	87	5	234	26	27	21	23	1.99
53096122--53096340	80	2.8	81	81	8	245	26	27	21	25	1.99
53098859--53099043	79	2.3	82	83	7	229	24	22	27	25	2.00
53098859--53099043	40	4.7	40	83	6	225	24	22	27	25	2.00
53098912--53099076	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	25	1.99
53106321--53106856	47	11.3	47	91	3	776	26	29	9	33	1.89
53106342--53106855	190	2.7	190	95	1	908	26	29	10	33	1.90
53111763--53111946	79	2.3	81	84	7	234	25	22	27	23	2.00
53111763--53111946	40	4.6	39	82	9	212	25	22	27	23	2.00
53111815--53111979	79	2.1	79	84	6	210	27	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53113344--53113369	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
53113483--53113512	10	3.0	10	95	0	51	76	0	13	10	1.01
53115060--53115191	34	4.0	34	85	9	184	25	6	5	62	1.41
53115084--53115178	30	3.0	30	87	9	120	25	5	6	63	1.40
53117899--53118031	43	3.1	42	79	4	149	28	20	26	24	1.99
53130713--53130933	40	5.6	40	88	2	304	27	23	26	22	2.00
53133140--53133214	38	1.9	38	91	2	123	30	22	8	38	1.83
53135628--53135845	40	5.5	40	79	8	173	25	21	27	25	1.99
53135629--53135812	40	4.6	40	82	8	214	24	22	28	25	1.99
53135628--53135810	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
53135665--53135845	79	2.3	77	80	11	204	27	20	27	25	1.99
53142320--53142360	7	5.6	7	85	8	55	31	0	0	68	0.90
53142320--53142360	15	2.8	14	88	7	55	31	0	0	68	0.90
53142435--53142491	19	3.1	18	82	9	71	17	8	3	70	1.28
53144421--53144467	23	2.0	23	84	8	60	17	0	21	61	1.34
53144429--53144473	23	2.0	23	81	0	54	20	0	22	57	1.40
53145144--53145179	18	1.9	19	88	5	56	19	8	11	61	1.54
53177038--53177222	79	2.3	81	82	8	227	25	27	22	23	2.00
53177019--53177222	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	2.00
53185519--53185879	131	2.8	132	76	5	302	33	18	18	29	1.95
53188188--53188768	44	13.2	44	90	0	919	26	31	14	27	1.95
53188948--53189874	131	7.1	130	84	4	949	27	25	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53188948--53189827	260	3.4	262	87	3	1085	27	25	17	28	1.98
53200868--53201052	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
53200868--53201052	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
53200921--53201085	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
53206108--53206219	58	1.9	58	83	3	145	26	30	16	26	1.96
53206111--53206219	29	3.8	29	76	8	105	26	29	16	27	1.97
53217147--53217225	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
53217985--53218167	47	3.9	46	75	13	158	25	19	28	26	1.99
53217985--53218110	44	2.7	47	83	10	163	25	18	27	28	1.98
53217989--53218201	49	4.5	48	74	10	172	27	18	28	25	1.98
53226485--53226603	55	2.2	54	79	8	125	25	25	24	25	2.00
53227110--53227334	48	4.8	47	76	12	149	29	23	19	28	1.98
53231322--53231394	34	2.2	33	78	7	76	27	19	23	30	1.98
53239554--53239610	20	2.8	20	94	0	96	36	12	19	31	1.89
53239661--53239756	26	3.8	26	94	2	153	26	20	22	30	1.99
53242233--53242303	34	2.1	34	84	5	90	23	25	25	25	2.00
53244394--53244418	10	2.5	10	100	0	50	56	0	12	32	1.36
53249931--53250103	46	3.7	46	75	11	174	22	19	27	31	1.98
53249928--53250098	93	1.8	93	88	2	263	22	19	28	30	1.98
53257515--53257687	47	3.7	46	77	9	181	22	20	27	29	1.98
53257511--53257682	94	1.8	93	91	1	281	22	20	28	29	1.98
53257911--53257948	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53265873--53265905	7	4.9	7	85	7	50	27	3	0	69	1.03
53268308--53268340	14	2.5	13	90	9	57	15	15	9	60	1.58
53283044--53283082	5	7.8	5	85	8	53	74	0	25	0	0.82
53283015--53283121	57	2.0	55	87	9	157	65	0	30	3	1.10
53283017--53283129	14	8.2	14	69	16	76	65	0	30	4	1.12
53283036--53283101	19	3.5	19	74	12	55	65	0	30	4	1.13
53284085--53284118	3	11.3	3	93	0	59	61	0	0	38	0.96
53284211--53284254	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
53284764--53284883	48	2.5	48	82	8	138	30	18	25	25	1.98
53288926--53289059	66	2.0	66	100	0	268	34	7	20	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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