Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  61  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18075002--18075060
30
1.9
31
86
10
86
66
1
0
32
1.02
18075009--18075061
23
2.3
23
83
0
70
67
1
0
30
1.01
18075759--18075816
29
2.1
29
83
6
75
25
1
5
67
1.21
18081850--18081902
22
2.5
20
79
11
61
32
1
1
64
1.15
18081862--18081907
20
2.3
19
82
17
58
26
0
0
73
0.83
18093487--18093560
38
2.0
36
86
5
103
58
9
8
24
1.57
18103345--18103379
3
11.7
3
100
0
70
31
0
0
68
0.90
18107657--18107690
17
2.0
17
88
0
50
32
11
8
47
1.71
18108684--18108708
13
1.9
13
100
0
50
84
8
0
8
0.79
18114923--18115031
55
2.0
55
81
0
128
28
29
27
14
1.95
18131286--18131339
27
2.0
27
82
10
65
48
1
3
46
1.30
18136544--18136568
7
3.6
7
100
0
50
12
16
0
72
1.13
18139707--18139936
50
4.8
48
77
7
180
24
28
18
28
1.98
18142814--18142924
35
3.1
35
77
1
96
41
26
10
21
1.86
18149279--18149364
9
9.6
9
68
22
56
65
2
1
31
1.13
18149685--18149731
19
2.5
19
89
0
67
31
6
2
59
1.34
18149747--18149800
19
2.8
20
83
8
67
35
0
1
62
1.06
18153759--18153800
21
2.0
20
82
13
50
59
0
2
38
1.10
18158114--18158138
8
3.1
8
100
0
50
76
0
0
24
0.80
18158111--18158179
29
2.3
31
80
9
81
60
4
0
34
1.16
18160080--18160167
37
2.3
39
84
3
108
32
15
15
35
1.90
18160953--18161013
22
2.7
23
82
10
72
44
13
4
37
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18173555--18173606
15
3.2
15
73
19
50
44
1
0
53
1.11
18173639--18173675
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
18173690--18173732
12
3.4
12
77
22
52
51
0
0
48
1.00
18173670--18173732
26
2.2
29
86
13
87
55
0
0
44
0.99
18176288--18176321
17
2.0
17
88
0
50
26
2
0
70
1.01
18179125--18179261
48
2.9
48
87
2
188
24
19
17
37
1.93
18183748--18183880
44
3.0
44
98
0
257
30
14
15
39
1.87
18195871--18195929
27
2.1
27
81
3
73
35
0
5
59
1.20
18195931--18195977
18
2.8
18
81
18
66
31
0
0
68
0.90
18195978--18196014
16
2.2
17
90
4
58
27
0
5
67
1.12
18198819--18198856
18
2.1
18
95
0
67
63
7
0
28
1.23
18200317--18200357
20
2.0
20
85
4
55
29
0
7
63
1.21
18203653--18203845
84
2.3
84
82
7
248
43
15
22
18
1.87
18203667--18203902
84
2.8
84
79
8
230
41
16
22
19
1.90
18203944--18204361
81
5.2
81
90
2
660
35
20
20
22
1.96
18218612--18218664
14
3.7
15
76
16
51
64
0
11
24
1.26
18218766--18218824
28
2.1
28
90
0
91
27
38
6
27
1.81
18218902--18218954
27
2.0
25
85
7
70
54
9
15
20
1.68
18227244--18227304
30
2.0
30
83
0
77
26
36
22
14
1.93
18231276--18231635
199
1.8
199
90
1
578
24
25
32
18
1.97
18231656--18231707
22
2.5
20
79
11
68
21
0
1
76
0.87
18231878--18231907
3
10.3
3
92
7
53
30
0
0
70
0.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18235856--18235880
12
2.1
12
100
0
50
28
32
24
16
1.96
18243220--18243263
22
2.0
22
90
0
70
31
18
27
22
1.97
18248347--18248378
15
2.1
15
94
0
55
37
0
34
28
1.57
18251928--18251971
21
2.0
22
82
4
54
29
45
0
25
1.54
18256870--18256954
42
2.0
42
93
0
143
22
30
18
28
1.97
18265022--18265090
20
3.1
20
65
31
50
18
17
33
30
1.94
18274766--18274845
30
2.7
29
90
7
124
38
37
3
20
1.70
18275805--18275840
18
2.0
18
100
0
72
44
16
5
33
1.71
18277727--18277864
69
2.0
69
94
0
240
35
28
13
23
1.92
18277799--18277943
43
3.4
42
71
11
116
31
33
14
20
1.93
18282356--18282419
21
3.0
22
78
13
64
4
39
1
54
1.31
18283125--18283170
14
3.3
14
81
0
56
50
23
2
23
1.61
18283937--18284202
41
6.5
41
87
0
334
22
21
22
33
1.97
18284181--18284218
19
2.0
20
94
5
69
18
13
21
47
1.82
18284497--18284549
25
2.1
25
100
0
106
64
3
3
28
1.28
18284503--18284550
14
3.6
15
71
28
54
60
4
4
31
1.35
18288223--18288556
143
2.3
143
87
0
461
26
20
19
33
1.97
18291702--18291886
40
4.7
40
79
7
191
24
21
27
26
1.99
18291758--18291909
79
1.9
79
81
7
184
26
19
26
27
1.99
18299673--18299857
40
4.7
40
82
7
209
24
22
27
25
2.00
18299673--18299857
79
2.3
81
83
7
227
24
22
27
25
2.00
18299726--18299890
79
2.1
79
84
6
210
26
21
27
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18313346--18313398
25
2.2
24
86
10
72
47
0
0
52
1.00
18315148--18315190
11
3.9
11
75
0
50
48
9
20
20
1.77
18316691--18316918
49
4.8
49
76
5
193
28
17
26
26
1.98
18316696--18316918
98
2.4
93
81
9
240
28
17
26
26
1.98
18318670--18318742
29
2.5
28
80
12
85
60
2
5
31
1.34
18318915--18319108
19
10.5
19
70
16
79
30
4
2
61
1.29
18318915--18319108
9
21.0
9
66
21
73
30
4
2
61
1.29
18319270--18319307
17
2.2
17
100
0
76
26
0
5
68
1.11
18322816--18322851
16
2.2
16
90
0
54
11
11
2
75
1.16
18327358--18327412
24
2.4
22
80
16
67
72
1
14
10
1.19
18328003--18328099
31
3.2
31
75
8
76
58
2
4
35
1.29
18335792--18335819
14
2.0
14
100
0
56
71
0
0
28
0.86
18342017--18342087
15
4.7
15
85
3
81
57
18
14
9
1.63
18344023--18344067
21
2.1
21
83
0
54
51
8
11
28
1.68
18353164--18353205
21
2.0
21
100
0
84
52
9
23
14
1.71
18355974--18356105
40
3.3
40
90
3
178
25
27
21
25
2.00
18355974--18356158
79
2.3
82
83
7
229
25
27
22
24
2.00
18358792--18358825
13
2.5
14
90
9
61
5
20
0
73
1.04
18358803--18358856
28
2.0
27
85
10
74
5
29
0
64
1.16
18360522--18360561
17
2.4
17
86
0
53
15
2
2
80
0.93
18369584--18369802
46
4.7
46
81
7
246
24
18
25
31
1.98
18374488--18374552
32
2.0
32
96
0
121
30
7
24
36
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18380050--18380163
42
2.7
43
80
8
135
33
14
20
31
1.93
18385702--18385740
6
6.5
6
91
8
62
56
0
28
15
1.40
18385702--18385736
11
3.0
11
91
8
52
54
0
28
17
1.43
18385882--18385952
26
2.8
25
81
8
72
42
7
16
33
1.76
18388057--18388266
46
4.6
45
80
3
197
44
16
20
17
1.86
18390329--18390492
29
5.7
29
75
7
109
20
23
9
45
1.81
18390360--18390495
58
2.3
59
77
6
143
19
25
10
44
1.83
18390360--18390495
29
4.7
29
76
7
114
19
25
10
44
1.83
18390416--18390505
29
3.1
29
79
6
101
23
25
10
41
1.85
18392613--18392652
21
1.9
21
89
0
62
37
2
5
55
1.35
18392613--18392651
20
1.9
21
84
5
53
35
2
5
56
1.35
18395112--18395155
20
2.2
20
96
4
81
13
13
20
52
1.74
18415524--18415641
40
3.0
40
94
0
209
29
29
18
22
1.97
18418098--18418155
10
5.8
10
82
8
64
65
1
6
25
1.27
18418098--18418155
20
2.9
20
81
0
80
65
1
6
25
1.27
18418171--18418208
13
2.8
13
88
4
58
44
13
0
42
1.43
18426150--18426286
69
2.0
69
92
0
229
29
12
21
35
1.90
18426540--18426598
29
2.0
29
100
0
118
55
10
6
27
1.58
18429236--18429298
24
2.6
24
80
9
67
25
4
6
63
1.38
18429257--18429313
24
2.4
24
81
0
69
26
3
8
61
1.42
18429498--18429554
16
3.7
16
75
13
57
38
1
3
56
1.27
18429527--18429584
14
4.2
14
73
18
50
34
0
5
60
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18429783--18429817
3
11.3
3
87
6
52
31
0
2
65
1.07
18441626--18442282
44
15.2
44
88
5
925
29
17
31
21
1.96
18441626--18442282
173
3.8
172
92
2
1018
29
17
31
21
1.96
18441626--18442263
217
3.0
216
89
4
961
28
17
32
21
1.96
18443082--18443123
13
3.2
13
93
0
66
2
26
61
9
1.39
18443833--18443889
24
2.4
24
78
0
60
26
5
8
59
1.48
18443998--18444033
14
2.6
14
95
0
63
41
0
8
50
1.33
18444093--18444168
22
3.6
21
77
15
68
38
1
2
57
1.21
18444089--18444145
16
3.7
16
75
13
57
38
1
3
56
1.27
18444098--18444171
25
2.9
25
79
20
82
37
1
2
58
1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333