genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87621131--87621156	7	3.7	7	100	0	52	30	0	26	42	1.56
87643263--87643319	27	2.1	27	87	12	82	40	0	10	49	1.37
87649718--87649760	16	2.7	15	82	13	50	69	6	11	11	1.35
87649945--87650025	25	3.0	25	75	16	72	67	4	3	23	1.26
87649793--87650657	154	5.5	154	85	9	1136	59	7	5	27	1.47
87649793--87650657	305	2.7	306	87	7	1105	59	7	5	27	1.47
87650435--87650483	23	2.1	23	100	0	98	63	0	4	32	1.13
87650426--87650484	23	2.6	22	89	7	91	62	0	5	32	1.17
87650420--87650493	23	2.7	28	72	27	77	64	1	5	28	1.23
87650281--87650638	178	2.0	177	91	2	576	59	5	5	29	1.43
87650534--87650568	11	3.3	11	88	8	54	60	8	0	31	1.27
87656811--87656896	45	1.9	45	83	9	113	58	18	0	23	1.40
87656994--87657029	18	1.9	19	94	5	65	0	30	0	69	0.89
87660112--87660281	87	1.9	88	89	1	261	34	12	8	43	1.74
87660705--87660740	16	2.3	16	90	4	56	55	0	25	19	1.43
87663687--87663751	21	3.1	20	72	10	58	10	30	33	24	1.90
87672634--87672666	15	2.2	15	100	0	66	33	12	0	54	1.37
87673767--87673915	78	1.9	78	87	0	217	24	28	23	23	2.00
87681780--87681815	18	1.9	19	88	5	56	27	0	5	66	1.13
87688313--87688487	46	3.8	45	76	11	176	22	20	28	28	1.98
87688309--87688478	92	1.8	93	91	1	279	22	21	29	27	1.99
87688919--87688970	20	2.6	20	90	0	86	25	5	23	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87693299--87693474	46	3.8	45	78	10	194	21	20	28	28	1.98
87693297--87693465	93	1.8	93	93	0	293	21	21	28	27	1.99
87694783--87694809	14	1.9	14	100	0	54	29	7	7	55	1.55
87696172--87696339	37	4.3	39	80	16	179	27	21	15	35	1.94
87696243--87696511	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
87696286--87696505	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
87696243--87696511	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
87699282--87699324	21	2.0	21	81	4	50	32	2	2	62	1.20
87699847--87699880	7	4.9	7	85	0	50	26	26	2	44	1.69
87701281--87701351	19	3.7	19	80	16	76	35	0	7	57	1.26
87701300--87701352	20	2.7	21	85	8	67	32	0	7	60	1.25
87709734--87709791	27	2.1	27	93	0	98	20	20	12	46	1.82
87710425--87710457	17	2.0	17	94	5	59	45	0	0	54	0.99
87714114--87714206	42	2.2	42	80	0	114	26	17	25	30	1.97
87721869--87722038	90	1.9	90	82	2	216	28	18	26	27	1.98
87722481--87722548	9	7.6	9	81	6	75	45	19	7	27	1.76
87722481--87722548	27	2.5	27	87	0	100	45	19	7	27	1.76
87725373--87725666	51	5.9	48	79	7	302	27	26	19	27	1.99
87725376--87725666	100	2.9	99	83	2	350	27	26	19	26	1.99
87725373--87725658	150	1.9	149	90	2	457	27	26	19	27	1.99
87728099--87728144	6	7.5	6	79	20	51	0	19	2	78	0.86
87728115--87728180	11	5.9	11	72	15	55	3	18	4	74	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87728110--87728143	16	2.1	16	88	5	50	0	14	0	85	0.60
87728977--87729041	28	2.3	27	80	15	78	55	1	0	43	1.09
87728988--87729047	26	2.4	26	76	13	63	61	1	0	36	1.06
87735204--87735292	28	3.1	28	85	3	115	30	28	13	28	1.94
87735503--87735553	24	2.1	24	85	0	66	9	21	17	50	1.74
87736977--87737017	18	2.2	19	83	12	50	14	39	26	19	1.90
87738831--87738892	29	2.2	29	88	2	90	29	29	14	27	1.95
87738831--87738916	28	3.0	28	81	9	95	29	27	15	27	1.96
87745185--87745285	50	2.0	50	94	0	175	43	23	9	22	1.83
87755782--87755953	25	7.8	24	69	17	88	29	8	1	61	1.35
87755766--87756014	12	21.2	12	68	18	107	29	8	2	59	1.38
87755931--87755969	14	2.7	15	84	4	53	33	10	0	56	1.33
87755766--87755954	3	63.7	3	70	12	122	28	7	1	61	1.33
87755963--87756008	21	2.2	20	84	3	56	28	8	4	58	1.47
87755981--87756018	14	2.6	15	83	8	51	31	7	5	55	1.51
87767000--87767927	41	20.7	45	70	11	225	33	17	20	28	1.96
87767324--87767973	41	14.8	41	70	13	372	34	18	19	28	1.95
87767061--87767978	178	5.1	178	91	1	1257	34	17	20	28	1.95
87769328--87769416	25	3.6	23	70	19	63	26	10	2	60	1.40
87769328--87769572	12	20.3	12	66	19	93	28	9	2	58	1.44
87769490--87769528	14	2.7	15	84	4	53	33	10	0	56	1.33
87769328--87769513	3	63.0	3	69	10	89	27	8	2	60	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87771726--87773226	123	12.3	122	77	5	1003	23	22	18	35	1.95
87771726--87772963	369	3.4	364	78	5	1204	24	22	17	35	1.95
87772800--87773226	120	3.5	120	72	9	330	20	20	21	36	1.95
87785686--87785750	32	2.0	32	93	0	112	52	6	24	16	1.67
87786976--87787097	43	2.9	42	84	4	165	28	24	17	29	1.97
87789023--87789081	22	2.5	23	89	10	93	42	16	0	40	1.49
87797111--87797172	28	2.2	28	82	5	72	27	0	19	53	1.45
87804532--87804610	39	2.0	40	80	11	92	31	2	3	62	1.27
87808773--87808941	43	4.0	42	77	10	164	28	27	18	25	1.98
87812712--87812868	43	3.7	43	73	10	151	24	18	26	31	1.98
87818690--87818847	35	4.5	35	82	3	165	33	24	13	28	1.94
87824608--87824785	27	6.6	27	79	6	155	29	28	16	26	1.97
87824629--87824784	82	1.9	81	84	3	206	28	28	16	26	1.97
87832650--87832827	27	6.6	27	79	6	155	29	28	16	26	1.97
87832671--87832826	82	1.9	81	84	3	206	28	28	16	26	1.97
87840583--87840757	27	6.5	27	81	4	158	29	28	16	25	1.97
87848680--87848900	56	3.9	56	89	0	316	29	12	22	35	1.91
87860557--87860774	43	5.1	43	93	1	343	11	22	33	31	1.91
87876951--87877027	34	2.3	34	80	10	88	25	22	25	25	2.00
87883730--87883836	54	2.0	52	82	10	128	16	31	25	26	1.97
87888781--87888839	27	2.2	26	82	8	66	52	20	0	27	1.47
87893132--87893199	29	2.4	30	80	9	81	54	0	13	32	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87896800--87896857	22	2.5	24	91	8	93	41	0	17	41	1.49
87898784--87898905	43	2.9	41	84	4	163	29	17	24	28	1.97
87900132--87900196	32	2.0	32	93	0	112	16	24	6	52	1.67
87904252--87904342	31	3.0	30	79	7	85	39	13	10	36	1.80
87923413--87923571	49	3.4	49	77	12	172	26	27	21	24	1.99
87923368--87923534	49	3.6	46	81	9	187	26	29	20	23	1.99
87923362--87923572	93	2.2	97	82	9	267	26	28	21	23	1.99
87930986--87931064	6	13.3	6	70	12	56	15	5	2	77	1.05
87930984--87931064	5	15.0	5	72	22	58	16	4	2	76	1.06
87939205--87939238	15	2.4	14	90	5	50	14	11	11	61	1.56
87939205--87939249	14	3.1	14	87	3	54	11	8	15	64	1.49
87941891--87942168	27	10.3	27	84	1	272	39	20	8	31	1.84
87942149--87942445	27	11.1	27	86	1	366	28	21	8	41	1.82
87942149--87942445	107	2.8	108	86	2	411	28	21	8	41	1.82
87942149--87942445	81	3.7	80	87	2	411	28	21	8	41	1.82
87942772--87942831	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
87942952--87943015	25	2.6	25	89	0	92	17	18	15	48	1.81
87942949--87943024	6	12.3	6	71	20	59	18	17	15	48	1.81
87944972--87945250	27	10.3	27	83	1	245	39	20	8	31	1.82
87944972--87945177	81	2.5	80	86	4	270	40	20	7	31	1.81
87945230--87945474	27	9.1	27	87	0	303	29	22	8	39	1.83
87945213--87945496	54	5.4	52	78	11	242	31	22	7	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87945230--87945474	81	3.0	80	88	2	348	29	22	8	39	1.83
87946000--87946063	25	2.6	25	89	0	92	17	18	15	48	1.81
87945997--87946072	6	12.3	6	71	20	59	18	17	15	48	1.81
87947336--87947511	46	3.8	45	75	12	169	21	19	27	31	1.97
87954228--87954487	49	5.5	49	75	14	215	25	28	19	26	1.99
87954273--87954498	93	2.4	93	80	10	230	25	29	19	26	1.99
87958431--87958588	68	2.3	68	96	0	289	24	29	14	31	1.94
87959923--87960189	35	7.6	35	81	6	290	32	23	14	29	1.94
87959915--87960181	105	2.5	105	91	0	435	32	22	14	29	1.94
87964005--87964115	43	2.6	43	78	12	129	24	16	26	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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