genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91677169--91677448	46	5.7	50	73	18	157	27	18	29	23	1.98
91677318--91677433	60	1.9	60	91	0	187	28	18	27	25	1.98
91701231--91701540	49	6.6	47	72	11	181	24	29	19	26	1.98
91701437--91701543	46	2.3	46	85	3	133	23	28	17	29	1.97
91703996--91704026	11	2.8	11	100	0	62	29	25	19	25	1.99
91704415--91704477	29	2.3	27	83	10	74	31	26	0	41	1.56
91704506--91704545	21	2.0	20	85	5	53	47	22	0	30	1.52
91705864--91705913	15	3.4	15	68	15	50	48	16	12	24	1.79
91705866--91705924	29	2.0	29	100	0	118	42	20	10	27	1.84
91706878--91706986	28	3.9	28	80	3	94	27	32	15	24	1.96
91706881--91706990	56	2.0	56	85	3	150	26	31	15	26	1.96
91706917--91706990	28	2.7	27	87	6	103	29	29	14	25	1.95
91717215--91717289	33	2.3	33	86	6	109	20	24	17	38	1.93
91717231--91717296	33	2.0	33	85	2	89	21	22	19	36	1.95
91721436--91721493	30	1.9	30	82	6	73	24	29	24	22	1.99
91721433--91721498	30	2.3	28	78	14	71	22	28	25	22	1.99
91726545--91726591	12	3.9	12	80	0	58	76	2	10	10	1.10
91732038--91732067	14	2.2	13	94	5	51	53	13	0	33	1.40
91733692--91733720	12	2.5	12	94	5	51	20	0	10	68	1.18
91734079--91734490	43	9.5	43	79	4	389	38	21	15	24	1.92
91735504--91735534	14	2.2	14	94	0	53	0	12	3	83	0.75
91737855--91737971	44	2.7	43	78	13	141	32	27	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91738046--91738077	16	1.9	17	93	6	57	59	31	0	9	1.29
91739565--91739668	29	3.6	28	76	12	97	28	17	31	22	1.96
91755465--91755495	16	1.9	16	100	0	62	51	22	19	6	1.69
91757470--91757530	24	2.5	25	78	13	72	18	6	1	73	1.12
91763031--91763159	39	3.3	39	86	0	177	23	25	19	31	1.98
91774235--91774418	40	4.6	40	85	2	244	24	26	23	25	2.00
91779935--91780116	40	4.6	40	84	5	242	24	26	23	24	2.00
91779897--91780116	80	2.8	80	82	6	252	25	26	23	24	2.00
91789250--91789382	39	3.4	39	81	3	160	25	27	18	29	1.98
91806535--91806572	17	2.2	17	90	0	58	31	13	18	36	1.89
91809753--91809926	67	2.6	67	88	0	249	33	22	25	18	1.96
91813392--91813429	17	2.2	17	90	0	58	31	13	18	36	1.89
91822356--91822397	20	2.1	20	90	0	66	45	0	9	45	1.36
91824083--91824178	30	3.2	30	63	26	76	47	5	13	33	1.65
91824072--91824191	60	2.0	60	100	0	240	48	5	13	33	1.64
91826712--91826749	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
91826978--91827146	46	3.7	45	77	12	173	30	27	20	21	1.98
91826979--91827149	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	21	1.98
91835463--91835657	40	4.9	40	83	6	243	23	28	23	25	2.00
91839767--91839944	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
91839768--91839923	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
91839764--91839944	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91846852--91847042	40	4.8	40	79	6	192	25	27	23	23	2.00
91848988--91849025	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
91849255--91849425	93	1.8	93	89	0	270	30	26	19	22	1.98
91849254--91849419	46	3.6	45	74	11	156	30	27	18	23	1.98
91849845--91849904	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
91861421--91861466	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
91861428--91861472	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
91869214--91869259	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
91869221--91869265	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
91893270--91893455	40	4.7	40	86	7	236	24	20	27	26	1.99
91901279--91901407	39	3.3	38	91	5	190	24	20	28	26	1.99
91901227--91901407	40	4.6	39	85	8	217	24	22	28	25	1.99
91901279--91901440	79	2.1	76	85	5	209	25	20	27	25	1.99
91906595--91906657	19	3.0	21	82	11	76	39	17	7	34	1.79
91906585--91906657	19	3.5	22	80	10	64	42	16	6	34	1.75
91906776--91906815	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
91907022--91907198	45	4.0	45	87	1	248	26	29	14	29	1.95
91907022--91907191	89	1.9	89	90	0	268	27	29	14	28	1.95
91907221--91907410	78	2.4	78	89	1	283	24	22	18	34	1.96
91907388--91907426	16	2.4	16	100	0	78	7	25	23	43	1.80
91907318--91907504	94	2.0	94	92	0	311	21	24	19	34	1.96
91907556--91907911	78	4.4	82	82	9	323	25	25	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91907613--91907911	78	3.8	78	90	2	451	23	26	18	32	1.97
91916551--91916677	19	6.5	21	81	10	60	40	15	7	36	1.77
91916587--91916677	19	4.9	19	90	8	152	37	15	10	36	1.83
91916580--91916669	35	2.5	37	89	10	143	35	15	11	37	1.83
91916601--91916656	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
91920457--91920494	18	2.1	18	90	0	58	15	18	5	60	1.53
91925858--91925894	18	2.1	17	90	5	56	40	27	5	27	1.78
91930720--91930825	54	2.0	53	90	5	169	34	8	12	44	1.72
91931894--91931933	20	2.0	21	85	5	55	37	0	17	45	1.49
91933430--91933493	30	2.1	30	91	0	101	31	34	26	7	1.85
91935253--91935295	20	2.0	22	86	8	63	2	30	11	55	1.48
91949777--91949810	15	2.3	15	90	5	52	73	2	0	23	0.97
91949924--91949985	31	2.0	31	84	9	81	38	11	8	41	1.70
91950353--91950413	7	9.1	7	77	8	56	68	3	0	27	1.05
91950358--91950425	14	4.8	14	76	7	57	72	2	0	25	0.99
91950351--91950401	27	2.0	24	88	11	75	66	3	0	29	1.09
91951277--91951432	73	2.1	73	98	0	303	28	19	18	33	1.95
91953583--91953706	45	2.8	45	92	0	203	43	19	20	16	1.88
91953678--91953884	45	4.6	45	82	5	240	45	14	18	20	1.85
91953633--91953830	90	2.2	90	82	7	233	44	18	18	18	1.87
91960757--91960809	26	2.1	24	82	6	61	77	1	5	15	1.04
91961334--91961796	254	1.8	255	93	0	802	15	32	24	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91967932--91967971	21	1.9	21	85	10	55	37	27	15	20	1.92
91980609--91980638	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
91982380--91982453	37	2.0	37	85	15	100	41	22	8	27	1.82
92002613--92002659	12	4.0	12	78	10	53	70	0	2	27	0.99
92009678--92009900	40	5.6	40	83	6	213	24	20	27	27	1.99
92009678--92009902	80	2.8	79	82	7	242	24	20	28	27	1.99
92009753--92009935	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
92009678--92009935	119	2.2	120	80	4	281	25	20	27	26	1.99
92023967--92024231	48	5.5	49	80	11	248	26	28	16	28	1.97
92023919--92024279	47	7.5	48	78	9	299	26	28	16	29	1.97
92026741--92026787	23	2.0	23	95	0	85	17	10	8	63	1.49
92033317--92033575	40	6.6	40	92	3	402	26	24	27	22	2.00
92041457--92041691	40	5.9	40	89	2	348	27	21	27	24	1.99
92052539--92052602	27	2.4	25	72	25	60	23	12	0	64	1.28
92054643--92054667	13	1.9	13	100	0	50	8	32	44	16	1.76
92060814--92061093	47	5.9	47	76	10	250	25	18	31	24	1.98
92060820--92061041	99	2.3	91	84	7	275	25	18	31	25	1.98
92064113--92064168	28	2.0	29	89	10	89	14	19	46	19	1.84
92065200--92065253	28	1.9	28	92	0	90	33	24	20	22	1.97
92065472--92065536	21	3.1	21	97	0	121	36	6	32	24	1.80
92071421--92071547	47	2.7	46	77	10	141	22	29	20	27	1.98
92078861--92079026	46	3.6	47	78	12	157	22	30	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92080543--92080623	38	2.2	38	95	2	146	28	20	3	46	1.68
92081724--92081847	29	4.3	29	85	2	169	38	12	19	29	1.88
92081829--92081913	29	2.9	29	84	6	118	37	11	28	22	1.89
92081967--92082045	29	2.7	29	84	5	97	34	8	26	30	1.87
92081811--92082008	103	1.9	103	83	4	256	37	11	26	24	1.89
92085536--92085562	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
92085535--92085569	15	2.4	14	86	13	52	82	0	0	17	0.66
92091048--92091110	31	2.0	31	100	0	126	46	28	6	19	1.74
92091049--92091101	15	3.2	17	70	24	51	43	30	5	20	1.75
92093078--92093102	2	12.5	2	100	0	50	48	52	0	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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