genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  240  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79255081--79255169	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
79262183--79262221	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
79262447--79262544	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
79262449--79262537	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
79272428--79273016	86	6.9	86	79	8	580	26	16	19	36	1.93
79272605--79272929	161	2.0	163	86	2	458	28	17	19	34	1.94
79272519--79272978	249	1.8	249	86	3	676	28	16	19	35	1.94
79274737--79274794	29	2.0	29	93	0	98	20	20	24	34	1.97
79274889--79274935	18	2.7	18	87	6	62	36	4	0	59	1.17
79277987--79278029	13	3.5	13	81	18	65	48	16	0	34	1.46
79277985--79278030	23	2.0	23	100	0	92	47	17	0	34	1.48
79277989--79278038	23	2.2	23	89	7	75	54	14	0	32	1.40
79280207--79280283	31	2.5	32	77	10	88	40	0	3	55	1.18
79280248--79280292	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
79282137--79282289	62	2.5	62	96	0	279	30	22	24	22	1.99
79282473--79282838	46	8.0	46	91	1	502	39	14	24	21	1.90
79283124--79283156	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
79284534--79284558	10	2.5	10	100	0	50	76	8	0	16	1.02
79285693--79285742	23	2.2	23	82	17	68	34	0	12	54	1.38
79285702--79285744	13	3.5	13	81	18	65	34	0	16	48	1.46
79285701--79285746	23	2.0	23	100	0	92	34	0	17	47	1.48
79290896--79290935	21	2.0	20	85	5	53	37	0	20	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79292746--79292779	12	2.8	12	90	4	50	70	0	29	0	0.87
79293602--79293627	6	4.3	6	100	0	52	19	19	15	46	1.85
79299672--79299781	26	4.2	26	92	0	166	35	24	5	34	1.79
79300465--79300591	40	3.2	40	81	10	143	19	25	31	22	1.98
79301334--79301367	16	2.1	16	88	0	50	61	0	0	38	0.96
79301945--79301974	15	2.1	14	93	6	51	26	3	6	63	1.35
79303847--79303926	40	2.0	40	97	0	151	23	32	16	27	1.96
79304639--79305228	47	12.7	47	73	12	382	21	29	20	28	1.98
79304588--79305225	187	3.4	187	93	0	1082	22	29	19	28	1.98
79312548--79312845	149	2.0	149	84	1	391	34	21	21	22	1.97
79314678--79314720	13	3.5	13	81	18	65	48	16	0	34	1.46
79314676--79314721	23	2.0	23	100	0	92	47	17	0	34	1.48
79318513--79318555	13	3.5	13	75	18	56	34	2	16	46	1.60
79327498--79327559	31	2.0	30	93	3	106	16	25	3	54	1.56
79329984--79330168	92	2.0	93	92	1	309	17	11	14	56	1.66
79330605--79330654	25	2.0	25	96	0	91	28	30	4	38	1.75
79332462--79332491	15	2.1	14	93	6	51	63	6	3	26	1.35
79332832--79332898	26	2.5	27	87	2	100	62	1	1	34	1.13
79333513--79333550	13	3.0	13	84	3	51	60	0	0	39	0.97
79336252--79336361	39	2.8	38	73	1	103	29	6	21	42	1.77
79340445--79340469	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
79343700--79343835	54	2.5	53	80	4	137	25	17	16	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79343847--79343979	54	2.5	54	82	2	142	28	18	14	39	1.89
79344030--79344077	19	2.6	19	83	3	62	41	2	10	45	1.50
79344101--79344184	42	2.0	42	92	0	141	29	10	13	46	1.76
79348648--79349243	206	2.9	206	96	0	1104	28	23	18	28	1.98
79350617--79350822	40	5.2	40	85	1	254	28	27	21	23	1.99
79356285--79356509	46	4.9	47	90	2	307	21	23	14	40	1.90
79366027--79366208	40	4.6	40	92	2	296	28	26	22	21	1.99
79375946--79376201	40	6.6	40	88	5	384	28	26	21	22	1.99
79380303--79380342	19	2.2	17	86	8	53	55	5	15	25	1.60
79380575--79380656	33	2.3	38	81	12	93	51	0	13	35	1.41
79380641--79380682	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
79381161--79381205	15	2.9	15	86	3	54	6	4	37	51	1.49
79381271--79381318	19	2.6	19	86	3	71	39	2	12	45	1.54
79381525--79381817	54	5.4	54	76	2	203	24	22	15	37	1.92
79381525--79381770	108	2.3	108	77	2	244	25	22	14	37	1.92
79381934--79381988	27	2.0	27	100	0	110	38	7	25	29	1.83
79382207--79382351	54	2.7	54	79	6	150	28	22	12	35	1.91
79382112--79382325	108	2.0	108	80	1	241	27	20	14	37	1.91
79382357--79382397	20	2.0	21	86	13	59	24	26	17	31	1.97
79384886--79385114	54	4.3	54	77	6	189	27	20	16	35	1.94
79385447--79385623	54	3.3	53	80	3	176	27	20	14	37	1.91
79385582--79386516	452	2.1	442	82	4	1090	30	15	17	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79386923--79387111	54	3.5	54	75	0	171	25	20	14	39	1.91
79386923--79387128	108	1.9	108	80	4	236	26	20	14	38	1.91
79387170--79387328	54	3.0	54	75	2	133	32	23	9	34	1.87
79388462--79388583	54	2.3	54	81	2	138	28	21	11	38	1.88
79388806--79388942	54	2.5	54	79	6	127	28	21	12	37	1.89
79389223--79389437	54	4.0	54	74	1	178	29	20	13	36	1.90
79390264--79390400	55	2.5	53	79	8	132	29	21	12	37	1.90
79390327--79390441	54	2.1	55	83	3	144	27	25	11	35	1.90
79388838--79390807	511	3.9	504	75	7	1707	32	16	16	34	1.92
79390763--79390897	54	2.5	54	77	0	135	28	19	11	40	1.86
79390902--79391051	54	2.8	54	79	4	158	30	18	12	38	1.87
79390775--79391042	137	2.0	137	80	1	304	29	19	11	39	1.87
79391428--79391663	108	2.2	109	79	8	234	26	20	17	36	1.94
79391520--79391663	54	2.7	53	74	7	130	27	22	15	35	1.94
79392001--79392102	54	1.9	54	82	6	127	31	17	15	35	1.92
79392352--79392840	243	2.0	243	80	5	542	31	16	14	37	1.90
79392883--79392946	24	2.6	24	90	5	92	29	12	12	45	1.79
79392949--79393081	54	2.5	54	74	0	122	29	18	12	39	1.87
79393349--79393558	54	3.9	54	75	2	161	26	19	14	39	1.90
79393489--79393664	54	3.3	54	75	6	151	27	20	14	38	1.91
79397535--79397963	214	2.0	213	92	1	707	36	10	24	29	1.88
79400642--79400862	119	1.9	120	84	6	306	24	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79400640--79400864	79	2.8	80	82	6	251	25	28	22	24	2.00
79400621--79400864	40	6.1	40	84	6	291	25	27	22	24	2.00
79403649--79403770	54	2.3	54	79	0	127	42	15	18	23	1.88
79403727--79403841	53	2.2	53	83	1	140	39	15	19	26	1.91
79403955--79404167	54	3.9	54	78	2	221	25	18	15	40	1.90
79403955--79404220	108	2.5	108	81	2	293	26	17	15	40	1.89
79403955--79404220	54	4.9	54	76	7	173	26	17	15	40	1.89
79404465--79404654	54	3.5	54	88	0	227	27	21	12	38	1.89
79404523--79404616	30	3.3	31	68	23	98	26	21	13	38	1.91
79404068--79405275	451	2.7	450	79	7	1279	31	15	18	33	1.92
79404932--79405122	54	3.5	54	84	0	211	26	20	13	39	1.90
79408202--79408376	54	3.2	53	75	6	147	28	18	12	40	1.88
79408296--79408489	54	3.6	54	76	3	158	24	18	15	41	1.89
79409179--79409384	54	3.8	53	75	12	163	27	17	14	40	1.89
79409179--79409439	108	2.4	108	78	4	258	27	19	13	39	1.90
79409814--79410144	108	3.1	109	77	6	305	27	22	12	36	1.91
79409744--79410164	54	7.8	54	74	8	198	28	21	13	36	1.91
79410436--79410674	54	4.4	54	73	5	178	27	22	12	36	1.91
79410413--79410619	108	1.9	108	80	5	240	28	21	13	37	1.91
79410014--79411529	510	3.0	506	82	2	1786	32	17	16	33	1.93
79410927--79411184	108	2.4	107	77	6	241	27	20	13	38	1.90
79410920--79411184	54	4.9	53	77	3	199	27	20	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79411116--79411824	348	2.0	347	82	2	870	33	16	19	31	1.94
79412257--79412381	54	2.3	54	79	2	144	29	16	16	37	1.91
79412430--79412550	54	2.2	54	83	2	145	31	19	14	35	1.91
79412455--79412582	54	2.4	54	84	5	152	28	19	15	35	1.93
79413233--79413522	54	5.4	54	79	7	266	26	22	14	37	1.92
79413242--79413522	108	2.6	107	82	4	314	26	22	14	37	1.92
79412970--79414073	564	2.0	564	78	4	1179	30	18	16	34	1.93
79413976--79414214	54	4.5	53	75	9	202	25	20	14	39	1.91
79413976--79414214	104	2.3	107	78	6	236	25	20	14	39	1.91
79417569--79417633	33	2.0	33	87	6	96	38	13	20	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333