genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85342339--85342397	22	2.8	20	78	14	64	42	1	3	52	1.28
85343242--85343318	14	5.1	14	72	16	55	32	1	3	62	1.22
85343886--85343926	18	2.2	19	83	12	50	26	4	4	63	1.35
85349362--85349390	14	2.1	14	100	0	58	31	13	34	20	1.92
85351918--85352055	69	2.0	69	90	2	215	37	16	17	28	1.92
85365943--85365985	20	2.2	20	100	0	86	32	20	18	27	1.96
85367481--85367556	19	3.8	19	88	8	107	35	10	17	36	1.84
85370830--85371160	44	7.5	44	72	10	210	35	17	21	25	1.95
85370852--85371160	132	2.3	132	89	1	456	33	18	21	26	1.96
85371111--85372036	175	5.3	175	94	0	1555	33	18	20	28	1.96
85372505--85372602	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
85372495--85372602	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
85377065--85377237	46	3.7	46	75	14	167	31	29	17	21	1.96
85377074--85377243	93	1.8	93	89	2	270	30	28	18	21	1.97
85379690--85379914	40	5.7	40	86	5	269	25	27	22	24	2.00
85379692--85379914	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	24	2.00
85400153--85400383	40	5.8	40	91	2	306	26	27	20	24	1.99
85421522--85421546	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
85432313--85432338	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
85433699--85433864	40	4.2	40	92	0	253	23	21	26	28	1.99
85441529--85441597	33	2.1	33	97	0	129	40	11	14	33	1.82
85441996--85442039	20	2.1	21	84	16	56	29	11	22	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85443489--85443712	47	4.7	48	78	11	212	27	19	28	24	1.99
85443533--85443712	50	3.7	47	82	8	182	27	20	29	23	1.98
85448576--85448634	30	2.0	30	82	0	73	40	5	27	27	1.77
85453931--85453964	17	2.0	17	88	0	50	32	20	5	41	1.76
85456215--85456263	24	2.0	24	88	0	71	34	2	36	26	1.68
85457682--85457793	27	4.2	26	75	12	91	16	24	21	37	1.94
85460089--85460319	28	8.3	28	81	6	204	32	21	21	24	1.98
85461880--85461966	45	1.9	46	85	2	122	34	21	4	39	1.74
85466965--85467056	29	3.1	28	74	13	78	28	14	17	40	1.88
85475800--85475983	40	4.6	40	81	6	221	25	23	26	24	2.00
85475800--85475983	80	2.3	80	85	3	246	25	23	26	24	2.00
85478864--85479051	40	4.7	40	95	0	313	22	26	20	30	1.98
85487493--85487677	40	4.7	40	93	2	295	22	25	20	30	1.98
85490996--85491062	20	3.3	20	70	4	62	35	19	32	11	1.88
85490979--85491042	20	3.1	21	68	4	58	32	17	31	18	1.94
85490956--85491160	41	5.0	41	83	1	250	36	17	28	18	1.93
85512411--85512588	27	6.6	27	83	3	196	29	27	15	27	1.96
85512432--85512587	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
85517798--85518137	27	12.6	27	78	3	224	37	18	13	30	1.89
85517993--85518139	55	2.7	53	80	5	141	41	18	11	28	1.85
85518199--85518276	27	2.9	27	88	3	95	33	21	24	20	1.97
85518197--85518287	27	3.4	27	83	3	94	36	18	23	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85518456--85518508	27	2.0	27	84	0	70	22	24	18	33	1.97
85518676--85518746	33	2.2	33	97	0	133	25	21	25	28	1.99
85520512--85520566	29	1.9	29	82	10	69	23	40	18	18	1.91
85521562--85521739	48	3.7	49	82	8	229	23	26	20	29	1.98
85531254--85531387	48	2.8	48	82	5	155	26	29	17	26	1.98
85539827--85540184	46	7.7	45	72	12	237	31	18	27	23	1.97
85539831--85540187	138	2.6	138	93	2	583	31	18	26	23	1.97
85539880--85540186	92	3.3	92	79	9	272	31	18	26	23	1.97
85540018--85540186	91	1.8	92	85	8	238	32	18	25	23	1.97
85552708--85552865	40	3.8	40	75	12	124	28	29	15	26	1.96
85562540--85562579	20	2.0	20	95	0	71	37	25	7	30	1.83
85590925--85590981	20	2.9	19	78	19	64	40	10	8	40	1.71
85593311--85593539	27	8.5	27	83	4	275	41	13	15	29	1.85
85597130--85597304	27	6.5	27	88	1	253	40	16	14	28	1.88
85601971--85602005	8	4.4	8	92	0	52	11	28	11	48	1.74
85609387--85609418	14	2.3	14	100	0	64	53	18	0	28	1.45
85610147--85610321	46	3.8	46	79	15	207	29	29	19	21	1.97
85610155--85610326	93	1.8	93	93	0	299	29	30	19	20	1.97
85613914--85614031	43	2.8	42	78	7	130	29	23	14	32	1.94
85617379--85617490	43	2.6	43	84	2	136	27	13	26	32	1.94
85619755--85619803	25	2.0	25	88	8	73	40	10	0	48	1.37
85626433--85626534	34	3.1	32	78	10	98	25	23	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85627562--85627606	21	2.1	22	83	4	56	57	17	0	24	1.40
85633292--85633340	25	2.0	25	88	8	73	40	10	0	48	1.37
85638388--85638437	25	2.0	25	96	0	91	34	0	20	46	1.51
85642273--85642318	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55
85656395--85656893	49	10.6	49	88	7	725	33	8	29	28	1.86
85656395--85656893	47	10.6	47	89	6	692	33	8	29	28	1.86
85656395--85656893	96	5.3	96	89	6	729	33	8	29	28	1.86
85658471--85658545	24	3.2	24	74	11	82	38	16	21	24	1.92
85667670--85667700	9	3.6	9	91	8	55	58	0	32	9	1.31
85670211--85670491	40	7.1	40	88	2	388	27	28	20	23	1.99
85673739--85673782	23	1.9	23	86	9	63	31	6	18	43	1.76
85677114--85677291	40	4.5	40	87	3	227	24	28	24	23	2.00
85679671--85679706	16	2.2	16	90	9	56	72	8	0	19	1.10
85681705--85681899	68	2.8	68	90	3	284	22	29	15	32	1.94
85681742--85681925	68	2.7	68	89	6	259	23	28	14	33	1.94
85687217--85687290	21	3.5	21	69	10	69	21	13	25	39	1.90
85687214--85687350	43	3.1	43	90	2	202	24	12	24	38	1.90
85687225--85687354	45	2.9	45	91	2	201	24	13	25	36	1.91
85695283--85695438	82	1.9	81	85	3	215	26	16	30	27	1.96
85695283--85695437	55	2.8	55	82	4	172	25	16	30	27	1.96
85695282--85695459	27	6.6	27	81	5	162	26	15	30	28	1.96
85703311--85703487	27	6.5	26	82	6	158	25	15	29	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85703311--85703466	82	1.9	81	85	3	215	26	16	30	27	1.96
85703307--85703487	82	2.2	81	81	2	211	26	16	29	28	1.96
85707980--85708026	21	2.3	20	78	10	51	23	23	34	19	1.97
85708892--85708951	20	3.0	20	80	11	68	75	3	1	20	1.04
85720811--85720920	40	2.8	39	87	2	141	25	27	21	25	2.00
85720830--85720972	40	3.7	38	82	8	148	25	27	22	24	2.00
85723206--85723323	41	2.9	41	82	2	114	34	24	16	24	1.95
85723229--85723323	41	2.3	40	90	1	145	33	27	16	22	1.95
85731131--85731177	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
85731250--85731332	25	3.4	25	83	6	107	26	20	22	30	1.98
85731226--85731319	25	3.8	24	80	9	100	24	22	23	29	1.99
85731240--85731344	49	2.1	51	82	10	128	24	22	22	29	1.99
85731541--85731604	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
85731558--85731664	38	2.8	38	94	0	196	38	13	22	26	1.90
85750242--85750372	47	2.8	47	85	0	172	35	25	16	23	1.95
85764640--85764670	11	2.8	11	100	0	62	58	19	16	6	1.59
85768725--85768791	34	2.0	34	90	0	107	32	20	8	37	1.84
85772532--85772642	27	4.2	26	87	5	150	36	22	24	16	1.94
85772907--85772962	19	2.9	19	81	2	67	23	32	16	28	1.96
85774037--85774142	24	4.4	23	88	7	140	18	36	5	38	1.75
85776478--85776578	24	4.2	23	90	6	148	20	39	4	34	1.74
85778386--85778446	31	2.0	31	87	3	88	36	6	24	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85778995--85779273	50	5.7	50	73	9	218	27	19	29	24	1.98
85779004--85779273	95	2.8	98	76	3	271	27	19	29	24	1.98
85785290--85785350	31	2.0	31	83	3	79	32	9	24	32	1.88
85785907--85786189	48	5.9	48	80	5	286	25	17	31	25	1.97
85785913--85786085	95	1.8	93	90	2	274	26	17	32	23	1.97
85789079--85789206	47	2.7	47	83	4	159	32	27	16	23	1.96
85790555--85790675	35	3.5	35	77	2	91	29	25	16	28	1.97
85795817--85795863	23	2.0	23	100	0	94	27	12	21	38	1.90
85796501--85796554	26	2.1	26	92	0	90	59	12	11	16	1.61
85799156--85799484	48	6.8	48	77	6	308	23	30	19	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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