genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15991662--15991710	15	3.4	15	83	10	59	42	0	2	55	1.11
15991775--15991809	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
15991971--15992061	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
15992042--15992094	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
15994823--15994862	20	2.0	21	85	5	55	40	32	0	27	1.57
16006456--16006551	43	2.3	42	85	3	129	22	15	26	35	1.94
16010163--16010216	28	2.0	28	85	3	74	40	5	3	50	1.44
16017714--16017901	93	2.0	93	100	0	376	31	12	22	32	1.92
16022350--16022413	15	4.3	15	80	7	76	57	17	12	12	1.64
16026374--16026462	45	2.0	45	86	0	124	32	26	14	25	1.95
16031761--16031916	78	2.0	78	97	0	294	41	12	20	25	1.87
16038706--16038823	59	2.0	59	88	0	173	28	27	9	33	1.88
16039966--16039990	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
16050603--16050755	43	3.6	43	79	4	175	30	24	15	30	1.95
16070660--16070891	40	5.8	41	83	4	285	24	20	28	26	1.99
16070661--16070911	120	2.1	120	90	2	398	23	20	28	27	1.99
16070660--16070891	80	2.9	80	86	1	322	24	20	28	26	1.99
16072299--16072403	48	2.2	48	85	1	138	29	26	14	29	1.95
16072518--16072583	6	11.0	6	100	0	132	50	16	0	33	1.46
16073539--16073563	13	1.9	13	100	0	50	56	8	4	32	1.47
16078756--16078927	48	3.6	49	80	7	201	26	26	19	26	1.99
16078697--16078927	96	2.5	92	81	6	261	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16079048--16079137	6	15.0	6	100	0	180	50	16	0	33	1.46
16080858--16080914	29	2.0	29	96	0	105	31	15	10	42	1.81
16081401--16081449	23	2.1	23	84	0	62	61	12	4	22	1.48
16082714--16082766	19	2.7	20	74	8	56	13	15	9	62	1.54
16102740--16102817	23	3.5	23	69	13	81	11	10	53	24	1.67
16102737--16102827	44	2.1	44	95	0	164	14	12	48	25	1.78
16104672--16104782	27	4.1	26	81	9	116	21	24	20	33	1.97
16104672--16104782	54	2.1	54	84	6	145	21	24	20	33	1.97
16114352--16114403	26	2.0	25	82	14	61	30	9	1	57	1.42
16115085--16115140	21	2.7	21	80	0	67	35	16	30	17	1.92
16115047--16115201	42	3.7	41	75	5	114	41	14	25	18	1.88
16123769--16123840	36	2.0	36	97	0	135	34	16	23	25	1.95
16127020--16127101	35	2.3	35	83	4	103	35	21	19	23	1.96
16132282--16132432	22	6.9	22	70	7	110	45	13	22	19	1.85
16132266--16132398	43	3.1	43	77	1	131	42	16	22	18	1.88
16133590--16133634	23	2.0	23	82	8	56	31	17	8	42	1.80
16136423--16136707	81	3.5	79	77	9	279	34	15	29	21	1.94
16136423--16136729	41	7.5	41	80	3	298	33	15	28	21	1.94
16145539--16145579	20	2.0	20	100	0	82	39	14	4	41	1.67
16145714--16145791	24	3.3	24	76	3	77	42	16	19	21	1.89
16150643--16150974	165	2.0	165	91	1	531	31	15	13	40	1.85
16151109--16151521	204	2.0	207	90	2	645	39	17	10	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16156519--16156543	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
16161119--16161176	29	2.0	29	96	0	107	34	25	10	29	1.89
16162737--16162799	23	2.8	24	71	14	69	46	15	14	23	1.83
16162737--16162863	45	2.8	45	83	1	157	42	15	16	25	1.87
16178026--16178897	131	6.6	132	75	11	624	29	15	25	29	1.96
16178203--16178898	306	2.3	303	84	6	836	29	15	25	29	1.96
16178028--16178746	175	4.1	175	94	0	1222	29	15	26	29	1.96
16178801--16178985	44	4.4	40	77	11	165	32	14	24	28	1.94
16178810--16179068	84	3.0	86	80	8	226	30	13	27	28	1.95
16180070--16180141	35	2.1	35	100	0	144	15	20	8	55	1.66
16184648--16184699	3	17.7	3	77	18	56	67	0	32	0	0.91
16184646--16184701	9	6.5	8	80	15	67	69	0	30	0	0.89
16184645--16184702	27	2.2	27	90	3	100	70	0	29	0	0.87
16184646--16184701	18	3.2	17	87	9	78	69	0	30	0	0.89
16186300--16186343	22	2.0	22	95	0	79	40	0	15	43	1.47
16196046--16196094	25	2.0	25	87	0	71	28	18	22	30	1.97
16204786--16204989	79	2.6	80	82	6	236	18	28	21	31	1.96
16204786--16204989	40	5.1	40	82	3	225	18	28	21	31	1.96
16206104--16206300	40	5.0	40	81	3	211	17	28	19	34	1.95
16206102--16206300	79	2.5	79	85	4	240	17	28	20	34	1.95
16206382--16206448	33	2.0	33	100	0	134	31	11	11	44	1.78
16209141--16209201	30	2.0	30	83	0	77	32	22	4	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16213595--16213678	31	2.7	31	94	1	143	28	27	16	27	1.97
16213665--16213712	23	2.1	23	100	0	96	25	25	29	20	1.99
16213725--16213858	42	3.2	42	96	2	243	33	20	14	32	1.92
16214006--16214075	25	2.8	26	80	4	81	27	22	24	25	2.00
16215002--16215083	27	3.0	26	79	13	85	32	9	15	41	1.80
16215065--16215188	27	4.6	27	84	6	144	27	7	21	43	1.79
16215066--16215221	81	1.9	80	83	5	197	28	10	19	41	1.85
16215224--16215338	54	2.1	54	91	0	194	37	6	26	29	1.82
16215223--16215322	27	3.7	27	90	5	166	37	5	26	32	1.78
16215224--16215358	54	2.5	54	87	0	180	36	7	24	31	1.83
16232246--16232272	14	1.9	14	100	0	54	51	7	14	25	1.68
16234908--16234938	13	2.4	13	94	0	53	16	3	12	67	1.35
16241381--16241412	9	3.4	9	91	8	55	21	0	9	68	1.17
16243554--16243585	9	3.6	9	95	0	55	28	6	0	65	1.16
16248159--16248255	46	2.1	46	86	3	133	40	15	22	21	1.91
16250953--16251012	30	2.0	30	96	0	111	30	28	3	38	1.73
16252760--16252797	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
16254493--16254532	18	2.2	18	100	0	80	35	20	20	25	1.96
16255189--16255581	125	3.1	124	86	4	531	29	17	17	36	1.92
16255650--16255768	34	3.5	34	83	12	154	48	13	1	36	1.52
16255776--16255846	36	2.0	36	81	10	83	43	22	1	32	1.62
16255864--16255903	15	2.7	15	92	0	62	55	35	0	10	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16255806--16255884	42	1.9	42	89	2	124	45	26	1	26	1.61
16258068--16258103	17	2.1	17	94	0	63	44	25	8	22	1.80
16263815--16263839	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
16278439--16278498	13	4.9	13	80	12	56	58	0	40	1	1.08
16278434--16278490	19	3.2	18	80	12	64	56	0	42	1	1.10
16278438--16278498	3	19.3	3	77	9	59	59	0	39	1	1.08
16278768--16279208	225	1.9	225	90	5	701	31	0	15	52	1.49
16278768--16279208	116	3.9	114	91	5	675	31	0	15	52	1.49
16279002--16279253	116	2.3	110	82	12	320	29	0	17	53	1.47
16279266--16279297	15	2.1	16	94	5	57	37	0	6	56	1.25
16281307--16281465	33	4.8	33	77	3	131	18	44	11	26	1.83
16282465--16282549	42	2.0	42	95	0	152	27	18	21	32	1.97
16285094--16285129	18	2.0	18	88	0	54	25	25	22	27	2.00
16299292--16299332	21	2.1	19	86	9	55	46	0	2	51	1.14
16300553--16300679	62	2.0	62	84	0	164	29	22	22	25	1.99
16306252--16306287	9	4.0	9	85	0	54	41	19	2	36	1.66
16306253--16306287	18	1.9	18	94	0	61	40	20	2	37	1.67
16316066--16316112	17	2.9	16	81	6	58	4	8	6	80	1.00
16317026--16317131	51	2.1	51	83	3	133	33	5	1	59	1.32
16316987--16317185	27	7.6	27	73	9	101	30	6	2	61	1.31
16317041--16317146	51	2.1	51	80	7	117	33	7	0	58	1.33
16316970--16317252	26	10.8	26	72	7	196	30	6	3	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16317263--16317332	30	2.2	31	80	10	79	30	2	2	64	1.22
16316973--16317416	26	16.6	27	67	18	116	30	4	4	60	1.37
16323630--16323658	5	5.8	5	100	0	58	0	17	0	82	0.66
16324361--16324419	30	1.9	31	86	3	84	52	11	20	15	1.73
16330861--16330892	13	2.6	12	90	9	55	81	6	12	0	0.87
16330856--16330890	13	2.6	14	86	9	54	80	8	11	0	0.92
16332729--16332764	18	2.0	18	94	0	63	38	30	16	13	1.88
16333127--16333174	20	2.4	20	85	0	60	10	4	4	81	0.97
16333134--16333177	14	3.2	13	87	6	52	9	6	2	81	0.94
16340659--16340692	14	2.4	15	85	14	54	29	11	5	52	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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