genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56978946--56979599	49	13.6	49	92	2	1028	28	28	8	33	1.86
56978946--56979599	194	3.4	192	93	2	1082	28	28	8	33	1.86
56978946--56979599	145	4.5	145	92	2	1068	28	28	8	33	1.86
56983960--56984033	30	2.4	31	81	4	105	27	28	14	29	1.95
56984083--56984203	47	2.6	47	94	0	215	24	23	14	36	1.93
56984933--56984993	30	2.0	30	83	0	77	32	21	9	36	1.86
56987921--56988078	42	3.7	42	78	7	151	30	24	16	29	1.96
56997632--56997776	27	5.4	27	89	1	184	35	16	20	27	1.94
56997620--56997781	53	3.0	52	85	3	207	33	17	20	27	1.96
56997620--56997773	80	1.9	81	88	4	231	33	16	22	27	1.96
56997765--56997862	27	3.7	26	80	5	106	42	23	7	26	1.79
56997765--56998024	54	4.8	54	72	5	168	41	20	8	28	1.82
56997790--56997966	27	6.6	27	74	5	144	41	22	9	27	1.83
56997924--56998030	27	3.9	27	81	11	112	43	15	8	31	1.77
56998285--56998403	41	2.9	41	87	0	166	24	20	27	27	1.99
56998893--56998918	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
57000096--57000270	24	7.4	24	92	3	275	26	21	22	29	1.99
57000103--57000270	47	3.6	47	91	3	275	27	20	22	29	1.99
57000103--57000269	23	7.1	23	93	2	262	27	20	22	28	1.99
57000328--57000384	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
57000316--57000386	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
57000321--57000375	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57003464--57003679	46	4.7	47	79	12	200	27	20	29	22	1.98
57006941--57006995	21	2.6	21	91	0	92	16	34	32	16	1.91
57007921--57007984	31	2.1	31	84	0	83	25	21	14	39	1.91
57008200--57008439	23	10.1	23	89	4	327	30	20	20	28	1.97
57008486--57008569	20	4.2	20	95	0	150	32	21	11	34	1.90
57008498--57008572	9	7.7	9	69	16	51	33	21	10	34	1.88
57008491--57008565	11	7.4	11	68	17	63	30	20	13	36	1.91
57009818--57009901	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
57009963--57010047	27	3.1	27	79	14	84	37	9	14	38	1.78
57009998--57010060	27	2.2	29	86	5	85	30	6	20	42	1.77
57010053--57010231	27	6.7	26	85	5	223	30	7	18	43	1.77
57010053--57010245	81	2.4	80	86	5	255	30	7	20	41	1.79
57010223--57010380	27	5.9	27	89	0	208	38	9	24	27	1.86
57010213--57010407	81	2.4	79	77	5	192	35	9	24	30	1.87
57010237--57010407	54	3.2	54	82	0	180	36	10	25	28	1.89
57013687--57013840	42	3.6	42	80	10	141	26	18	25	28	1.98
57013674--57013839	43	3.8	43	77	12	160	26	18	25	29	1.98
57015804--57015855	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
57022188--57022363	46	3.8	45	72	16	146	21	17	28	32	1.96
57022184--57022356	93	1.9	93	90	4	278	21	17	28	31	1.96
57025263--57025329	15	4.5	15	78	16	59	13	13	13	59	1.61
57025250--57025329	30	2.7	30	79	11	92	12	13	15	58	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57027735--57027910	46	3.8	46	75	16	184	21	18	28	32	1.96
57027731--57027903	93	1.9	93	91	4	287	21	18	28	31	1.97
57035456--57035559	37	2.8	37	97	0	190	26	30	20	22	1.98
57035606--57035782	48	3.7	48	89	0	264	32	27	6	33	1.83
57037728--57037820	25	3.7	25	82	5	125	22	30	12	34	1.92
57037720--57037820	50	2.0	50	100	0	202	21	31	12	33	1.91
57037996--57038297	40	7.6	40	87	0	415	26	29	20	24	1.99
57040319--57040691	48	7.8	48	91	0	566	30	28	6	34	1.83
57042640--57042710	29	2.5	29	86	2	90	25	16	29	28	1.97
57045274--57045386	43	2.7	43	83	6	149	30	24	15	29	1.95
57048536--57048597	31	2.0	31	96	0	115	24	19	8	48	1.75
57052053--57052113	9	6.1	9	74	20	50	37	3	0	59	1.14
57052052--57052159	20	5.5	19	80	14	121	35	4	0	60	1.18
57052463--57052520	17	3.6	17	67	21	52	36	0	1	62	1.06
57052470--57052544	29	2.5	30	85	12	93	36	2	2	58	1.26
57064338--57064921	205	2.8	204	90	2	893	30	17	21	29	1.97
57066567--57066690	7	19.3	6	70	21	51	33	4	1	60	1.25
57066568--57066695	12	11.1	12	68	26	55	34	3	1	60	1.25
57066588--57066695	20	5.4	19	73	19	78	36	4	0	58	1.25
57066607--57066656	22	2.3	22	83	13	59	38	8	0	54	1.30
57066568--57066695	25	5.2	23	68	25	57	34	3	1	60	1.25
57066981--57067042	21	2.9	21	76	11	72	40	1	0	58	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57067162--57067200	16	2.3	18	91	8	64	28	2	12	56	1.50
57081317--57081376	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
57094954--57095181	47	4.8	47	74	12	139	27	18	29	24	1.98
57094955--57095132	99	1.8	94	82	8	223	27	17	29	25	1.97
57100706--57100806	27	3.8	27	76	1	96	19	22	21	35	1.96
57100945--57101015	28	2.5	27	84	4	88	23	21	25	29	1.99
57105198--57105257	25	2.4	26	81	10	72	48	0	5	46	1.24
57107351--57107376	7	3.7	7	100	0	52	73	0	15	11	1.11
57112172--57112364	48	4.1	48	69	16	150	25	19	24	29	1.99
57113278--57113332	21	2.6	21	76	0	56	27	27	29	16	1.97
57117963--57118080	40	3.0	40	91	0	191	22	18	27	30	1.98
57120192--57120270	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
57120388--57120704	47	6.7	47	96	1	553	28	29	9	31	1.89
57138011--57138235	46	4.8	48	75	9	180	24	33	15	27	1.95
57137913--57138235	47	6.8	48	73	11	240	24	31	17	27	1.97
57145224--57145331	53	2.0	53	83	3	137	37	19	25	18	1.94
57146523--57146863	174	2.0	173	90	0	538	29	17	21	32	1.96
57150895--57151050	27	5.8	27	84	3	172	28	23	8	39	1.84
57151029--57151223	81	2.4	80	86	4	250	39	21	9	30	1.84
57151043--57151228	27	6.9	26	78	8	169	40	19	9	30	1.84
57151029--57151249	54	4.1	54	76	11	147	39	20	9	29	1.84
57151260--57151311	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57151365--57151456	27	3.4	27	87	3	123	33	19	26	20	1.96
57152613--57152660	25	2.0	24	83	4	60	31	25	18	25	1.98
57152772--57152939	24	7.0	24	88	5	243	30	23	20	25	1.98
57153133--57153196	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
57158581--57158688	27	4.0	26	82	5	108	37	19	23	20	1.95
57158583--57158706	27	4.7	26	79	8	90	37	16	23	21	1.93
57158847--57158911	22	3.0	21	73	13	60	32	23	24	20	1.98
57159299--57159521	27	8.3	27	87	1	279	24	20	18	36	1.95
57159300--57159521	107	2.1	107	89	2	347	24	20	18	36	1.94
57160889--57161113	40	5.7	40	87	5	287	26	28	21	24	1.99
57160891--57161113	119	1.9	120	83	6	292	26	27	21	24	1.99
57161974--57162092	55	2.1	56	98	1	231	22	24	9	43	1.82
57168491--57168662	40	4.3	40	87	5	242	26	27	20	24	1.99
57168491--57168713	80	2.8	81	83	8	271	26	27	21	24	1.99
57168493--57168713	119	1.9	120	81	6	279	26	27	21	24	1.99
57169575--57169693	55	2.1	56	98	1	231	22	24	9	43	1.82
57170013--57170054	15	2.4	18	74	25	54	26	21	19	33	1.97
57170024--57170052	15	1.9	15	100	0	58	31	20	20	27	1.98
57170075--57170142	27	2.5	27	73	0	73	33	8	20	36	1.84
57177524--57177569	22	2.1	22	100	0	92	47	8	13	30	1.72
57178040--57178083	22	2.0	22	95	0	79	40	6	9	43	1.63
57178435--57178469	18	2.0	17	88	5	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57184687--57184763	40	1.9	40	89	5	120	28	18	12	40	1.87
57199764--57199867	52	2.0	52	100	0	208	36	5	17	40	1.73
57200211--57200272	10	6.6	10	72	9	51	33	0	3	62	1.11
57200211--57200265	17	3.0	18	81	10	67	32	0	3	63	1.12
57202499--57202556	24	2.4	24	85	8	82	39	5	0	55	1.22
57202462--57202672	106	2.0	106	82	6	261	38	3	4	53	1.40
57202483--57202699	106	2.0	106	80	6	235	36	2	5	55	1.36
57206891--57207043	27	5.7	26	76	12	114	39	20	9	30	1.84
57206883--57207059	54	3.3	54	81	5	207	38	20	9	31	1.84
57207037--57207454	27	15.4	27	81	4	322	32	22	8	37	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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