genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87298304--87298572	46	5.8	46	92	0	396	40	14	24	20	1.90
87298661--87298755	26	3.6	26	75	13	70	38	4	20	36	1.72
87301602--87301630	12	2.5	12	94	5	51	58	0	0	41	0.98
87303576--87303662	43	2.0	43	100	0	174	37	16	13	32	1.88
87306342--87306375	15	2.3	15	94	0	59	35	5	5	52	1.50
87307461--87307511	23	2.2	23	100	0	102	25	19	3	50	1.64
87307517--87307549	17	1.9	17	88	11	50	30	21	0	48	1.50
87308728--87308765	10	3.8	10	83	13	51	68	2	7	21	1.28
87309712--87309753	10	4.3	10	78	6	50	26	0	2	71	0.98
87311352--87311386	18	1.9	18	100	0	70	31	45	5	17	1.71
87313905--87313978	23	3.2	23	90	0	112	18	13	22	44	1.85
87314052--87314106	27	2.0	27	96	0	101	29	1	18	50	1.57
87317914--87318161	81	3.1	82	81	2	268	11	37	20	29	1.88
87317884--87318167	27	10.5	27	86	1	237	11	39	19	29	1.87
87325169--87325489	146	2.2	148	87	6	476	42	4	9	42	1.57
87328834--87328879	20	2.3	21	82	17	62	32	0	10	56	1.34
87328829--87328885	19	3.1	19	85	12	66	33	0	8	57	1.29
87330597--87330731	60	2.2	60	84	8	168	27	24	18	29	1.98
87331379--87331403	8	3.1	8	100	0	50	0	24	24	52	1.48
87333009--87333062	27	2.0	27	89	7	83	55	11	0	33	1.35
87333413--87333455	13	3.5	13	81	18	65	48	16	0	34	1.46
87333411--87333457	23	2.0	23	100	0	94	46	17	0	36	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87333415--87333464	23	2.2	23	92	0	82	52	14	0	34	1.42
87335765--87335826	27	2.3	27	94	2	106	38	9	12	38	1.77
87336242--87336294	27	2.0	27	92	0	88	28	13	32	26	1.93
87338255--87338529	48	5.7	48	78	1	264	27	20	29	23	1.99
87338255--87338528	96	2.9	95	82	3	300	27	20	28	23	1.99
87338245--87338529	144	2.0	144	82	2	349	27	19	29	24	1.99
87344446--87344731	48	6.0	48	81	5	310	26	19	29	24	1.98
87344460--87344731	144	1.9	144	83	4	352	26	19	29	23	1.98
87347059--87347085	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
87347974--87348040	13	5.6	13	71	20	65	49	11	0	38	1.40
87347971--87348038	23	3.0	23	93	4	111	48	13	0	38	1.42
87368567--87368631	29	2.2	29	81	13	71	23	15	6	55	1.62
87374676--87374823	40	3.7	40	97	0	269	31	20	27	21	1.98
87375055--87375124	35	2.0	35	100	0	140	40	0	25	34	1.56
87382953--87383150	40	5.0	40	91	2	319	25	22	28	23	1.99
87382953--87383148	78	2.5	80	89	3	315	26	22	28	23	1.99
87391328--87391561	40	5.8	40	93	0	378	24	23	29	22	1.99
87396371--87396443	37	2.0	37	94	0	128	26	21	6	45	1.77
87397259--87397399	67	2.0	67	85	5	183	30	20	29	19	1.97
87397329--87397380	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
87397643--87397688	19	2.4	19	81	0	65	10	34	21	32	1.88
87400809--87400975	52	3.3	52	81	8	184	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87400804--87400975	51	3.4	51	77	7	181	29	13	26	30	1.94
87406164--87406213	25	2.0	25	100	0	100	20	12	32	36	1.89
87412433--87412477	22	2.1	21	87	4	63	68	8	6	15	1.36
87415397--87415439	21	2.0	21	82	8	52	34	11	2	51	1.51
87431557--87431609	26	2.1	26	92	3	90	28	16	20	33	1.95
87431657--87431717	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
87431657--87431717	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
87437728--87437773	22	2.1	22	95	0	83	45	6	17	30	1.73
87437795--87437909	39	2.9	39	85	0	158	34	22	14	27	1.94
87437969--87438022	27	2.0	27	96	0	99	31	29	16	22	1.96
87452359--87452397	18	2.2	18	85	0	51	71	0	7	20	1.10
87452357--87452399	21	2.0	22	81	4	52	72	0	6	20	1.08
87457768--87457887	61	2.0	61	98	0	231	38	22	9	30	1.85
87467176--87467284	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
87467430--87467614	48	3.8	48	92	4	309	30	26	7	35	1.83
87467430--87467613	98	1.9	97	93	4	318	30	26	7	35	1.83
87467584--87467730	47	3.1	47	86	0	195	27	29	10	32	1.90
87471854--87472139	40	7.2	40	93	0	455	25	28	21	23	1.99
87473408--87473516	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
87473662--87473847	100	1.9	96	90	6	293	31	26	6	36	1.82
87473662--87473848	48	3.8	48	89	5	286	31	26	6	35	1.82
87473818--87473964	47	3.1	47	84	0	177	27	29	10	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87481125--87481356	40	5.8	40	94	1	324	24	21	28	26	1.99
87483156--87483205	24	2.1	24	100	0	100	42	26	12	20	1.86
87484415--87484447	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
87484728--87484752	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
87488253--87488294	20	2.0	21	90	4	68	14	40	21	23	1.90
87489559--87489648	6	15.2	6	78	11	87	15	5	0	78	0.92
87489559--87489648	22	4.1	22	75	13	87	15	5	0	78	0.92
87489565--87489635	16	4.6	16	83	11	85	15	5	0	78	0.92
87491136--87491361	40	5.7	40	89	4	296	27	26	21	23	1.99
87495693--87495725	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
87500015--87500055	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
87502037--87502171	39	3.5	39	96	0	243	17	22	30	28	1.97
87506195--87506235	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
87508209--87508343	39	3.5	39	96	0	243	17	22	30	28	1.97
87512339--87512379	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
87514360--87514569	39	5.5	39	93	3	363	18	23	30	27	1.98
87518191--87518216	11	2.4	11	100	0	52	7	0	0	92	0.39
87518606--87518646	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
87519826--87519971	69	2.1	69	98	0	283	31	8	24	34	1.86
87520700--87520873	39	4.5	39	95	0	303	18	22	30	28	1.97
87524471--87524667	94	2.1	94	88	0	286	27	15	23	32	1.95
87524509--87524944	44	9.5	44	69	11	180	30	16	21	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87524602--87524951	89	3.9	89	72	8	247	32	16	21	29	1.96
87524831--87524951	45	2.7	44	76	3	100	33	13	22	30	1.92
87539962--87540017	15	3.5	15	69	21	51	35	26	1	35	1.67
87539952--87540026	33	2.3	34	90	4	118	38	22	2	36	1.69
87541829--87541899	29	2.4	29	81	11	74	23	16	4	54	1.59
87545109--87545225	40	3.0	40	85	10	140	29	10	25	35	1.89
87545120--87545268	75	2.0	74	86	1	208	30	11	23	34	1.90
87545101--87545263	35	4.5	35	82	8	175	30	10	24	34	1.89
87551984--87552160	27	6.5	26	81	6	167	25	16	28	28	1.97
87551980--87552139	82	2.0	81	87	3	232	25	16	29	28	1.97
87551984--87552160	82	2.2	81	83	3	212	25	16	28	28	1.97
87556081--87556415	47	7.1	47	87	0	348	33	10	29	27	1.89
87556081--87556415	94	3.6	94	85	0	429	33	10	29	27	1.89
87556081--87556415	141	2.4	141	80	5	388	33	10	29	27	1.89
87556386--87556476	46	2.0	46	86	4	130	35	5	31	27	1.80
87560236--87560366	35	3.8	35	81	1	120	30	11	25	32	1.91
87564093--87564276	73	2.5	73	86	2	237	26	23	26	23	2.00
87565448--87565499	25	2.1	25	89	3	79	38	23	23	15	1.92
87568220--87568337	34	3.5	33	73	10	103	39	38	5	16	1.70
87569978--87570034	24	2.4	24	80	13	64	40	1	1	56	1.20
87572758--87572787	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
87576596--87576632	15	2.4	16	86	9	58	62	0	13	24	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87593984--87594068	45	1.9	44	92	2	143	37	22	14	25	1.92
87600964--87601040	23	3.2	23	85	10	84	29	23	20	25	1.99
87600977--87601040	23	2.7	23	85	7	85	29	23	20	26	1.99
87603856--87603883	10	2.8	10	100	0	56	14	42	0	42	1.45
87612184--87612223	18	2.1	20	86	9	57	27	0	2	70	1.01
87612316--87612402	42	2.1	42	97	0	165	39	8	17	35	1.79
87614537--87614609	18	4.1	18	77	13	78	31	20	17	30	1.96
87614889--87614934	22	2.1	22	83	0	56	28	26	15	30	1.96
87616322--87616356	11	3.0	11	84	15	52	37	0	2	60	1.12
87618459--87618484	10	2.6	10	100	0	52	0	23	0	76	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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