genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9700259--9700287	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
9712241--9712417	46	3.9	43	72	14	140	24	18	28	29	1.98
9712238--9712409	93	1.8	93	85	4	240	23	18	29	28	1.98
9729461--9729499	21	1.9	20	89	5	60	64	10	2	23	1.37
9730018--9730044	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
9730631--9730674	17	2.7	16	86	10	54	18	2	2	77	0.98
9730630--9730674	15	2.9	15	87	9	56	20	2	2	75	1.01
9732009--9732959	75	12.5	74	76	11	730	32	22	17	27	1.96
9732010--9732959	74	12.5	73	74	12	655	32	22	17	27	1.96
9732009--9732959	149	6.3	147	76	11	797	32	22	17	27	1.96
9732083--9733051	233	4.2	233	85	6	1125	33	21	17	26	1.96
9744827--9745008	40	4.6	40	93	1	294	29	26	20	23	1.99
9751784--9751913	40	3.2	40	89	2	190	26	26	23	24	2.00
9753205--9753252	25	1.9	25	95	0	87	14	18	18	47	1.82
9755634--9755672	21	1.9	20	89	5	60	64	10	2	23	1.37
9756715--9756782	34	2.0	34	97	0	127	19	32	33	14	1.92
9756841--9756885	22	2.0	22	82	0	54	28	0	2	68	1.01
9761693--9761816	46	2.6	48	84	3	153	29	18	28	24	1.98
9761741--9761913	49	3.6	49	78	5	154	28	19	27	23	1.98
9781555--9781644	46	2.0	46	93	0	153	53	11	12	23	1.70
9782300--9782434	67	2.0	67	100	0	270	41	28	10	19	1.84
9790555--9790602	20	2.4	20	85	0	60	35	12	25	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9793587--9793687	50	2.0	50	100	0	202	50	15	17	15	1.78
9806318--9806501	101	1.8	101	88	4	282	28	14	26	30	1.95
9810573--9810672	40	2.5	40	90	3	157	26	15	23	36	1.93
9814063--9814114	10	5.1	10	77	11	52	40	1	1	55	1.22
9814026--9814085	28	2.2	28	82	8	70	45	5	1	48	1.34
9816876--9817033	43	3.7	43	75	6	126	25	20	27	27	1.99
9816870--9816994	42	3.0	40	78	10	108	25	20	26	28	1.99
9816875--9817033	85	1.9	85	81	5	196	25	20	27	27	1.99
9822326--9822473	41	3.6	41	87	3	201	26	16	26	31	1.96
9826257--9826304	25	1.9	25	95	0	87	47	8	6	37	1.59
9827765--9827816	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
9836636--9836660	12	2.1	12	100	0	50	48	0	8	44	1.32
9840138--9840224	27	3.2	27	82	6	113	37	18	18	25	1.93
9851008--9851062	28	2.0	28	88	0	83	25	25	25	23	2.00
9852335--9852438	45	2.3	44	85	1	136	31	15	20	32	1.93
9852361--9852459	44	2.2	45	81	1	110	30	17	18	34	1.94
9861249--9861293	22	2.0	22	100	0	90	37	13	22	26	1.91
9863130--9863160	13	2.5	13	94	5	55	29	0	16	54	1.42
9866614--9866675	27	2.3	28	78	13	67	35	17	17	29	1.93
9867746--9867775	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
9874737--9874772	19	1.9	19	88	5	56	19	11	8	61	1.54
9874989--9875099	40	2.8	40	88	0	159	20	22	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9875263--9875317	25	2.2	25	90	6	85	27	12	32	27	1.93
9878118--9878268	27	5.6	27	81	4	169	27	15	28	29	1.96
9878119--9878268	82	1.8	81	88	4	230	26	15	28	29	1.96
9878118--9878268	55	2.8	53	81	4	167	27	15	28	29	1.96
9886137--9886287	27	5.6	27	81	4	169	27	15	28	29	1.96
9886138--9886287	82	1.8	81	88	4	230	26	15	28	29	1.96
9886137--9886287	55	2.8	53	81	4	167	27	15	28	29	1.96
9900768--9900799	8	4.0	8	100	0	64	37	0	0	62	0.95
9900812--9900857	14	3.1	14	84	9	56	73	2	23	0	0.94
9900808--9900863	21	2.8	20	86	7	80	73	3	23	0	0.99
9900806--9900915	4	26.8	4	72	14	64	70	4	25	0	1.07
9904938--9905021	42	2.0	43	95	2	152	21	22	13	42	1.87
9905227--9905382	75	2.1	75	97	0	294	21	16	19	42	1.89
9906717--9906756	21	1.9	21	84	0	53	45	15	10	30	1.78
9907888--9908624	261	2.9	247	84	5	901	21	18	20	38	1.93
9918389--9918513	4	31.2	4	96	0	124	39	49	11	0	1.39
9920426--9920491	32	2.0	33	91	2	107	43	1	21	33	1.62
9923513--9923547	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
9924157--9924286	26	5.1	26	83	1	167	28	20	21	29	1.98
9924157--9924286	52	2.6	51	90	3	201	28	20	21	29	1.98
9924336--9924410	20	3.8	20	86	6	93	34	18	9	37	1.83
9924351--9924403	11	5.2	11	71	15	51	35	18	9	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9924438--9924485	25	1.9	25	82	0	60	31	16	18	33	1.94
9931970--9932065	25	3.8	26	83	2	126	27	20	23	28	1.99
9931957--9932065	51	2.2	48	83	9	146	26	22	22	29	1.99
9932113--9932187	20	3.8	20	86	6	93	33	16	10	40	1.82
9954762--9954838	14	5.9	13	79	14	70	81	0	15	2	0.79
9954760--9954820	17	3.3	17	80	13	59	83	0	13	3	0.76
9954760--9954838	6	13.5	6	78	11	76	82	0	15	2	0.78
9954762--9954804	22	2.0	22	95	0	77	86	0	11	2	0.67
9954760--9954838	37	2.1	36	90	6	122	82	0	15	2	0.78
9955753--9955863	44	2.5	43	72	7	107	27	19	23	28	1.98
9955870--9956976	119	9.3	119	95	1	1885	33	16	18	32	1.93
9957582--9957725	18	7.9	18	90	4	211	37	10	14	37	1.81
9957582--9957725	35	4.0	37	88	8	215	37	10	14	37	1.81
9957582--9957725	53	2.7	54	94	3	254	37	10	14	37	1.81
9958206--9958271	16	3.9	16	79	20	73	36	1	0	62	1.05
9958248--9958297	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
9963639--9963681	9	4.8	9	85	0	59	46	2	32	18	1.62
9970482--9970555	25	3.0	24	73	11	60	58	1	4	36	1.26
9970520--9970558	18	2.4	16	84	16	53	61	0	5	33	1.18
9970637--9970679	20	2.2	20	82	0	50	67	0	2	30	1.03
9970667--9970722	25	2.2	26	81	6	71	48	1	14	35	1.54
9971483--9971674	89	2.1	90	83	3	244	38	17	9	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9971771--9971882	46	2.4	45	73	7	100	66	0	5	27	1.19
9971804--9971892	28	3.2	27	73	6	79	62	1	4	31	1.22
9972064--9972134	19	3.5	20	74	11	56	40	1	1	56	1.17
9972055--9972130	40	1.9	39	89	5	118	35	1	2	60	1.19
9979016--9979073	30	1.9	29	83	13	73	36	0	3	60	1.14
9979399--9979436	17	2.2	18	90	4	60	78	0	18	2	0.86
9979593--9979718	60	2.1	60	91	2	209	34	0	11	54	1.36
9980515--9980542	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
9982255--9982337	33	2.5	33	76	3	87	15	43	13	27	1.84
9982342--9982391	20	2.6	19	78	6	64	30	8	12	50	1.68
9985478--9985518	19	2.1	20	90	4	66	39	2	9	48	1.49
9985705--9985748	24	1.9	22	82	17	54	34	4	4	56	1.40
9989607--9989637	4	7.8	4	100	0	62	25	22	0	51	1.48
9993419--9993472	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
10001022--10001053	15	2.2	15	94	5	57	15	12	6	65	1.44
10000962--10001469	87	5.9	87	73	15	432	28	15	19	36	1.93
10001109--10001135	14	1.9	14	100	0	54	22	11	7	59	1.56
10000966--10001468	89	5.9	87	81	9	588	28	15	20	35	1.93
10001285--10001468	88	2.1	89	89	1	280	29	14	17	39	1.89
10001123--10001629	162	3.1	162	87	2	793	29	14	20	35	1.92
10001374--10001537	74	2.2	74	91	0	256	26	14	22	36	1.92
10001448--10001727	87	3.1	89	85	7	341	29	15	19	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10001609--10001644	14	2.6	14	86	0	54	25	11	5	58	1.54
10001652--10001790	74	1.9	74	92	3	235	30	16	21	30	1.95
10001303--10001850	259	2.2	249	88	3	781	30	15	19	34	1.93
10001789--10002121	54	6.1	54	92	2	567	29	13	17	39	1.88
10003020--10003044	13	1.9	13	100	0	50	8	0	8	84	0.79
10003683--10003745	22	2.9	22	76	19	60	30	7	3	58	1.42
10004368--10004410	17	2.5	18	88	7	63	27	4	4	62	1.35
10004394--10004459	23	2.7	23	79	9	69	31	6	7	54	1.53
10004508--10004546	16	2.5	15	84	8	51	41	5	5	48	1.47
10004513--10004555	16	2.8	16	86	6	54	41	2	4	51	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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