genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85799208--85799522	48	6.6	50	78	11	286	22	28	19	28	1.98
85799175--85799480	143	2.1	144	84	7	390	23	29	18	27	1.98
85805528--85805788	50	5.6	49	72	16	189	23	27	18	30	1.98
85805665--85805794	48	2.8	48	81	6	151	21	28	19	30	1.97
85807007--85807065	29	2.0	29	100	0	118	32	13	16	37	1.88
85807243--85807274	16	1.9	17	93	6	57	43	0	12	43	1.42
85808142--85808239	45	2.2	45	94	1	171	34	14	5	45	1.67
85810171--85810211	20	2.1	20	86	13	59	12	12	12	63	1.53
85816460--85816524	19	3.4	19	78	0	67	32	27	24	15	1.95
85820368--85820405	16	2.4	16	100	0	76	26	26	7	39	1.83
85821683--85821817	68	2.0	68	85	0	180	37	17	22	23	1.94
85840073--85840172	41	2.4	41	96	0	182	22	22	26	30	1.99
85842075--85842110	18	2.0	18	100	0	72	38	5	11	44	1.63
85844090--85844152	19	3.3	19	70	16	67	33	12	19	34	1.89
85844091--85844165	38	2.0	38	100	0	150	32	13	18	36	1.90
85844961--85845274	38	8.3	38	92	0	520	32	25	21	20	1.97
85848292--85848633	27	12.7	27	84	2	251	36	21	8	33	1.83
85848625--85848838	27	8.0	27	86	2	297	33	18	22	24	1.97
85849042--85849111	25	2.8	25	91	0	104	27	22	22	27	1.99
85849067--85849138	25	3.0	24	78	13	67	29	20	22	27	1.99
85849332--85849414	31	2.7	30	89	7	123	31	15	24	28	1.96
85864734--85864787	26	2.1	26	96	0	99	35	24	11	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85866518--85866565	5	9.0	5	79	20	53	77	0	2	20	0.88
85873940--85873984	21	2.1	21	83	0	54	35	24	2	37	1.68
85877289--85877352	19	3.3	19	72	20	69	31	1	3	64	1.19
85877288--85877368	39	2.1	37	95	4	144	30	2	2	64	1.20
85877293--85877360	19	3.6	18	72	20	66	32	1	2	63	1.18
85877308--85877373	18	3.5	18	74	15	62	30	3	3	63	1.24
85878379--85878442	30	2.1	30	85	0	83	32	42	14	10	1.80
85881780--85882031	125	2.0	126	90	0	398	29	17	16	36	1.92
85882085--85882208	30	3.8	32	78	17	105	45	16	0	37	1.48
85882086--85882286	65	3.0	64	80	13	194	44	17	0	37	1.49
85882131--85882295	34	4.9	34	82	11	198	43	16	0	40	1.49
85883074--85883116	22	2.0	22	95	0	77	30	0	0	69	0.88
85895069--85895140	23	3.0	23	80	13	83	52	19	1	26	1.54
85896787--85896813	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
85899564--85899594	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
85899561--85899600	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
85899786--85900032	55	4.7	53	82	7	229	21	24	17	35	1.95
85899833--85900032	108	1.8	110	89	4	316	23	25	17	34	1.96
85902014--85902047	9	3.8	9	92	0	59	44	11	8	35	1.72
85906195--85906236	9	4.7	9	96	0	75	26	0	16	57	1.40
85906203--85906247	18	2.5	18	85	0	54	26	2	17	53	1.56
85908629--85908673	21	2.1	21	84	8	56	26	20	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85914155--85914487	50	6.8	50	85	4	428	27	20	29	21	1.98
85914147--85914487	99	3.5	98	86	4	449	28	19	29	21	1.98
85914155--85914484	149	2.2	145	85	4	421	28	20	29	22	1.98
85914462--85914517	28	2.0	28	100	0	112	21	28	32	17	1.96
85914412--85914563	78	1.9	78	95	0	277	27	23	30	18	1.98
85914490--85914616	48	2.6	49	78	2	148	26	22	29	21	1.99
85928838--85928876	16	2.4	16	84	12	53	79	2	0	17	0.84
85930608--85930648	21	2.0	20	86	13	57	51	19	12	17	1.76
85932550--85932640	28	3.2	27	80	7	92	29	26	15	28	1.96
85932550--85932645	29	3.4	29	79	4	106	30	28	14	27	1.95
85936610--85936666	9	6.3	9	78	8	62	43	0	36	19	1.51
85943440--85943532	43	2.2	43	98	0	177	39	16	8	35	1.79
85949174--85949251	38	2.1	38	95	0	138	30	0	33	35	1.58
85952887--85952924	19	2.0	20	89	5	60	36	15	21	26	1.93
85952890--85952934	19	2.4	19	80	0	54	37	13	22	26	1.91
85962440--85962484	20	2.2	20	88	0	63	51	2	8	37	1.46
85963318--85963359	19	2.2	19	86	0	57	40	9	19	30	1.83
85965645--85965683	19	2.1	18	85	9	51	46	0	20	33	1.51
85966148--85966325	48	3.7	48	75	8	191	26	18	28	26	1.98
85966135--85966320	96	1.9	96	92	0	309	26	16	27	28	1.97
85969066--85969100	18	2.0	18	88	5	54	60	0	17	22	1.37
85972775--85972952	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85972796--85972951	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
85988131--85988184	27	2.0	27	85	7	74	40	9	12	37	1.76
85999799--85999974	50	3.5	49	80	7	185	25	17	28	28	1.98
85999792--85999985	49	3.9	49	75	11	180	25	18	28	27	1.98
86006910--86006957	14	3.6	13	81	10	53	0	16	2	81	0.79
86009526--86009566	21	2.0	21	95	0	73	65	17	2	14	1.37
86012201--86012629	213	2.0	213	89	1	655	28	21	15	34	1.94
86014080--86014319	120	2.0	120	99	0	471	37	9	20	32	1.84
86017864--86018054	83	2.3	83	79	9	203	31	26	16	25	1.96
86017864--86018046	40	4.4	44	76	13	158	30	26	16	26	1.97
86023004--86023035	13	2.3	15	89	10	50	21	34	6	37	1.79
86025572--86025666	40	2.3	41	82	8	113	32	22	15	29	1.95
86037041--86037078	20	1.9	20	100	0	76	55	10	7	26	1.61
86041036--86041101	29	2.3	28	79	7	80	68	1	12	18	1.28
86045885--86045933	18	2.8	18	81	3	55	28	0	2	69	1.00
86046494--86046523	10	3.0	10	95	0	51	0	26	30	43	1.55
86053086--86053159	31	2.5	30	84	6	114	58	8	16	17	1.62
86053070--86053159	31	3.0	29	82	6	101	55	7	15	21	1.65
86057581--86057641	32	1.9	32	100	0	122	29	14	19	36	1.92
86063168--86063209	21	2.0	21	95	0	75	30	19	14	35	1.91
86065636--86065858	47	4.8	47	73	12	192	23	27	18	29	1.98
86065627--86065854	46	4.9	47	76	11	184	23	27	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86081136--86081222	42	2.1	42	97	0	165	45	22	0	31	1.53
86081144--86081214	22	3.3	22	66	28	62	45	22	0	32	1.53
86081254--86081295	19	2.2	19	87	8	59	66	2	0	30	1.04
86095215--86095245	12	2.6	12	100	0	62	25	51	22	0	1.48
86095573--86095634	22	2.5	26	77	17	69	51	20	1	25	1.57
86096228--86096336	43	2.6	43	78	7	114	32	26	17	23	1.97
86098914--86099033	43	2.8	42	79	9	154	32	15	23	28	1.95
86114004--86114071	28	2.4	28	85	2	82	25	19	32	23	1.97
86114208--86114257	21	2.4	21	89	0	73	34	18	16	32	1.92
86118115--86118306	47	4.1	47	88	1	271	32	10	29	27	1.91
86118140--86118215	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
86118265--86118397	50	2.7	50	92	1	223	36	8	24	30	1.85
86118565--86118669	37	2.8	37	91	0	165	24	17	30	27	1.97
86121113--86121166	22	2.4	22	75	3	54	31	9	18	40	1.82
86126248--86126472	48	4.7	49	80	6	230	28	19	27	24	1.99
86126248--86126472	96	2.3	96	81	6	260	28	19	27	24	1.99
86129824--86129972	42	3.5	43	75	9	103	30	24	16	28	1.97
86131136--86131249	42	2.7	42	83	6	124	31	18	23	26	1.97
86131175--86131285	43	2.6	42	76	5	98	32	17	23	27	1.96
86138680--86138841	42	3.8	43	76	5	168	35	15	22	26	1.94
86147330--86147375	21	2.2	21	84	0	56	15	28	30	26	1.96
86153140--86153296	43	3.7	43	71	13	133	29	21	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86158412--86158551	27	5.2	27	94	0	217	27	26	7	37	1.84
86158554--86158764	27	7.8	27	82	4	221	40	19	9	29	1.84
86158527--86158765	54	4.5	53	77	4	194	39	20	9	30	1.84
86158612--86158827	27	7.9	27	77	11	91	40	18	10	31	1.83
86158868--86158945	27	2.9	27	75	11	70	37	19	20	23	1.95
86159641--86159727	20	4.3	20	92	2	140	40	10	18	31	1.84
86159777--86159907	26	5.2	26	82	4	162	29	21	22	26	1.99
86159777--86159907	52	2.6	51	90	4	196	29	21	22	26	1.99
86160045--86160132	42	2.1	42	86	0	122	32	13	17	36	1.89
86160160--86160268	31	3.5	31	93	0	182	30	16	25	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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