genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83646789--83646819	12	2.6	12	94	0	53	74	3	3	19	1.10
83647768--83647809	18	2.3	18	84	11	59	40	2	4	52	1.35
83650376--83652034	830	2.0	827	97	0	3149	34	9	20	34	1.85
83653907--83653940	17	2.0	17	100	0	68	41	17	17	23	1.90
83663955--83664011	27	2.1	27	100	0	114	22	10	24	42	1.85
83664907--83664976	24	2.8	24	78	4	77	45	2	4	47	1.37
83668208--83668243	18	2.0	18	89	10	56	22	5	16	55	1.62
83670223--83670426	51	4.0	51	96	0	363	30	25	13	30	1.93
83672319--83672426	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
83682819--83682863	22	2.0	22	86	0	63	37	2	2	57	1.23
83682927--83682961	17	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
83683288--83683321	17	2.0	17	100	0	68	52	5	0	41	1.25
83689414--83689506	46	2.0	46	100	0	186	44	17	15	23	1.86
83693228--83693300	24	3.0	24	83	0	83	32	19	31	16	1.94
83702652--83702764	43	2.6	43	84	2	120	31	14	20	33	1.92
83703571--83703850	139	2.0	139	93	0	479	25	9	25	40	1.86
83705658--83705741	23	3.7	23	93	0	141	15	35	28	20	1.93
83714711--83714744	17	2.0	17	94	0	59	23	20	5	50	1.70
83717581--83717656	31	2.5	31	86	0	116	19	30	31	18	1.96
83733087--83733155	25	2.8	25	88	0	102	24	28	21	24	1.99
83733087--83733182	25	3.9	24	83	5	77	27	26	21	25	2.00
83733440--83733494	29	1.9	28	88	3	83	21	23	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83733432--83733522	33	2.8	33	73	19	93	24	20	26	28	1.99
83735598--83735742	27	5.4	27	89	2	177	24	23	11	40	1.87
83735571--83735700	54	2.4	53	80	5	127	29	24	10	36	1.88
83735706--83735859	27	5.8	26	72	8	94	35	20	12	31	1.90
83735774--83735911	27	5.1	27	75	6	109	42	20	6	30	1.77
83735853--83735960	27	3.9	27	74	13	94	44	16	5	33	1.71
83736889--83736957	25	2.8	25	88	0	102	24	28	21	24	1.99
83736889--83736984	25	3.9	24	83	5	77	27	26	21	25	2.00
83737184--83737258	31	2.5	31	84	4	100	30	18	22	28	1.97
83737273--83737327	29	1.9	28	85	3	74	23	23	25	27	2.00
83739418--83739478	27	2.3	27	82	0	68	32	27	8	31	1.86
83739402--83739531	54	2.4	54	82	5	138	30	24	10	35	1.88
83739429--83739573	27	5.4	27	85	2	177	26	23	11	39	1.88
83739537--83739707	27	6.4	26	72	7	101	35	19	12	31	1.90
83739605--83739806	27	7.4	27	75	7	124	41	17	9	32	1.81
83739605--83739786	54	3.3	55	79	6	165	41	18	8	31	1.81
83739845--83739909	27	2.4	27	79	5	69	38	18	23	20	1.93
83740727--83740786	25	2.4	25	85	0	84	25	33	18	23	1.97
83740727--83740796	25	2.8	25	82	2	61	30	28	15	25	1.96
83741009--83741091	31	2.7	31	92	3	134	28	16	26	27	1.97
83748971--83749017	23	2.1	22	88	4	67	59	12	0	27	1.34
83750869--83751226	48	7.4	48	79	3	360	26	25	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83750871--83751226	96	3.7	96	84	2	444	26	25	18	29	1.98
83750858--83751229	144	2.6	144	79	5	399	26	26	18	28	1.98
83752415--83752462	24	2.0	24	100	0	96	33	25	4	37	1.75
83754703--83754880	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
83754724--83754879	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
83761258--83761433	27	6.5	27	82	3	102	31	27	14	27	1.95
83761256--83761433	54	3.3	55	81	3	191	30	27	14	26	1.95
83763674--83763713	21	2.0	20	85	5	53	20	25	40	15	1.90
83772562--83772601	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
83775134--83775182	22	2.2	23	81	3	55	38	14	18	28	1.90
83779202--83779530	38	7.9	38	71	17	235	30	15	24	29	1.96
83779240--83779489	133	1.9	132	90	0	401	30	15	24	30	1.96
83779102--83779442	171	2.0	171	95	0	610	29	15	24	30	1.95
83779150--83779527	85	4.4	85	81	12	504	29	15	24	29	1.96
83782307--83782491	42	4.3	42	75	11	149	27	25	17	29	1.98
83782295--83782462	90	1.9	90	84	2	230	25	26	18	29	1.98
83782333--83782542	42	4.7	44	79	7	176	28	26	17	27	1.97
83782467--83782686	48	4.6	48	76	7	153	27	30	15	26	1.96
83792052--83792281	40	5.8	40	92	1	329	27	27	21	23	1.99
83792026--83792281	80	3.2	79	87	6	324	26	27	21	24	1.99
83795238--83795298	30	2.0	30	90	0	95	39	8	24	27	1.84
83796111--83796301	51	3.8	51	85	4	269	27	18	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83796111--83796304	101	1.9	101	92	0	325	27	18	24	29	1.98
83799939--83800254	46	6.7	46	74	12	232	23	31	18	27	1.98
83804771--83804873	43	2.4	42	91	6	163	31	22	15	31	1.95
83811008--83811123	29	4.0	29	81	1	135	29	31	15	23	1.95
83816970--83817095	46	2.7	47	81	7	132	23	30	19	27	1.98
83823860--83824058	40	5.0	40	92	3	298	23	22	27	26	2.00
83828054--83828225	93	1.8	93	91	2	283	28	27	20	22	1.99
83828047--83828222	46	3.8	46	75	14	182	29	27	20	22	1.98
83828098--83828241	46	3.1	44	73	15	123	29	27	20	23	1.99
83833924--83834138	40	5.4	40	90	2	285	25	22	26	25	2.00
83835519--83835559	17	2.4	17	88	8	57	39	0	17	43	1.49
83835965--83836017	24	2.2	24	86	0	70	16	43	7	32	1.76
83840691--83840715	10	2.5	10	100	0	50	28	20	12	40	1.87
83844640--83844707	33	2.1	33	100	0	136	25	17	17	39	1.91
83846419--83846471	18	2.9	18	100	0	106	22	20	11	45	1.83
83850279--83850466	40	4.7	40	93	0	324	22	28	22	26	1.99
83850246--83850466	80	2.8	79	87	4	320	22	27	23	26	1.99
83853352--83853485	46	2.9	45	80	8	146	31	17	26	23	1.97
83853537--83853657	49	2.5	49	87	2	172	28	20	28	22	1.99
83864536--83864652	43	2.8	41	73	12	103	24	22	24	28	1.99
83870796--83870924	46	2.8	46	81	9	156	27	20	31	20	1.98
83874631--83874668	18	2.1	19	90	5	60	34	0	2	63	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83874743--83874852	50	2.2	50	93	0	184	32	16	13	37	1.88
83874756--83874856	50	2.0	50	98	0	193	30	15	14	38	1.88
83887365--83887465	48	2.1	48	94	0	175	36	2	22	37	1.70
83887693--83887745	24	2.2	25	96	3	99	28	3	32	35	1.75
83892573--83892644	28	2.5	28	77	6	83	40	18	12	29	1.87
83894217--83894250	8	4.4	8	92	7	61	73	0	0	26	0.83
83894217--83894250	15	2.2	15	94	5	59	73	0	0	26	0.83
83894359--83894398	20	2.1	19	90	4	62	60	2	0	37	1.11
83897528--83897565	5	7.6	5	100	0	76	60	0	0	39	0.97
83897545--83897586	18	2.3	19	84	8	52	64	4	0	30	1.14
83903895--83903955	30	2.1	29	93	3	104	37	21	16	24	1.93
83909459--83909636	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
83909480--83909635	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
83914236--83914277	18	2.3	18	84	8	50	64	4	0	30	1.14
83914224--83914256	5	6.6	5	100	0	66	60	0	0	39	0.97
83914320--83914370	14	3.8	14	82	15	63	70	1	27	0	0.98
83915048--83915086	16	2.4	17	91	8	64	48	0	0	51	1.00
83925024--83925175	77	2.0	77	85	0	205	31	17	21	29	1.96
83925101--83925483	92	4.2	92	86	0	525	31	19	22	26	1.98
83925947--83926024	21	3.7	20	75	10	66	24	24	37	14	1.92
83926790--83926839	26	1.9	26	83	0	64	68	2	16	14	1.31
83931409--83931451	20	2.2	19	83	8	50	37	0	4	58	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83942301--83942330	15	2.0	15	93	0	51	40	36	6	16	1.75
83948962--83949045	26	3.3	26	91	8	131	27	23	19	29	1.98
83949095--83949169	20	3.8	20	87	6	102	34	20	8	37	1.82
83949110--83949162	11	5.2	11	73	15	51	35	20	7	35	1.81
83949112--83949168	9	5.8	10	76	15	57	35	21	7	36	1.80
83962954--83963006	13	4.1	13	95	0	97	15	30	37	16	1.90
83980212--83980904	49	14.6	49	92	4	1061	33	8	29	28	1.86
83980212--83980904	145	4.9	145	92	4	1153	33	8	29	28	1.86
83980519--83980588	22	3.3	22	63	25	60	30	11	31	27	1.91
83981023--83981160	37	3.7	37	94	0	231	24	17	31	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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